Prawdziwa definicja nieredukowalnej złożoności

[noveyy777]

Nieredukowalnie złożonym jest dany układ stanowiący NIEREDUKOWALNY RDZEŃ. Jest to układ nie posiadający elementów nadmiarowych ( redundantnych ), to znaczy takich, które można by usunąć bez szkody dla prawidłowego funkcjonowania tego układu. Na przykład: samochód napędzany benzyną bez dwóch, czy trzech świec z czterech potrzebnych będzie jakoś funkcjonował. Natomiast silnik benzynowy pozbawiony wszystkich czterech świec nie odpali. Dodatkowa sprężynka może wzmocnić siłę nacisku łapki na myszy. Jednak łapka na myszy pozbawiona jakiejkolwiek sprężynki nie będzie pełniła swojej funkcji łapania myszy. Tak określony układ nieredukowalnie złożony przestaje funkcjonować po usunięciu JAKIEGOKOLWIEK ELEMENTU z układu elementów, jaki stanowi jego anatomię.

Nieredukowalną złożoność obrazuje np. rząd dziesięciu kostek do domina. Kiedy popchniemy pierwszą kostkę, to przewracając się siłą swojego upadku przewróci ona kolejną kostkę. Druga kostka na tych samych zasadach przewróci trzecią kostkę, trzecia czwartą, czwarta piątą i tak aż do dziesiątej kostki. Więc wystarczy popchnąć pierwszą kostkę, aby upadła dziesiąta.





Więc, żeby to kaskadowe przewracanie się kostek domina doszło do skutku i żeby w efekcie mogło przewrócić się wszystkich dziesięć kostek, to w rzędzie musi być ustawionych WSZYSTKICH DZIESIĘĆ KOSTEK DOMINA.

Usunięcie jakiejkolwiek kostki w tym KONKRETNYM UKŁADZIE NIEREDUKOWALNIE ZŁOŻONYM, JAKIM JEST TE DZIESIĘĆ KOSTEK DOMINA, KTÓRYCH WYMAGANA FUNKCJA POLEGA NA KONIECZNOŚCI KASKADOWEGO WYWRÓCENIA SIĘ *WSZYSTKICH DZIESIĘCIU* KOSTEK, spowoduje, że nie przewróci się wymagana ilość kostek. Nie wolno usuwać po jednej kostce z przodu i popychać następną kostkę.

Zawsze musi być w układzie dziesięć kostek! Inaczej układ nie wypełni swojej funkcji! Załóżmy, że w przypadku usunięcia pierwszej kostki będzie niemożliwe sięgnięcie i popchnięcie każdej kolejnej kostki przez specjalny siłownik. A upadek ostatniej kostki wciska guzik zapalający czerwoną żarówkę.

Definicję nieredukowalnej złożoności należy rozpatrywać odrębnie na wielu przykładach obiektów, które są nieredukowalnie złożone, ponieważ ich anatomia i funkcja zasadniczo się różnią.

W swoim artykule ‘Warsztaty Karola Darwina’ opisałem przykłady takich obiektów. Są nimi syntaza ATP, oraz maszynka do mielenia mięsa. Oba obiekty są nieredukowalnie złożone POD WZGLĘDEM FUNKCJI (syntezy ATP i mielenia mięsa).

bioslawek.wordpress.com/2012/02/08/warsztaty-karola-darwina/

[jack79]

samochód jest nieredukowalnie złożony
by go wytworzyć trzeba mieć stal
by miec stal trzeba wydobyć rudę i wytopić
to się robi w hutach
ale skąd wziąc hutę?
trzeba wydobyć i wytopić stal by zbudowac hutę
ale przeciez jeszcze nie mamy tej stali by zbudowac hutę bo nie mamy huty

[kornel-1]

Śruba do przykręcania rączki w maszynce do mięsa nie jest niezbędna do prawidłowego funkcjonowania (mielenia mięsa) - to kiepski przykład "nieredukowalnej złożoności".

Kornel Praktyk

[noveyy777]

jestkornel-1 napisał:

> Śruba do przykręcania rączki w maszynce do mięsa nie jest niezbędna do prawidło
> wego funkcjonowania (mielenia mięsa) - to kiepski przykład "nieredukowalnej zło
> żoności".

Masz rację, ale to jest element nadmiarowy, jak te dodatkowe świece w samochodzie.




Pięściak, czy nóż nie mogą stopniowo ewoluować w gilotynę (ani jeden typ gilotyny w drugi). Owszem dałoby się przerobić nóż na ostrze gilotyny, ale to przerabianie wymaga licznych STOPNIOWYCH modyfikacji (jak i przerabianie maszynki do mielenia mięsa na maszynkę do wyciskania mięsa i vice versa). To przerabianie wymaga też dodawania innych elementów, aby dany typ gilotyny mógł w sposób właściwy pełnić swoją rolę – pod względem wykonywanej funkcji. A więc do przeprowadzenia takich modyfikacji zawsze konieczne jest inteligentne projektowanie i inteligentny wykonawca takiego projektu. Możliwość używania poszczególnych elementów jakiegoś złożonego urządzenia do pełnienia innych funkcji, nie wyjaśnia w jaski sposób owe elementy na przestrzeni dłuższego czasu STOPNIOWO JEDEN PO DRUGIM pozbierały się do kupy, w dodatku dopasowały tworząc owe nieredukowalnie złożone pod względem funkcji urządzenia, jakim jest maszynka do mielenia mięsa,czy syntaza ATP.
RAZ JESZCZE POWTÓRZĘ: podczas takiego modyfikowania nieredukowalnie złożone urządzenie musi na każdym z etapów swojego powstawania zachowywać swoje funkcje ku coraz wydajniejszemu mieleniu mięsa, czy wyciskaniu mięsa (czy syntezie ATP). Więc ewolucja musiałaby dokonać takiej modyfikacji za jednym zamachem, w jednym skoku, a przecież nawet poważni ewolucjoniści nie biorą takiej możliwości pod uwagę.

[stefan4]

noveyy777:
> Nieredukowalnie złożonym jest dany układ stanowiący NIEREDUKOWALNY
> RDZEŃ. Jest to układ nie posiadający elementów nadmiarowych (
> redundantnych ), to znaczy takich, które można by usunąć bez szkody dla
> prawidłowego funkcjonowania tego układu.

Nowatorski jest pomysł, żeby definicje dzielić na ,,prawdziwe'' i ,,nieprawdziwe''. Pan X mówi: ,,przez romb będę rozumiał czworokąt o bokach równej długości'': a na to pan Y mówi: ,,ta definicja rombu jest nieprawdziwa''. Ciekawe, czy się dogadają.


Ale zostawmy na boku ,,prawdziwość'' definicji. Twoja ,,prawdziwa definicja'' jest, jaka jest, przyjmijmy ją z dobrodziejstwem inwentarza i tylko przebadajmy ten inwentarz. Otóż ona nie opisuje układu, opisuje związek układu z czymś, co arbitralnie przyjmujesz za cel jego istnienia.

Np. Twoja maszynka do mielenia maku jest być może ,,nieredukowalnie złożona'' dla celu mielenia maku (ew. z zastrzeżeniem Kornela), ale jest ,,redukowalnie złożona'' dla celu walnięcia współmałżonka po łbie

Nieredukowalna złożoność pod względem funkcji

[noveyy777]

stefan4 napisał:

> noveyy777:
> > Nieredukowalnie złożonym jest dany układ stanowiący NIEREDUKOWALNY
> > RDZEŃ. Jest to układ nie posiadający elementów nadmiarowych (
> > redundantnych ), to znaczy takich, które można by usunąć bez szkody dla
> > prawidłowego funkcjonowania tego układu.
>
> Nowatorski jest pomysł, żeby definicje dzielić na ,,prawdziwe'' i ,,nieprawdziw
> e''. Pan X mówi: ,,przez romb będę rozumiał czworokąt o bokach równej długości
> '': a na to pan Y mówi: ,,ta definicja rombu jest nieprawdziwa''. Ciekawe, czy
> się dogadają.
>
>
> Ale zostawmy na boku ,,prawdziwość'' definicji. Twoja ,,prawdziwa definicja''
> jest, jaka jest, przyjmijmy ją z dobrodziejstwem inwentarza i tylko przebadajmy
> ten inwentarz. Otóż ona nie opisuje układu, opisuje związek ukł
> adu z czymś, co arbitralnie przyjmujesz za cel jego istnienia.
>
> Np. Twoja maszynka do mielenia maku jest być może ,,nieredukowalnie złożona'' d
> la celu mielenia maku (ew. z zastrzeżeniem Kornela), ale jest ,,redukowalnie zł
> ożona'' dla celu walnięcia współmałżonka po łbie

Niektórzy podjęli wyzwanie na poważnie

[noveyy777]

Właśnie dyskusja jest osiągnłeła finał. Mój adwersarz zaproponował model, w którym można użyć wyższych kostek domina i w takim układzie niektóre usunąć, nawet trzy na raz. Oto jego model:



Ja redukowałem ten uład na jego zasadach, podwyższając rozmiar kostek, coraz bardziej:



Aż zredukowałem ten układ to granic możliwości, to znaczy do siłownika popychającego pierwszą kostkę, jednej wysokiej kostki domina oraz przycisku zapalającego żarówkę. Dalej się już zredukować tego układu nie da. Usunięte elementy okazały się w przypadku jego rozwiązania nadmiarowe, jak te świece w samochodzie. A więc Maynardzie pochwaliłeś dzień przed zachodem słońca:)

[asteroida2]

Analogicznie każde zwierzę można zredukować do jednokomórkowca, kolejno usuwając "zbędne elementy", ale zachowując przy tym "funkcję" tego zwierzęcia: powielanie się.

