Drugi "Powrót superbestii"

[a_s_i_m_o]

Panie Redaktorze!

Prosze nie szerzyc tu jakiejs fizykofobii. Bo patrzac na ponizszy cytat od
razu przychodza na mysl teoretycy, fizycy i ewolucja.

Watson i Crick. Odkrywcy DNA.

Warto by w popularyzatorskim fachu wprowadzić ostrzegawcze systemy alarmowe:
współwystępowanie wyrazów "fizyk", "teoretyk" i "ewolucja" powinno włączać nie
gwizdek, lecz syrenę alarmową.

I jeszcze dodam

[a_s_i_m_o]

Uogolnianie z olbrzymiej ilosci przykladow (indukcja), rzadko kiedy jest
skuteczne uzywajac jedynie sil wlasnego mozgu. Nie obedzie sie bez
superkomputerow i nowoczesnej matematyki. A umiejetnosci obslugi jednego i
drugiego biologom na razie brakuje...

moze w Polsce

[krzys1231]

Nie obedzie sie bez
> superkomputerow i nowoczesnej matematyki. A umiejetnosci obslugi jednego i
> drugiego biologom na razie brakuje...

[a_s_i_m_o]

W zyciu nie spotkalem biologa ktory potrafilby cos wiecej na kompie niz krotki
program w matlabie albo innym interpreterze. Nie mowiac o niejednorodnych
ukladach rownan rozniczkowych.

A to tylko podstawa. Znajomosc fizyki tez slabiutka, a jak bez niej zrozumiec
chociaz biologie komorki?

fizyka dobra - biologia nie ...

[Gość: J_P]

no wlasnie i dlatego biologie powinni robic fizycy i informatycy ale jakos im
nie wychodzi stad robia ja ci co sie znaja. Ale ... : co to jest podwojna slepa
proba w medycynie ? - dwoch chirurgow nad wykresem EKG.

[a_s_i_m_o]

Fajne, to z chirurgami.

Oczywiscie fizycy nie moga sie zajmowac biologia, bo sie zajmuja fizyka :). Ale
osiagniecia biofizyki sa tez bardzo dostojne.

[Gość: zla_suka]

> no wlasnie i dlatego biologie powinni robic fizycy i informatycy ale jakos im
> nie wychodzi stad robia ja ci co sie znaja. Ale ... : co to jest podwojna slepa
>
> proba w medycynie ? - dwoch chirurgow nad wykresem EKG.

G_o_wno prawda. Przecietny informatyk nie jest w stanie rozwiazac numerycznie
prostego ukladu planetarnego (jedno slonce i 3 planety).

[Gość: Jacek]

Mysle, ze sprawiedliwiej byloby napisac "przecietny programista", a nie
"przecietny informatyk".

Pozdro,

J

[Gość: Jas_Wedrowniczek]

W Twoim otoczeniu jest bardzo niska "przeciętna" więc:

a) Zmień szybko informatyków z którymi się zadajesz,
- przeciętna pójdzie w górę!
b) NAUCZ się jakiegokolwiek języka programowania,
- sam staniesz się nieprzeciętny!

Pozdrawiam,
Jas_Wedrowniczek / Gdańsk

[Gość: Mariusz (Meksyk)]

> W zyciu nie spotkalem biologa ktory potrafilby cos wiecej na kompie niz krotki
> program w matlabie albo innym interpreterze.

No, to Kolega niewiele w zyciu widzial. Wprawdzie - co jest prawda - fizycy maja
opanowany szerszy aparat matematyczny niz przecietny biolog, ale sa wyjatki.
Wsrod biologw sa biofizycy, ekolodzy teoretyczni ktorzy uzywaja matematyki,
genetycy, biomatematycy etc.
Sam jestem takim biologiem, ktory uzywa matematyki i to nie tylko matlaba (tego
akurat nie potrafie uzywac), ale nawet pisze programy obliczeniowe ktore
zawieraja kilkadziesiat tysiecy linii kodu.

Proponuje zerknac do niektorych czasopism biologicznych i stwierdzi Kolega, ze
nie przesadzam.

Pozdrawiam

O.K.

[a_s_i_m_o]

Ja tylko mowie ze JA nie spotkalem :).

A ci ktorzy stosuja matematyke w biologii zazwyczaj sa po matematyce albo fizyce
(z tych ktorych spotkalem). Ale wiem, ze swiat jest szerszy niz moje horyzonty :)

Pozdrawiam kolege "po fachu" (Niemcy)

P.S.

[a_s_i_m_o]

Co Pan ma na mysli mowiac kilkadziesiat tysiecy linii kodu. Bo jakos nie wierze :)

[Gość: Marcinlet]

a_s_i_m_o napisał:

> W zyciu nie spotkalem biologa ktory potrafilby cos wiecej na kompie niz krotki
> program w matlabie albo innym interpreterze. Nie mowiac o niejednorodnych
> ukladach rownan rozniczkowych.
>
> A to tylko podstawa. Znajomosc fizyki tez slabiutka, a jak bez niej zrozumiec
> chociaz biologie komorki?
Biolog ma znać biologię, a nie fizykę. Chyba, że wyznajesz prymitywny
redukcjonizm, że wszystko da się sprowadzić do fizyki.

[Gość: wielguś]

> Biolog ma znać biologię, a nie fizykę. Chyba, że wyznajesz prymitywny
> redukcjonizm, że wszystko da się sprowadzić do fizyki.

najwiecej moga zdziałac naukowcy współpracujący, z racji tego że wszystkie dziedziny nauk na siebie zachodzą i moga się wspierać, ale jak się na siebie naukowcy wypinają na wzajem, to daleko nie zajądą...

[fotr]

Drogi Asimo. Można stąd wysnuć wniosek,że biologia nie istnieje.
pozdrowienia
Biolog

ufff, a juz sie wystraszyłem

[kremdorak]

że to Violetta Villas wraca na scene...

Sabbath, bloody sabbath...

[krzys1231]

Kto myślał, że chodzi o Tysona?

[Gość: ?]

?

