Genomania

[jorland]

Komentujac interesujace doniesienie o zsekwencjonowaniu genomu myszy nasunely
mi sie nastepujace pytania:

1. Dlaczego myszy nie rodza sie 99-procentowymi ludzmi, skoro maja 99%
wspolnych z nami genow?

2. Dlaczego nie rosna nam ogony, skoro mamy geny odpowiedzialne za ich
rozwoj? Doniesienie tego nie oamwia, a mysle, ze ciekawie byloby dowiedziec
sie, czy te geny sa nieaktywne czy tez odpowiadaja za rozwoj zupelnie innych
struktur. Bo jesli to drugie to jaki sens ma mowienie o wspolnocie genow,
skoro te same geny moga rozwijac zupelnie inne struktury? (Tak jak to jest -
z tego co wiem - z muszkami owocowymi i myszami gdzie te same geny Homeobox
(Hox) kieruja rozwojem zupelnie roznych struktur. Analogiczie jest w
przypadku genow ultrabithorax (Ubx), ktore u muszek owocowych biora udzial w
rozwoju zupelnie innych narzadow niz u ludzu). Bo chyba nikt na powaznie nie
bierze, ze za roznice pomiedzy myszami a ludzmi odpowiada raptem 300 genow.

Gdzie wiec tak naprawde lokuje sie informacja odpowiedzialna za roznica
pomiedzy ludzmi a myszami, skoro "materialnie" jestesmy wlasciwie tym samym?

3. Dlaczego nasz genom jest bardziej podobny do genomu myszy niz do genomu
szympansa, skoro z tym drugim jestesmy blizej ewolucyjnie spokrewnieni?

Za merytoryczne komentarze bede wdzieczny.

[Gość: Tomasz]

Przede wszystkim różnice o których piszesz nie muszą być wynikiem
działania dużej liczby genów. To najlepiej chyba zoobrazuje porównanie
genomów człowieka i szympansa- te różnice będą jeszcze mniejsze, gdyż
rozdzielenie nastąpiło 6-7 mln lat temu.
Różnice w wielkosci mózgu, ilosci połączeń nerwowych mogą się okazać
konsekwencją stosunkowo niewielkich zmian w składzie genów i sposobu
ich regulacji. Tego nie dało się przewidzieć bez badań całych genomów.
To będzie jedno z najważniejszych osiągnięć "genomiki", w pełni uzasadniające
poniesione nakłady, dlatego nie miejsce na lekceważenie tych badań.
Pozdrowienia

[jorland]

Gość portalu: Tomasz napisał(a):

> Przede wszystkim różnice o których piszesz nie muszą być wynikiem
> działania dużej liczby genów. To najlepiej chyba zoobrazuje porównanie
> genomów człowieka i szympansa- te różnice będą jeszcze mniejsze, gdyż
> rozdzielenie nastąpiło 6-7 mln lat temu.

Jest dokladnie odwrotnie. Jesli Jane Rogers pisze, ze podobienstwo genetyczne
pomiedzy czlowiekiem a mysza wynosi 99% a wiadomo z ostatnich doniesien, ze
podobienstwo pomiedzy czlowiekiem a szympansem wynosi 95% to znaczy, ze z
myszami jestesmy blizej spokrewnieni niz z szympansami. Poza tym ciagle nurtuje
mnie inny problem: skoro tak jestesmy podobni do myszy to dlaczego myszy nie sa
w 99% ludzmi? Jesli 1% ma odpowiadac za wszystkie roznice to dlaczego pozostale
99% nie odpowiada za podobienstwa?

> Różnice w wielkosci mózgu, ilosci połączeń nerwowych mogą się okazać
> konsekwencją stosunkowo niewielkich zmian w składzie genów i sposobu
> ich regulacji.

Moga, wiele rzeczy byc moze lub wiele nie moze. Na takim poziomie ogolnikow
trudno rozmawiac.

> Tego nie dało się przewidzieć bez badań całych genomów.

Nie tylko nie dalo sie przewidziec, ale i przewidywano zupelnie cos innego: ze
roznice w genomach sa znacznie wieksze. Kilka lat temu sadzono, ze czlowiek ma
okolo 100 tys. genow (roznice w genomach przekladaja sie mniej wiecej na
roznice w fenotypach). Teraz gdy okazalo sie, ze mamy raptem 28 tys. genow,
praktycznie tyle samo co myszy powstaje pytanie: co odpowiada za roznice
pomiedzy pomiedzy ludzmi a myszami?

> To będzie jedno z najważniejszych osiągnięć "genomiki", w pełni uzasadniające
> poniesione nakłady, dlatego nie miejsce na lekceważenie tych badań.

