Prosty test na raka

[kadykianus]

To chyba żart. To nie zadziała. Mogę się domyślać, ze zrobili coś w rodzaju analizy dyskryminacyjnej (nie piszą o tym szczegółowo) ale w grupie kontrolnej mieli tylko 100 osób i to zarówno zdrowych jak i chorych? Ze zdrowymi to jeszcze OK. ale właśnie problem jak odróżnić chorego na raka od chorego na coś innego! Czy to znaczy, ze odkryli zmienne, które są jednorodne i inne u ludzi z nowotworem i jednorodne i inne u ludzi zdrowych i chorych na co innego??? To byłby jakiś cud.

No, ale nie piszą dokładnie. Taki test - idę o zakład - ma niskie PPV.

[ztrewq]

Nie, nie żart. Ale też nie jest to całkiem tak, jak można zrozumieć z prosto
napisanego artykułu.

Ponieważ tak się składa, że pracuję na bardzo podobnie zaplanowanym
eksperymencie, spieszę z wyjaśnieniem: owszem, "tak to działa", chociaż do
praktycznego zastosowania daleko. Robi się profil metaboliczny kilkuset albo
kilku tysięcy substancji i analizę statystyczną (najczęściej podejście ML/SL:
SVM, PLS, random forests, whatever; raczej nie analiza dyskryminacyjna, bo jest
za słaba).

Jak się ma szczęście, to się okazuje, że kilkanaście głównych zmiennych
wystarcza do skutecznego rozróżniania tych dwóch grup. Dla zbadanych grup to
mogą być bardzo istotne statystycznie rezultaty, potwierdzone przez
bootstrapping. Nie mogę tutaj zacytować własnych badań, ale uwierz mi

[kornel-1]

W artykule czytam:
"Jeszcze kilkadziesiąt lat temu byłoby to niemożliwe: nie było komputerów, nie było wielu możliwości czułej analizy substancji biologicznych. Człowiek z ołówkiem i kartką papieru nie byłby w stanie prześledzić wahań 19 nukleozydów. To trwałoby lata."

Czy tu mowa jest o analizie czynnikowej? Dla 19 zmiennych i 300 osób rzeczywiście "ręczna" analiza trwałaby lata? Przecież przed epoką komputerów robiono takie rzeczy? Ja rozumiem, że nikomu "nie chce się" liczyć współczynników regresji na kalkulatorze, ale zdaje się, że niektórzy sądzą, że do takich obliczeń potrzebny jest pecet ;-)

ztrewq napisał:
Czy to, że > potrafimy odróżnić osobę z rakiem zdiagnozowanym innymi metodami umożliwi nam > kiedyś wcześniejszą diagnozę?

Do analizy wzięto chorych ze zdiagnozowanym nowotworem. Prawdopodobnie porządnie zdiagnozowanym, tak aby zaklasyfikowanie do grupy chorych było pewne. Można więc przypuścić, że byli to chorzy chorujący od pewnego czasu i najprawdopodobniej poddani jakiemuś leczeniu. Być może leczonych w podobny sposób (zbliżone w działaniu farmaceutyki). I tu nasuwa mi się wątpliwość: czy aby test nie wykrywa osoby poddane określonemu leczniu? Mam nadzieję, że to uwzględniono w badaniach! Inna rzecz, że te wszystkie metabolity i ich wzajemne proporcje mogą się zmieniać (i pewnie zmieniają) w trkcie rozwoju choroby. Czy zatem test może zapobiegać rozwojowi nowotworu, czy raczej służy diagnostyce na określonym etapie choroby?

Kornel

[ztrewq]

> Czy tu mowa jest o analizie czynnikowej? Dla 19 zmiennych i 300 osób rzeczywiśc
> ie "ręczna" analiza trwałaby lata? Przecież przed epoką komputerów robiono taki
> e rzeczy? Ja rozumiem, że nikomu "nie chce się" liczyć współczynników regresji
> na kalkulatorze, ale zdaje się, że niektórzy sądzą, że do takich obliczeń potrz
> ebny jest pecet ;-)

Nie do końca. Po pierwsze, jeśli dobrze rozumiem artykuł, a także jeśli porównam ze swoimi badaniami, to tych zmiennych może być kilkaset lub kilka tysięcy

Skomplikowane testy na wszystko

[kornel-1]

ztrewq napisał:
> Jest jedna skuteczna, ale potwornie kosztowna metoda ominięcia tych problemów, a nazywa się studia longitudinalne. Bierzesz sporą grupę ludzi i w regularnych odstępach czasu pobierasz od nich próbki krwi. Śledzisz ich całymi latami; część z nich w tym czasie zachoruje na raka. Jeśli będziesz miał wystarczająco dużą grupę chorych, możesz wrócić do próbek pobranych zanim te osoby zach
> orowały, i poddać je analizie.

Kilkadziesiąt tysięcy osób badanych przez wiele lat to na pierwszy rzut oka gigantyczny koszt i olbrzymie przedsięwzięcie. Ale - jeśli weźmie się pod uwagę, że zebrane informacje o składzie moczu i krwi mogą posłużyć nie tylko do wczesnego wykrywania nowotworów układu moczowego, ale i stu innych chorób - to takie badania będą niewątpliwie potrzebne. Pieniądze na takie analizy będą miały tylko najbogatsze kraje. Superkomputer się znajdzie ;-)

Jak zawsze przy takiej okazji pojawiają się pytania: czy na pewno chcemy znać stan swego zdrowia, czy chcemy znać prognozy dalszego życia. Pełna naliza, o której mowa (dot. to także badań DNA), z pewnością dostarczy również danych na temat możliwego (spodziewanego) rozwoju nieuleczalnych chorób lub rychłej śmierci. Czy jesteśmy do tego przygotowani?