[Gość: r39]

Kiedy niejaki Conway wymyślił rozrywkę komputerową
"Life" (życie), to do głowy mu nie przyszło dorabiać
do tego podobnych teorii. A mogłoby.
Nie, wcale na tym nie ucierpiał. Znamy go i lubimy
za to, że właśnie pokazał jak się można bawić nowym
(wówczas) urządzeniem, znanym dziś jako pecet.
W jakimś sensie jego pomysł przeszedł do historii
cywilizacji autentycznie inspirując innych, nie tylko
do czczej rozrywki.
A tu? Sam sobie pokombinuj, drogi Czytelniku - ja nie
jestem prorokiem.

Zabawne:)

[sothis666]

"Nie dziwi więc, że artykuł o superdrapieżnikach przyjęło do druku pismo fizyczne, a nie poświęcone paleontologii czy choćby ekologii populacyjnej. Recenzenci z tych dziedzin szybko bowiem zauważyliby nieadekwatność założeń modelu do realnych systemów biologicznych".

Co najmniej 10 z nas, wypowiadajacych sie na forum, dostrzeglo bez wiekszego trudu wady opisywanego eksperymentu. A zaryzykuje twierdzenie ze nie byli to "recenzenci z tych dziedzin":) (ja na pewno nie np;P)

Lekko źlosliwy ton wypowiedzi Prószyńskiego i Sabatha jest jak najbardziej na miejscu; to i tak niewielka kara za tak bolesnie bezkrytyczne odniesienie czysto matematycznego konstruktu do rzeczywistości...

Zabawne:) tak ale w innym sensie ...

[Gość: J_P]

... zwroc uwage ze wlasnie ta publikacja ( czy , scislej - info o niej) miala
jedna z wiekszych ilosci postow kompetentnych czy chocby rzeczowych a wiec
temat jest interesujacy dla licznych czytelnikow i pobudza do myslenia - juz za
znalezieie takiego tematu pracy naukowej nalezy sie moc +++++++ . A wiec
garatulacje !

[europitek]

Po przeczytaniu wersji artykulu "zalecanej" przez Lipowskiego, ale jeszcze do
konca nie "przetrawionej", mam wrazenie, ze on sam nie wie co wlasciwie wykazal
swoim modelem. Moim "szybkim" zdaniem: udalo mu sie pokazac, ze gatunek
(osobnik/replikator) lepiej przystosowany wypiera w procesie konkurencji o
zasoby srodowiska gatunki (osobniki/replikatory) gorzej przystosowane.
Pokazal tez, iz sam jest dobrze przystosowany.

PS. Najbardziej "trafia" mnie to "wysysanie z palcow".

[europitek]

Chyba znalazlem blad w modelu Lipowskich, na poziomie procedur wykonawczych, w
wyniku ktorego mniejszy drapieznik "zabija" wiekszego. Blad ten powinien
wplynac na "przezywalnosc" poszczegolnych "gatunkow" oraz tempo wypierania
jednych "gatunkow" przez drugie, ale wlasciwa jego wage mozna by zobaczyc po
zapuszczeniu poprawionego modelu.
Cytuje za artykulem wskazanym przez autora jako najlepiej oddajacym jego
intencje (link w artykule-odpowiedzi prof. Lipowskiego, rozdzial "Model" punkt
c.):
"For a predator of the site Mi it is possible to place an offspring at the site
J provided that J is not occupied by a predator (Xj=0 or Xj=1) or is occupied
by a predator (Xj=2 or Xj=3) but of a smaller size than Mi (in such a case the
smaller-size predator is replaced by an offspring of the larger-size predator)."
(Nazwy zmiennych pisze wielkimi literami dla poprawienia czytelnosci zapisu.)
Z tego wyjasnienia wynika, wedlug mnie, ze zastosowano bledna kolejnosc krokow
w programie:
1. mozliwosc umieszczenia potomka na danym polu J jest sprawdzana przez
porownanie wielkosci Mi rodzica (z pola I) z wielkoscia Mj drapieznika
aktualnie okupujacego pole J i jesli Mi>Mj, to na polu Mj jest lokowany potomek
drapieznika z pola I.
2. dopiero w kolejnym kroku jest obliczny rzeczywisty rozmiar potomka
drapieznika z pola I i rozmiar ten (w konkretnych przypadkach) moze byc
mniejszy od rozmiaru drapieznika zajmujacego pole J przed tym potomkiem.
W efekcie mniejszy potomek duzego drapieznika "zabija" innego drapieznika
wiekszego od siebie, a mniejszego od swego rodzica.

Jesli jest tak, jak to odczytalem, to jest to sprzeczne z zalozeniami modelu -
wieksze drapiezniki maja wypierac mniejsze. Chyba, ze znow autor cos nie
wyjasnil do konca lub pokrecil jedynie w opisie dzialania modelu. A moze ja
czegos nie rozumiem ?

[europitek]

Tym razem znalazlem chyba przyczyne "sukcesu ewolucyjnego" wielkich
drapieznikow w modelu Lipowskich. Ponizej krotki opis a w dodatkowym poscie
cytat z tekstu wskazanego przez prof. Lipowskiego jako najlepiej oddajacego
istote jego eksperymentu.

Ofiary i drapiezcy maja mozliwosc rozmnazania sie. Kazde wydanie na swiat
potomstwa zachodzi z pewnym prawdopodobienstwem i zalezy rowniez od spelnienia
dodatkowych warunkow. W przypadku ofiar prawdopodobienstwo wydania na swiat
potomstwa wynosi r i jest ustalane przez eksperymentatora (i stale dla
konkretnej symulacji), a w przypadku drapiezcow wynosi ono (1-r)mi, gdzie mi
oznacza rozmiar danego drapieznika-rodzica. Na moj rozum, to dla dowolnego r
prawdopodobienstwo wydania potomstwa jest proporcjonalne do rozmiarow
drapieznika.
Przyjecie takiej konstrukcji oznacza de facto, ze tempo rozmnazenia sie
drapieznikow zalezy od ich rozmiarow - czym wieksze, tym szybciej sie
rozmnazaja. Duze drapiezniki maja wiec przewage nie tylko z tytulu "zjadania"
mniejszych, lecz rowniez dzieki wyzszej wydajnosci "produkcji" potomstwa. A
roznice w tempie rozmnazania moga byc bardzo duze (wielokrotnosci), gdyz
rozmiar ciala waha sie 0<m<1.
Wielkie drapiezniki beda sie rowniez rozmnazaly znacznie szybciej od ofiar
(zwlaszcza przy przyjmowanym w artykule wskazniku r=0,2).

