smieci w genomie

[Gość: Piotrek]

Czy naukowcy troche nie przesadzaja twierdzac ze tylko czesc genomu w ktorej zapisane sa sekwencje aminokwasow w bialkach i czesc genomu potrzebna do regulacji syntezy tych bialek sa wazne. Czy reszta to rzeczywiscie smieci? Cos duzo tych smieci. Czy ktos z czytelnikow wie moze czy probowano stworzyc mysz pozbawiona jakiegos smiecia w genomie tak jak sie tworzy myszy pozbawione genow i obserwuje konsekwencje?
Piotrek

[Gość: patefon]

staryyyy z ust mi to wyjales
doswiadczenia przeszlosci z naukami przyrodniczymi kaza sie raczej spodziewac ze to co dzisiaj wydaje sie badaczom nieistotne za kilka lat moze okazac sie wazne
pozyjemy zobaczymy

[Gość: hevel]

jeżeli chcesz coś się o tym dowiedzieć, to radz zacząć od podstaw genetyki. Jest w tej chwili nawet sporo wydawnictw popularno -naukowych, które mogą w sposób dość przystępny wytłumaczyć zawilości genomu. A tak na marginesie, to przyroda nie lubi próżni, a określenie śmieci na nieczynny materiał genetyczny jest dość karkołomne.

[Gość: piotrek]

Mam nadzieje ze znam podstawy genetyki. Poza tlumaczeniem o intronach ze moga byc raczej dowolne ( z wyjatkiem kilku nukleotydow potrzebnych do splicingu) i o tym ze niektore sekwencje jak np w telomerach maja sluzyc utrzymaniu np wlasciwej budowy chromosomow nie widze zbyt wielu informacji. Czy nie zastanawia cie dlaczego ten nieczynny DNA bardzo czesto zbudowany jest z kilku-nukleotydowych identycznych lub bardzo podobnych powtorzen. Mam na mysli mini czy mikrosatelitarny DNA zeby byc bardziej konkretnym. Tylko niewielka czesc tego DNA moze wiazac np czynnili transkrypcyjne po to zeby regulowac transkrypcje. Wiem np ze kiedy dochodzi do przejscia z komorki prawidlowej w nowotworowa zdarzaja sie roznego rodzaju mutacje tego nieczynnego materialu genetycznego. Punktowe delecje amplifikacje itd. Czy rzeczywiscie mozna to wytlumaczyc totalnym "rozchwianiem genomu" towarzyszacym procesowi nowotworowemu czyli wystepowaniem wielu czesto takze przypadkowych uszkodzen. Mysle ze to bardzo malo ekonomiczne trzymac w jadrze komorkowym 90% nieczynnego materialy genetycznego. Ewolucja oczywiscie nie zawsze zapewnia ekonomiczne rozwiazania ale z czyms takim jakos sie jeszcze nie spotkalem.
Piotrek

[Gość: O'Medina]

Śmieciami nie można nazywać nieczynne geny. Natomiast
satelitarny DNA u bakterii pełni bardzo ważną rolę.
Pozwala na przystosowywanie się do warunków
zmienionego środowiska w ciągu zaledwie jednego lub
kilku pokoleń. Więc nie wygląda on na żadną nadmiarową
informację, przynajmniej nie u bakterii. A więc świat
zwierząt odzidziczył satelitarny DNA, zatracając
niestety funkcję przystosowawczą.
Poza tym wszystkim, fascynującym dla mnie jest fakt,
że spory procent (nie pamiętam dokładnie ile, kilka
procent) naszego materiału genetycznego to kod
retrowirusów, których infekcjom podlegali, nie tylko
nasi wyprostowani przodkowie. Problem ten jest
szczególnie istotny przy kseno transplantacjach; nie
mamy gwarancji czy zastawka świnki nie wywoła u biorcy
jakiejś egzotycznej choroby, spowodowanej aktywowaniem
się wirusa z którym świnki "nauczyły się już żyć".

[Gość: piotrek]

Dzieki O'Medina za konkretne informacje. Przyklad ze
swinka i retrowirusami bardzo mi sie podoba. Jesli Cie
dobrze zrozumialem mozna nagle otrzymac nowego
aktywnego wirusa po dokonaniu takiej transplantacji.
Czu to masz na mysli piszac o nowej egzotycznej
chorobie?
Piotrek

[Gość: O'Medina]

Dokłądnie to. Dzięki za pochlebstwa, ale przykład świnek nie jest przypadkowy.
Są one potencjalnie dobrymi dawcami organów dla człowieka ze względu na to, że
mają narządy wewnętrzne podobnej wielkości co ludzie, umiemy je hodować, no i
oczywiście zabijanie zwierząt hodowlanych nie wzbudzałoby takich niepokojów
społecznych jak kasowanie szympansów.