A kto wie jakie beda przyszle osiagniecia genomiki? Aktualne osiagniecia
obalily to co myslano kilka lat temu. Podbito bebenek, a teraz okazuje sie, ze
ta genomania to droga donikad. No, moze do odkrycia, ze - pod wzgledem
genetycznym - mysz jest prawie czlowiekiem (albo jak kto woli: czlowiek mysza).

[Gość: Tomasz]

jorland napisał:


>
> Jest dokladnie odwrotnie. Jesli Jane Rogers pisze, ze podobienstwo genetyczne
> pomiedzy czlowiekiem a mysza wynosi 99% a wiadomo z ostatnich doniesien, ze
> podobienstwo pomiedzy czlowiekiem a szympansem wynosi 95% to znaczy, ze z
> myszami jestesmy blizej spokrewnieni niz z szympansami. Poza tym ciagle nurtuje
>
> mnie inny problem: skoro tak jestesmy podobni do myszy to dlaczego myszy nie sa
>
> w 99% ludzmi? Jesli 1% ma odpowiadac za wszystkie roznice to dlaczego pozostale
>
> 99% nie odpowiada za podobienstwa?

Skąd masz takie dane? Rozdzielenie myszy i człowieka, oraz szympansa i czlowieka
obliczono na podstawie podobieństw sekwencji DNA. Dlatego DNA myszy musi się
bardziej różnić, niż DNA szympansa.

> > Różnice w wielkosci mózgu, ilosci połączeń nerwowych mogą się okazać
> > konsekwencją stosunkowo niewielkich zmian w składzie genów i sposobu
> > ich regulacji.
>
> Moga, wiele rzeczy byc moze lub wiele nie moze. Na takim poziomie ogolnikow
> trudno rozmawiac.

Gdyby różnice były wynikiem zmian w dużej liczbie genów, trudno byłoby wyjasnić
szybkosc zmian związanych z ewolucją mózgu i zdolnosci intelektualnych.
Zapewne nigdy by nie doszło do powstania człowieka.

> > Tego nie dało się przewidzieć bez badań całych genomów.
>
> Nie tylko nie dalo sie przewidziec, ale i przewidywano zupelnie cos innego: ze
> roznice w genomach sa znacznie wieksze. Kilka lat temu sadzono, ze czlowiek ma
> okolo 100 tys. genow (roznice w genomach przekladaja sie mniej wiecej na
> roznice w fenotypach). Teraz gdy okazalo sie, ze mamy raptem 28 tys. genow,
> praktycznie tyle samo co myszy powstaje pytanie: co odpowiada za roznice
> pomiedzy pomiedzy ludzmi a myszami?

Liczba genów może być nieco większa, co nie zmienia istoty rzeczy. Problem
leży jednak w DNA które nie koduje białek, a mimo to posiada znaczenie jako
tzw. noncoding RNA.

> > To będzie jedno z najważniejszych osiągnięć "genomiki", w pełni uzasadniaj
> ące
> > poniesione nakłady, dlatego nie miejsce na lekceważenie tych badań.
>
> A kto wie jakie beda przyszle osiagniecia genomiki? Aktualne osiagniecia
> obalily to co myslano kilka lat temu. Podbito bebenek, a teraz okazuje sie, ze
> ta genomania to droga donikad. No, moze do odkrycia, ze - pod wzgledem
> genetycznym - mysz jest prawie czlowiekiem (albo jak kto woli: czlowiek mysza).

Niestety nie rozumiesz znaczenia tych odkryć. Dice se nimodo.

[jorland]

Gość portalu: Tomasz napisał(a):

> jorland napisał:
> >
> > Jest dokladnie odwrotnie. Jesli Jane Rogers pisze, ze podobienstwo genetyc
> zne
> > pomiedzy czlowiekiem a mysza wynosi 99% a wiadomo z ostatnich doniesien, z
> e
> > podobienstwo pomiedzy czlowiekiem a szympansem wynosi 95% to znaczy, ze z
> > myszami jestesmy blizej spokrewnieni niz z szympansami. Poza tym ciagle nu
> rtuje
> >
> > mnie inny problem: skoro tak jestesmy podobni do myszy to dlaczego myszy n
> ie sa
> >
> > w 99% ludzmi? Jesli 1% ma odpowiadac za wszystkie roznice to dlaczego pozo
> stale
> >
> > 99% nie odpowiada za podobienstwa?
>
> Skąd masz takie dane? Rozdzielenie myszy i człowieka, oraz szympansa i
czlowiek
> a
> obliczono na podstawie podobieństw sekwencji DNA. Dlatego DNA myszy musi się
> bardziej różnić, niż DNA szympansa.