Takie rozwiazanie jest tez niezgodne z obserwowana w przyrodzie zaleznoscia, iz
wielkie zwierzeta generalnie rozmnazaja sie wolniej od malych.

W zwiazku z powyzszym mozna chyba powiedziec, ze symulacja ta musi prowadzic do
dominacji wielkich drapieznikow nie ze wzgledu na jakas "wewnetrzna dynamike",
lecz na bledne zalozenia. Prawdopodobnie (prawdopodobienstwo ->1), gdyby nie
ten wplyw rozmiaru drapieznikow na tempo ich rozmnazania w ogole nie byloby
nawet mowy o jakiejs dominujacej "superbestii" pozerajacej caly swiat.

Mam racje, czy tylko szukam dziury w calym ?

[europitek]

Fragment tekstu zalecanego przez autora jako najlepiej oddajacego "ducha"
modelu.

"2 Model
Numerical simulations and models of various levels of description have been
frequently used to study extinctions of species (Newman & Palmer, 2003). In the
simplest cases, the dynamics of models was formulated at the level of species
and had to refer to the notion of fitness that is not commonly accepted. In
more recent approaches, an individual-oriented dynamics has often been used and
although computationally more demanding, such models are considered as more
adequate (Caldarelli et al., 1998; Chowdhury et al., 2003; Coppex et al.,
2004). Our model uses the individual-oriented dynamics but in addition it
is spatially extended. Such a feature increases the computational complexity
even more but it also takes into account, e.g., dynamically generated spatial
inhomogeneities that sometimes are known to play an important role. Our model
can be also considered as a multi-species generalization of the already studied
spatially extended prey-predator model (Lipowski, 1999; Lipowski and Lipowska,
2000).
Our model describes a multi-species prey-predator system defined on a square
lattice of linear size N (Lipowski, 2005). At each site of a lattice i we have
an operator xi that specifies whether this site is occupied by a prey (xi = 1),
by a predator (xi = 2), by both of them (xi = 3), or is empty (xi = 0). Each
predator is characterized by its size m (0 < m < 1) that determines its
consumption rate and at the same time its strength when it competes with other
predators. Predators and preys evolve according to rules typical to such
systems (e.g., predators must eat preys to survive, preys and predators
can breed provided that there is an empty site nearby, etc.). In addition, the
relative update rate for preys and predators is specified by the parameter r (0
< r < 1) and during breeding mutations are taking place with the probability p.
Some more detailed definition of the model dynamics is given below:
(a) Choose a site at random (the chosen site is denoted by i).
(b) With the probability r update a prey at the site i (i.e., if xi = 1 or xi =
3, otherwise do nothing). Provided that at least one neighbor (say j) of the
chosen site is not occupied by a prey (i.e., xj = 0 or xj = 2), the prey at the
site i produces an offspring and places it on an empty neighboring site (if
there are more empty sites, one of them is chosen randomly). Otherwise (i.e.,
if there are no empty sites) the prey does not breed.
(c) Provided that i is occupied by a predator (i.e., xi = 2 or xi = 3) update
this site with the probability (1 - r)mi, where mi is the size of the predator
at site i. If a chosen site is occupied by a predator only (xi = 2), it dies,
i.e., the site becomes empty (xi = 0). If there is also a prey there (xi = 3),
the predator consumes the prey (i.e., xi is set to 2) and if possible, it
places an offspring at an empty neighboring site. For a predator of the size mi
it is possible to place an offspring at the site j provided that j is not
occupied by a predator (xj = 0 or xj = 1) or is occupied by a predator (xj = 2
or xj = 3) but of a smaller size than mi (in such a case the smaller-size
predator is replaced by an offspring of the larger-size predator). The
offspring inherits its parent’s size with the probability 1-p and with the
probability p it gets a new size that is drawn from a uniform distribution."

Zlosliwy ton wypowiedzi Prószyńskiego i Sabatha

[Gość: Miś]

sothis666 napisał:
> Lekko źlosliwy ton wypowiedzi Prószyńskiego i Sabatha jest jak najbardziej
> na miejscu

Wypowiedzi prof. Jerzego Prószyńskiego i mgr Karola Sabatha członka Komitetu
Biologii Ewolucyjnej i Teoretycznej PAN sugeruja naukowa polemike. Zlosliwy ton
tych wypowiedzi sugeruje jednak wrogosc do jakiejkolwiek konkurencji, do obrony
swego podworka. Niestety otwarta wrogosc i agresywne zwalczanie jakichkolwiek
innych hipotez niz wlasne to skuteczna metoda na blokowanie rozwoju nauki.

[Gość: Marcinlet]

Gość portalu: Miś napisał(a):
> Wypowiedzi prof. Jerzego Prószyńskiego i mgr Karola Sabatha członka Komitetu
> Biologii Ewolucyjnej i Teoretycznej PAN sugeruja naukowa polemike. Zlosliwy
ton
>
> tych wypowiedzi sugeruje jednak wrogosc do jakiejkolwiek konkurencji, do
obrony
>
> swego podworka. Niestety otwarta wrogosc i agresywne zwalczanie jakichkolwiek
> innych hipotez niz wlasne to skuteczna metoda na blokowanie rozwoju nauki.
Tak, wiemy: skostniała nauka, sekciarstwo, boją się nowych hipotez bo może się
okazać. że są lepsze. Już Daniken się poznał na tych naukowcach. ;)

Otwarte umysły

[Gość: Jas_Wedrowniczek2]

Ja także zauwazyłem jak dużo krytyków i tych "widzacych szerzej" wyżywa się na
tym fizyku. Zabrał się za temat z dziedziny biologii i co?

Wyszedł mu ciekawy eksperyment, zgodnie z opinią ekspertów prowadzacy raczej na
manowce, a na pewno żle uwarunkowany, gdy spojrzy na niego kompetentny biolog.
Krytycy dziwią się głównie - jak coś takiego mogło być opublikowane w poważanym
czasopiśmie?

Może jednak zamiast krytykować i ironizować warto skonstatować, jak wielką
sztuką jest być specjalistą w kilku dziedzinach naraz. Nie jest większą sztuką
(poza determinacją chyba) badać przez 20 lat życie seksualne ślimaka winniczka.
Dużo rzadsze są umiejętności interdyscyplinarne.
Fizyk pewnie nie skonsultował tego z rzadnym biologiem, zapuścił się na mniej
znany dla siebie teren biologii i się trochę poparzył.