Czyli udało ci się sprowadzić własne rozumowanie do absurdu, co rzeczywiście jest niezłym finałem dyskusji.

[noveyy777]

asteroida2 napisał:

> Analogicznie każde zwierzę można zredukować do jednokomórkowca, kolejno usuwają
> c "zbędne elementy", ale zachowując przy tym "funkcję" tego zwierzęcia: powiela
> nie się.

Daruj sobie te złośliwości, ponieważ nawet jak piszesz jako astroida, to dalej jesteś Moderatorem. Zwierze, to nie jest uklad nieredukowalnie złozony.

Poprawiłem model, wiec jeszcze raz przeanalizuj, a może dojdzisz do wniosku na jaki temat jest dyskusja:

Jeden z moich dyskutantów na pl.sci.biologia podjął wyzwanie. I chociaż należy
docenić jego wysiłki, spełzły one na niczym.
Mój adwersarz zaproponował model, w którym można użyć wyższych kostek domina i w takim układzie niektóre usunąć, nawet trzy na raz. Oto jego model:



Ja redukowałem ten uład na jego zasadach, podwyższając rozmiar kostek, coraz bardziej:



Aż zredukowałem ten układ to granic możliwości, to znaczy do siłownika popychającego pierwszą kostkę, jednej wysokiej kostki domina oraz przycisku zapalającego żarówkę. Dalej się już zredukować tego układu nie da. Usunięte elementy okazały się w przypadku jego rozwiązania nadmiarowe, jak te świece w samochodzie.



Inny uczestnik naszych dyskusji zaproponował zmodyfikowanie siłownika, tak aby bezpośrednio gasił żarówkę. Funkcja tego siłownika polega jednak na popychaniu pierwszej kostki do przodu, natomiast przycisk należy przyciskać z góry. Chociaż tej ostatniej ipcji nie musiałem brać pod uwagę, ponieważ na każdym z etapów, po każdej jednej modyfikacji, np. usunięciu ostaniej kostki, układ musi dalej gasić żarówkę inaczej będzie efekt letalny. Teraz, kiedy usuniemy ostatnią kostkę, to zanim siłownik się wydłuży, co jest kolejnym etapem, i zacznie jakoś się dostosowywać do funkcji gaszenia światła, a to są kolejne etapy, światło nie będzie gaszone,a więc nasza ewolucja utknie w marwym punkcie. Dobór naturalny dziła ta tym, co jest mu dostępne od razu. Dobór naturalny nie ma charakteru proroczego i nie preferuje układów niekompletnych.

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Daruj sobie te złośliwości, ponieważ nawet jak piszesz jako astroida, to dalej
> jesteś Moderatorem. Zwierze, to nie jest uklad nieredukowalnie złozony.

Ach, czyli zwierzę mogło się rozwinąć w drodze ewolucji, natomiast Inteligentnie zaProjektowane urządzenie w stylu Heatha Robinsona do zapalania czerwonej żaróweczki za pomocą kostek domina

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> Ach, czyli zwierzę mogło się rozwinąć w drodze ewolucji, natomiast Inteligentni
> e zaProjektowane urządzenie w stylu Heatha Robinsona do zapalania czerwonej żar
> óweczki za pomocą kostek domina

Poprawka bez błędu

[noveyy777]

A teraz zademonstruję wizualnie przez jakie etapy musiałaby przejść ewolucja tego układu, aby siłownik z wysięgnikiem bezpośrednio gasili żarówkę przyciskając przycisk. Najistotniejsze jest to, że podczas wszystkich tych etapów układ nie zachowuje funkcji gaszenia światła, jest niekompletny, a selekcja naturalna nie preferuje układów niekompletnych. Selekcja naturalna preferuje taką ewolucję, w której na każdym z etapów jest zachowana funkcja gaszenia żarówki. W przeciwnym razie selekcja naturalna wyeliminuje taki niekompletny układ i utknie w martwym punkcie, ponieważ nie będzie on dawał przewagi selekcyjnej.
Etap pierwszy selekcja usuwa ostatnią kostkę domina, system stajesię niekompletny, a więc i bezużyteczny.




Etap drugi, wysięgnik się wydłuża. I na tym etapie system jest niekompletny, a więc bezużyteczny, ponieważ w takim układzie kompleks w dalszym ciągu nie gasi światła.




Kolejny etap, to zagięcie wydłużonego wysięgnika, tak, aby kiedy wysięgnik będzie przesuwał się do przodu mógł przyciskać zaokrąglony przycisk. I w tym przypadku mamy do czynienia z układem, który nie gasi światła, a więc jest bezużyteczny, ponieważ po zagięciu ramienia wysięgnika zabraknie go z tyłu. Tak iż w dalszym ciągu nie zgasi żarówki. Po prostu będzie za krótki.




Kolejnym etapem jest wydłużenie się wysięgnika do tyłu (obszar zaznaczony kolorem niebieskim) i dopiero po tym etapie nasz zmodyfikowany układ, na podstawie usunięcia wszystkich kostek, wydłużenia, zagięcia i ponownego wydłużenia wysięgnika, może przyciskać przycisk i gasić żarówkę. Teraz dopiero wysięgnik dosięgnie przycisku i zgasi żarówkę, a więc układ jest kompletny.

Nasza ewolucja musiałaby przejść przez cztery kolejne etapy i dopiero na czwartym etapie osiągnąć zamierzony cel. Trzy z tych etapów, to etapy bezużyteczne. Etapy, które nie powinny mieć miejsca, gdyż system ma na każdym z etapów zachowywać swoją funkcję pod kątem przyciskania przycisku i gaszenia światła. A więc po usunięciu ostatniej kostki, według tego scenariusza, w dalszym ciągu mamy do czynienia z układem nieredukowalnie złożonym. Ostatni układ złożony z siłownika, w obie strony wydłużonego wysięgnika i zagiętego oraz przycisku, stanowi w tym przypadku NIEREDUKOWALNY RDZEŃ.



Rozpatrując taką ewolucję łatwo zauważamy, że do jej przeprowadzenia, modyfikacji, które rozważałem, niezbędny byłby INTELIGETNY CZYNNIK.

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Nasza ewolucja musiałaby przejść przez cztery kolejne etapy i dopiero na czwart
> ym etapie osiągnąć zamierzony cel. Trzy z tych etapów, to etapy bezużyteczne. E
> tapy, które nie powinny mieć miejsca, gdyż system ma na każdym z etapów zachowy
> wać swoją funkcję pod kątem przyciskania przycisku i gaszenia światła.

I tu jest jeden z głównych błędów koncepcji IP i przyczyna, dla której nie obalasz STE, tylko jej "ustawioną do bicia" parodię, wobec czego twoje zabawy klockami przestają być sensowną analogią. Nikt przy zdrowych zmysłach nie twierdzi, że *funkcja* jest ewolucyjnie stabilna i musi być zachowana. Przeciwnie: nabycie, modyfikacja, zmiana i utrata funkcji są nie tylko możliwe, ale wszechobecne w ewolucji.

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> I tu jest jeden z głównych błędów koncepcji IP i przyczyna, dla której nie obal
> asz STE, tylko jej "ustawioną do bicia" parodię, wobec czego twoje zabawy kloc
> kami przestają być sensowną analogią. Nikt przy zdrowych zmysłach nie twierdzi,
> że *funkcja* jest ewolucyjnie stabilna i musi być zachowana. Przeciwnie: nabyc
> ie, modyfikacja, zmiana i utrata funkcji są nie tylko możliwe, ale wszechobecne
> w ewolucji.

Jako językoznawca nie masz problemu z ładnymi sformułowaniania, ale co z tego, jak to wszystko jałowe poznawczo. Ale dam ci szansę: opisz to na jakimś przykladzie. Poza tym to nie żadna analogia, poniewaqż napisałem,że każdy przykład nalezy rozpatrywać oddzielnie, więc mieszasz pojęcia. Chcesz pogadać o przykladzie biologicznym, to nacieraj:)

bioslawek.wordpress.com/2012/02/09/nieredukowalne-instynkty/
bioslawek.wordpress.com/2012/02/08/warsztaty-karola-darwina/

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Jako językoznawca nie masz problemu z ładnymi sformułowaniania, ale co z tego,
> jak to wszystko jałowe poznawczo. Ale dam ci szansę:

Daruj sobie. Nie potrzebuję żadnego "dawania szansy".