Wnioskowano tak nie tylko z sekwencji ale też z morfologii i anatomii. Juz
Karol Linneusz wiedział, że ludzie sa bardziej spokrewnieni z malpami niz z
myszami. Co do danych: dawniej sadzono, ze podobienstwo DNA czlowieka i
szympansa wynosi 98-99%. Jednak:

"A jednak nie jestesmy - przynajmniej pod wzgledem DNA - az tak bardzo podobni
do szympansow ani one do nas, jak jeszcze niedawno wszystkim sie wydawalo.
(...) Wyniki te pochodza ze slynnego Caltechu (California Institute of
Technology), z pracowni Roya Brittena - tego samego, ktorego metode
wykorzystano do wczesniejszych ocen podobieństwa ludzkiego i malpiego materialu
genetycznego. W procedurze tej (opracowanej przez Brittena i jego
wspolpracownika Dave'a Kohne'a juz kilkadziesiat lat temu) decydujacym
wskaznikiem jest temperatura rozdzielania sie zhybrydyzowanych (polaczonych)
nici DNA pochodzacych od dwoch badanych gatunkow. (...)

Do szczegolowych analiz przydatne okazaly sie opublikowane niedawno w
Internecie przez zespoly naukowcow z Baylor College of Medicine w Houston oraz
Uniwersytetu w Oklahomie zsekwencjonowane fragmenty szympansiego genomu.
Porownujac piec odpowiadajacych sobie odcinkow szympansiego DNA z DNA
czlowieka, Britten stwierdzil, ze istotnie w okolo 1,5% roznia sie one miedzy
soba pod wzgledem pojedynczych zmian nukleotydow. Ponad dwukrotnie wieksze
roznice wykryl jednak pod wzgledem dwoch innych rodzajow zmian - tzw. insercji
(gdy w jednym z badanych DNA pojawiaja sie sekwencje nieobecne w drugim) oraz
delecji (gdy z jednej z analizowanych probek brakuje sekwencji wystepujacych w
drugiej). Owe "indele", jak ocenia Britten, przyczyniaja sie do dodatkowych 4%
roznic miedzy ludzkim a szympansim materialem genetycznym. Jego analizy objely
odcinki o dlugosci zaledwie miliona nukleotydow z okolo 3 miliardow, jakie
skladaja sie na nasz (a takze malpi) genom i wyniki te nalezy oczywiscie uznac
za wyniki wstepne. "To zaledwie rzut oka" - podkresla w artykule publikowanym
w "Proceedings ot the National Academy of Science" i cytowanym przez serwis
internetowy tygodnika "New Scientist" 23 wrzesnia 2002 roku Roy Britten.

Podobny rozklad odmiennosci miedzy malpim i ludzkim DNA stwierdzono zarowno w
rejonach zawierajacych geny, jak i w tzw. "smieciowym" DNA, ktorego funkcja
ciagle pozostaje niejasna. Genetyczna roznica miedzy nami i szympansami nieco
sie wiec powiekszyla. Daleko nam jeszcze jednak do zrozumienia, jak to sie
dzieje, ze z tak mimo wszystko podobnej informacji genetycznej powstaja tak
bardzo rozne organizmy. Zdaniem autora relacjonowanego odkrycia byc moze
decydujacy udzial maja geny regulatory sterujace ekspresja calych sieci genow.
Nie ma on jednak watpliwosci, ze zanim bedziemy to wiedziec na pewno, minie
sporo czasu”.

Powyzsza notatke opracowala Malgorzata Yamazaki a pochodzi ona z:
www.wiw.pl/nowinki/biologia/200209/20020927-001.asp
> > > Różnice w wielkosci mózgu, ilosci połączeń nerwowych mogą się okazać
> > > konsekwencją stosunkowo niewielkich zmian w składzie genów i sposobu
> > > ich regulacji.

> > Moga, wiele rzeczy byc moze lub wiele nie moze. Na takim poziomie ogolniko
> w
> > trudno rozmawiac.
>
> Gdyby różnice były wynikiem zmian w dużej liczbie genów, trudno byłoby
wyjasnić
> szybkosc zmian związanych z ewolucją mózgu i zdolnosci intelektualnych.
> Zapewne nigdy by nie doszło do powstania człowieka.

To sa takie sobie opowiastki, jakich mozna plodzic cale ryzy. Gdyby ludzie
mieli znacznie wiecej genow od myszy powiedzialbys, ze tak wlasnie ma byc, bo
to sie przeklada na roznice pomiedzy myszami a nami, gdy zas maja ich prawie
tyle samo to tez tak musialo byc, ba, gdyby myszy mialy wiecej genow od ludzi,
tez moglbys opowiedziec bajeczke, ze widocznie ludzie inaczej wykorzystuja
swoje geny i stad roznice. Bajeczki zawsze mozna wymyslac. Jednak mnie
interesuja fakty, a nie zyczeniowe opowiastki.
[...]