A pomyślcie ile do odkrycia jest dla dobrych zespołów interdyscyplinarnych!
np. fizyka + biologa + informatyka + genetyka + matematyka .
(wymieniam tylko te dziedziny, które sam na poziomie popularnonaukowym jakoś
czuję).
Jesli ktoś samodzielnie porywa się na pracę interdyscyplinarną to ma większe
szansę coś odkryc ale i trafić kulą w płot. Tym większy szacunek dla otwartych
umysłów typu Leonardo Da Vinci...

[Gość: Karol Sabath]

Model jest na pewno ciekawy, i to, że w warunkach tego wirtualnego świata
dochodzi do cyklicznego "wielkiego wyżerania" jest interesujące. Krytyka
dotyczy tylko zasadności przenoszenia tego modelu na ziemską biosferę i
traktowania jako wyjaśnienie wielkich wymierań w naszym świecie. Niestety,
czasy Leonardów da Vinci się skończyły - dziś trzeba po prostu tworzyć
interdyscyplinarne zespoły badawcze, bo nikt nie może juz ogarnąć całej
wiedzy...

[Gość: Paweł Siwak]

Model jest typowym automatem komórkowym. Zajmuję się automatami komórkowymi.
Jednak tutaj model nie jest jednoznacznie zdefiniowany, stąd nie jest możliwa
jego weryfikacja. Oto przykłady:
1. Nie podano jak rozumiane jest sąsiedztwo (8 wokół czy cztery?).
2. Zmiany stanów komórki (tj. wartości zmiennej xi) oraz jej sąsiada xj, nie są
podane jednoznacznie; np.:
2a. Raz jest napisane [w (c)], że dla xi = 2 zachodzi "update the site with the
probability (1-r)mi", a nieco dalej, że "it dies". A więc drapeżnik ginie, czy
ma szansę przeżyć?
2b. Podobnie dla ofiar: podano [w (b)], że dla xi = 3 "update the prey with the
probability r", a nieco niżej [w (c)]: "the predator consumes the prey". I
znowu czy ofiara ma szansę przeżyć, czy ginie?

Będę wdzięczny jeśli Pan prof. Lipowski rozwieje moje wątpliwości.
Czy można prosić o postać tabelkową dla wszystkich możliwych par wartości
zmiennych xixj?
Taka tabelka mogłaby sprawę definitywnie wyklarować.

Pozostają jeszcze inne poważne wątpliwości co do samej dynamiki modelu.
Czy będzie ona taka sama jeśli uaktualniać w jednym kroku jednocześnie większą
ilośc miejsc sieci, lub może nawet wszystkie (taka równoległość w przyrodzie ma
faktycznie miejsce)? Wiadomo z teorii AK, że dynamika będzie inna (okresy i
zbieżności).

Z szanowaniem
P.S.

[Gość: oszołomobójca]

>>Fizyk pewnie nie skonsultował tego z rzadnym biologiem

a juz na pewno z polonista ;-))

[europitek]

Jezyk, jak i polityka z definicji naleza do dziedzin, na ktorych wszyscy sie
znaja. :)

[Gość: Borys]

A propos, tyranozaur zostal ostatnio (jakies 3 lata temu) zdetronizowany z
piedestalu najwiekszego drapieznika przez jeszcze wiekszego giganotozaura z
patagonii. Tak tylko celem sprostowania zdjecia :)

[Gość: Karol Sabath]

W odpowiedzi prof. Lipowskiego, a także w dyskusji na forum, pojawił się wątek
domniemanego zazdrosnego strzeżenia przez biologów swojej działki przed
konkurentami. Oczywiście nie jest tak, by fizycy czy matematycy nie mogli
wnieść ważnego wkładu w biologię (przeciwnie - wielu ma duże zasługi dla
biologii teoretycznej). Podobnie absurdalne byłoby zabranianie biologom
sięgania po komputery czy narzędzia statystyczne przez zazdrosnych informatyków
lub matematyków.
Rzecz w czym innym. Matematyka i fizyka opisuje zazwyczaj układy nieporównanie
prostsze od biologicznych. Ta skłonność do uproszczeń czasem sprawia, że modele
rozważane przez matematyków czy fizyków pozbawione są kluczowych cech realnych
układów, których zachowanie mają odwzorowywać. Gdyby fizyk zaczął rozważania o
ewolucji lokomocji dinozaurów od "Wyobraźmy sobie kulistego dinozaura o
promieniu r i masie m toczącego się z prędkością v...", byloby oczywiste, że
przy całej poprawności wywodu nie powie nam on nic o biofizyce realnej anatomii
dinozaurów.
Innymi slowy, nie chodzi o to, że biolodzy są zazdrośni o to, że ktoś ośmiela
się wkraczać na ich teren. Chodzi o to, że opisany scenariusz cyklicznego
pojawiania się superdrapieżcy, który zjada całą biosferę i ginie z głodu nie
jest dobrym wyjaśnieniem wielkich wymierań obserwowanych w zapisie kopalnym.
Nie jest zaś dlatego, że nie uwzględnia kluczowych faktów.
Po pierwsze, "wewnętrzne" przyczyny wymierań były od dawna przez samych
biologów sugerowane. W I połowie XX wieku powszechne były poglądy o tym, że np.
mezozoiczne "jaszczury" wyginęły, bo przegrały konkurencję ze ssakami, były za
duże, za głupie, czy z innych powodów wpędziły się w "ślepy zaułek" ewolucji.
By zacytować prof. Lipowskiego: widziano w tym przejaw ""odsunięcia od władzy"
jurajskich gigantów przez niepozorne wówczas ssaki, których rozmiary uległy
następnie istotnemu powiększeniu" (dziś oczywiście nikt już nie przypisuje
ssakom odsunięcia dinozaurów od władzy, bo same ssaki ucierpiały z końcem kredy
równie poważnie jak dinozaury, a wcześniej nie stanowiły dla nich konkurencji,
zajmując zupełnie inne nisze). Przywoływanie katastrof kosmicznych było
niedopuszczalne jako "deus ex machina". Dopiero kiedy coraz bardziej jasne
stawało się, że wewnętrzne biologiczne mechanizmy nie nadają się na wyjaśnienie
synchronicznego wymierania na skalę globalną, zaczęto w desperacji szukać
nieaktualistycznych wyjaśnień.
Po drugie, omawiany model symuluje jedynie konkurencję drapieżników (kto
większy, ten lepszy), a nie wyścig zbrojeń z udziałem ofiar. Jednak nawet dla
pojedynczych ekosystemów ten model jest trudny do zaakceptowania (duży
drapieżnik np. będzie słabo sobie radził z małymi, zwrotnymi czy nadrzewnymi
ofiarami). Gdyby ewolucja ekosystemów przebiegała w ten sposób, w każdym
ekosystemie wkróce byłby jeden drapieżnik. Tymczasem np. lew nie eliminuje
lampartów, gepardów, likaonów, hien, szakali, drapieżnych ptaków, lisów,
surykatek, drapieżnych jaszczurek, węży itp.
Wtargnięcie superdrapieżnika może podkopać jakiś ekosystem (np. po powstaniu
Przesmyku Panamskiego imigracja kotów i innych nowoczesnych drapieżników do
Ameryki Pd. mocno zachwiała fauną dużych ssaków i ptaków tego kontynentu, ale
nie doprowadziła do radykalnej przebudowy fauny wodnych bezkręgowców czy ryb.
Po trzecie, model superdrapieżnika nie może wyjaśnić równoczesnego krachu
ekosystemów na izolowanych lądach i w ekosystemach morskich, ani licznych
markerów fizycznych zmian (warstewki irydowe, wahnięcia poziomu morza,
odchylenia krzywej izotopowej tlenu, sadza, piki zarodników paproci i grzybów)
towarzyszących wielkim wymieraniom.
Dlatego hipoteza harakiri popełnianego przez biosferę za sprawą regularnego
wytwarzania superdrapieżnika nie wydaje się sensowna z punktu widzenia biologa
czy paleontologa (a nie dlatego, że ośmielił się ją wymyślić ktoś spoza
branży).