Kod genetyczny retrowirusów nazywany jest dla uściślenia protowirusami.
Dziedziczne ich przekazywanie stało się możliwe po zakażeniu przez danego
wirusa komórek jajowych lub plemników. Dzięki protowirusom w komórkach
nosiciela syntetyzowane były białka wirusa (lub całe wirusy). Jednak z
pokolenia na pokolenie nasze świnki nabierały odporności na owe wirusy (te
które chorowały po prostu padały, często nie mając przyjemności przekazania
swoich genów). Pozostawały, te które posiadały/wyrobiły sobie odpowiednie
mechanizmy obronne, a także same protowirusy straciły (np. dzięki mutacjom)
swoją zjadliwość lub nawet aktywność.

Wprowadzając teraz obce komórki, w postaci przeszczepianego narządu, dajemy
dostęp protowirusom do organizmu pozbawionego owych mechanizmów obronnych. Co
gorsza jest to organizm, którego zdolności obronne zostały celowo osłabione
przez podawanie leków immunosurpresyjnych, zapobiegających odrzuceniu
przeszczepu.

Dalej można wymyślić dowolny, czarny scenariusz. Rak, nowe choroby
retrowirusowe rozprzestrzeniające się na całą populację...

Pozdrawiam
O'Medina

[Gość: piotrek]

Musze przyznac ze dosyc mocno zainteresowaly mnie te
protowirusy. Czy mozesz podac jakies zrodlo
informacyjne? To ze kod genetyczny nazywa sie
prowirusem to chyba lekkie przejezycznie, moze chodzilo
o genotyp? Czy tez istnieja jakies duze roznice w ich
kodzie genetycznym? Mam na mysli ze trojki
nukleotydowe kodujace u nas pewne aminokwasy u nich
koduja zupelnie inne? Domyslam sie ze te protowirusy nie
potrafia sie namnazac u swin czyli ze sa powiedzmy
calkowicie ulomne. Utracily w genomie pewne elementy
kodujace bialka niezbedne do np replikacji czy wyjscia z
komorki . Mam wiec pytania. Bede wdzieczny jesli na nie
odpowiesz lub odeslesz mnie do zrodla z odpowiedzia na
nie. Dlaczego te wirusy maja zaczac sie namnazac u ludzi
i jak pokonaja bariere gatunkowa. Czy niektore bialka
tych wirusow wogole ulegaja ekspresji mimo ze sam wirus
jest totalnie ulomny? Do czego zmierzam w tym drugim
pytaniu; istnieja dowody ze wirusy kradna (piratuja)
fragmenty genomow swoich "ofiar", czy w tym przypadku
mozna mowic (jesli oczywiscie bialka te ulegaja jakiejs
ekspresjii) ze to ssaki ukradly cos wirusom? Bardzo
jestem ciekaw czy uwazasz takie prowirusy tkwiace w
genomie za zywe czy martwe. Podobne problemy do tego
ostatniego poruszone byly w watku Jak zdefiniowac
zycie?
Pozdrawiam
Piotrek

[Gość: O'Medina]

Gość portalu: piotrek napisał(a):

&#62 Musze przyznac ze dosyc mocno zainteresowaly mnie te
&#62 protowirusy. Czy mozesz podac jakies zrodlo
&#62 informacyjne? To ze kod genetyczny nazywa sie
&#62 prowirusem to chyba lekkie przejezycznie, moze
chodzilo
&#62 o genotyp? Czy tez istnieja jakies duze roznice w
ich
&#62 kodzie genetycznym? Mam na mysli ze trojki
&#62 nukleotydowe kodujace u nas pewne aminokwasy u nich
&#62 koduja zupelnie inne?

Protowirusy- prowirusy to zwykła literówka. Zamiast
kod genetyczny powinienem był użyć sekwencje DNA. Po
ostatnim pytaniu czuję się urażony.
Nie posługuję się tak sprawnie odpowiednią
nomenklaturą i nie jestem w tej dziedzinie tak biegły
jak Ty. Ale żeby mnie w ten sposób podpuszczać?
Dla osób nie zorientowanych polecam:
http://wiem.onet.pl/wiem/00dcb3.html

Definicje żywego organizmu znajdziesz w książkach u
Siebie na półce. Odnieś ją do wirusów i prowirusów.
Albo sprawdź jak systematyka klasyfikuje wirusy.
Pokonanie bariery gatunkowej to jedynie hipoteza.
Chociaż warto poszukać na ten temat aktualnych
informacji.