> > > To będzie jedno z najważniejszych osiągnięć "genomiki", w pełni uzasa
> dniaj
> > ące
> > > poniesione nakłady, dlatego nie miejsce na lekceważenie tych badań.
> >
> > A kto wie jakie beda przyszle osiagniecia genomiki? Aktualne osiagniecia
> > obalily to co myslano kilka lat temu. Podbito bebenek, a teraz okazuje sie
> , ze
> > ta genomania to droga donikad. No, moze do odkrycia, ze - pod wzgledem
> > genetycznym - mysz jest prawie czlowiekiem (albo jak kto woli: czlowiek my
> sza).
>
> Niestety nie rozumiesz znaczenia tych odkryć. Dice se nimodo.

Piana musi byc bita, bo inaczej kto by takie kosztowne badania finansowal?
Rozumiem, ze wzgledy terapeutyczne moga grac duza role, jednak coraz wyrazniej
widac, ze ta cala genomania to slepa uliczka. Jesli organizmy potrafia na bazie
praktycznie tego samego genomu wytworzyc tak rozne formy, jak czlowiek i mysz
to coraz jasniejsze jest, ze nie tutaj kryje sie tajemnica roznicy pomiedzy
nimi.

[Gość: Tomasz]

jorland napisał:


> Wnioskowano tak nie tylko z sekwencji ale też z morfologii i anatomii. Juz
> Karol Linneusz wiedział, że ludzie sa bardziej spokrewnieni z malpami niz z
> myszami. Co do danych: dawniej sadzono, ze podobienstwo DNA czlowieka i
> szympansa wynosi 98-99%. Jednak:
>
> "A jednak nie jestesmy - przynajmniej pod wzgledem DNA - az tak bardzo podobni
> do szympansow ani one do nas, jak jeszcze niedawno wszystkim sie wydawalo.
> (...) Wyniki te pochodza ze slynnego Caltechu (California Institute of
> Technology), z pracowni Roya Brittena - tego samego, ktorego metode
> wykorzystano do wczesniejszych ocen podobieństwa ludzkiego i malpiego materialu
>
> genetycznego. W procedurze tej (opracowanej przez Brittena i jego
> wspolpracownika Dave'a Kohne'a juz kilkadziesiat lat temu) decydujacym
> wskaznikiem jest temperatura rozdzielania sie zhybrydyzowanych (polaczonych)
> nici DNA pochodzacych od dwoch badanych gatunkow. (...)
>
> Do szczegolowych analiz przydatne okazaly sie opublikowane niedawno w
> Internecie przez zespoly naukowcow z Baylor College of Medicine w Houston oraz
> Uniwersytetu w Oklahomie zsekwencjonowane fragmenty szympansiego genomu.
> Porownujac piec odpowiadajacych sobie odcinkow szympansiego DNA z DNA
> czlowieka, Britten stwierdzil, ze istotnie w okolo 1,5% roznia sie one miedzy
> soba pod wzgledem pojedynczych zmian nukleotydow. Ponad dwukrotnie wieksze
> roznice wykryl jednak pod wzgledem dwoch innych rodzajow zmian - tzw. insercji
> (gdy w jednym z badanych DNA pojawiaja sie sekwencje nieobecne w drugim) oraz
> delecji (gdy z jednej z analizowanych probek brakuje sekwencji wystepujacych w
> drugiej). Owe "indele", jak ocenia Britten, przyczyniaja sie do dodatkowych 4%
> roznic miedzy ludzkim a szympansim materialem genetycznym. Jego analizy objely
> odcinki o dlugosci zaledwie miliona nukleotydow z okolo 3 miliardow, jakie
> skladaja sie na nasz (a takze malpi) genom i wyniki te nalezy oczywiscie uznac
> za wyniki wstepne. "To zaledwie rzut oka" - podkresla w artykule publikowanym
> w "Proceedings ot the National Academy of Science" i cytowanym przez serwis
> internetowy tygodnika "New Scientist" 23 wrzesnia 2002 roku Roy Britten.
>
> Podobny rozklad odmiennosci miedzy malpim i ludzkim DNA stwierdzono zarowno w
> rejonach zawierajacych geny, jak i w tzw. "smieciowym" DNA, ktorego funkcja
> ciagle pozostaje niejasna. Genetyczna roznica miedzy nami i szympansami nieco
> sie wiec powiekszyla. Daleko nam jeszcze jednak do zrozumienia, jak to sie
> dzieje, ze z tak mimo wszystko podobnej informacji genetycznej powstaja tak
> bardzo rozne organizmy. Zdaniem autora relacjonowanego odkrycia byc moze
> decydujacy udzial maja geny regulatory sterujace ekspresja calych sieci genow.
> Nie ma on jednak watpliwosci, ze zanim bedziemy to wiedziec na pewno, minie
> sporo czasu�.

