Hej, Behemot...

[ex-rak]

jak tam spotkanie z rzeczywistoscia?
Wyszlo Ci cos interesujacego z twoich obliczen?

Dla niezorientowanych, to w ubiegly weekend dyskutowalismy sobie troche o tym
co on tam robi, w Utah. A poniewaz sa to rzeczy, ktore w jakis sposob
pokrywaja sie z tym czym sie sam zajmuje, wiec trzymam za obliczenia
kota.behemota kciuki.

[staua]

Dolaczam sie do trzymania kciukow, tym bardziej, ze moze sukces w obliczeniach
spowoduje czestsze pojawianie sie Behemota na forum (badz co badz, jego
forum...)
Ex-rak, zainteresowalo mnie, ze powiedziales, ze jestes meskim szowinista!
Naprawde jestes? Bo znam kilku kolegow, ktorzy tez deklaruja sie jako
szowinisci, ale tak naprawde maja bardzo dobre serduszka i otwieraja kobiecie
drzwi, jak sa z nia sam na sam, ale nie przy innych :-)
Na czym polega Twoj szowinizm??? ;-)

[ex-rak]

staua napisała:

> Dolaczam sie do trzymania kciukow, tym bardziej, ze moze sukces w
obliczeniach
> spowoduje czestsze pojawianie sie Behemota na forum (badz co badz, jego
> forum...)
> Ex-rak, zainteresowalo mnie, ze powiedziales, ze jestes meskim szowinista!
> Naprawde jestes? Bo znam kilku kolegow, ktorzy tez deklaruja sie jako
> szowinisci, ale tak naprawde maja bardzo dobre serduszka i otwieraja kobiecie
> drzwi, jak sa z nia sam na sam, ale nie przy innych :-)
> Na czym polega Twoj szowinizm??? ;-)

Ja jestem inny niz twoi koledzy. Brzydze sie szowinizmu i mam bardzo dobre
serduszko i otwieram drzwi itd.

A moj ''szowinistyczny'' podpis byl pod aluzja reprezentujaca dosc typowy meski
punkt widzenia na kobiety, ich potrzeby i zwiazane z tym koszty.
Nie znaczy, ze taka filozofie w praktyce wyznaje.

:-)

[staua]

Dobre serduszko jest wazne :-)
Aha, przypomnialo mi sie, ze mam kolege w Cambridge, jest doktorantem w Sanger
Institute. Tzn. mysle, ze jeszcze tam jest i wlasnie sobie pomyslalam, ze
sprobowalabym sciagnac go na forum!

50/50

[kot.behemot]

Typowa sytuacja ze szklanką w połowie pełną dla optymisty, do połowy opróżnioną
dla pesymisty. :)

Z punktu widzenia pesymisty sytuacja wygląda tak: z trzech zaprojektowanych i
zsyntezowanych inhibitorów tylko jeden wykazuje mierzalną, ale kiepską
aktywność.

Optymista zaś powiedziałby: na domowym komputerze, od zera, ze śmiesznym
budżetem na syntezy udało się wygenerować za pierwszym podejściem lead
compound, nad którym można dalej popracować. Co więcej - udała się inhibicja
peptydem enzymu, dla którego naturalnym substratem jest RNA. I nawet nie jest
tak, że z trzech tylko jeden, a pozostałe to śmieci. Dwa nie aktywne peptydy
są, jak się okazało, za krótkie, żeby się dobrze wiązały, choć zawierają ten
sam motyw co ten dłuższy, działający.

Moje zdanie jest gdzieś pośrodku: jestem trochę rozczarowany, że nie udał się
cud i nie dostałem od razu niesamowicie aktywnych związków. Ale argumenty
optymisty też do mnie przemawiają. Warto dalej się tym zajmować (w praktyce -
przedłużać sekwencję). Pytanie, czy znajdą się środki.

Dzięki za trzymanie kciuków, na pewno pomogło!

[staua]

Ja mysle, ze to dobrze, ze masz sie z czego cieszyc! Juz dawno nauczylam sie
cieszyc z malych wynikow, bo wiem, ze prowadza do wiekszych! A sam piszesz, ze
to byl dopiero poczatek, wiec jest to punkt wyjscia dla znalezienia lepszych
inhibitorow!
Mam znajomych pesymistow (boja sie "wykrakac") i optymistowe w nauce. Sama
jestem pesymistka z natury, ale uwazam, ze optymizm jest lepszy, dlatego staram
sie go stosowac, bo lepiej motywuje do pracy (przynajmniej u mnie tak to dziala)
pozdrawiam i zycze powodzenia!

