Genom minimalny.

[noveyy777]

Mamy rok 20011 i na tym stanęło. Nikomu nie udało się zejść poniżej tej
'magicznej granicy 382 genów' (jakieś tam małe wahania były przy podejmowaniu
desperackich usiłowań, ale tak nieistotne, że nie warto o nich wspominać).
usenet.gazeta.pl/usenet/0,47943.html?group=pl.sci.biologia&tid=1033812&MID=%3Cj7paer%2490j%241%40inews.gazeta.pl%3E
382 geny to jakieś 480 000 par zasad (pz).
Czy to jest dużo czy mało? Najlepiej zaprezentować to wizualnie. To znaczy
tak, jakby po rozpisce wyglądał taki zsekwencjonowany genom minimalny.



"Craig Venter zawsze był postacią kontrowersyjną i jego oznajmienie mediom, że
stworzył mikroorganizm od początku jest dobrym tego przykładem. Dotychczas nie
udało mi się znaleźć żadnej publikacji na ten temat, wyłącznie odnośniki do
niedostępnej książki lub do wypowiedzi samego Ventera. Od dość dawna było
wiadomo, że Venter stara się znaleźć minimalny genom bakterii Mycoplasma
genitalium. Ma ona 500 genów, i w zasadzie jest pasożytem, ale daje się
hodować na specjalnych podłożach w laboratorium. Venterowi udało się
stwierdzić, że tak naprawdę do życia potrzebuje jeszcze mniej genów - 381.
Według tego, co podawały media, zsyntetyzował taki chromosom i wprowadził go
do komórki bakterii. Jak dotychczas nie wiadomo czy produkt tej operacji żyje.
Jeżeli nawet tak, czy jest to tworzenie życia? Chyba nie, bo bez komórki DNA
byłby całkiem martwy. Z drugiej strony synteza tak długiego odcinka DNA byłaby
też pewnym osiągnięciem, choć nie tak medialnym."

[neuroleptyk]

Jak dotychczas nie wiadomo czy produkt tej operacji żyje.
> Jeżeli nawet tak, czy jest to tworzenie życia? Chyba nie, bo bez komórki DNA
> byłby całkiem martwy. Z drugiej strony synteza tak długiego odcinka DNA byłaby
> też pewnym osiągnięciem, choć nie tak medialnym."

Najpierw wypada się zastanowić czy DNA w ogóle jest żywe. Czy atomy z których się składa twoje ciało są żywe jeżeli są w twoim ciele i przestaną być żywe jak przestaną być cześcią twojego ciała i nie będą częścia jakiegokolwiek organizmu?

[asteroida2]

> Najpierw wypada się zastanowić czy DNA w ogóle jest żywe. Czy atomy z których
> się składa twoje ciało są żywe jeżeli są w twoim ciele i przestaną być żywe jak
> przestaną być cześcią twojego ciała i nie będą częścia jakiegokolwiek organizmu?

Odpowiedź nie jest wcale trudna. Życie jest cechą struktury (np. komórki), a nie cechą pojedynczej części (np. DNA albo rybosomu). Czy atom ma napięcie powierzchniowe albo zapach? Nie ma - to są cechy struktur zbudowanych z tych atomów. Jeśli wyjmiesz atom z takiej struktury, nie zachowa on w sobie żadnych cech tej struktury.

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> "Craig Venter zawsze był postacią kontrowersyjną i jego oznajmienie mediom, że
> stworzył mikroorganizm od początku jest dobrym tego przykładem. Dotychczas nie
> udało mi się znaleźć żadnej publikacji na ten temat, wyłącznie odnośniki do
> niedostępnej książki

To był artykuł w _Science_, nie książka:
www.sciencemag.org/content/329/5987/52.full.pdf
www.sciencemag.org/content/suppl/2010/05/18/science.1190719.DC1/Gibson.SOM.pdf
www.sciencemag.org/content/328/5981/958.full.pdf

> lub do wypowiedzi samego Ventera. Od dość dawna było
> wiadomo, że Venter stara się znaleźć minimalny genom bakterii Mycoplasma
> genitalium. Ma ona 500 genów, i w zasadzie jest pasożytem, ale daje się
> hodować na specjalnych podłożach w laboratorium. Venterowi udało się
> stwierdzić, że tak naprawdę do życia potrzebuje jeszcze mniej genów - 381.
> Według tego, co podawały media, zsyntetyzował taki chromosom i wprowadził go
> do komórki bakterii. Jak dotychczas nie wiadomo czy produkt tej operacji żyje.

Kiedy już rozruch się udał, żył, rósł i miał się dobrze.

> Jeżeli nawet tak, czy jest to tworzenie życia? Chyba nie, bo bez komórki DNA
> byłby całkiem martwy. Z drugiej strony synteza tak długiego odcinka DNA byłaby
> też pewnym osiągnięciem, choć nie tak medialnym."