Porównano kilka fragmentów o łącznej długosci 1 mln nukleotydów. Bakteria Escherichia coli ma ich
4.5-5.5 mln. Czyli porównano fragment będący odpowiednikiem 20% genomu E. coli. Nie zauważyłem
żeby pisząc o indelach wskazywano na sekwencje kodujące czy nie. Te drugie ulegają znacznie
szybciej zróżnicowaniu, gdyż selekcja oczyszczająca jest zwykle słabsza. Obecnosć indeli
jest zwykle cechą fragmentów DNA, które nie kodują białek. A zatem podobieństwo sekwencji genów
może wynosic 97-99%, a wartosć dla całego genomu może być nieco niższa.


> Powyzsza notatke opracowala Malgorzata Yamazaki a pochodzi ona z:
> <a href="www.wiw.pl/nowinki/biologia/200209/20020927-001.asp"target="_bl
> ank">www.wiw.pl/nowinki/biologia/200209/20020927-001.asp</a>

> To sa takie sobie opowiastki, jakich mozna plodzic cale ryzy. Gdyby ludzie
> mieli znacznie wiecej genow od myszy powiedzialbys, ze tak wlasnie ma byc, bo
> to sie przeklada na roznice pomiedzy myszami a nami, gdy zas maja ich prawie
> tyle samo to tez tak musialo byc, ba, gdyby myszy mialy wiecej genow od ludzi,
> tez moglbys opowiedziec bajeczke, ze widocznie ludzie inaczej wykorzystuja
> swoje geny i stad roznice. Bajeczki zawsze mozna wymyslac. Jednak mnie
> interesuja fakty, a nie zyczeniowe opowiastki.
> [...]

Nieco się znam na tych sprawach, dlatego moje zdziwienie byłoby mniejsze, szczególnie że
niektóre bakterie mają ok. 10 tys genów, a taki nicien czy mucha owocowa ok 15-18 tys. Tak więc nie ma scisłej
korelacji pomiedzy złożonoscią budowy i zachowania organizmu a ilosci genów.

To dobrze że interesują Cię fakty. Mam nadzieję że je jeszcze zrozumiesz.
>
> Piana musi byc bita, bo inaczej kto by takie kosztowne badania finansowal?
> Rozumiem, ze wzgledy terapeutyczne moga grac duza role, jednak coraz wyrazniej
> widac, ze ta cala genomania to slepa uliczka. Jesli organizmy potrafia na bazie
>
> praktycznie tego samego genomu wytworzyc tak rozne formy, jak czlowiek i mysz
> to coraz jasniejsze jest, ze nie tutaj kryje sie tajemnica roznicy pomiedzy
> nimi.

[jorland]

Gość portalu: Tomasz napisał(a):

> jorland napisał:

> > Wnioskowano tak nie tylko z sekwencji ale też z morfologii i anatomii. Juz
>
> > Karol Linneusz wiedział, że ludzie sa bardziej spokrewnieni z malpami niz
> z
> > myszami. Co do danych: dawniej sadzono, ze podobienstwo DNA czlowieka i
> > szympansa wynosi 98-99%. Jednak:
[...]

> Porównano kilka fragmentów o łącznej długosci 1 mln nukleotydów. Bakteria
Esche
> richia coli ma ich
> 4.5-5.5 mln. Czyli porównano fragment będący odpowiednikiem 20% genomu E.
coli.
> Nie zauważyłem
> żeby pisząc o indelach wskazywano na sekwencje kodujące czy nie. Te drugie
uleg
> ają znacznie
> szybciej zróżnicowaniu, gdyż selekcja oczyszczająca jest zwykle słabsza.
Obecno
> sć indeli
> jest zwykle cechą fragmentów DNA, które nie kodują białek. A zatem
podobieństwo
> sekwencji genów
> może wynosic 97-99%, a wartosć dla całego genomu może być nieco niższa.

To juz polemika nie ze mna, ale z autorami tych badan. Jednak nie widze powodu
by nie wierzyc ich autorytetowi. Ostatecznie genom szympansa badaja oni od lat
i maja duze zaslugi w porownywaniu jego z naszym genomem. Z drugiej strony mam
kogos, kto "troche" sie na tym zna. Wole jednak wierzyc komus, kto na tym sie
zna znacznie lepiej.

BTW, tak Cie boli, ze blizej nam do myszy niz do szympansow?