[ex-rak]

Z punktu widzienia wizjonera to droga na przyszlosc.
Nie od razu Krakow (chyba Krakow) zbudowano, ale zbudowano.
Nie ustawaj w wysilkach.

Zawistny koelga z sasiedniego labu wytknie, ale co z tymi wynikami zrobic. Jak
sie do nich ustosunkowac? Nie w kontekscie samych Ki-sow, ale poprawnosci
stosowanych algorytmow. Czy to co otrzymales przy pierwszej probie ma rece i
nogi? I po malych poprawkach da sie sprowadzic do ogolniej metody dajacej
wierygodne wyniki. Mala modyfikacja struktury peptydu (np wymiana jakiegos
aminokwasu czy grupy funkcyjnej) i jestes w dolku nanomolanym. W zasadzie
metoda pracuje dobrze.
Czy jest to wynik zupelnie przypadkowy, powiedzmy jedna z najgorszych mozliwych
kombinacji i trzeba dokonac grutnownego przemodelowania, np. samej struktury
peptydu, aby otrzymywac dobre wyniki. W tym przypadku metoda obliczen wymagala
wiele pracy.
Tak sobie mysle, czy nie ma jakiegos dobrze farmakologicznie opisanego modelu,
gdzie olbrzymie biblioteki peptydowych ligandow zostaly zsyntetyzopwane i
testowane. Porownanie twoich obliczen z eksperymentalnymi wynikami na tak
duzych grupach ligangow i dosc dobrze znanym SAR daloby Ci komfortowa wiedze,
gdzie tak naprawde jestes w sensie poprawnosci obliczen.

Jedno jest pewne. Swietnie, ze dostales wyniki i mozesz sie rzucic w wir
ulepszania.

kot.behemot napisał:

> Typowa sytuacja ze szklanką w połowie pełną dla optymisty, do połowy
opróżnioną
>
> dla pesymisty. :)
>
> Z punktu widzenia pesymisty sytuacja wygląda tak: z trzech zaprojektowanych i
> zsyntezowanych inhibitorów tylko jeden wykazuje mierzalną, ale kiepską
> aktywność.
>
> Optymista zaś powiedziałby: na domowym komputerze, od zera, ze śmiesznym
> budżetem na syntezy udało się wygenerować za pierwszym podejściem lead
> compound, nad którym można dalej popracować. Co więcej - udała się inhibicja
> peptydem enzymu, dla którego naturalnym substratem jest RNA. I nawet nie jest
> tak, że z trzech tylko jeden, a pozostałe to śmieci. Dwa nie aktywne peptydy
> są, jak się okazało, za krótkie, żeby się dobrze wiązały, choć zawierają ten
> sam motyw co ten dłuższy, działający.
>
> Moje zdanie jest gdzieś pośrodku: jestem trochę rozczarowany, że nie udał się
> cud i nie dostałem od razu niesamowicie aktywnych związków. Ale argumenty
> optymisty też do mnie przemawiają. Warto dalej się tym zajmować (w praktyce -
> przedłużać sekwencję). Pytanie, czy znajdą się środki.
>
> Dzięki za trzymanie kciuków, na pewno pomogło!

[kot.behemot]

> Czy jest to wynik zupelnie przypadkowy (...)

No, liczba wariacji dla takiej długości peptydu i wielkości biblioteki
aminokwasów (mam też nienaturalne) to 10^13. Trochę dużo. :) Wygląda mi na to,
że metoda działa i po prostu trzeba przedłużyć sekwencję. Oczywiście, gwarancji
nigdy nie ma.

[ex-rak]

kot.behemot napisał:

> > Czy jest to wynik zupelnie przypadkowy (...)
>
> No, liczba wariacji dla takiej długości peptydu i wielkości biblioteki
> aminokwasów (mam też nienaturalne) to 10^13. Trochę dużo. :) Wygląda mi na
to,
> że metoda działa i po prostu trzeba przedłużyć sekwencję. Oczywiście,
gwarancji
>
> nigdy nie ma.