> opisz to na jakimś przykla
> dzie. Poza tym to nie żadna analogia, poniewaqż napisałem,że każdy przykład nal
> ezy rozpatrywać oddzielnie, więc mieszasz pojęcia. Chcesz pogadać o przykladzie
> biologicznym, to nacieraj:)

Weź jakikolwiek narząd, organellum, część ciała, gen, białko

zła analogia do NZ ta twoja "homologia"

[noveyy777]

petrucchio napisał:


> To, co dziś jest twoją ręką, było kiedyś płetwą piersiową, u konia jest przedni
> ą nogą, u ptaka albo nietoperza stało się skrzydłem, u węża zanikło zupełnie, u
> waleni znów wtórnie stało się płetwą. Ręka ludzka zmieniła swoją podstawową f
> unkcję

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Jesteś przypadek niereformowalny Petrucchio, a tyle razy ci się tłumaczyło,że s
> krzydło nie jest nieredukowalnie złozone. Te argumentowanie na zasadzie zacięte
> j płyty jest u was chorobliwe? Przecież dzieisatki razy ci wyjasnialem, co to n
> ielogiczny argument ze zlej analogii.

Chciałeś przykładów, że układy biologiczne zmieniają lub tracą dawne funkcje lub zyskują nowe. Dałem ci je. W funkcjach nie ma nic świętego, ewoluują tak samo jak struktury. Pół silnika nie może działać jako silnik, tak jak pół skrzydła nie może działać jako skrzydło. Mogą za to działać jako coś innego i świetnie spisywać się w tej roli. Prymitywne silniki elektryczne wyglądały np. tak:
en.wikipedia.org/wiki/File:Jedlik_motor.jpg
I działały, choć składały się właściwie tylko z dwóch cewek odpowiednio ułożonych względem siebie, i prościutkiego komutatora. Każda z cewek *z osobna* mogła służyć do czegoś innego, np. wytwarzania lub detekcji pola magnetycznego. I właściwie to samo robią te cewki jako elementy silnika. Wytwarzają pole magnetyczne i jednocześnie reagują na nie, czego wynikiem jest moment obrotowy poruszający jedną z cewek. Dzięki temu *cały* silnik działa jako źródło energii mechanicznej, czego żadna z cewek nie robi bez zewnętrznego wspomagania (drugiej cewki lub magnesu stałego). Komutator też może pełnić inne funkcje i historycznie wywodzi się od prostych obrotowych przełączników, używanych przez wynalezieniem silników. Dzisiejsze silniki powstały z tych dawnych wskutek kumulacji drobnych, stopniowych usprawnień.

Czy połączenie dwóch z tych trzech elementów, np samego komutatora i wirnika, ma jakiś sens? Owszem, np. jako rodzaj receptora

[majka_monacka]

petrucchio napisał:

> noveyy777 napisał:
>
> > Jesteś przypadek niereformowalny Petrucchio, a tyle razy ci się tłumaczyło,że s
> > skrzydło nie jest nieredukowalnie złożone. Te argumentowanie na zasadzie zaciętej
> > płyty jest u was chorobliwe? Przecież dziesiątki razy ci wyjaśniałem, co to
> > nielogiczny argument ze zlej analogii.
>
Ja się zgadzam ze Sławkiem. Petrucchio, Jesteś niereformowalny, bo przedkładając wciąż nowe złe analogie próbujesz dowieść czegoś, czego nauka jeszcze nie dowiodła a jest tylko kwestią wyboru etycznego.

Jeśli Sławek, będąc wybitnym biologiem i znając doskonale książeczkę "Wspinaczka na szczyt nieprawdopodobieństwa" nie przekonał się do mechanizmu ewolucji, to nie ma takiej siły, żeby Go o tym przekonać.
Tym bardziej, że Teoria Ewolucji nie jest w stanie objaśnić całej złożoności tego procesu. To po prostu olśniewająca idea. Wiemy, że musi ona działać. Znamy genetyczne mechanizmy tego działania. Znamy liczne przykłady skuteczności tego mechanizmu. Ale nigdy, nigdy, przenigdy (to cytat z któregoś z amerykańskich prezydentów, chyba Lincolna, a dotyczył poddawania się), nie objaśni ona wszystkich złożoności "nieredukowalnych" a nawet redukowalnych. Brak będzie form przejściowych, stadiów początkowych, fragmentów genów itd.

Mając do wyboru teorię, która tylko częściowo tłumaczy różnorodność życia (teoria ewolucji) i teorię, która wszystko tłumaczy (teorię inteligentnego projektu), część ludzi zawsze wybierać będzie tę, która tłumaczy więcej.

Oczywiście, krytyczny umysł zacznie drążyć:
1. Jaka była materialna reprezentacja tego inteligentnego projektu, podczas, kiedy ze względu na złożoność kosmosu, trudno było przewidzieć wszelkie konsekwencje zmiennych kosmosu, tak aby osiągnąć stan obecny?
2. Czym była inteligencja, która dokonała aktu projektowania, kim jest ewentualnie genialny projektant?
3. Czy projektant ingeruje w swój projekt, a jeżeli tak, to w jaki sposób. Czy łamie prawa fizyki, czy też je delikatnie modyfikuje?
4. Skąd się wziął projektant i kto go zaprojektował.
itp. itd.

Ale, czymże są te drobne wątpliwości, wobec Twojej złej analogii podania niepełnej homologii kończyn ssaków? Petrucchio, wzywam Cię, opanuj się.

[petrucchio]

majka_monacka napisała:

> Ja się zgadzam ze Sławkiem. Petrucchio, Jesteś niereformowalny, bo przed
> kładając wciąż nowe złe analogie próbujesz dowieść czegoś, czego nauka jeszcze
> nie dowiodła a jest tylko kwestią wyboru etycznego.

Oczywiście, że jestem niereformowalny. Przeczytałem ostatnio coś, co dało mi do myślenia

[majka_monacka]

petrucchio napisał:

> majka_monacka napisała:
>
> > Ja się zgadzam ze Sławkiem. Petrucchio, Jesteś niereformowalny, bo przed
> > kładając wciąż nowe złe analogie próbujesz dowieść czegoś, czego nauka jeszcze
> > nie dowiodła a jest tylko kwestią wyboru etycznego.
>
> Oczywiście, że jestem niereformowalny. Przeczytałem ostatnio coś, co dało mi do
> myślenia

[petrucchio]

majka_monacka napisała:

> Ale Twoje przemyślenia są nieadekwatne. Ja nie uważam Sławka za trolla. Troll w
> pycha kij w szprychy dyskusji. Sławek jest owładnięty wielką ideą, do której ch
> ce przekonać resztę świata. Nie może pojąć dlaczego reszta nie podąża za jego t
> ropem myślenia. Sądzi, że czegoś nie dostrzegamy, i jak nam to wskaże, to podąż
> ymy jego śladem.

Nie powiedziałem, że jest trollem. Gdyby nie przemożna potrzeba odgrywania roli agitatora i kaznodziei, byłby pewnie wartościowym dyskutantem. Natomiast często przejawia zachowania trollopodobne: obsesyjna monotematyczność, zaczepność, język propagandowy, wrzucanie tu prowokacyjnych postów na przynętę, w celu ściągnięcia uwagi na siebie i swoją agendę.

> Jego święty zapał zasługuje na szacunek, tym bardziej, że wskazuje na wiele zja
> wisk zmuszających do zastanowienia. Bez jego inwencji to forum byłoby uboższe.

Jeżeli "święty zapał" oznacza zacietrzewienie ideologiczne lub religijne, to jedynym uczuciem, jakie we mnie wzbudza jest irytacja. Szanuję otwartość myślenia, nie kurczowy upór.

> To nie wstrzyma mnie przed polemiką, zgodnie z sugestiami artykułu i Twoja prak
> tyką.
> Nie taki cel mi przyświecał krytykując Twoją "niereformowalność".
> Tezy Sławka nie są nowe. Trzeba wskazywać na źródła, w których były one już dys
> kutowane i skutecznie obalone. Trzeba rozszerzać problematykę zarówno o fundame
> nty, jak i wątki ogólnofilozoficzne.
> Można sprowadzać je do absurdu. Mnie zdarzyły się i drobne złośliwości, za co w
> tym miejscu Sławka przepraszam (ale nie były one ad personam).

Główny problem to uporczywa powtarzalność Sławka i absolutna odporność na argumentację nie pochodzącą od "swoich". Rozmawiamy od kilku lat i kręcimy się wokół tych samych problemów. Jest to nużące i może zniechęcić do dyskusji.

Proszę Moderacji,a Majka gada o Projektancie!

[noveyy777]

majka_monacka napisała:

> Oczywiście, krytyczny umysł zacznie drążyć:
> 1. Jaka była materialna reprezentacja tego inteligentnego projektu, podczas, ki
> edy ze względu na złożoność kosmosu, trudno było przewidzieć wszelkie konsekwen
> cje zmiennych kosmosu, tak aby osiągnąć stan obecny?
> 2. Czym była inteligencja, która dokonała aktu projektowania, kim jest ewentual
> nie genialny projektant?
> 3. Czy projektant ingeruje w swój projekt, a jeżeli tak, to w jaki sposób. Czy
> łamie prawa fizyki, czy też je delikatnie modyfikuje?
> 4. Skąd się wziął projektant i kto go zaprojektował.
> itp. itd.
>
Dyskutujemy o syntazie ATP nie o Projektancie.