> > To sa takie sobie opowiastki, jakich mozna plodzic cale ryzy. Gdyby ludzie
>
> > mieli znacznie wiecej genow od myszy powiedzialbys, ze tak wlasnie ma byc,
> bo
> > to sie przeklada na roznice pomiedzy myszami a nami, gdy zas maja ich praw
> ie
> > tyle samo to tez tak musialo byc, ba, gdyby myszy mialy wiecej genow od lu
> dzi,
> > tez moglbys opowiedziec bajeczke, ze widocznie ludzie inaczej wykorzystuja
>
> > swoje geny i stad roznice. Bajeczki zawsze mozna wymyslac. Jednak mnie
> > interesuja fakty, a nie zyczeniowe opowiastki.
> > [...]
>
> Nieco się znam na tych sprawach, dlatego moje zdziwienie byłoby mniejsze,
szcze
> gólnie że
> niektóre bakterie mają ok. 10 tys genów, a taki nicien czy mucha owocowa ok
15-
> 18 tys. Tak więc nie ma scisłej
> korelacji pomiedzy złożonoscią budowy i zachowania organizmu a ilosci genów.

Ano ni ma. I o to wlasnie chodzi. Od dawna juz wiadomo, ze ewolucja na poziomie
morfologicznym i molekularnym sa w duzej mierze rozlaczne. I na tym wyklada sie
genomania. Co z tego, ze jakies genomy sa podobne skoro i tak ma to bardzo
rozne przelozenie na roznice fenotypowe. I co z tego, ze mamy geny muszek
owocowych i bakterii, skoro maja one u nas zupelnie inne znaczenie. Zreszta
jesli "troche" sie na tych sprawach znasz, to wiesz, ze tzw. molekularne
podobienstwa to w duzej mierze kwestia konwencji. Zalezy jakie molekuly sie
bada to wychodza rozmaite pokrewienstwa - czasem zupelnie absurdalne. Pozniej
te analizy sie "wygladza" rozmaitymi hipotezami ad hoc.

> To dobrze że interesują Cię fakty. Mam nadzieję że je jeszcze zrozumiesz.

Widocznie musze miec zdecydowanie lepszego nauczyciela takiego, ktory nie chowa
sie za lekkimi historyjkami.

[Gość: anomalocaris]

Rozumowanie Jorlanda:
(Być może małe różnice genotypów prowadzą do wielkich różnic fenotypowych)
prowadzi do (genomika jako nauka jest co najmniej przereklamowana, a mówiąc
wprost do bani)
Rozumowanie moje:
(bardzo małe różnice we współczynnikach niektórych funkcji mogą prowadzić do
ogromnych różnic w ich przebiegu) prowadzi do (matematyka to nauka co najmniej
przereklamowana...)

Co do tego, że myszy są nam bliższe genotypowo: po prostu któryś z zespołów
badawczych się myli, co w tak szybko rozwijającej się nauce jest rzeczą
normalną. I nikt z tych badaczy nie ma zamiaru za swoje probabilistyczne
wnioski dać głowy pod topór. W tym punkcie „front” badań jest płynny i trzeba
poczekać jeszcze na wiele badań kontrolnych, a potem wyciągać wnioski,
zwłaszcza o bardzo ogólnym charakterze.

Uwaga techniczna: Zamiast wsadzać do polemik całe połacie cytatów, trzymajcie
się sprawdzonej metody oznaczania np. akapitów. To znacznie ułatwi jednak
orientację, przynajmniej komuś przyzwyczajonemu do tekstów naukowych :)

Pozdrawiam

PS. I może jednak lepiej nie sięgać po argumenty ad personam, obojętnie, czy w
łacinie, czy po naszymu...

[jorland]

Gość portalu: anomalocaris napisał(a):

> Rozumowanie Jorlanda:
> (Być może małe różnice genotypów prowadzą do wielkich różnic fenotypowych)
> prowadzi do (genomika jako nauka jest co najmniej przereklamowana, a mówiąc
> wprost do bani)

Nie genomika jest do bani, tylko nadzieje jakie sie wywoluje te genomania sa do
bani. Przeciez gdy Venter po raz pierwszy oglosil wyniki sekwencjonowania
ludzkiego genomu pierwsza reakcja bylo zaskoczenie i co tu duzo mowic -
rozczarowanie. Tu, gdzie miano nadzieje znalezc "fundamenty zycia", jego
esencje, czynnik, ktory odpowiada za zroznicowanie zycia znaleziono raptem
genomik niewiele wiekszy od genomu mikroskopijnego robala.

> Rozumowanie moje:
> (bardzo małe różnice we współczynnikach niektórych funkcji mogą prowadzić do
> ogromnych różnic w ich przebiegu) prowadzi do (matematyka to nauka co
najmniej
> przereklamowana...)

