Męski prachromosom z Kamerunu

[bioslawek]

Kolejny piękny przykład niezgodności filogenetyki molekularnej z wcześniejszymi założeniami i branymi z sufitu datowaniami. No i być może dowód na to, ze przedstawiciele ludzi współczesnych płodnie krzyżowali się z przedstawicieli wymarłych ras ludzkich, takich, jak homo erectus czy homo ergaster, którzy żyli całkiem niedawno. Kolejny dowód, że tamci dawni ludzie należeli tego samego gatunku, co my. Do homo sapiens.

www.rp.pl/artykul/9137,990182-Meski-prachromosom-z-Kamerunu.html
Męski prachromosom z Kamerunu

Mieszkaniec Karoliny Południowej, zmarły przed kilku laty, miał najstarszy na Ziemi chromosom Y

Firma Family Tree DNA zajmuje się sekwencjonowaniem DNA na zlecenie klientów prowadzących rodzinne poszukiwania genealogiczne. Dysponuje bazą danych z DNA kilkuset tysięcy osób, co pozwala ujawniać różnice między sekwencjami i porządkować je chronologicznie.

Częstotliwość zachodzących mutacji pozwala ustalać wiek poszczególnych partii danego chromosomu.

Każdy mężczyzna odziedziczył swój chromosom Y po wspólnym przodku, który żył od 140 do 60 tys. lat temu. W przypadku Alberta Perry (Afroamerykanin) firma Family Tree DNA trafiła na „minę": jego chromosom Y świadczy o tym, że jego linia męska oddzieliła się od wspólnego przodka 338 tys. lat temu, czyli 114 tys. lat przed pojawieniem się Homo sapiens, i to w najstarszej wersji, przyjmując że pojawił się 140 tys. lat temu, a nie 60 tys.

Wyniki uzyskane w laboratorium Family Tree DNA sprawdził dr Michael Hammer z Uniwersytetu Arizony w Tucson. Zbadał DNA Alberta Perry i porównał z 6 tysiącami chromosomów z bazy danych. Znalazł podobieństwa z chromosomami Y jedenastu mężczyzn w pewnej wiosce w Kamerunie. Jego zdaniem Albert Perry i ci mężczyźni odziedziczyli swoje chromosomy Y w linii, która była starsza od Homo sapiens, rozwijała się zanim pojawił się człowiek współczesny.

Z ustaleń genetyków wynika, że 35 tys. lat temu dochodziło do krzyżowania Homo sapiens i neandertalczyków. Do krzyżowania mogło także dochodzić dawniej i gdzie indziej, w Afryce, między Homo sapiens i bardziej archaicznymi gatunkami ludzkimi.(............)

[petrucchio]

bioslawek napisał:

> Kolejny piękny przykład niezgodności filogenetyki molekularnej z wcześniejszymi
> założeniami i branymi z sufitu datowaniami.

A na czym polega ta niezgodność?

Haplotyp A00

[petrucchio]

Czyli nie potrafisz wyjaśnić, na czym polega rzekoma sprzeczność?

[raptor.1]

"Haplotyp, czyli zestaw ilości mutacji w poszczególnych miejscach (markerach) Y-STR jednego mężczyzny, umożliwia porównanie z haplotypem innego mężczyzny z tej samej haplogrupy, przeliczenie dzielących ich mutacji czyli GD (genetyczny dystans), ustalenie na ich podstawie wspólnego najbliższego przodka (MRCA) i rozpoznawanie bliskości ich pokrewieństwa. Bywa to wykorzystywane np. w sądownictwie (dla ustalenia lub wykluczenia ojcostwa) albo w budowie drzewa genealogicznego jakiegoś wielkiego rodu."

Nie kazdy jest taki madry.Trza napisac.

[petrucchio]

raptor.1 napisał:

> "Haplotyp, czyli zestaw ilości mutacji w poszczególnych miejscach (markerach) Y
> -STR jednego mężczyzny, umożliwia porównanie z haplotypem innego mężczyzny z te
> j samej haplogrupy, przeliczenie dzielących ich mutacji czyli GD (genetyczny dy
> stans), ustalenie na ich podstawie wspólnego najbliższego przodka (MRCA) i rozp
> oznawanie bliskości ich pokrewieństwa. Bywa to wykorzystywane np. w sądownictwi
> e (dla ustalenia lub wykluczenia ojcostwa) albo w budowie drzewa genealogiczneg
> o jakiegoś wielkiego rodu."
>
> Nie kazdy jest taki madry.Trza napisac.