[Gość: Geniusz]

Eee... Nie znasz się pan. Odchylenia krzywej izotopowej tlenu tworzyły krowy
robiąc dziurę ozonową poprzez przechowywanie mleka w lodówkach z freonem.
Organizmy powymierały właśnie przez tą dziurę. Jak powymierały ryby, to nie
zajmowały miejsca w wodzie i poziom się wachnął. Warstewki irydowe to też z
lodówek (bo one irydowe wkładki miały.
Czy dostanę za tęśmiałą koncepcję jakąś nagrodę?

[Gość: Q.I.]

;)

CELE:Prosty sposób sprawdzenia kto ma rację: pomiar autorytetu:)

METODY:
Założenie: autorytet ~ wiedza i mądrość ~ stopień poznania prawdy.
Miara autorytetu = indeks cytowań.

/*Jakby to zrobić wieczorem i w necie, na szybko... OK - google! Wpisujemy....*/

WYNIKI:
"Adam Lipowski" ---> 582
"Jerzy Prószyński" ---> 141

/*Hehehe... eee.. ee? Zaraz... nie "ószyń" ale "oszyn", w końcu jak sławny to
cytowany w świecie! No to jeszcze raz:*/

"Adam Lipowski" ---> 582
"Jerzy Proszynski" ---> 15 700

/*I jeszcze szybka weryfikacja - ktoś o zbliżonych poglądach do Proszynski'ego:*/
"Karol Sabath" ---> 832

WNIOSKI: Rację ma prof. George Proszynski, a prof. Adam Lipovsky sie pomylił.

Ukłony,
Q.I.

Dyskusja czy strzezenie wlasnego podworka?

[Gość: Miś]

Gość portalu: Karol Sabath napisał(a):
> W odpowiedzi prof. Lipowskiego, a także w dyskusji na forum, pojawił się
> wątek domniemanego zazdrosnego strzeżenia przez biologów swojej działki ...

Dziekuje za rzeczowa krytyke publikacji Prof. Lipowskiego. Dziekuje rowniez za
unikanie zwrotow "kosmiczna bzdura", "prymitywna wulgaryzacja" i "włączanie
syreny alarmowej" gdy ktos spoza grona swoich biologow osmiela sie opublikowac
publikacje z hipoteza wyginiecia dinozaurow. Chyba zacytowawszy terminy uzywane
przez prof. Jerzego Prószyńskiego mam prawo napisac, ze sa one aroganckie i
wspolczuje ludziom, ktorzy sa skazani na prace z tym profesorem
(przypuszczam ,ze biologowie w Polsce moga miec trudnosc ze znalezieniem innej
pracy). Poniewaz Prószyński nie uzywa ani jednego rzeczowego argumentu poza
inwektywami w stosunku do innego profesora wiec wydaje mi sie on byc
pracownikiem naukowym, ktory zapomnial lub nigdy nie nauczyl sie elementarnych
zasad rzeczowej polemiki. Byc moze jest ignorantem w dziedzinie dinozaurow,
ktory strzeze tylko podworka biologow podpierajac sie swoim tytulem profesora
uzyskanym w dziedzinie nie zwiazanej z ani z dinozaurami ani z symulacja
komputerowa.

[Gość: Michał]

Chyba sprawe wyjaśnia cytat z wypowiedzi Profesora
Prószyńskiego: "modelowanie komputerowe procesów w
przyrodzie musi być oparte na wystarczającym zestawie
faktów, a nie na błysku inteligencji". Czyli według
niego inteligencja nie jest biologowi potrzebna ...

[Gość: Karol Sabath]

Gratuluję stanowczości dalekosiężnych wniosków - dotyczących osobowości prof.
Prószyńskiego i tragicznego losu jego podwładnych/skazańców - wyciągniętych na
podstawie krótkiego komentarza polemicznego...
A serio: listy zbulwersowanych czytelników do gazet (podobnie jak typowe
dyskusje na forum) są formą literacką premiującą lapidarność i wyrazistość
sformułowań, maja wyrażać odczucia czytelnika, a nie kłaść nacisk na naukowe
wyważanie argumentów. Naukowy elaborat uzasadniający swoje racje z pełną
argumentacją za i przeciw ma małe szanse w rubryce "listy do redakcji". Może
prof. Prószyński napisze tym stylu obszerny tekst do czasopisma, które
opublikowało artykuł prof. Lipowskiego. A może zrobi to ktoś z badaczy
zajmujących się wielkimi wymieraniami (wśród których jest zresztą sporo
fizyków, bo jest to interdyscyplinarna dziedzina).