Dowody

[noveyy777]

majka_monacka napisała:

> Jeśli Sławek, będąc wybitnym biologiem i znając doskonale książeczkę "Wspinaczk
> a na szczyt nieprawdopodobieństwa" nie przekonał się do mechanizmu ewolucji, to
> nie ma takiej siły, żeby Go o tym przekonać.

Gratuluje zródeł:)

> Tym bardziej, że Teoria Ewolucji nie jest w stanie objaśnić całej złożoności te
> go procesu. To po prostu olśniewająca idea. Wiemy, że musi ona działać. Znamy g
> enetyczne mechanizmy tego działania. Znamy liczne przykłady skuteczności tego m
> echanizmu.

Czy mogłabyś wymienić te przykłady "skuteczności procesu ewolucji" ? Skoro są liczne nie sprawi ci chyba problemu wymienienie kilku?

Petrucchio jutro mi napisze jak powstał rotor i sttor w syntazie ATP i następnie mi wyjaśni do czego służył bez wały i podjednostki F1. A ty mi opisz te dowody. Majka, NIE: Majeczko. N, jak mi te dowody opiesz, to będę ci bardzo wdzięczny.

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Petrucchio jutro mi napisze jak powstał rotor i sttor w syntazie ATP i następni
> e mi wyjaśni do czego służył bez wały i podjednostki F1. A ty mi opisz te dowod
> y. Majka, NIE: Majeczko. N, jak mi te dowody opiesz, to będę ci bardzo wdzięczn
> y.

Nic ci nie napiszę ani jutro, ani pojutrze, bo (podobnie jak ty i Majka) nie jestem zawodowym biochemikiem; zresztą zawodowcy też mogą tylko spekulować na ten temat. Powód jest prosty: syntaza ATP istniała już u wspólnego przodka wszystkich dzisiejszych organizmów, więc nie mamy bezpośrednich danych na temat jej ewolucyjnych prekursorów. O tym, z czym są homologiczne "podzespoły" ATP-azy i co z tego można wywnioskować odnośnie ich pochodzenia oraz pierwotnych funkcji, pisali ci już na Usenecie ludzie lepiej zorientowani ode mnie (i od ciebie); wszystko jednak, jak widać, spłynęło po tobie jak woda po kaczce. Jedno jest pewne: fakt, że ja cię nie mogę oświecić w kwestii pochodzenia ATP-azy świadczy tylko o moich ograniczonych kompetencjach, nie o nieredukowalnej złożoności ATP-azy. Analogia z silniczkami "made by man" powinna ci dać do myślenia. Jeśli nie

Autopoprawka

[petrucchio]

petrucchio napisał:

> O tym, z czym są homologiczne "podzespoły" ATP-azy

Dla ścisłości: tu i dalej mam na myśli *syntazę ATP*, nie ATP-azę. Przepraszam za pomyłkę.

Dorsze pomysłki tu robisz

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> Dla ścisłości: tu i dalej mam na myśli *syntazę ATP*, nie ATP-azę. Przepraszam
> za pomyłkę.

Tą nieścisłość da się jeszcze przeboleć, ponieważ gorsze babole walisz w jej dyskusji. Zęby zaraz po moim tekście na temat hipotez odnośnie ewolucji wirnika napisać,że powstał on z helikazy (uważa się,że ż helikazy mohła powstać domena F1), to trzeba mieć zamieszanie na ten temat w głowie:)

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> Nic ci nie napiszę ani jutro, ani pojutrze, bo (podobnie jak ty i Majka) nie je
> stem zawodowym biochemikiem; zresztą zawodowcy też mogą tylko spekulować na ten
> temat. Powód jest prosty: syntaza ATP istniała już u wspólnego przodka wszystk
> ich dzisiejszych organizmów, więc nie mamy bezpośrednich danych na temat jej ew
> olucyjnych prekursorów.

Posługujesz się argumentem z niewiedzy?

> O tym, z czym są homologiczne "podzespoły" ATP-azy i co
> z tego można wywnioskować odnośnie ich pochodzenia oraz pierwotnych funkcji, p
> isali ci już na Usenecie ludzie lepiej zorientowani ode mnie (i od ciebie).

1) Prawda jest taka, że marecki jest lepiej zorientowany od ciebie, ponieważ przynajmniej nie walną takiego babola, jak ty w poprzednim swoim poście w tym wątku, że to niby wirnik syntazy ATP powstał z helikazy. Taka gafa pokazuje, że absolutnie nie świecisz w tym temacie, a twoje uczestnictwo w tym wątku jest wątpliwej wartości. Moim zdaniem powinienieś śledzić przebieg tej dyskusji i po prostu się uczyć. A już szczytem zuchwałości z twojej strony jest zarzucanie mi niewiedz

2) Jestem lepiej zorientowany od mareckiego, ponieważ cały mój artykuł, to dyskusja z jego tezami:

bioslawek.wordpress.com/2012/02/08/warsztaty-karola-darwina/
W tej to dyskusji marecki z usenetu już na starcie oświadczył

"Przyznam się, że z syntetazą ATP ostatni raz doczynienia miałem na studiach przy okazji jakiegośegzaminu. To jest tylko zarys tematu… Wystarczy trochę na ten temat poczytać i od razu widać jak infantylne jest postrzeganie tej struktury przez KK. Syntaza ATP ma niewiele wspólnego z silnikiem."

Zgadza się Piotrze, nie jesteś w stanie mnie oświecić, lecz możesz jeszcze bardziej pokazywać swoją bezsilność i niewiedzę.

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> petrucchio napisał:
>
> > Nic ci nie napiszę ani jutro, ani pojutrze, bo (podobnie jak ty i Majka)
> nie je
> > stem zawodowym biochemikiem; zresztą zawodowcy też mogą tylko spekulować
> na ten
> > temat. Powód jest prosty: syntaza ATP istniała już u wspólnego przodka w
> szystk
> > ich dzisiejszych organizmów, więc nie mamy bezpośrednich danych na temat
> jej ew
> > olucyjnych prekursorów.
>
> Posługujesz się argumentem z niewiedzy?

Nie ja. Argument z niewiedzy wyglądałby tak: "Teoria ewolucji nie jest w stanie czegoś wyjaśnić" => "Teoria ewolucji jest fałszywa". Żadna teoria naukowa nie jest w stanie wyjaśnić *wszystkiego* z przyczyn, które nie mają wiele wspólnego z jej ogólną oceną.

> 1) Prawda jest taka, że marecki jest lepiej zorientowany od ciebie, ponieważ pr
> zynajmniej nie walną takiego babola, jak ty w poprzednim swoim poście w tym wąt
> ku, że to niby wirnik syntazy ATP powstał z helikazy. Taka gafa pokazuje, że ab
> solutnie nie świecisz w tym temacie, a twoje uczestnictwo w tym wątku jest wątp
> liwej wartości. Moim zdaniem powinienieś śledzić przebieg tej dyskusji i po pro
> stu się uczyć. A już szczytem zuchwałości z twojej strony jest zarzucanie mi ni
> ewiedzy

Trudno, rozmawiaj ze specjalistami, jeśli któryś jeszcze ma na to ochotę (w co szczerze wątpię), a ja będę sobie śledził dyskusję. Jako amator w tej dziedzinie nie muszę się wstydzić gaf. Napomknę tylko, że cała analogia z silniczkiem jest niedokładna i częściowo myląca. Równie dobrze mógłbym ci zarzucić, że mówisz o "wirniku" w liczbie pojedynczej, podczas kiedy syntaza składa się w zasadzie z dwóch sprzężonych "silniczków" różnego pochodzenia, każdy z własnym wirnikiem. Należałoby najpierw pomówić o pierwotnych funkcjach F0 i F1, a dopiero potem rozbierać je na części składowe. Z czym jest homologiczna jednostka gamma w F1, nie wiem oczywiście na zawołanie

Stator-rotor

[noveyy777]

Petrucchio więc proszę,zacznijmy od rotora. Jak powstal i doczego służył bez reszty silnika:

bioslawek.files.wordpress.com/2012/02/99999999999.png?w=294&h=239
STATOR I ROTOR.




Szukaając dobrego kandydata na ewolucyjnego prekursora statora neodarwiniści wpadli na pomysł iż musiał nim być jakiś receptor, który początkowo umożliwiał spontaniczne przenikanie protonów do komórki. Następnie ich zdaniem zaczął on współpracować z rotorem. Szczegółów jednak nikt nie podaje, zdaniem głosicieli tej opowieści reszty w jakiś sposób dokonał dobór naturalny..

NA ILUSTRACJI WIDAĆ DZIAŁANIE ROTORA, PODJEDNOSTKI F_o POMPY DO PRODUKCJI ATP.

PRECYZYJNE DOPASOWANIA STATORA I ROTORA ORAZ ICH ROZWIĄZANIA TECHNICZNE, KTÓRE UMOŻLIWIAJĄ IM PRAWIDŁOWE DZIAŁANIE ,ŚWIADCZĄ O DUŻEJ WIEDZY INŻYNIERYJNEJ AUTORA TEGO MOLEKULARNEGO URZĄDZENIA.

Kanał , którym protony docierają do statora oraz kanał którym protony są odprowadzane na drugą stronę błony należą do tzw. kanałów sztywnych. Cały układ stator-rotor możnasobie wyobrazić jako zmodyfikowaną maszynę losującą w toto-lotka.