Przecież są słowniki online, jest Wikipedia, każdy sobie może sprawdzić trudne słówka. Na wszelki wypadek wyjaśniam jednak, że A00 to określenie tej nowo odkrytej starej haplogrupy chromosomu Y, której przedstawicielem jest haplotyp pana Alberta Perry.

Czekałem, aż Biosławek się odezwie, bo temat jest ciekawy i aż się prosi o dyskusję. Ale Biosławek wrzuca tylko tekst z ironicznym komentarzem ni przypiął, ni przyłatał, i znika. Na wypadek, gdyby się pojawił, pytam raz jeszcze, na czym niby polega sprzeczność nowego datowania "Adama Y" z hipotetyczną chronologią ewolucji Homo sapiens. Pytam nie po to, żeby pytać, tylko dlatego, że przy okazji można by przedyskutować kilka ciekawych spraw: teorię koalescencji, neutralny polimorfizm i przewidywany czas jego eliminacji przez dryf losowy, niekompletne sortowanie alleli podczas specjacji i tym podobne rarytasy.

[bioslawek]

petrucchio napisał:

>Czekałem, aż Biosławek się odezwie, bo temat jest ciekawy i aż się prosi o dyskusję. Ale Biosławek wrzuca tylko tekst z ironicznym komentarzem ni przypiął, ni przyłatał, i znika.

1) Biosławek nie ma zamiaru z tobą dyskutować.

2) Jak zwykle stosujesz manipulację w celu wyrywania wiedzy.

3) Temat wrzuciłem niedawno i mam prawo nie mieć czasu odpisać na twoje zaufanie. Nie masz roboty?

4) (OT) Zajrzyj tutaj:

bioslawek.wordpress.com/2013/03/04/rozczarowanie-polskich-racjonalistow-w-dniu-darwina-czyli-o-gorzkich-zalach-prezesa-polskiego-stowarzyszenia-racjonalistow/
Poinformowałem już profesorów Łomnickiego i Vetulaniego, za co mi podziękowano. Wczoraj na racjonaliście ukazał się nowy artykulik w tym temacie, tym razem oszczerczy, mianowicie, że profesorowie bronią swojego stanowiska powodowani żądzą pieniądza.

Na czym polega sprzeczność

[bioslawek]

petrucchio napisał:

> Czyli nie potrafisz wyjaśnić, na czym polega rzekoma sprzeczność?

Spokojnie, to nie koncert życzeń. Niektórzy jeszcze pracują. Sprzeczność polega na tym, że początek "gatunku" homo sapiens datuje się na 200 000 lat temu. Ten fragment DNA datowany jest na kilkadziesiąt tysięcy lat wcześniej, a więc logicznie rzecz biorąc u potomków tych homo sapiens, którzy pojawili się 200 000 lat temu, nie powinien występować. Jedynym ratunkiem było uznanie, że jest to domieszka genów "innych gatunków ludzi", którzy krzyżowali się z tymi ludźmi i przekazali tym homo sapiens ten fragment genomu. Tym samym przyznaje się, że te "inne gatunki" wcale nie były innymi gatunkami, ponieważ mogły płodnie się krzyżować z jakimiś przedstawicielami gatunku wczesnych homo sapiens. Więc mamy tautologiczne wyjaśnianie: homo sapiens powstało 200 000 lat temu i krzyżowało się z innym homo sapiens, którego omawiany fragment genomu powstał kilkadziesiąt tysięcy lat wcześniej.

A teraz ci przypomnę, a niektórych zaznajomię, na czym polega badanie dystansu molekularnego: Badanie dystansu molekularnego polega na badaniu homologicznych (takich samych) sekwencji, pobranych od porównywanych organizmów. Następnie analizuje się różnice i podobieństwa w sekwencjach. Jeżeli takie analogiczne geny różnią się sześcioma zmianami, a wiadomo, że jedna zmiana zachodzi raz na milion lat (tempo mutacji), to wyciągnie się wniosek, że te dwie sekwencje rozeszły się (uległy dywergencji) 6 000 000.