[Gość: zla_suka]

> Rzecz w czym innym. Matematyka i fizyka opisuje zazwyczaj układy nieporównanie
> prostsze od biologicznych.

Oj! Chyba nie ma pan ZIELONEGO pojęcia o współczesnej fizyce!

> Gdyby fizyk zaczął rozważania o
> ewolucji lokomocji dinozaurów od "Wyobraźmy sobie kulistego dinozaura o
> promieniu r i masie m toczącego się z prędkością v...", byloby oczywiste, że

Fizyka i matematyka nie kończą się na szkole średniej, prosze mi wierzyć.

[Gość: Karol Sabath]

Nie chciałem powiedzieć, że układy biologiczne nie są zarazem poddane prawom
fizyki czy coś w tym rodzaju. Ale - o ile wiem - wciąż matematyczno-fizyczne
modele radzą sobie dobrze z prostymi obiektami (np. ewolucja gwiazd),
wspomagane superkomputerami mogą nawet pokusić się o opisywanie i modelowanie
nieco bardziej skomplikowanych, takich jak ruch powietrza w atmosferze i
przewidywanie pogody na najbliże parę dni, natomiast z trudem nadają się do
opisu pojedynczego żywego organizmu, a tym bardziej długofalowej ewolucji
biosfery realistycznie modelowanego od poziomu genów do ekosystemów. Dlatego w
modelach takich trzeba radykalnie upraszczać. Sęk w tym, czy uproszczony model
nie pomija ważnych aspektów rzeczywistego modelowanego zjawiska.
Mój retoryczny przykład nie miał sugerować, że fizyka kończy się na wiedzy
licealnej, a tylko dać do zrozumienia, że model komórkowy prof. Lipowskiego ma
się tak do faktycznej złożoności ewoluującej biosfery jak "kulisty dinozaur" do
lokomocji prawdziwego dinozaura (którego minimalnym adekwatnym modelem byłby
układu prostych dźwigni składających się na szkielet kończyn plus pewne
dodatkowe ograniczenia anatomiczno-fizjologiczne).
W skrócie: chodziło mi o to, że model jest ZBYT UPROSZCZONY (czego w nim
brakuje - wyliczyłem już gdzie indziej).

Modelowanie komputerowe

[Gość: Miś]

Gość portalu: Karol Sabath napisał(a):
> W skrócie: chodziło mi o to, że model jest ZBYT UPROSZCZONY ...

Kazdy model jest uproszczony. Jednak nawet bardzo uproszczony model pozwala
lepiej zrozumiec jak dziala rzeczywisty system fizyczny lub w tym przypadku
biologiczny. Aby tak sie stalo trzeba model doskonalic poprawiajac symulacje
komputerowa aby zblizyla sie do symulowanej rzeczywistosci. W tym przypadku
nastapil konflikt osobowosci - jak wybitni profesorowie z dwu odrebnych
dziedzin moga ze soba wspolpracowac? W praktyce biolog powinien zatrudnic
programiste aby symulowal uklad biologiczny. W ten sposob definiuje sie na
poczatku "porzadek dziobania" i profesor biolog nie musi obrzucac wyzwiskami
konkurenta.

Gość portalu: Q.I. napisał:
> Prosty sposób sprawdzenia kto ma rację: pomiar autorytetu:
> "Jerzy Proszynski" ---> 15 700

Rzeczywiscie imponujace! Ale w jakiej dziedzinie sa te cytowania? Dinozaurów
czy pająków? Cytowania w jego wąskiej specjalnosci mogly spowodowac taki
przerost ego u Proszynskiego, ze uwaza siebie za eksperta od wszystkiego.

[Gość: Karol Sabath]

Gość portalu: Miś napisał(a):

> nawet bardzo uproszczony model pozwala lepiej zrozumiec jak dziala
> rzeczywisty system fizyczny lub w tym przypadku
> biologiczny. Aby tak sie stalo trzeba model doskonalic poprawiajac symulacje
> komputerowa aby zblizyla sie do symulowanej rzeczywistosci.
> W praktyce biolog powinien zatrudnic programiste aby symulowal uklad
> biologiczny. W ten sposob definiuje sie na poczatku "porzadek dziobania".

No właśnie. Symulacja powinna spełniać warunek minimum zgodności z modelowanym
systemem. I biolodzy właśnie na to w tej dyskusji zwracają uwagę (np. ja -
pisząc, że hipoteza opublikowana przez fizyka w czasopiśmie fizycznym zapewne
nie miała okazji być wcześniej poddana wnikliwej krytyce - choćby na etapie
recenzji - przez specjalistów z zakresu biologii, zwłaszcza ekologii, czy też
paleontologii. Matematyka pozwala budować bardzo ciekawe modele, ale o tym, czy
opisują one nasz świat, czy jakąś alternatywną (nie mniej ciekawą
rzeczywistość, powedzmy "fizykę Star Treku") decyduje ich zgodność z wieloma
empirycznymi faktami (na co zwracał uwagę prof. Prószyński). Model może być
bardzo błyskotliwy intelektualnie i dawać nietrywialne przewidywania, ale
chodzi o to, czy spełnia kryterium adekwatności do realnego, ziemskiego świata
przyrody, a nie tylko pokazuje rozwój wirtualnego świata rządzącego się INNYMI
prawami.
Dlatego sensowne tłumaczenia zjawisk biologicznych wymagają przynajmniej
konsultacji biologów. I dlatego specjaliści z danej dziedziny mają prawo
krytykować pomysły przedstawiane na jej temat przez ludzi z innej dyscypliny,
którzy mają wprawdzie świeże spojrzenie i własne narzędzia analityczne, ale
może im umknąć jakiś istotny aspekt oczywisty dla reprezentanta owej dziedziny.
Myśle, że naukowcy z dowolnej dziedziny stykają się z outsiderami, którzy
radośnie oznajmiają im, że oto rozstrzygnęli jakiś problem (perpetuum mobile,
budowę piramid, leczenie rak itp.) i są nieco przeczuleni na
punkcie "nawiedzonych dyletantów". Biolodzy np. miewaja regularnie do czynienia
z [nielicznymi! nie jest to uogólnienie!] fizykami, którzy np. udowadniają
probabilistycznie niemożność biogenezy, korzystnych mutacji i w ogóle ewolucji,
wbrew empirii i mimo że dobór naturalny jest jak na biologię wyjątkowo prosty
konceptualnie. Myślę, że to właśnie skojarzenie uruchomiło alergiczne odruchy
prof. Prószyńskiego...
W każdym razie do zgłębienia tak złożonego zagadnienia jak mechanizmy wielkich
wymierań potrzebne jest uwzględnienie bardzo wielu danych i stąd potrzebna jest
współpraca interdyscyplinarna (z nieodzownym udziałem biologów różnych
specjalności).