Ladna ilustracja, ale zeby miala sens trzeba najpierw wykazac, ze ma zwiazek z
oryginalnym problemem.

> Co do tego, że myszy są nam bliższe genotypowo: po prostu któryś z zespołów
> badawczych się myli, co w tak szybko rozwijającej się nauce jest rzeczą
> normalną. I nikt z tych badaczy nie ma zamiaru za swoje probabilistyczne
> wnioski dać głowy pod topór. W tym punkcie „front” badań jest płynn
> y i trzeba
> poczekać jeszcze na wiele badań kontrolnych, a potem wyciągać wnioski,
> zwłaszcza o bardzo ogólnym charakterze.

To rozsadne podejcie. Dane sa sprzeczne z soba wiec, ktos sie musi mylic (lub
myla sie obydwa zespoly). Notabene retoryka stosowana w genomanii jest czasem
zenujaca. Pamietam jak zsekwencjonowano genom czlowieka i okazalo sie, ze
poszczegolne rasy ludzkie sa podobne do siebie w 99,99% powstal wielki szum, ze
oto rasizm zostal "naukowo obalony". A to dlatego, ze genomy sa prawie takie
same. Jednak pomimo tego, ze genomy sa prawie takie same pomiedzy ludzmi a
malpami (lub myszami) nikt jakos nie twierdzi, ze malpy sa ludzmi. Otoz
ludzie "inaczej wykorzystuja" genom niz malpy - stad roznice miedzy nami. A
miedzy rasami to juz nie moga inaczej wykorzystywac? Skoro genomy pomiedzy
poszczegolnymi rasami ludzkimi nieco sie roznia, to znaczy, ze - jak to ladnie
ujales(as) - "bardzo małe różnice we współczynnikach niektórych funkcji mogą
prowadzić do ogromnych różnic w ich przebiegu". Czyli male roznice w genomie
ludzi moga skutkowac duzymi roznicami w ostatecznym efekcie - czyli choc rasy
maja prawie te same genomy moga je "inaczej wykorzystywac", co moze skutkowac
np., ze murzyni sa blizej malp lub tez biali blizej malp - zaleznie od wersji
rsizmu. Nie bronie tu rasizmu, wskazuje natomiast propagandowe (i bardzo
wybiorcze) zaciecie genomanii.

[anomalocaris]

Niestety, zgadzam się co do zasady. Drobne uwagi:

1) Mój „obrazek" miał na celu tylko pokazanie rodzaju błędu wnioskowania. Sam
jako taki nie jest oczywiście logicznym dowodem. Ale to samo dotyczy
rozumowania Jorlanda. Zresztą chyba sam to wiesz.
2) Być może zwracamy uwagę na różne rzeczy, bo po publikacji zespołu Ventera
ja pamiętam przede wszystkim wybuch nadmiernego i mało uzasadnionego
optymizmu, który co przytomniejsi uczeni usiłowali raczej gasić.
3) Należałoby najpierw zdefiniować, co to genomania. Cytowany wyżej
hurraoptymizm w masowych mediach? Podkręcanie nastrojów przez naukowców
prących do większych dotacji? Cyniczne liczenie na zyski giełdowe korporacji
biotechnologicznych? Jeszcze coś innego? Przede wszystkim trzeba ustalić, czy
wszystkie strony sporu mają to samo na myśli...

Pozdrowienia

[jorland]

> Niestety, zgadzam się co do zasady. Drobne uwagi:
>
> 1) Mój „obrazek" miał na celu tylko pokazanie rodzaju błędu wnioskowania.
> Sam
> jako taki nie jest oczywiście logicznym dowodem. Ale to samo dotyczy
> rozumowania Jorlanda. Zresztą chyba sam to wiesz.

Wiem, wiem, ale w dalszym ciagu nie rozumiem jak to sie dzieje, że na
blizniaczych genotypach moga powstawac tak rozne koncowe formy. I, z tego co
sie orientuje, na ten moment nikt tego nie wie. A jest duza roznica pomiedzy
stwierdzeniem "nie wiemy jak to sie dzieje", a stwierdzeniem "roznica pomiedzy
organizmami kryje sie w genomach. Zbadajmy wiec jeszcze kilka".

> 2) Być może zwracamy uwagę na różne rzeczy, bo po publikacji zespołu Ventera
> ja pamiętam przede wszystkim wybuch nadmiernego i mało uzasadnionego
> optymizmu, który co przytomniejsi uczeni usiłowali raczej gasić.