Informacje, które przedstawiłem pochodzą z czasopism
popularno naukowych (Świat Nauki, Wiedza i Życie).
Obiecuję sobie przypomnieć i podać datę wydania tych
numerów.

Nie jestem osobą kompetentną żeby odpowiadać na
większość Twoich pytań, ale chętnie poznam Twoje
stanowisko.

Pozdrawiam
O'Medina

[Gość: piotrek]

Nikogo nie chcialem urazac. Przepraszam jesli na to
wyszlo. Proto na pro moze przekrecilem sam bo z tym
drugim wogole sie spotkalem.
Jesli chodzi o roznice w kodzie genetycznym to one sie
zdarzaja. Mitochondrialny jest troche inny roslinny tez
itd. W przypadku wirusow rzeczywiscie nie przemyslalem
pytania bo one wykorzystuja rybosomy zywiciela, czyli
ich kod zalezy wlasciwie od tego gdzie sie znajduja.
Gdybym mogl znalezc w podreczniku dobra definicje
opisujaca zycie to nie zawracalbym sobie glowy braniem
udzialu w dyskusjach na forum.
DZIEKI ZA ZRODLO INFORMACYJNE
Piotrek

[Gość: O'Medina]

Gość portalu: piotrek napisał(a):

&#62 Czy tez istnieja jakies duze roznice w ich
&#62 kodzie genetycznym? Mam na mysli ze trojki
&#62 nukleotydowe kodujace u nas pewne aminokwasy u nich
&#62 koduja zupelnie inne?
&#62 Jesli chodzi o roznice w kodzie genetycznym to one sie
&#62 zdarzaja. Mitochondrialny jest troche inny roslinny tez
&#62 itd.

Czy mógłbyś rozwinąć tę myśl? Zdaje się, że tą lekcję biologii przespałem...
Czy chodzi Ci tylko o to, że u roślin nie występuje tyle co u zwierząt
aminokwasów?

Niektóre artykuły ze "Świata Nauki" można na szczęście znaleźć w webie.
Niestety niewiele więcej znajdziesz tam o (jednak pro nie proto, sorry!)
prowirusach, są za to świnki...no i literatura.
http://www.swiatnauki.pl/PDF/199709/(Ksenotransplantacje).pdf

Ciekawy jest też artykuł o mikrosatelitarnym DNA:
http://www.swiatnauki.pl/PDF/199903/60-65/E.%20Richard%20Moxon%20i%
20Christopher%20Wills(Mikrosatelitarny%20DNA%20czynnikiem%20ewolucji_).pdf

Pozdrawiam
O'Medina

[Gość: piotrek]

Kod genetyczny np trojka AAA oznacza lizyne trojka CGC
arginine. Od czego to zalezy od tego ze transportujacy
RNA rozpoznajacy AAA ma na swoim koncu miejsce
wiazace lizyne a transportujacy RNA rozpoznajacy CGC ma
koncowke do ktorej "przykleja" sie arginina. Ale mozesz
sobie latwo wyobrazic ze pozamieniasz te koncowki. Ta
co klei lizyne dalaczysz do fragmentu tRNA
rozpoznajacego kodon CGC. Wiec tRNA wiazacy kodon
ktory do niedawna oznaczal arginine zacznie oznaczac
lizyne. Nie chodzi wiec o liczbe aminokwasow. Zdarza sie
ze opisany powyzej przyklad wystapi w trakcie
powiedzmy ewolucji. Ale mialo to miejsce bardzo rzadko.
Moze jednak zeby Cie tym zainteresowac napisze ze w
tej chwili opracowuje sie sztuczne tRNA i sztuczne
rybosomy. Tak zeby mozna bylo w polipeptydach
umieszczac aminokwasy jakie tylko mozna sobie
wyobrazic. Teoretycznie przeciez mozna tak
przeksztalcic tRNA zeby przykleil do swej koncowki
aminokwas zsyntetyzowany w laboratorium.
Piotrek

[Gość: O'Medina]

Dziękuję za (jak zwykle) szczegółowe wyjaśnienia.
Czyli występują różnice w kodzie u różnych organizmów. To nie są tylko
hipotezy? Wszystko zależy od rybosomów, układów enzymatycznych itd...

Podobały Ci się artykuły? Nie muszę chyba dodawać, że w archiwum "Świata Nauki"
za pomocą Szukacza możesz znaleść prawie wszystko czego dusza zapragnie.

Byłbym wdzięczny gdzybyś mógł mi polecić jakieś linki do stron o podobnej
tematyce.