Historia pewnych kotow

[meehow1]

Dawno temu przeczytalem gdzies nastepujaca historyjke. Otoz jakies 100 lat temu
z pewnego statku wysadzono na mala bezludna wysepke parke kotow. Co kilka lat
sprawdzano, co sie z nimi dzieje. Koty te strasznie sie rozmnozyly i po jakims
czasie zezarly wszystko, co sie nadawalo dla nich do jedzenia: drobne gryzonie,
ptaszki itp. Podejrzewano, ze w tej sytuacji cala populacja kotow wyginie. Przy
kolejnej wizycie na wysepce (po nastepnych kilku latach) okazalo sie jednak, ze
koty nauczyly sie plywac i lapac ryby...
Nie pamietam, gdzie to wyczytalem i czy ta historia jest prawdziwa. Moze ktos
ja tez slyszal i jest w stanie zweryfikowac? Jako laik w biologii ewolucyjnej
(i kazdej innej zreszta) nie wiem, co o tym myslec. Jakie konsekwencje ma ta
historia - o ile jest prawdziwa - dla prezentowanych modeli?

--

"Najwazniejszy jest czlowiek i wszystko inne nalezy mierzyc jego interesem"

Metoda na niektorych profesorow biologii

[Gość: Miś]

Znam autentyczne zdarzenie z konferencji biologow. Jednen profesor biolog,
pracownik instytutu PAN w Warszawie, niezadowolony z wystapienia swojej
asystentki zaczal na nia krzyczec w kuluarach. Obecny tam dziennikarz widzac
to, podszedl do tego profesora i powiedzial mu "Przestan krzyczec chamie!".
Profesora zatkalo i przestal krzyczec.

[Gość: Karol Sabath]

Myśle, że w każdym środowisku zawodowym można spotkać choleryków, albo facetów
odnoszących się do asystentek/studentek w naganny sposób (sądząc po
anegdotycznych przykładach z uczelni technicznych i kierunków ścisłych nie
brakuje ich też wśród fizyków czy matematyków). Nawet jednak gdybyśmy uzyskali
drogą ankiety na tym forum przybliżony obraz dystrybucji profesorów z
przerośniętym ego w poszczególnych dyscyplinach - od teologii, sztuk pięknych i
humanistyki poprzez biologię i medycynę aż po fizykę i matematykę - niewiele
nas do zbliży do oceny meritum dyskusji - czyli do trafności modelu wielkich
wymierań jako "wielkich wyżerań" (nazwa wymyślona przez dyskutanta forum
paleontologia.pl). Apelowałbym do dyskusji na temat samego modelu, a nie bicia
piany na temat tego, że biolodzy to ogólnie chamy, albo że jak ktoś się zajmuję
ekologią pająków to nie ma prawa krytykować fizyków rozstrzygających planetarne
problemy ekologii na podstawie prostych modeli numerycznych. Nakręcanie
antagonizmów grupowych jest bardzo łatwe (co pokazują eksperymenty
psychologiczne z losowym przydziałem do grup), ale naprawdę do niczego
sensownego nie prowadzi.

[meehow1]

Gość portalu: Karol Sabath napisał(a):

> Apelowałbym do dyskusji na temat samego modelu

No wlasnie - dlaczgo panowie Mis i Sabath podczepili sie pod moj post o
kotach??? ;)

--

"Najwazniejszy jest czlowiek i wszystko inne nalezy mierzyc jego interesem"

antagonizmy grupowe i wplyw pająków

[Gość: Miś]

Gość portalu: Karol Sabath napisał(a):
> ... że biolodzy to ogólnie chamy, albo że jak ktoś się zajmuję
> ekologią pająków to nie ma prawa krytykować fizyków rozstrzygających
> planetarne problemy ekologii na podstawie prostych modeli numerycznych ...

Juz wczesniej napisalem, ze podobaja mi sie wypowiedzi pana Karolem Sabatha w
kwestiach palentologii. Sa rzeczowe w przeciwienstwie do wypowiedzi fachowca od
pajakow prof. Jerzego Prószyńskiego. Sam od czasu do czasu zajmuje sie
modelowaniem komputerowym ale w dziedzinie elektroniki. Zdaje sobie wiec sprawe
z jej zalet i ograniczen.

Prof. Prószyński nie dyskutowal z prof. Lipowskim tylko apelowal aby fizycy nie
wtracali sie do teorii paleontologicznych, bo sa rezultatem sa "kosmiczne
bzdury". Wiec pomyslalem, ze prof. Prószyński pewnie przejal obyczaje od
niektorych pajakow. Rok temu ugryzl mnie pajak "black widow - czarna wdowa" i
zajelo mi ze dwa miesiace aby sie wyleczyc ze skutkow tego ugryzienia. Moze
jestem teraz uczulony na wszystko związane z pająkami?