Kanały, którymi wchodzą protony i następnie wychodzą po obrocie rotora na drugą stronę błony oraz kieszenie na białkach (c 10) tworzących rotor, które umożliwiają wiązanie protonów, musiały być od początku dopasowane (jak doskonale widać na załączonej ilustracji).

Przeważnie każdy polipeptyd toleruje w pewnych miejscach zmiany będące wynikiem mutacji w genach, które kodują ten polipeptyd. W przypadku białek c, które tworzą rotor jest tak samo. Pewne mutacje w genach kodujących te białka są neutralne.

Jednak mutacje w genach kodujących domeny umożliwiające wiązania protonów w każdym przypadku powodują paraliż funkcjonowania pompy do produkcji ATP. Rozważając poważnie i szczegółowo możliwość stopniowej ewolucji współpracy stator-rotor można dojść do analogicznego wniosku, jak w przypadku wcześniejszych rozważań nad możliwością ewolucji domeny F_1. Mianowicie należy założyć, że albo kompleks rotor-stator wyewoluował za jednym zamachem, albo, że został inteligentnie zaprojektowany. Innych opcji nie ma.Pomysł, że kompleks stator-rotor mógł stopniowo ewoluować z początkowo niedopasowanych prekursorów, jak „rozkalibrowany” receptor, dając przy tym coraz większe korzyści komórce, jest po prostu naiwnie śmieszny!
PODSUMUJMY:

Jakie przeszkody postawilibyśmy na drodze ewolucji prekursorów pompy do produkcji ATP, gdy się poważnie rozważy proponowane przez neodarwinistów drogi tej ewolucji? Jakie fakty powinny skłonić każdego rozsądnego człowieka do odrzucenia tych spekulacji?

(1) Niemożliwość naukowego modelowania stopniowej ewolucji domeny F_1 z takich prekursorów, jak HELIKAZY. (2) Niemożliwość modelowania stopniowej ewolucji kompleksu stator-rotor.

(3) Niemożliwość modelowania samego procesu połączenia się wcześniej autonomicznych modułów F_1 i F_o, które w ten sposób miały zacząć współpracę, jako współczesna pompa do produkcji ATP.

Wnioski: proponowana przez neodarwinistów hipoteza modularna w ewolucji pompy do produkcji ATP jest jałowa poznawczo. Jest wręcz intelektualnie pustą, w pośpiechu kleconą bajeczką, a co za tym idzie kompletnie bezużyteczną!

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Petrucchio więc proszę,zacznijmy od rotora. Jak powstal i doczego służył bez re
> szty silnika

Odpowiedź biochemików na pewno znasz: "wirnik" syntazy ATP jest spokrewniony z helikazą DNA i być może pełnił kiedyś pokrewną funkcję.

Domena F1 a helikaza

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> noveyy777 napisał:
>
> > Petrucchio więc proszę,zacznijmy od rotora. Jak powstal i doczego służył
> bez re
> > szty silnika
>
> Odpowiedź biochemików na pewno znasz: "wirnik" syntazy ATP jest spokrewniony z
> helikazą DNA i być może pełnił kiedyś pokrewną funkcję.


Popełniasz błąd logiczny, ponieważ usiłujesz zmienić temat dyskuisji. Moje pytanie dotyczyło statora i rotora, a nie domeny F1. A z helikazy miała właśnie powstać domena F1 ,a nie "wirnik". Poza tym w swoim artykule i tą bajeczkę podważyłem. Poza tym jest to jedynie przypuszczenie, liźna uwaga, a nie modelowana rzetelnym modelem teoria naukowa.

Poza tym każdy teraz może zobaczyć jak ty dyskutujesz, jak uciekasz od tematu itd.

www.youtube.com/watch?feature=player_embedded&v=h9OZL0jOmTU
bioslawek.wordpress.com/2012/02/08/warsztaty-karola-darwina/




Widzę , że masz mierne pojęcie o sposobie działania molekularnego robota, jakim jest HELIKAZA oraz działaniu agregatu F_1 napędzanego przez pompę do syntezy ATP. Skoro do tego stopnia trywializujesz tak wielki problem.

HELIKAZA podczas hydrolizy (rozkładania) ATP w miejscach aktywnych WYWYŁUJE zmiany konformacyjne na zasadzie wielopostaciowych ‘skurczów’ elementów struktury tego molekularnego robota. Wydłużone domeny mają powinowactwo do DNA (lub DNA i RNA) i tam znajdują fizyczne oparcie. Podczas synchronicznych ‘skurczów’ wywoływanych hydrolizą ATP HELIKAZA wiruje w koło łańcucha DNA i rozplata podwójną helisę. Strukturalnie domena F_1 najbardziej przypomina HELIKAZĘ Rho, biorącą udział w procesie transkrypcji. HELIKAZA Rho jest złożonym z sześciupodjednostek zależnym od ATP wyrafinowanymmotorem molekularnym.

Te sześć podjednostek działa niczym sześć cylindrów w silniku. Właśnie podjednostki te przyjmują wiele różnych, precyzyjnych konformacji, co w harmonijny sposób pozwala temu molekularnemu robotowi wiązać się z kwasem nukleinowym i znajdując w nim fizyczne oparcie, wirować w koło jednej z nici rozplatając podwójną helisę.(....)


Czytaj dalej i się merytorycznie odnóś, poniewaqż póki co niczego sensownego nie napisałeś,a i wszystko mieszasz na dodatek



"(....)HEKSAMERYCZNA PODJEDNOSTKA F_1, służąca do syntezy ATP, choć jet podobna strukturalnie do HELIKAZY, to posiada zupełnie inne funkcjonalne domeny, które pozwalają jej komplementarnie dopasować się do siebie wzajemnie , oraz do wału, który łączy domenę F_1 z domeną F_o. Posiada ona również odpowiednie domeny, które pozwalają jej znalezć fizyczne oparcie na stojanie. A więc w przeciwieństwie do HELIKAZY domena F_1 jestu rządzeniem stacjonarnym."


"(....)CZY BYŁO MOŻLIWE ABY HELIKAZA MOGŁA ZACZĄĆ PEŁNIĆ FUNKCJĘ, JAKĄ PEŁNI DOMENA F_1( α 3 i β 3), W WYNIKU TRYWIANEJ ZMIANY W CENTRUM AKTYWNYM, KTÓRA W PRZESZŁOŚCI MOGŁA SIĘ PRZYCZYNIĆ DO TEGO, ABY ODWRÓĆIĆ PIERWOTNĄ MOŻLIWOŚĆ HELIKAZY POZWALAJĄCĄ HYDROLIZOWAĆ (ROZKŁADAĆ) ATP DO ADP, DO MOŻLIWOŚCI SYNTEZY ATP Z ADP?

Odpowiedz na to pytanie jest stanowczo przecząca. Aby HELIKAZA mogła stać się domeną F_1 (α i β) i aby mogła nabyć możliwości syntezy ATP, jako stacjonarnyagregat, którego praca napędzana jest fizyczną siła rotacji, musiałaby przejść przez szereg skomplikowanych dostosowań. Przede wszystkim prekursor podjednostki F_1 ( α i β) musiałby wykształcić odpowiednie domeny, które poprzez fizyczny kontakt z odpowiednio ukształtowanym wałem (układem rozrządu) umożliwiałyby mu przyjmowanie odpowiednich konformacji, pozwalających na syntezę ATP z ADP. Praca domeny F_1, jako agregatu syntetyzującego ATP z ADP wcale nie jest taka prosta, jak niektórym może się wydawać. Nie polega ona tylko na przemiennym wiązaniu ADP+Pi i przy kolejnym cyklu obrotu wału uwalnianiu gotowego produktu w postaci ATP. Choć i taki cykl byłby wystarczająco złożony. Przebieg procesu syntezy ATP zademonstruję na poniższym schemacie, a następnie go omówię, wyciągając z tej wiedzy odpowiednie wnioski."

www.youtube.com/watch?feature=player_embedded&v=9kP79bTd5aA

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Popełniasz błąd logiczny, ponieważ usiłujesz zmienić temat dyskuisji. Moje pyta
> nie dotyczyło statora i rotora, a nie domeny F1. A z helikazy miała właśnie pow
> stać domena F1 ,a nie "wirnik". Poza tym w swoim artykule i tą bajeczkę podważy
> łem. Poza tym jest to jedynie przypuszczenie, liźna uwaga, a nie modelowana rze
> telnym modelem teoria naukowa.

Myślę, że z błędu już się wytłumaczyłem i wrócę do sprawy później, natomiast z góry uprzedzam (na co zresztą zwracano ci wcześniej uwagę), że "A jest homologiczne z B" nie oznacza, że "A powstało z B". Oznacza to tyle, że A i B rozwinęły się ze wspólnego przodka i odziedziczyły jego właściwości strukturalne, niekoniecznie zaś funkcję. Dlatego nie ma sensu argumentowanie, że heksamer F1 nie mógł się rozwinąć z helikazy DNA, bo *nikt tak nie twierdzi*! Wróbel i kaszalot miały wspólnego przodka, ale wróbel nie pochodzi od kaszalota ani na odwrót, a ich ostatni wspólny przodek ani nie był zwierzęciem wodnym, ani nie latał.