Kornel

[bron]

Sprawdźcie to. Taego typu metody zyskują coraz większe uznanie. Budzą
też sporoą niechę labo-sceptyków.
www.ted.com/talks/george_whitesides_a_lab_the_size_of_a_postage_stamp.html

[kadykianus]

Wykorzystujesz więc różne modele dyskryminacyjne.
Oczywiście, byłoby wspaniale, gdyby rzeczywiste dane nadawały się dla klasycznej, eleganckiej analizy dyskryminacji, ale oczywiście teoria swoje, a rzeczywistość skrzeczy :)

Ale jest inny problem. Bez względu na to, którą metodę wybierasz, czy wektory nośne, czy drzewa, masz problem w ilością zmiennych (wiele) i wielkością próby (mało).

Po pierwsze, problem pojawia się na początku, KTÓRE zmienne się nadają, mają wartość dyskryminacyjną. Nie jest trywialne w przypadku kilku tysięcy zmiennych i kilkuset (tylko kilkuset, w tym przypadku) obiektów odrzucić te, które rzeczywiście są nieistotne. Testowanie istotności jest tu złożonym problemem.

Po drugie, nie dość, że możesz się pomylić w wyborze zmiennych to grozi Ci otrzymanie modelu zbyt dobrze dopasowanego. A mając tylko kilkuset pacjentów, musisz podzielić zbiór na uczący i kontrolny a więc jeszcze pogłębiasz problem małej ilości próby uczącej.



Przekleństwo wielowymiarowości albo efekt Hughsa, słowem, duży problem. Statystyk marszczy brwi i każe sobie zaparzyć kawę, gdy ma do czynienia z czymś takim :)

Niepokoi mnie Twój entuzjazm, co do możliwości tych metod. Po prostu, uważaj.

(i nie denerwuj ludzi z labu!) :)

[ztrewq]

kadykianus napisał:
> Po drugie, nie dość, że możesz się pomylić w wyborze zmiennych to grozi Ci otrz
> ymanie modelu zbyt dobrze dopasowanego. A mając tylko kilkuset pacjentów, musis
> z podzielić zbiór na uczący i kontrolny a więc jeszcze pogłębiasz problem małej
> ilości próby uczącej.

Ba! Czasem jest tak, że obserwacji jest kilkanaście, a zmiennych

O "Napoleonie smakującym mocz żołnierzy"

[arapatiella]

Profesor Kaliszan wspomina o obrazie Jacques-Louis Davida "przedstawiającym Napoleona smakującego mocz żołnierzy. Wódz sprawdzał w ten sposób, czy ich mocz jest słodki, czyli czy żołnierze nie mają cukrzycy." Malarstwo Davida dość dobrze znam, ale z takim obrazem jeszcze nigdy się nie zetknęłam i nie udało mi się też nigdzie znaleźć wzmianki o nim w Internecie. Nigdzie też nie ma choćby najdrobniejszej wzmianki o takim "zwyczaju" Napoleona. To, co powiedział prof. Kaliszan, budzi poważne wątpliwości z trzech powodów: po pierwsze, czy do pomyślenia (zwłaszcza w tamtej epoce !) jest sytuacja, gdy najwyższy dowódca kosztuje mocz własnych żołnierzy, choćby w najszlachetniejszym celu ? Przecież mógłby do tego wydelegować lekarzy wojskowych albo ich pomocników ! Po drugie, dlaczego Napoleon miałby dążyć w ten sposób właśnie do wykrycia cukrzycy - czyżby czyniła ona szczególne spustoszenia w jego armii ? Po trzecie, czy David, który malował pełne patosu wizerunki Napoleona (zob. np. www.jacqueslouisdavid.org/Consecration-of-the-Emperor-Napoleon-I-and-Coronation-of-the-Empress-Josephine-1805-07.html i www.jacqueslouisdavid.org/Napoleon-at-the-St.-Bernard-Pass-1801.html), byłby gotowy do uwiecznienia sceny zarazem tak prozaicznej i drastycznej ?

Czy ktoś z Was cokolwiek wie o tym obrazie ? I czy Napoleon faktycznie miał zwyczaj kosztowania moczu żołnierzy w celu wykrycia cukrzycy ?

[al.1]

Wedlug doktora Simonciniego rak jest grzybem (candida albicans). To
jak tego grzyba maga wykrywac? W necie jest mnóstwo informacji o
jego metodzie leczenia raka soda do pieczenia (sic!). Niestety
wiekszosc po angielsku. Na ile te rewelacje sa wiarygodne? Nie mnie
to oceniac, ale jakby to kogos interesowalo, to podaje pierwszy z
brzegu link:
video.google.com/videoplay?docid=6164831119169743164#
Jest to wywiad z dr Simoncinim.

[ztrewq]

W necie w ogóle można znaleźć dużo rzeczy. Jeśli chodzi o C. albicans, to polecam ten tekst.

Prosty test na raka

[dr_pitcher]

Po pierwsze wcale nie prosty
Po drugie wcale nie unikatowy jak gazeta to opisuje.
Piec minut na web of science i mozna znalezc dziesiatki artykulow
zawierajacych podobny pomysl

[bron]

A mnie się podoba ta informacja. To nie chodzi o to, że Polacy odkryli
tą metodę. Chodzi o to, że są tacy Polacy, którzy dobrze czują co się
bedzie działo w tej branży niedługo i próbują na własną rękę rozwijać
taki biznes u nas.