Switnie, pozostala zatem tylko ''kosmetyka'', ale od tego mamy specjalistow z
kolka na innym watku.

[true_blue]

Milo ex-raku, ze o nas pamietasz :-)))
Behemocie, a czy to znaczy, ze jak sie wrzuci Twoj zwiazek (ten ulepszony) do
probowki z RNA i RNAza to ona nie potnie RNA? Czy do tego dazycie?
Pozdr.

[kot.behemot]

true_blue napisała:

> Behemocie, a czy to znaczy, ze jak sie wrzuci Twoj zwiazek (ten ulepszony) do
> probowki z RNA i RNAza to ona nie potnie RNA? Czy do tego dazycie?

W końcu potnie, bo inhibitor tylko spowalnia reakcję. Ale spowolnienie już
wystarcza.

do starego znajomego

[robisc]

Sorry, że z tobą nie podyskutuję na temat poruszony w tym wątku, ale jako
specjalista od bankowści korporacyjnej nie czuję się na siłach. Poza tym
wybitnie nie znosiłem biologii.

Ponieważ ja nie mam o czy dyskutowac na Twoim forum, to mam propozycję
spotkania sie na moim, gdzie pewnie wspólny jezyk na interesujące nas temty
znajdziemy. Jetem blisko, tuz na Tobą :)

Pozdrawiam
robi

[ex-rak]

true_blue napisała:

> Milo ex-raku, ze o nas pamietasz :-)))
> Behemocie, a czy to znaczy, ze jak sie wrzuci Twoj zwiazek (ten ulepszony) do
> probowki z RNA i RNAza to ona nie potnie RNA? Czy do tego dazycie?
> Pozdr.


Chyba tak. Precz z cenzura molekularna!!!

[lukasz97]

kot.behemot napisał:

> Typowa sytuacja ze szklanką w połowie pełną dla optymisty, do połowy opróżnioną
>
> dla pesymisty. :)
>
> Z punktu widzenia pesymisty sytuacja wygląda tak: z trzech zaprojektowanych i
> zsyntezowanych inhibitorów tylko jeden wykazuje mierzalną, ale kiepską
> aktywność.


uh.. to ja jeszcze dorzuce troche pesymizmu powstalego w efekcie wysluchania
seminarium niejakiego Jima Wells'a (Sunesis) - to co sie moze dziac ze
struktura bialka pod wplywem wiazamia malych ligandow jest zadziwiajace...
i nieciekawie wrozy na przyszlosc wszelkiego rodzaju metodom dokowania ligandow
ktore nie uwzgledniaja dynamiki powierzchni czasteczki bialka...
z ciekawsych namiarow:
JACS 125:15280-1 (2003) czy Nature Biotechnology 21:308-314 (2003)

Tu akurat jestem optymistą

[kot.behemot]

> uh.. to ja jeszcze dorzuce troche pesymizmu powstalego w efekcie wysluchania
> seminarium niejakiego Jima Wells'a (Sunesis) - to co sie moze dziac ze
> struktura bialka pod wplywem wiazamia malych ligandow jest zadziwiajace...
> i nieciekawie wrozy na przyszlosc wszelkiego rodzaju metodom dokowania
ligandow
> ktore nie uwzgledniaja dynamiki powierzchni czasteczki bialka...

A optymistą jestem dlatego, że robie de novo, a nie dokowanie. De novo, to
budowa ligandu (z kawałków lub przez modyfikacje - różne są metody) wewnątrz
receptora, służącego za matrycę. Kryteria energetyczne dbają o to, żeby ligand
był konstruowany w nie naprężonej konformacji i dobrze się wiązał. Nie ma więc
powodu, dla którego taki ligand destabilizowałby początkową strukturę białka.
Wręcz przeciwnie - dodatkowo ją stabilizuje.

Zrób eksperyment myślowy z porównaniem Koshlanda - tą "dłonią w rękawiczce".
Dokowanie to byłoby dopasowywanie do rękawiczki (białka) różnych kształtów.
(Kalkulatora, słuchawki telefonu, długopisu etc.). Te rzeczy nie dość, że nie
będą za dobrze pasować, to, jak słusznie zauważyłeś, powypychają tą rękawiczkę
w dziwne kształty. A de novo to coś innego. To nalanie do tej rękawiczki żywicy
epoksydowej. Jak zastygnie, to dostaniesz odlew oddający kształt rękawiczki.
Oczywiście, to zaledwie z grubsza opisana idea, bo są i komplikacje.
Pozdrowienia,
B.