Homologia i wspólny przeodek helikaz i F1

[noveyy777]

>petrucchio napisał:

> Myślę, że z błędu już się wytłumaczyłem i wrócę do sprawy później.....

Nieprawda, zaciemniasz obraz sprawy, wytłumaczyłeś się z tego,że całą syntazę ATP nazwałeś "ATOazą", ponieważ włąsciwości ATPazy ma tylko podjednostka F1. Natomiast wcześniej popełniłeś totalną gafę, która ewidentnie świadczy o tym, że nie wiesz o czym piszesz. Stwierdziłeś,że wirnik (domena P0) rozwinęła się z helikazy. Istnieje hipoteza ,że z helikazy rozwinęła się włlaśnie domena F1. Dobrze wiesz o czym piszę, więc się teraz nie wymiguj. Miej w to miejsce odwagę przyznać się do swojego błędu opiertającego się na twojej niewiedzy w temaciew, w którym z takim z takim zaangażowaniem się tutaj produkujesz. Jak możesz mieć tupet oceniać moją, lub mareckiego, w tej dziedzinie wiedzy, skoro ty absolutnie nic nie rozumiesz z tego o czym się tutaj mówi?

>natomiast z
> góry uprzedzam (na co zresztą zwracano ci wcześniej uwagę), że "A jest homologi
> czne z B" nie oznacza, że "A powstało z B". Oznacza to tyle, że A i B rozwinęły
> się ze wspólnego przodka i odziedziczyły jego właściwości strukturalne, niekon
> iecznie zaś funkcję. Dlatego nie ma sensu argumentowanie, że heksamer F1 nie mó
> gł się rozwinąć z helikazy DNA.

Bez wnikania w szczegóły. Helikazy heksameryczne są enzywami zależnymi od ATP. Ale można przyjąć opcję, że inny enzym, będacy przodkiem i helikaz i domeny F1 zależny od HYDROLIZY ATP dał początek syntazie F1. Musiałby to być więc enzym zależny od hydrolizy ATP, ponieważ takimi enzymami są helikazy heksameryczne. Natomiast domena F1 ma ponadto możliwość syntezy ATP, a więc twoja modyfikacja niczego tutaj nie zmienia, nie usuwa problemu tej ewolucji w cień.

bioslawek.wordpress.com/2012/02/08/warsztaty-karola-darwina/
"(....)CZY BYŁO MOŻLIWE ABY HELIKAZA MOGŁA ZACZĄĆ PEŁNIĆ FUNKCJĘ, JAKĄ PEŁNI DOMENA F_1( α 3 i β 3), W WYNIKU TRYWIANEJ ZMIANY W CENTRUM AKTYWNYM, KTÓRA W PRZESZŁOŚCI MOGŁA SIĘ PRZYCZYNIĆ DO TEGO, ABY ODWRÓĆIĆ PIERWOTNĄ MOŻLIWOŚĆ HELIKAZY POZWALAJĄCĄ HYDROLIZOWAĆ (ROZKŁADAĆ) ATP DO ADP, DO MOŻLIWOŚCI SYNTEZY ATP Z ADP?

Odpowiedz na to pytanie jest stanowczo przecząca. Aby HELIKAZA mogła stać się domeną F_1 (α i β) i aby mogła nabyć możliwości syntezy ATP, jako stacjonarnyagregat, którego praca napędzana jest fizyczną siła rotacji, musiałaby przejść przez szereg skomplikowanych dostosowań. Przede wszystkim prekursor podjednostki F_1 ( α i β) musiałby wykształcić odpowiednie domeny, które poprzez fizyczny kontakt z odpowiednio ukształtowanym wałem (układem rozrządu) umożliwiałyby mu przyjmowanie odpowiednich konformacji, pozwalających na syntezę ATP z ADP. Praca domeny F_1, jako agregatu syntetyzującego ATP z ADP wcale nie jest taka prosta, jak niektórym może się wydawać. Nie polega ona tylko na przemiennym wiązaniu ADP+Pi i przy kolejnym cyklu obrotu wału uwalnianiu gotowego produktu w postaci ATP. Choć i taki cykl byłby wystarczająco złożony. Przebieg procesu syntezy ATP zademonstruję na poniższym schemacie, a następnie go omówię, wyciągając z tej wiedzy odpowiednie wnioski.



Jak widać na uproszczonym schemacie wał wnikający do wnętrza podjednostki F_1 ( α i β) jest zbudowany asymetrycznie, co skutecznie umożliwia mu pełnienie funkcji układu rozrządu.

W PRZYPADKU SYNTEZY ATP WYMAGANE SĄ TRZY ETAPY, W KTÓRYCH DOMENA F_1 ( α 3 i β 3) ZMIENIA KONFORMACJE NA TRZY SPOSOBY




[1] Konfiguracja otwarta niskiego powinowactwa. Konfiguracja ta umożliwia łączenie się ADP+Pi oraz uwalnianie ATP.

[2] Konfiguracja ‘zawężająca’, w której ADP+Pi są niejako dopasowywane do siebie przed ostatecznym złożeniem w kompletną cząsteczkę ATP.

[3] Konfiguracja zamknięta. W tej pozycji domena katalityczna ostatecznie łączy ADP+Pi w wyniku czego powstaje gotowa do uwolnienia cząsteczka ATP.

ZMIANY TE UMOŻLIWIA DOMENIE F_1 ( α i β) PRECYZYJNIE DOPASOWANY ODCINEK WAŁU (UKŁAD ROZRZĄDU), KTÓRY WNIKA POMIĘDZY ENZYMY TWORZĄCE AGREGAT DO SYNTEZY ATP ( α 3 i β 3) I HARMONIJNIE ODDZIAŁUJE Z PRECYZYJNIE UKSZTAŁTOWANYMI DOMENAMI TYCH ENZYMÓW.(....)"

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Nieprawda, zaciemniasz obraz sprawy, wytłumaczyłeś się z tego,że całą syntazę A
> TP nazwałeś "ATOazą", ponieważ włąsciwości ATPazy ma tylko podjednostka F1. Nat
> omiast wcześniej popełniłeś totalną gafę, która ewidentnie świadczy o tym, że n
> ie wiesz o czym piszesz. Stwierdziłeś,że wirnik (domena P0) rozwinęła się z hel
> ikazy. Istnieje hipoteza ,że z helikazy rozwinęła się włlaśnie domena F1. Dobrz
> e wiesz o czym piszę, więc się teraz nie wymiguj. Miej w to miejsce odwagę przy
> znać się do swojego błędu opiertającego się na twojej niewiedzy w temaciew, w k
> tórym z takim z takim zaangażowaniem się tutaj produkujesz. Jak możesz mieć tup
> et oceniać moją, lub mareckiego, w tej dziedzinie wiedzy, skoro ty absolutnie n
> ic nie rozumiesz z tego o czym się tutaj mówi?

Przyznałem się do błędu, a jeśli ci mało, to przyznaję się jeszcze raz. Ale że nie lubię pisać o sprawach, o których wiem za mało, poprosiłem cię o czas na uzupełnienie swojej wiedzy. Tyle mam na ten temat do powiedzenia w tej chwili.

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> Przyznałem się do błędu, a jeśli ci mało, to przyznaję się jeszcze raz. Ale że
> nie lubię pisać o sprawach, o których wiem za mało, poprosiłem cię o czas na uz
> upełnienie swojej wiedzy. Tyle mam na ten temat do powiedzenia w tej chwili.

Nie czytałem tamtych postów. Dziwi mnie tylko jedno: nie mając wiedzy usiłujesz zarzucać mi brak wiedzy i dopiero przyciśnięty do muru twierdzisz "nie mam wiedzy". Jak chcesz to oszczędze ci czasu i podeślę renomowane artykuły rozważające o ewolucji syntazy ATP. Nie dowiesz się z nich jednak więcej niż z mojego artykułu. Z resztą nawet w wikipedii o tym jest napisane.

pl.wikipedia.org/wiki/Syntaza_ATP
Ewolucja[edytuj]

Uważa się, że ewolucja syntazy ATP zachodziła modułowo. Obie domeny wraz ze swoimi wartościowościami połączyły się zyskując nową funkcję. Domena F1 wykazuje znaczne podobieństwo do heksamerycznej helikazy DNA, a domena Fo jest podobna do kompleksów tworzących motor molekularny napędzający wici komórek.

Heksamer α3β3 tworzący domenę F1 podobnie jak helikaza DNA składa się z obracającego się pierścienia z otworem pośrodku. U obu enzymów obroty pierścienia umożliwiają pełnienie funkcji. Helikaza DNA porusza się po helisie DNA przy jednoczesnej hydrolizie nukleotydów. Domena F1 wykorzystuje zmiany konformacyjne podczas obrotu podjednostki γ do przeprowadzenia reakcji enzymatycznej.

Jony H+ przepływające przez domenę Fo w bardzo podobny sposób jak przy napędzaniu motoru molekularnego poruszającego wicią. Ich wspólną cechą jest pierścień składający się z wielu alfa-helikalnych białek, które obracają się w stosunku do innych białek zużywając jednocześnie gradient protonowy jako źródło energii. Jest to jednakże dość wątły związek, ogólna struktura motorów molekularnych jest zdecydowanie większa, zawierają 30 polipeptydów, w porównaniu do 10, 11, lub 14 znanych polipeptydów domeny Fo.