[petrucchio]

bioslawek napisał:

> Spokojnie, to nie koncert życzeń. Niektórzy jeszcze pracują. Sprzeczność polega
> na tym, że początek "gatunku" homo sapiens datuje się na 200 000 lat temu. Ten
> fragment DNA datowany jest na kilkadziesiąt tysięcy lat wcześniej, a więc logi
> cznie rzecz biorąc u potomków tych homo sapiens, którzy pojawili się 200 000 la
> t temu, nie powinien występować.

Dlaczego? Otóż jak najbardziej mógłby u nich występować.

> Jedynym ratunkiem było uznanie, że jest to dom
> ieszka genów "innych gatunków ludzi", którzy krzyżowali się z tymi ludźmi i prz
> ekazali tym homo sapiens ten fragment genomu. Tym samym przyznaje się, że te "i
> nne gatunki" wcale nie były innymi gatunkami, ponieważ mogły płodnie się krzyżo
> wać z jakimiś przedstawicielami gatunku wczesnych homo sapiens. Więc mamy tauto
> logiczne wyjaśnianie: homo sapiens powstało 200 000 lat temu i krzyżowało się z
> innym homo sapiens, którego omawiany fragment genomu powstał kilkadziesiąt tys
> ięcy lat wcześniej.

Domieszka "obcego" haplotypu jest możliwym, ale nie jedynym wytłumaczeniem wieku tego polimorfizmu.

> A teraz ci przypomnę, a niektórych zaznajomię, na czym polega badanie dystansu
> molekularnego: Badanie dystansu molekularnego polega na badaniu homologicznych
> (takich samych) sekwencji, pobranych od porównywanych organizmów. Następnie ana
> lizuje się różnice i podobieństwa w sekwencjach. Jeżeli takie analogiczne geny
> różnią się sześcioma zmianami, a wiadomo, że jedna zmiana zachodzi raz na mili
> on lat (tempo mutacji), to wyciągnie się wniosek, że te dwie sekwencje rozeszły
> się (uległy dywergencji) 6 000 000.

Chyba żartujesz. Ale o tym potem, bo teraz ja będę zajęty przez dwie-trzy godziny.

[asteroida2]

> Sprzeczność polega na tym, że początek "gatunku" homo sapiens datuje się na 200 000 lat
> temu.

A kto tak datuje? I na czym polega "początek gatunku"? Ja przepraszam że zadaję takie laickie pytania, ale odnoszę wrażenie że słowo "gatunek" ma tyle znaczeń, że w ogóle nie wiadomo co takie stwierdzenie miałoby znaczyć.

[petrucchio]

asteroida2 napisał:

> A kto tak datuje? I na czym polega "początek gatunku"? Ja przepraszam że zadaję
> takie laickie pytania, ale odnoszę wrażenie że słowo "gatunek" ma tyle znaczeń
> , że w ogóle nie wiadomo co takie stwierdzenie miałoby znaczyć.

Ano oczywiście "początek gatunku" określony jest dość umownie jako pojawienie się w zapisie kopalnym ludzi "anatomicznie współczesnych". Granica między Homo sapiens i siostrzanymi gatunkami tego samego rodzaju, jak np. neandertalczycy i denisowańczycy, jest nieostra. Bariera reprodukcyjna istniała, ale nie była szczelna. Zresztą niedaleko Kamerunu, w Iwo Eleru (Nigeria), trudna do sklasyfikowania populacja Homo o cechach trochę archaicznych, a trochę współczesnych, dotrwała prawie do końca plejstocenu, więc przepływ genów między takimi bliskimi kuzynami a ludźmi współczesnymi był bez wątpienia możliwy.

Ale polimorfizm chromosomu Y może być oczywiście starszy niż Homo sapiens (jakkolwiek go definiować). Ewolucja dotyczy populacji, a pierwotna populacja, od której pochodzą wszyscy dzisiejsi ludzie, wcale nie musiała być pod tym względem jednorodna. Odrębne haplogrupy chromosomu Y widoczne dziś mogły z powodzeniem istnieć już 200 tysięcy lat temu jako spadek po wcześniejszych przodkach (bez względu na to, czy zaliczymy tych przodków do naszego gatunku, czy nie). Historia poszczególnych haplogrup tylko z grubsza pokrywa się z drzewem rodowym gatunków. Polimorfizm neutralny, tzn. taki, że żaden wariant nie jest faworyzowany przez dobór, zostaje prędzej czy później usunięty przez dryf losowy, ale dla populacji efektywnej rzędu 10 tys. osobników (a mało prawdopodobne, żeby afrykańskie populacje ludzkie kiedykolwiek spadły liczebnie poniżej tego poziomu) może się utrzymać przez kilkadziesiąt tysięcy pokoleń, czyli przez kilkaset tysięcy lat. Można wręcz oczekiwać, że niektóre ludzkie polimorfizmy są starsze niż nasz gatunek.