[lukasz97]

kot.behemot napisał:

> > i nieciekawie wrozy na przyszlosc wszelkiego rodzaju metodom dokowania
> ligandow
> > ktore nie uwzgledniaja dynamiki powierzchni czasteczki bialka...

ok.. niescisle sie wyrazilem. albo zle nacisk polozylem... mialem na mysli
dopasowywanie do _sztywnego_ bialka jakiegos tam ligandu - mniej istotne czy
skladanego atom po atomie, fragment po fragmencie czy od razu calego...

> A optymistą jestem dlatego, że robie de novo, a nie dokowanie. De novo, to
> budowa ligandu (z kawałków lub przez modyfikacje - różne są metody) wewnątrz
> receptora, służącego za matrycę. Kryteria energetyczne dbają o to, żeby ligand
> był konstruowany w nie naprężonej konformacji i dobrze się wiązał. Nie ma więc
> powodu, dla którego taki ligand destabilizowałby początkową strukturę białka.
> Wręcz przeciwnie - dodatkowo ją stabilizuje.
>
> Zrób eksperyment myślowy z porównaniem Koshlanda - tą "dłonią w rękawiczce".
> Dokowanie to byłoby dopasowywanie do rękawiczki (białka) różnych kształtów.
> (Kalkulatora, słuchawki telefonu, długopisu etc.). Te rzeczy nie dość, że nie
> będą za dobrze pasować, to, jak słusznie zauważyłeś, powypychają tą rękawiczkę
> w dziwne kształty. A de novo to coś innego. To nalanie do tej rękawiczki żywicy
>
> epoksydowej. Jak zastygnie, to dostaniesz odlew oddający kształt rękawiczki.
> Oczywiście, to zaledwie z grubsza opisana idea, bo są i komplikacje.
> Pozdrowienia,
> B.

wlasnie z ta matryca jest problem - sprawdz w zapodanych artiklach jak bardzo
zmienia sie struktura bialka wiazacego rozne (i to calkiem niezle - Kd ~10nM)
ligandy...

lukasz

[kot.behemot]

lukasz97 napisał:

> wlasnie z ta matryca jest problem - sprawdz w zapodanych artiklach jak bardzo
> zmienia sie struktura bialka wiazacego rozne (i to calkiem niezle - Kd ~10nM)
> ligandy...

Ha! Rzecz w tym, że powodem zmiany struktury białka jest to, że ligand ją
wymusza swoim kształtem/rozkładem ładunków. Białko przechodzi ze stanu 1. do
2., bo ligand bardziej pasuje do 2.

Krystalizacja (a z kryształów właśnie dostaje się struktury, które potem
obrabiamy w komputerach) to znajdowanie przez białko uprzywilejowanej
energetycznie geometrii. Jeśli więc weźmiemy tą strukturę i użyjemy jako
matrycy do skonstruowania ligandu, który dodatkowo ją stabilizuje, to struktura
białka w kompleksie z ligandem nie ma powodu się zmieniać.

Z tymi zmianami geometrii białka nie jest tak źle, zresztą. Przynajmniej nie
zawsze jest tak źle. :) Z moich dwóch projektów: w jednym przypadku wiązanie
ligandów nie powoduje żadnej zmiany w szkielecie białka, a tylko zmianę
konformacji jednego z łańcuchów bocznych. W drugim - geometria się zmienia, ale
dokładnie tak samo w przypadku wiązania bardzo różnych ligandów (tak różnych,
jak wolframian i fosfonopeptyd). I do projektowania można użyć geometrii białka
z kompleksu.

[ex-rak]

Tak, nie poddawac sie malkontentom.

Fakt, ze problem nie jest latwy, metoda obliczen pewnie niedoskonala, skubane
bialko dynamiczne, ale popatrzcie wstecz 20-30, nawet 10 lat.
Jak wtedy wygladala biologia molekularna, biochemia, chemia, fizyka? Jaka byla
nieokrzesana? Jak teraz proste wydawaja sie sprawy, ktore byly w tamtych
czasach nie doprzeskoczenia? Jak wiele sie w nauce zmienilo?
Jaki postep w biotechnologii?
Cos fantastycznego!!!