Pozdrawiam
O'Medina

co do "smieci",

[Gość: {m[t^c]

to posiadanie duzej ilosci junkDNA moze okazac sie korzystne z ewolucyjnego
punktu widzenia. Zgodnie z teoria "obiecujacych potworkow" Goldschmidta, w
takich na pozor jałowych miejscach, po zajsciu mutacji pojawic sie moga nowe,
korzystne allele jakiegos genu ,ktory (BYC MOZE!!!) przy gwaltownej zmianie
warunkow srodowiskowych okaze sie determinowac ceche faworyzowana przez dobor.

tak mi sie wydaje.
Czekam na zastrzezenia.
Em.

[Gość: piotrek]

Jesli mamy sekwencje ATAGATAGATAGATAGATAG (powtorka
ATAG) i tak tysiac razy to nie powstanie z tego zaden
allel kodujacy bialko po mutacji. Trudno zeby do takiego
fragmentu przylaczaly sie czynniki transkrypcyjne zeby
regulowac ekspresje genow przed czy po mutacji.
Niektorzy twierdza ze takich fragmentow jest nawet 99% w
genomie.
A pojecie alellu niejednokrotnie funkcjonuje w tym
przypadku. Allele roznia sie iloscia powtorzen. Jedna
osoba ma alle A na jednym chromosomie np 4 ze 100
powtorzeniami na drugim chromosomie 4 ze 105 inna osoba
ten allel na jednym chromosomie np 4 ze 120 i drugim
125. Wykorzystuje sie do np w medycynie sadowej bo
alleli jest mnostwo i dodatkowo sa to najbardziej
polimorficzne allele. Jesli zbada sie odpowiednia ich
liczbe niesposob spotkac dwie takie same osoby.
Pozdrawiam
Piotrek

wiesz, ja tego nie wymyslilem...

[Gość: {m[t^c]

ale niemozliwym jest ,aby byly to jedynie sekwencje tandemowe -tzn ten junkDNA.
mutacje sa niezwykle waznym czynnkiem ewolucyjnym - i jezeli tak sie dzieje u
innych organizmow- to rowniez moze sie tak stac u czlowieka - bo nie jest on
jedynym organizmem z zasmieconym genomem.
Przynajmniej tak mi sie wydaje...
pozdrawiam

Em.

Przepraszam, ze sie wtracam,

[Gość: {m[t^c]

Istnieja subtelne roznice.
Np. Trojka AUG - u Eukariotow koduje metionine, a u prokariotow -
formylometionine - i juz widac, ze kod nie jest tak do konca jednoznaczny
ponadto u wirusow wystepuja geny nakladajace sie - czyli wystepuja "celowe'
przesuniecia ramki odczytu - co daje w efekcie lepsze wykorzystanie niewielkiej
ilosci DNA ,ktorym dysponuja biedne wirusy.

Przepraszam, jezeli walnalem jakas glupote.
Em.

[Gość: piotrek]

Fajnie ze ktos na to zwrocil uwage.
Roznic w kodzie jest wiecej i sa one coraz ciekawsze. U
Candida trojka CUG koduje seryne a u nas leucyne. Czesto
trojki ktore u nas oznaczaja stop oznaczaja aminokwasy u
pewnych organizmow. Albo np trojka CGG ktora u nas
arginine moze wiazac rozne tRNA a wiec dawac rozne
aminokwasy w peptydzi u Siroplasma. Najtrudniej
zrozumiec Candida bo wydaje sie ze taka zmiana i nagle
zamienienie wszystkich CUG na kodujacych seryne na
kodujace alanine powinno spowodowac wbudowanie alaniny w
tysiacach bialek a wiec totalna mutacje i byc latalne.
Ale Candida jest i widac ja najczesciej u niemowlakow na
jezyku.
Fajny problem w biologii
Piotrek

[Gość: piotrek]

P.S Przesuniecie ramki odczytu nie zmienia kodu.
Piotrek

[Gość: {m[t^c]

jak to nie zmienia?Przeciez zmienia sie miejsce odczytywania trojek a wiec co
za tym idzie - kodowane beda inne aminokwasy???

np.

AAA|CTG|GCC|TTT|AAG|CTA
i
AAC|TGG|CCT|TTA|AGC|TA...

to takie cos nie ma roznicy???

prosze o wytlumaczenie.

Em.

[Gość: {m[t^c]

racja -nie zmienia kodu sensu stricte -ale zmienia sposob jego odczytywania - a
co za tym idzie-jego produkty tez sa inne.

Pozdrawiam

Em.

[Gość: era]

czekam na wiad. napisz
gdzie ten "duszamp"
era

[Gość: {m[t^c]

duchamp jest na forum "Kultura"
fajnie ze kcesz podyskutowac!
pa