Pytanie, czy haplogrupa A00 jest wariantem odziedziczonym po "przedsapiensowych" przodkach (i prawie, ale jeszcze nie do końca wypartym wskutek dryfu), czy zapożyczonym od bliskich kuzynów, prawdopodobnie da się rozstrzygnąć w dalszych badaniach. W każdym razie ani jeden, ani drugi przypadek niczego nie podważa, jeśli chodzi o dotychczasową wiedzę o pochodzeniu człowieka.

[europitek]

> Granica między Homo sapiens i siostrzanymi gatunkami
> tego samego rodzaju, jak np. neandertalczycy i denisowańczycy,
> jest nieostra.

Moim zdaniem nie ma co owijać w bawełnę i trzeba powiedzieć, że granice pomiędzy gatunkiem rodzicielskim i potomnym są "uznaniowe" - zależą od momentu czasu wybranego do wyznaczenia wzorca gatunku rodzicielskiego i momentu czasu, w którym sprawdzamy stan populacji potomnych.

[petrucchio]

europitek napisał:

> Moim zdaniem nie ma co owijać w bawełnę i trzeba powiedzieć, że granice pomiędz
> y gatunkiem rodzicielskim i potomnym są "uznaniowe" - zależą od momentu czasu w
> ybranego do wyznaczenia wzorca gatunku rodzicielskiego i momentu czasu, w który
> m sprawdzamy stan populacji potomnych.

Oczywiście. I nikt tego nie ukrywa. A co do gatunków istniejących równocześnie, wiadomo, kiedy dwie populacje zdecydowanie nie należą do jednego gatunku, ale "proces rozwodowy" gatunków siostrzanych może trwać setki tysięcy lat, w czasie których przenikalność bariery reprodukcyjnej stopniowo maleje do zera.

[dum10]

Czy wy wierzycie w to co tutaj piszecie,czy tez piszecie tak,
bo wam sie akurat tak skleja?

[petrucchio]

dum10 napisał:

> Czy wy wierzycie w to co tutaj piszecie,czy tez piszecie tak,
> bo wam sie akurat tak skleja?

A co tu jest do wierzenia? Genetyka populacyjna to czysta matematyka.

[europitek]

I w dodatku nie zajmuje się ujemnymi prawdopodobieństwami... i innymi takimi.

Specjacja a gatunek

[bioslawek]

europitek napisał:

> > Granica między Homo sapiens i siostrzanymi gatunkami
> > tego samego rodzaju, jak np. neandertalczycy i denisowańczycy,
> > jest nieostra.
>
> Moim zdaniem nie ma co owijać w bawełnę i trzeba powiedzieć, że granice pomiędz
> y gatunkiem rodzicielskim i potomnym są "uznaniowe" - zależą od momentu czasu w
> ybranego do wyznaczenia wzorca gatunku rodzicielskiego i momentu czasu, w który
> m sprawdzamy stan populacji potomnych.

Specjacja nie jest mechanizmem powstawania nowych gatunków:

bioslawek.wordpress.com/2012/05/17/czy-specjacja-jest-mechanizmem-powstawania-nowych-gatunkow/

jedność ludzkiego gatunku

[bioslawek]

petrucchio napisał:

> Bariera reprodukcyjna istniała, ale nie b
> yła szczelna.

A skąd ty to wiesz:

1) Skąd wiesz, że w ogóle jakaś bariera rozrodcza występowała?

2) Skąd wiesz, czy była ona szczelna czy nie. Ludzi na świecie było wówczas mało i populacje mogły rzadko się między sobą krzyżować.

>Zresztą niedaleko Kamerunu, w Iwo Eleru (Nigeria), trudna do skla
> syfikowania populacja Homo o cechach trochę archaicznych, a trochę współ
> czesnych, dotrwała prawie do końca plejstocenu, więc przepływ genów między taki
> mi bliskimi kuzynami a ludźmi współczesnymi był bez wątpienia możliwy.

To nie są jedyne dowody. Takimi dowodami są Aborygeni klasyczni, czy rekonstrukcje historii genomu ludzkiego gatunku, jaką niedawno przeprowadzono.