Modułowa teoria pochodzenia syntazy ATP sugeruje, że dwie domeny o niezależnych funkcjach, helikaza DNA posiadająca właściwości ATPazy i motor molekularny napędzany siłą protonomotoryczną, mogły się połączyć i doprowadzić do odwrócenia właściwości ATPazy powstałej z helikazy DNA. Dalszy rozwój prowadziłby do powstania kompleksy syntazy ATP znanej dzisiaj. Alternatywnie kompleks helikazy DNA i motoru molekularnego mógł wykazywać początkowo aktywność ATPazy, która przenosiła jony H+ zużywając ATP. Dalsza ewolucja kompleksy mogłaby doprowadzić do odwrócenia przeprowadzanej reakcji i powstania funkcji spełnianej przez syntazę ATP.

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Nie czytałem tamtych postów. Dziwi mnie tylko jedno: nie mając wiedzy usiłujesz
> zarzucać mi brak wiedzy i dopiero przyciśnięty do muru twierdzisz "nie mam w
> iedzy". Jak chcesz to oszczędze ci czasu i podeślę renomowane artykuły rozważaj
> ące o ewolucji syntazy ATP. Nie dowiesz się z nich jednak więcej niż z mojego a
> rtykułu. Z resztą nawet w wikipedii o tym jest napisane.

Uprzejme dzięki, ale już zebrałem sobie sporą literaturę. Muszę tylko znaleźć czas na jej przeczytanie ze zrozumieniem. Że jestem amatorem w tej dziedzinie, nigdy nie ukrywałem, ale potrafię się douczyć.

[neuroleptyk]

Może jestem ignorantem, ale nie widzę w tym co napisał noveyy777 cienia dowodu na niemożliwość ewolucji tej struktury. Niestrawny styl autora np. pod postacią pewnych jego emocjonalnie naładowanych fragmentów wypowiedzi zniechęca do brania tego, co napisał na poważnie.

[petrucchio]

To prawda, ale mnie samego interesuje, jak mogły wyewoluować "silniczki molekularne" syntazy ATP, dlatego chętnie poczytam sobie nowe artykuły na ten temat. Z różnych dyskusji ze Sławkiem sporo się nauczyłem

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> To prawda, ale mnie samego interesuje, jak mogły wyewoluować "silniczki molekul
> arne" syntazy ATP, dlatego chętnie poczytam sobie nowe artykuły na ten temat. Z
> różnych dyskusji ze Sławkiem sporo się nauczyłem

Petrucchio rzuć okiem

[noveyy777]

www.metacafe.com/watch/4012706/evolution_vs_atp_synthase_molecular_machine/

[petrucchio]

Rzucić mogę, ale z góry widzę, że nic się z tego nie *nauczę*. Wybacz, ale ci ludzie nie prowadzą badań naukowych

ok

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> Rzucić mogę, ale z góry widzę, że nic się z tego nie *nauczę*. Wybacz, ale ci l
> udzie nie prowadzą badań naukowych

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Dobrze, więc oczekuję tekstu na ten temat. Gdy będzie gotowy, to wklej go do te
> go wątka pod osobnym tytułem, żeby nie mnożyć bytów ponad miarę i żeby Moderacj
> a się nie czepiała.

Zrobię, jak zechcę, a w sprawach netykiety sumienie mam czyste.

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> noveyy777 napisał:
>
> > Dobrze, więc oczekuję tekstu na ten temat. Gdy będzie gotowy, to wklej go
> do te
> > go wątka pod osobnym tytułem, żeby nie mnożyć bytów ponad miarę i żeby Mo
> deracj
> > a się nie czepiała.
>
> Zrobię, jak zechcę, a w sprawach netykiety sumienie mam czyste.
>

Nie chcę ponaglać, a kiedy się można spodziewać, bo się nie mogę doczekać?

www.lifesorigin.com/chap14/ATP-synthase-synthetase.php

A patrzaj to

[noveyy777]

www.nature.com/emboj/journal/v30/n5/full/emboj2010364a.html

[petrucchio]

Nie bój bidy, mam już od kilku dni pościągane oryginalne artykuły Mulkidjaniana et al. i Walkera. To bardzo ciekawa lektura, ale trudna i zajmie mi trochę czasu.

Ja się nie boje:)

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> Nie bój bidy, mam już od kilku dni pościągane oryginalne artykuły Mulkidjaniana
> et al. i Walkera. To bardzo ciekawa lektura, ale trudna i zajmie mi trochę cza
> su.
>

Piotrze, ja mogę spać spokojnie, ponieważ już od dwóch lat wertuję literarurę na ten temat. Czego mogę się po tobie spodziewać? Modelu wyewoluowania syntazy ATP od zera? NIE Piotrze, ty napiszesz o homologicznych domenach, mdułach pomiędzy syntazami ATP bakterii archeonow i mitochondriow i bedziesz dowodzil,ze są to ,te analogie nie homologie, dowodami na wspolne pochodzenie syntaz ATP. TY BEDZIESZ PISAL O SYNTAZACH atp EUKARIOTYCZNYCH, ZE SĄ ZMODYFIKOWANE, ZE MAJĄ PEWNE DODATKOWE ELEMENTY. Ty bedzisz pisal o podobienstwach zaleznej od ATP helikazy heksamerycznej do podjednoistki F1. Ty bedziesz pisal od doswiadczeniach ze skracanem wału (ja tez je opisalem w swoim artykule i jeszcze filmik wstawilem). Ty bedziesz pisal o tym wszystkim, tylko nie o tym co trzeba. Nie zaprezentujesz modelu ewolucji syntazy ATP od zera, bo wskazanie na podobienstwa "HOMOLOGICZNE" niczego nie wyjasniaja. Trzeba jeszcze pokazac, a wlasciwie przede wszystkim, jak takie "homologiczne" moduły, domeny się do siebie dopasowały i w jednym czasie pozbierały tworząc zintegrowana calosc, jako gotowa do pracy syntaza ATP.

Co ty myślisz,że ja po latach nie dowiedzialem sie ze gdzieś w ukryciu ewolucjonisci trzymają swoj skarb, model ewolucji syntazy ATP? Ze to dopiero Petrucchio go odkryje i pokaze światu?:)

A mnie to guzik obchodzi

[petrucchio]

Nie mam zamiaru cię straszyć i nie toczę z tobą żadnego pojedynku. Próbuję dla własnej satysfakcji i na własny użytek zrozumieć, jak mogły wyewoluować syntazy ATP, dlatego że jest to ciekawy problem, a nie dlatego, że mam nadzieję przebić się do zakutego łba fanatycznego kreacjonisty. Wierz sobie, w co chcesz.

noveyy777 napisał:

> Piotrze, ja mogę spać spokojnie, ponieważ już od dwóch lat wertuję literarurę n
> a ten temat. Czego mogę się po tobie spodziewać? Modelu wyewoluowania syntazy A
> TP od zera?

Jeśli wertujesz ją z podobnym zrozumieniem, jakie wykazałeś w równoległym wątku w sprawie "parametru kształtu", to strawiłeś dwa lata na próżno.

> NIE Piotrze, ty napiszesz o homologicznych domenach, mdułach pomięd
> zy syntazami ATP bakterii archeonow i mitochondriow i bedziesz dowodzil,ze są t
> o ,te analogie nie homologie, dowodami na wspolne pochodzenie syntaz ATP. TY BE
> DZIESZ PISAL O SYNTAZACH atp EUKARIOTYCZNYCH, ZE SĄ ZMODYFIKOWANE, ZE MAJĄ PEWN
> E DODATKOWE ELEMENTY. Ty bedzisz pisal o podobienstwach zaleznej od ATP helikaz
> y heksamerycznej do podjednoistki F1. Ty bedziesz pisal od doswiadczeniach ze s
> kracanem wału (ja tez je opisalem w swoim artykule i jeszcze filmik wstawilem).
> Ty bedziesz pisal o tym wszystkim, tylko nie o tym co trzeba. Nie zaprezentuje
> sz modelu ewolucji syntazy ATP od zera, bo wskazanie na podobienstwa "HOMOLOGIC
> ZNE" niczego nie wyjasniaja. Trzeba jeszcze pokazac, a wlasciwie przede wszystk
> im, jak takie "homologiczne" moduły, domeny się do siebie dopasowały i w jednym
> czasie pozbierały tworząc zintegrowana calosc, jako gotowa do pracy syntaza AT
> P.

"Od zera"? To znaczy od Wielkiego Wybuchu, czy wcześniej? Masz trochę wygórowane wymagania. Mnie na początek interesuje, skąd wzięła się syntaza ATP, a nie skąd wzięły się podzespoły podzespołów jej podzespołów. Żeby to zrozumieć, nie trzeba się cofać do początków życia na Ziemi. *Oczywiście*, że identyfikacja homologów jest ważnym (choć niejedynym) tropem, tak jak odciski palców są ważne dla policji, choć nie odpowiadają na wszystkie pytania. Szczegółowego scenariusza ze stuprocentową gwarancją prawdziwości też ci nie przedstawię, bo niby skąd miałbym go wziąć? Ale wystarczy *jakikolwiek* wiarygodny scenariusz, niekoniecznie *ten jedyny prawdziwy*, żeby obalić domek z kart: koncepcję "nieredukowalnej złożoności" syntazy ATP.