[Gość: Karol Sabath]

Jako dinozaurolog miewam od czssu do czasu do czynienia z autorami nowych
hipotez na temat ich wyginięcia. Zwykle staram się najpierw wskazać słabe
strony takich hipotez, nawet oszołomsowatych, i dopiero kiedy autor ignorując
krytykę dalej domaga się, żeby mu przetłumaczyć wiekopomny elaborat na
angielski i ułatwić publikację w światowym czasopiśmie wyłączam się z
korespondencji. Generalnie, uważam, że outsiderzy powinni poddawać swoje
koncepcje weryfikacji specjalistów. Prof. Lipowski opublikował pracę z
dziedziny ekologii teoretycznej w piśmie fizycznym (to tak jakby biolog w
piśmie biologicznym publikował artykuły o budowie gwiazd). Nic dziwnego, że
taka taktyka budzi ostrą reakcję biologa (zważywszy na precedensy innych
fizyków wypowiadających się na temat teorii ewolucji z powołaniem
na "matematyczne dowody" - głównie probabilistyczne - z ewidentnym
niezrozumieniem mechanizmów ewolucyjnych, i w związku z tym argumentujących
kulą w płot). Myślę, że prof. Prószyński miał równie zniechęcajace
doświadczenia z fizykami teoretyzującymi o ewolucji jak Miś z pająkami...
Ważne natomiast, że dyskusja na forum pokazuje, że krytyka modelu nie wynika
tylko z urażonej ambicji biologów, ale ma podstawy merytoryczne - model nie
tylko nie uwzględnia wielu faktów geologiczno-paleontologicznych dotyczących
wielkich wymierań (ślady nagłych zmian środowiska fizycznego, niemożność
synchronicznego opanowania wszystkich izolowanych regionów i środowisk przez
superdrapieżnika, brak skamieniałości takich kosmopolityczych superdrapieżców
tuż przez wymieraniami), ale ma wewnętrzne cechy (różniące go od rzeczywistych
ewoluujących ekosystemów), które sprawiają, że zachodzi efekt cyklicznej
eksplozji populacyjnej "superdrapieżnika". Jak zwracali uwagę inni dyskutanci w
tym wątku (i w forum "Prof. Lipowski odpowiada..."), 1) "ofiary" nie ewoluują,
nie przystosowują się do drapieżnika, czyli de facto model opisuje nie tyle
ewolucję drapieżników, co konkurencję roślin o skończoną podaż zasobów o
ograniczonej odnawialności (np. gleby); 2) potomstwo większego "drapieżnika"
(rośliny) ma "od małego" przewagę nad większymi dorosłymi konkurentami; 3)
większy nie tylko z założenia modelu ma przewagę w konkurencji o zasoby, ale
szybciej się mnoży. Z takich założeń nieuchronnie wynika trend do
upowszechniania się większych kosztem mniejszych. Gdyby jednak model był
uniwersalnie trafny (a ma być opisem prawidłowości działającej w całych
dziejach biosfery, tłumaczącym wymierania), to musielibyśmy go stale obserwować
już w skali mikro, w pojedynczych ekosystemach. Wśród roślin powinny wygrywać
większe (o rozleglejszym systemie korzeniowym, zawłaszcząjącym więcej zasobów),
wydające więcej nasion, po czym taki megalas powinien wyjaławiać glebę
doszczętnie i ginąć pozostawiając pustynię)... Wydaje się, że teza prof.
Prószyńskiego o tym, że fizycy powinni ostrożnie brać się za wyjaśnianie
biologom mechanizmów ekologicznych nie jest taka bezzasadna.

[Gość: historyk]

To prawda historyczna, ale nie do konca.
Mialo to miejsce w XVI wieku na jednej z wysp karaibów, jakiejs malej, przy
ktorej rozbil sie hiszpanski statek wiozacy ladunek kotow z europy dla
Cortazara. Statek sie rozbil, a koty rozmnozyly. Kiedy kilka lat poxnej
znalezli ten statek i wysepke, to byly na niej koty, oraz trupy ludzi zjedzone
przez koty, oraz dwa statki.

[meehow1]

Jestes pewien, ze to ta sama historia? Nie twierdze, ze Twoja jest
nieprawdziwa, ale roznice sa zbyt wielkie.

--

"Najwazniejszy jest czlowiek i wszystko inne nalezy mierzyc jego interesem"

[Gość: Karol Sabath]

wtedy koty były chyba dla Corteza, nie Cortazara? :-)
PS. W kocim podwątku znalazłem się przedtem tylko dlatego, że odpowiedziałem na
post Misia, który się znalazł w tym podwątku... Tak wyszło...

A gdyby tak napisać replikę do Physical Review E?

[Gość: Karol Sabath]

Może by wysiłek myślowy uczestników forum zaowocował czymś nieco trwalszym niż
archiwum elektroniczne portalu GW? Sądzę, że artykuł o cyklicznym samobójstwie
biosfery za pomocą erdrapieżnika przez to, że ukazał się w czasopiśmie
fizycznym może umknąć uwadze biologów, paleontologów, modelarzy ekologicznych
itp. A szkoda, żeby przpadły spostzeżenia i analizy tu poczynione... Może by
tak napisać do Physical Review E krótki komentarz po angielsku zbierający nasze
uwagi krytyczne wobec modelu, a zwłaszcza jego biologiczno-paleontologicznej
interpretacji? Zwracam się tu zwłaszcza do "europiteka" i Pawła Siwaka. Ja
mógłbym napisać część paleontologiczną, ale nie chciałbym sobie przypisywać
autorstwa spostrzeżeń dotyczących szczegółowych matematycznych własności
modelu... Zapraszam do przeniesienia się (wraz ze swoimi spostrzeżeniami) na
forum paleontologia.pl (o dłuższym okresie półtrwania) w celu dalszej
dyskusji...

[europitek]

Generalnie nie widze przeszkod - moze poza niemoznoscia zarejestrowania sie na
paleontologia.pl (bede jeszcze probowal).
Model jest na tyle prosty, ze mozna sprobowac go powtorzyc, a raczej zrobic
wlasny bardzo podobny. Szczerze mowiac, to juz go mocno "rozgrzebalem" i jestem
dobrej mysli - moze w ciagu kilku najblizszych dni uda mi sie go skonczyc.

[Gość: Paweł Siwak]

To dobry pomysł. Sprobuję przekazać jeszcze parę dalszych uwag
i wątpliwości, które mi się nasuwają. Może zwarte ich opracowanie
zaowocuje lepszym zrozumieniem co jest efektem poczynionych założeń.
co jest "tylko" własnością modelu, a co wynika z jego interpretacji
(i czy nie jest ona nadinterpretacją).
A przede wszystkim pozwoli sam model zweryfikować i - jak sądzę -
uściślic. Jest to bardzo ważne, gdyż opis wydaje mi się niepełny.
Nawiążę kontakt na wskazanym forum.

P. S.