> Ale polimorfizm chromosomu Y może być oczywiście starszy niż Homo sapiens
> ] (jakkolwiek go definiować). Ewolucja dotyczy populacji, a pierwotna populacja
> , od której pochodzą wszyscy dzisiejsi ludzie, wcale nie musiała być pod tym wz
> ględem jednorodna.

Co to ma znaczyć? Możesz wyjaśnić to szerzej?


> Odrębne haplogrupy chromosomu Y widoczne dziś mogły z powodz
> eniem istnieć już 200 tysięcy lat temu jako spadek po wcześniejszych przodkach
> (bez względu na to, czy zaliczymy tych przodków do naszego gatunku, czy nie).

Ale głupoty. Ludzie, którzy charakteryzują się dzisiaj dyskutowanym polimorfizmem należą do ludzi typu współczesnego o cechach nieco archaicznych. A więc pochodzą OD TYCH SAMYCH WSPÓLNYCH PRZODKÓW. A więc ten polimorfizm może być tylko domieszką ludzi reprezentujących nieistniejącą już dzisiaj populację ludzką, z którą nasi BEZPOŚREDNI przodkowie się krzyżowali i WYDALI PŁODNE POTOMSTWO, którego potomstwo PRZEŻYŁO PO DZIŚ DZIEŃ, wydając w dalszym ciągu płodne potomstwo.

> H
> istoria poszczególnych haplogrup tylko z grubsza pokrywa się z drzewem rodowym
> gatunków.

No własnie, to są między innymi te niezgodności w obrębie filogenetyki molekularnej.

> Polimorfizm neutralny, tzn. taki, że żaden wariant nie jest faworyzow
> any przez dobór, zostaje prędzej czy później usunięty przez dryf losowy, ale dl
> a populacji efektywnej rzędu 10 tys. osobników (a mało prawdopodobne, żeby afry
> kańskie populacje ludzkie kiedykolwiek spadły liczebnie poniżej tego poziomu) m
> oże się utrzymać przez kilkadziesiąt tysięcy pokoleń, czyli przez kilkaset tysi
> ęcy lat. Można wręcz oczekiwać, że niektóre ludzkie polimorfizmy są starsze niż
> nasz gatunek.

Ale bełkot. Człowieku zrozum najpierw kwestie, na temat których usiłujesz się wymądrzać.

> Pytanie, czy haplogrupa A00 jest wariantem odziedziczonym po "przedsapiensowych
> " przodkach (i prawie, ale jeszcze nie do końca wypartym wskutek dryfu)..

Więc dlaczego nie posiada jej reszta ludzkiej, współczesnej populacji, tylko jakimś dziwnym trafem młodsze i bardzo podobne?

>czy za
> pożyczonym od bliskich kuzynów, prawdopodobnie da się rozstrzygnąć w dalszych b
> adaniach. W każdym razie ani jeden, ani drugi przypadek niczego nie podważa, je
> śli chodzi o dotychczasową wiedzę o pochodzeniu człowieka.

Jedyne co można wywnioskować z twojego popisowego wywodu, to jest to, że nie masz pojęcia o czym piszesz.

[petrucchio]

bioslawek napisał:

> Co to ma znaczyć? Możesz wyjaśnić to szerzej?

Wyjaśniłem to dość szczegółowo. Najstarszy podział zachowany do dziś (na haplogrupy A00 i A0-T) datuje się na około 338 tys. lat, ale nawet jeśli uznać, że współczesny gatunek Homo sapiens wyodrębnił się dopiero 200 tys. lat temu, nie ma tu żadnej sprzeczności. Po prostu obie główne haplogrupy (odziedziczone po dalszych przodkach) mogły współwystępować już w najwcześniejszej populacji H. sapiens, tak jak współwystępują do dziś. Nic nie zmusza nas do przyjęcia, że musiały się rozdzielić dopiero u ludzi typu współczesnego. Innymi słowy, "Y-chromosomalny Adam" mógł należeć do jakiegokolwiek wcześniejszego gatunku, od którego pochodzimy (w pewnym dającym się oszacować zakresie czasu).

Co do bariery reprodukcyjnej między naszym gatunkiem a jego bliskimi kuzynami: gdyby w ogóle nie istniała, mielibyśmy większą domieszkę genów neandertalskich, niż mamy; gdyby była szczelna, takiej domieszki nie byłoby w ogóle. Relację między siostrzanymi odmianami Homo można określić jako niekompletną specjację.