Dawniej sadzono, ze roznice w sekwencjach genow pomiedzy organizmami
przekladaja sie na roznice fenotypowe bardziej proporcjonalnie. Stad szacowana
liczna 100 tys. genow dla czlowieka. Sporym zaskoczeniem okazal sie byc wiec
fakt, ze czlowiek ma prawie identyczne genomy z malpami czy z myszami, ba
wiekszosc genomu ma taki sam jak u pewnego milimetrowego robaczka. Jesli wiec
na bazie blizniaczych genotypow poszczegolne organizmy moga generowac tak
zroznicowane fenotypy, pytanie wiec, gdzie kryje sie informacja konieczna do
tego?

> 3) Należałoby najpierw zdefiniować, co to genomania. Cytowany wyżej
> hurraoptymizm w masowych mediach? Podkręcanie nastrojów przez naukowców
> prących do większych dotacji? Cyniczne liczenie na zyski giełdowe korporacji
> biotechnologicznych? Jeszcze coś innego? Przede wszystkim trzeba ustalić, czy
> wszystkie strony sporu mają to samo na myśli...

To też, ale przede wszystkim mialem na mysli sprawianie wrazenia, jakoby
sekwencjonowanie genomow odsloni ostateczna "tajemnice zycia", ze bedzie to
rozszyfrowanie zagadki zycia na jej podstawowym poziomie. Znajac taki "kod
zycia" juz tylko mozna by przez manipulacje w nim wywolywac pozadane efekty, co
przelozyloby sie np. na nowe metody terapeutyczne. Okazlo sie to byc znacznie
bardziej zlozone. Stad napisalem, ze genomania okazala sie droga donikad. Co z
tego, ze znamy genom czlowieka, skoro nie wiemy jak to sie dzieje, ze prawie
taki sam genom daje w efekcie mysz lub malpe.

Jak to zwykle bywa rozwiklanie jednej zagadki otworzylo kilka nowych. Rzecz
jasna w oficjalnych deklaracjach swiata nauki nikt nie przyzna sie w tak
otwarty sposob do niewiedzy - mogloby to postawic pod znakiem zapytania dalsze
finansowanie kosztownych badan. Dtad potrzeba podbijania bebenka, mgliste
obietnice "przyszlych odkryc", "wspanialych perspektyw", etc.

To tak jak ze sztuczna inteligencja - o jej "wspanialych perspektywach" mowi
sie przynajmniej od 30 lat. I poki co na obietnicach i "perspektywach" sie
konczy. Obawiam sie, ze genomania plynie w tym samym nurcie.

[anomalocaris]

> Jak to zwykle bywa rozwiklanie jednej zagadki otworzylo kilka nowych...

No cóż, ja bym to właśnie nazwał całkiem niezłą perspektywą... Tym
niemniej „przyziemnych” korzyści (a także nielichych problemów) z genomiki
możemy spodziewać się w dość bliskim czasie, więc trudno uznać ją nawet w
obecnej formie za niepłodną. A że wbrew niektórym enuncjacjom nie rozwiązała i
nie rozwiąże wszystkich zagadek nieba i ziemi? To nie pierwszy taki przypadek
w historii :)...

Pozdrawiam

[jorland]

Nadzieje, swietlane perspektywy, etc. Wsztstko pieknie ale - pozyjemy,
zobaczymy. Ciekaw tylko jestem jak dlugo jeszcze Centralny Dogmat pozostanie
bezdyskusyjnie akceptowany. A jesli pozostanie bezdyskusyjnie akceptowany to
jakich trzeba bedzie dokonywac karkolomnych interpretacji by uzgodnic go z
nowymi danymi.

Pozdrówka

Pomyliłeś geny z alllelami

[Gość: doku]

Geny są jak półki w bibliotece, a allele są jak książki stojące na półkach. My
mamy takie same półki jak myszy w 99%, ale mniej niż 90% tych samych książek. Z
szympansami mamy 99,9% wspólnych półek i ponad 95% tych samych książek.

[Gość: anomalocaris]

Zdaje mi się, że niestety jest to w tym kontekście zbyt uproszczone
porównanie, choć zwrócenie na to uwagi jest do rzeczy. Przy okazji, kto to
jest „my"? Obawiam się, że w porównaniu z szanownymi polemizantami mogę mieć
całkiem sporo różniących się alleli (cóż, jako zielonooka blondynka...).

Skoro tak się czujesz ...

[Gość: doku]

Gość portalu: anomalocaris napisał(a):

> Obawiam się, że w porównaniu z szanownymi polemizantami mogę mieć
> całkiem sporo różniących się alleli (cóż, jako zielonooka blondynka...).

... to pewnie masz. Podane przeze mnie procenty dotyczą średniej. W
indywidualnych przypadkach róznice mogą być większe.