Nie łudzę się, że mogę przekonać *ciebie*, ale kogo to obchodzi? Wystarczy, że kogokolwiek innego na forum ten temat może zaciekawić. Wystarczy nawet, że *mnie* ciekawi.

> Co ty myślisz,że ja po latach nie dowiedzialem sie ze gdzieś w ukryciu ewolucjo
> nisci trzymają swoj skarb, model ewolucji syntazy ATP? Ze to dopiero Petrucchio
> go odkryje i pokaze światu?:)

W odróżnieniu od ciebie nie mam misji kaznodziejskiej i (jak zaznaczyłem powyżej) robię to wszystko z ciekawości, a naukowców, którzy nad tym pracują, traktuję z należnym szacunkiem. Na razie kończę w tym wątku, bo nie interesuje mnie przelewanie z pustego w próżne.

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> Nie mam zamiaru cię straszyć i nie toczę z tobą żadnego pojedynku. Próbuję dla
> własnej satysfakcji i na własny użytek zrozumieć, jak mogły wyewoluować syntazy
> ATP, dlatego że jest to ciekawy problem, a nie dlatego, że mam nadzieję przebi
> ć się do zakutego łba fanatycznego kreacjonisty. Wierz sobie, w co chcesz.


A czy ty musisz mnie obrażać? Czy ja napisałem,że masz zakuty łeb, chociaż masz zakuty?



Wstydził byś się. Nie wiem o co ci chodzi z tym "parametrem" boś nie napisał. Ale chodzi o to,że jak dziecko przyporządkowujesz teraz wszystko temu. Czy ja mam ponownie wywlekać twoje habilisy i inne takie? Czy nawet te helikazy? Zastanów się, bo za takie coś kiedyś kiedyś ktoś ci może zrobić kuku...


>
> > NIE Piotrze, ty napiszesz o homologicznych domenach, mdułach pomięd
> > zy syntazami ATP bakterii archeonow i mitochondriow i bedziesz dowodzil,z
> e są t
> > o ,te analogie nie homologie, dowodami na wspolne pochodzenie syntaz ATP.
> TY BE
> > DZIESZ PISAL O SYNTAZACH atp EUKARIOTYCZNYCH, ZE SĄ ZMODYFIKOWANE, ZE MAJ
> Ą PEWN
> > E DODATKOWE ELEMENTY. Ty bedzisz pisal o podobienstwach zaleznej od ATP h
> elikaz
> > y heksamerycznej do podjednoistki F1. Ty bedziesz pisal od doswiadczeniac
> h ze s
> > kracanem wału (ja tez je opisalem w swoim artykule i jeszcze filmik wstaw
> ilem).
> > Ty bedziesz pisal o tym wszystkim, tylko nie o tym co trzeba. Nie zaprez
> entuje
> > sz modelu ewolucji syntazy ATP od zera, bo wskazanie na podobienstwa "HOM
> OLOGIC
> > ZNE" niczego nie wyjasniaja. Trzeba jeszcze pokazac, a wlasciwie przede w
> szystk
> > im, jak takie "homologiczne" moduły, domeny się do siebie dopasowały i w
> jednym
> > czasie pozbierały tworząc zintegrowana calosc, jako gotowa do pracy synt
> aza AT
> > P.
>
> "Od zera"? To znaczy od Wielkiego Wybuchu, czy wcześniej? Masz trochę wygórowan
> e wymagania. Mnie na początek interesuje, skąd wzięła się syntaza ATP, a nie sk
> ąd wzięły się podzespoły podzespołów jej podzespołów. Żeby to zrozumieć, nie tr
> zeba się cofać do początków życia na Ziemi. *Oczywiście*, że identyfikacja homo
> logów jest ważnym (choć niejedynym) tropem, tak jak odciski palców są ważne dla
> policji, choć nie odpowiadają na wszystkie pytania. Szczegółowego scenariusza
> ze stuprocentową gwarancją prawdziwości też ci nie przedstawię, bo niby skąd mi
> ałbym go wziąć? Ale wystarczy *jakikolwiek* wiarygodny scenariusz, niekonieczni
> e *ten jedyny prawdziwy*, żeby obalić domek z kart: koncepcję "nieredukowalnej
> złożoności" syntazy ATP.

Od zera znaczy od momentu, kirdy syntazy ATP nie było. Bo nigdy nie było zera absolutnego. Z niczego nie moze powstać coś. Chdzi mi o kolejne dodawanie części od pierwszej do ostatniej. Tak jak napisalem w artykule ty przekretaczy karykaturzysto. I jak zaprezentujesz rzetelny model, to napewno runie ten domek z kart. A jak nie, to misi runac twoj. Moge sie zalozyc,ze nic na ten temat nie napiszesz, poza kilkoma poluczynami. Bede cie gnebil w tym temacie do konca twojej niewydazonej tworczosci w sieci..gdzie ten model, gdzie ten model bedzie:) Trzeba bylo zwazac na slowa,a teraz jeszcze kozaczysz. Na huki mnie nie wezmiesz

bioslawek.wordpress.com/2012/02/08/warsztaty-karola-darwina/

Prośba

[noveyy777]

Proszę cię zachowuj kulturę dyskusji, nie wyzywaj mnie od zakutych łubów itd. Ja też będe cię szanowal i twoje prawo do twoich pogladow. Piszmy co sadzimy i emocje na bok, bo jeszcze kilka postow wymienimy i znowu krew sie poleje. Wiem ,ze jestes klotliwy,aja tez, ale najwyzszy czas wydoroslec Piotrze

[neuroleptyk]

noveyy777 napisał:

>Najistotniejsze jest to, że podczas wszystkich tych etapów układ nie
> zachowuje funkcji gaszenia światła, jest niekompletny, a selekcja naturalna ni
> e preferuje układów niekompletnych. Selekcja naturalna preferuje taką ewolucję,
> w której na każdym z etapów jest zachowana funkcja gaszenia żarówki. W przeciw
> nym razie selekcja naturalna wyeliminuje taki niekompletny układ i utknie w mar
> twym punkcie, ponieważ nie będzie on dawał przewagi selekcyjnej.

Nie zachowuje co nie znaczy iż nie może to pełnić innej funkcji.
Czyli w tym znaczeniu ewolucja zachowuje układy niekompletne wzgledem danej funkcji, ponieważ są one kompletne względem innych.
Czyli jak masz daną funkcję F to F - 1 element może być funkcją E a E-1 funkcją D itd....
Więc błędne jest wnioskowanie iż jeżeli względem pewnej funkcji układ jest niekompletny to układ ten musi być wyelimonowany, ponieważ trzeba odpowiedzieć wpierw na pytanie czy ten niekopletny układ względem danej funkcji jest komplenty względem innej funkcji. To własnie Miller illustrował adresując kwestię wici bakteryjnej.

> Etap pierwszy selekcja usuwa ostatnią kostkę domina, system stajesię niekomplet
> ny, a więc i bezużyteczny.

Zapominałeś dodać względem danej fukcji! Co nie znaczy bezużyteczny tj. nie mogący pełnić żadnej funkcji.

> Etap drugi, wysięgnik się wydłuża. I na tym etapie system jest niekompletny, a
> więc bezużyteczny, ponieważ w takim układzie kompleks w dalszym ciągu nie gasi
> światła.

Znowu ten sam błąd...

> Kolejny etap, to zagięcie wydłużonego wysięgnika, tak, aby kiedy wysięgnik będz
> ie przesuwał się do przodu mógł przyciskać zaokrąglony przycisk. I w tym przypa
> dku mamy do czynienia z układem, który nie gasi światła, a więc jest bezużytecz
> ny, ponieważ po zagięciu ramienia wysięgnika zabraknie go z tyłu. Tak iż w dals
> zym ciągu nie zgasi żarówki. Po prostu będzie za krótki.

I znowu o samo. Nie przyszło ci do głowy, że to wydłużenie może usprawniać inną funkcję??
albo tworzyć nową funkcję inną niż gaszenie światła?


> Nasza ewolucja musiałaby przejść przez cztery kolejne etapy i dopiero na czwart
> ym etapie osiągnąć zamierzony cel. Trzy z tych etapów, to etapy bezużyteczne.

Własnie powyżej napisałem czemu takie rozumowanie jest błędne. Wykazanie iż coś jest nieredukowalnie złożone względem danej funkcji nie jest dostateczne do wniosku by było bezużyteczne, czyli nie pełniło innej funkcji.

E
> tapy, które nie powinny mieć miejsca, gdyż system ma na każdym z etapów zachowy
> wać swoją funkcję pod kątem przyciskania przycisku i gaszenia światła.

Dlaczego ma zachowywać na każdym etapów funkcję gaszenia światła??
Bo jak nie gasi to już jest bezużyteczny względem tej funkcji?
Ale jak już wyżej napisałem, to nie oznacza iż musi bezużyteczny.

Prawdziwa prawda?

[dar61]

Chore.

Nigdy więcej.