Co do samego pojęcia specjacji: specjacja to [b]na mocy definicji[/i] każdy proces biologiczny prowadzący do powstawania nowych gatunków. Z definicją chyba nie zamierzasz się spierać?

[petrucchio]

Miało być oczywiście: na mocy definicji

[bioslawek]

petrucchio napisał:

> bioslawek napisał:
>
> > Co to ma znaczyć? Możesz wyjaśnić to szerzej?
>
> Wyjaśniłem to dość szczegółowo.

Przestań.

>Najstarszy podział zachowany do dziś (na haplog
> rupy A00 i A0-T) datuje się na około 338 tys. lat, ale nawet jeśli uznać, że ws
> półczesny gatunek Homo sapiens wyodrębnił się dopiero 200 tys. lat temu,
> nie ma tu żadnej sprzeczności. Po prostu obie główne haplogrupy (odziedziczone
> po dalszych przodkach) mogły współwystępować już w najwcześniejszej populacji
> H. sapiens, tak jak współwystępują do dziś.

Jak zwykle dużo słów i mało treści. Opisz mi mechanizm w jaki sposób ten polimorfizm mógł się dostać do chromosomu Y przedstawicieli współczesnej populacji.

>Nic nie zmusza nas do przyję
> cia, że musiały się rozdzielić dopiero u ludzi typu współczesnego. Innymi słowy
> , "Y-chromosomalny Adam" mógł należeć do jakiegokolwiek wcześniejszego gatunku,
> od którego pochodzimy (w pewnym dającym się oszacować zakresie czasu).

Bredzisz. Chromosom Y, to chromosom płci i WSZYSCY WSPÓŁCZEŚNI LUDZIE odziedziczyli go po wspólnym przodku, ponieważ ŚWIADCZĄ O TYM PODOBIEŃSTWA pomiędzy innymi sekwencjami niż dyskutowana. Jedyna ISTOTNA różnica, to ten specyficzny polimorfizm (jedyna do tej pory namierzona), więc skąd on się tam mógł wziąć skoro chromosomy Y nie rekombinują?

> Co do bariery reprodukcyjnej między naszym gatunkiem a jego bliskimi kuzynami:
> gdyby w ogóle nie istniała, mielibyśmy większą domieszkę genów neandertalskich...

Bzdura. Chińczyków jest najwięcej na świecie. Ile chińskich genów jest w populacji Polaków? To samo dotyczy murzyńskich genów, aborygeńskich czy eskimoskich. I tak jest w nas dużo neandertalskich genów (w populacjach indonezyjskich czy aborygeńskich też), co znaczy, że na początku kojarzenia nie musiały być rzadkie. A więc do wyjaśnień jest bez liku i twoja bariera rozrodcza, to bzdura wyssana z neomitomańskiego ołówka. Cyganie tyle lat mieszkali w komunistycznej Polsce i uwarunkowania czysto kulturowe wystarczyły, żeby pozostawić nam małą domieszkę swoich genów (z resztą teraz jest podobnie). Przeczytaj sobie też to:

www.wprost.pl/ar/260712/Czlowiek-wspolczesny-krzyzowal-sie-ze-swymi-archaicznymi-kuzynami/
"Człowiek anatomicznie współczesny krzyżował się w Afryce z bardziej archaicznymi przedstawicielami człowiekowatych – napisali naukowcy na łamach tygodnika „Proceedings of the National Academy of Sciences”.
W ciągu ostatnich dwóch lat zsekwencjonowano genom neandertalczyków, a następnie odkrytych niedawno denisowiańczyków. Byli to nasi wymarli krewniacy, z którymi jeszcze 30 tys. lat temu nasi przodkowie żyli po sąsiedzku w Europie i Azji. Dzięki tym badaniom okazało się, że nasz podgatunek krzyżował się z dwoma pozostałymi. Najnowsze badania dowodzą, że na tym nie koniec. Wcześniej bowiem nasi przodkowie krzyżowali się również z bardziej archaicznymi przedstawicielami rodzaju Homo, przed migracją niektórych grup ludzkich 60 tys. lat temu z Afryki do Europy i Azji. Wówczas Afrykę zamieszkiwał m.in. Homo erectus – „człowiek wyprostowany" oraz Homo habilis – „człowiek zręcznie używający narzędzi”.
Jak wyjaśnia kierownik zespołu naukowego, Michael Hammer z University of Arizona USA), badania musiały być prowadzone w inny sposób, niż w przypadku neandertalczyków i denisowianczyków, gdzie porównywano zsekwencjonowane genomy. Tym razem takiej możliwości nie było, ponieważ naukowcy nie dysponują materiałem genetycznym archaicznych form ludzkich z Afryki. W klimacie afrykańskim DNA dużo szybciej ulega rozkładowi.(....)"