W powyższym przypadku były to z rozmaitych powodów dwa inne gatunki mykoplazmy (zsyntetyzowany genom _M. mycoides_, komórka _M. capricolum_). Prace zespołu Ventera nad wprowadzeniem "genomu minimalnego" (na podstawie odchudzonego genomu _M. genitalium_) do komórki bakterii i sprawdzeniem, czy działa, jeszcze się nie zakończyły, o ile mi wiadomo. Wcześniej zreplikowali sztucznie niemal kompletny (nie zminimalizowany) genom _M. genitalium_:
www.sciencemag.org/content/319/5867/1215.full.pdf

"Odchudzanie genomu"

[noveyy777]

petrucchio napisał:

Ale po co dajesz te powszechnie znane i dostępne linki, zwłaszcza,że nie stanowią one odpowiedzi na stawiany zarzut?
Napisz do prf. Bartnik.

> > lub do wypowiedzi samego Ventera. Od dość dawna było
> > wiadomo, że Venter stara się znaleźć minimalny genom bakterii Mycoplasma
> > genitalium. Ma ona 500 genów, i w zasadzie jest pasożytem, ale daje się
> > hodować na specjalnych podłożach w laboratorium. Venterowi udało się
> > stwierdzić, że tak naprawdę do życia potrzebuje jeszcze mniej genów - 381
> .
> > Według tego, co podawały media, zsyntetyzował taki chromosom i wprowadził
> go
> > do komórki bakterii. Jak dotychczas nie wiadomo czy produkt tej operacji
> żyje.
>
> Kiedy już rozruch się udał, żył, rósł i miał się dobrze.

No i co z tego? Takiego rozruchu dokonano już w latach sześćdziesiątych. Rozebrano bakterię na kilka części, połączono i zaczęła działać. In vitro można przeprowadzać transkrypcje, replikację,a nawet biogenezę rybosomów (chcesz artykuł na priva?). Ale czy to jest tworzenie nowego życia? Malo tego nawet naturalnie bakterie "umierają" i "zmartwychwstają". W postaci pewnych form przetrwalnikowych potrafią całkowicie wypompować wodę, wówczas procesy metaboliczne ustają całkowicie i w odpowiednich warunkach wszystko rusza nawet po 100 000 000 lat.

> > Jeżeli nawet tak, czy jest to tworzenie życia? Chyba nie, bo bez komórki
> DNA
> > byłby całkiem martwy. Z drugiej strony synteza tak długiego odcinka DNA b
> yłaby
> > też pewnym osiągnięciem, choć nie tak medialnym."
>
> W powyższym przypadku były to z rozmaitych powodów dwa inne gatunki mykoplazmy
> (zsyntetyzowany genom _M. mycoides_, komórka _M. capricolum_). Prace zespołu Ve
> ntera nad wprowadzeniem "genomu minimalnego" (na podstawie odchudzonego genomu
> _M. genitalium_) do komórki bakterii i sprawdzeniem, czy działa, jeszcze się n
> ie zakończyły, o ile mi wiadomo.



Skończyły się i zakończyły sukcesem,ale poniżej 'magicznej granicy' zejść się nie udało. A tego dotyczył mój post. Dlaczego piszesz nie na temat? Ale chłopaki oczywiście próbują dalej.
Czy ty sobie zdajesz sprawę ile samych rybosomów do funkcjonowania potrzebuje komórka e. coli, która ma 4 000 000 pz? Jak tak, to komórka z genomem minimalnym potrzebuje aż 4 razy mniej:) Wiesz ile? Komórka e.coli zawiera około 20 000 rybosomów, a więc komórka z genomem minimalnym będzie do właściwego funkcjonowania (metabolizmu namnażania) potrzebowała około 5 000 rybosomów.

No i oczywiście wymagane jest odpowiednie stężenie czynników replikacyjnych i transkrypcyjnych,ale to już przerabialiśmy..
profesor biologii Lynn Margulis :
„[Najmniejsza bakteria] o wiele
bardziej przypomina ludzi niż mieszaninę związków chemicznych, otrzymaną przez
Stanleya Millera, gdyż ma już owe właściwości [biochemicznego] systemu. Toteż
mniejsza odległość dzieli
bakterię od człowieka niż ową mieszaninę aminokwasów od bakterii”. "




pozdrawiam.

[petrucchio]

noveyy777 napisał:

> Ale po co dajesz te powszechnie znane i dostępne linki, zwłaszcza,że nie stanow
> ią one odpowiedzi na stawiany zarzut?

Jaki zarzut? Odpowiedziałem tylko na pytanie zawarte w twoim poście. Jeśli te artykuły były ci znane, mogłeś sam odpowiedzieć (sobie czy też prof. Bartnik).

[noveyy777]

petrucchio napisał:

> noveyy777 napisał:
>
> > Ale po co dajesz te powszechnie znane i dostępne linki, zwłaszcza,że nie
> stanow
> > ią one odpowiedzi na stawiany zarzut?
>
> Jaki zarzut? Odpowiedziałem tylko na pytanie zawarte w twoim poście. Jeśli te a
> rtykuły były ci znane, mogłeś sam odpowiedzieć (sobie czy też prof. Bartnik).
>
Wiesz-tak się zastanowiłem i chyba przyznam ci rację:"profesor Bartnik z pewnością jest nieobeznana w tym temacie". Ale pozostawiam ci wolną rękę napisz do niej, bo ona jest życzliwa nawet dla mediów (nazwana przyjacielem mediów), więc z tobą z pewnością podyskutuje na te tematy.

pozdrawiam.