Nigdy nie było żadnej bariery rozrodczej, to bójda na resorach:


“Według Milforda Wolpoffa, w wersji minimalistycznej, w obrębie rodzaju Homo uzasadnione jest wyodrębnienie jedynie dwóch gatunków: australopitekoidalnego Homo habilis i właściwego człowieka – Homo sapiens (w okresie 1,5 mln lat występują one w tym samym czasie i na tych samych terenach). Począwszy od oddzielenia się formy erectus, ewolucja człowieka miała już przebieg jednotorowy i w każdym momencie człowiekowate reprezentował tylko jeden gatunek (H. erectus byłby więc tylko częścią H. sapiens). Inni antropolodzy sugerują wielotorowość ewolucji, i to nie tylko na poziomie Homo habilis (z podziałem na H. habilis i H. rudolfensis) czy Homo erectus (dzieląc go na H. erectus, H. ergaster i H. georgicus), ale również na poziomie Homo sapiens (wyodrębniając H. antecessor, H. heidelbergensis, H. neanderthalensis czy, ostatnio, H. floresiensis). Nie wyjaśniają jednak, co mogło powodować tak częste powstawanie nowych gatunków. Zapewne po części stan ten wynika z niedoceniania zjawiska zmienności wewnątrzgatunkowej, a po części z chęci uzyskania rozgłosu w mediach – znacznie lepiej “sprzedaje się” nowy gatunek niż kolejny osobnik znanego wcześniej gatunku. Zmienność morfologiczna form w linii erectus-sapiens jest duża, ale zmiany te mogły być wyrazem adaptacji w obrębie poszczególnych populacji i nie musiały prowadzić do zerwania ciągłości genetycznej gatunku. Jeśli więc przyjmiemy, że Homo sapiens jest tylko kontynuacją populacji Homo erectus, to powstanie rodzaju ludzkiego było jednocześnie powstaniem gatunku ludzkiego.”



Katarzyna A. Kaszycka (antropolog).

> Co do samego pojęcia specjacji: specjacja to [b]na mocy definicji[/i] każdy pro
> ces biologiczny prowadzący do powstawania nowych gatunków. Z definicją chyba ni
> e zamierzasz się spierać?

Przeczytaj mój artykuł, bo wyuczone bezrozumnie regułki nie robią na mnie wrażenia.

Rezygnuję

[petrucchio]

Nie próbujesz nawet skupić się na chwilę, żeby zrozumieć, o czym ja piszę. O genetyce populacyjnej, datowaniu molekularnym i o ich stronie matematycznej nie masz bladego pojęcia, nie rozumiesz najbardziej podstawowych kwestii i nigdy nie zrozumiesz, bo jako pyszałkowaty idiota nie jesteś w stanie zdać sobie sprawy z własnych ograniczeń. Tak się nie da rozmawiać, dlatego ja wysiadam. Zainteresowanych zachęcam do dyskusji w innych wątkach, a ty baw się sam ze sobą, jak zwykle.

Ja wiem co to jest dryf genetyczny, ty nie wiesz!

[bioslawek]

petrucchio napisał:

> Nie próbujesz nawet skupić się na chwilę, żeby zrozumieć, o czym ja piszę.

To, co piszesz to bełkot i jasno ci to wykazałem. Poza tym sam nie rozumiesz o czym piszesz, ponieważ nie znasz podstaw biologii.

>O ge
> netyce populacyjnej, datowaniu molekularnym i o ich stronie matematycznej nie m
> asz bladego pojęcia, nie rozumiesz najbardziej podstawowych kwestii i nigdy nie
> zrozumiesz, bo jako pyszałkowaty idiota(....)

AD-PERSONAM, no ale na co stać kogoś, kto siły do dyskusji czerpie z nieuctwa. Ja wiem co to jest dryf genetyczny, ty nie masz o tym pojęcia, bo jakbyś miał, to byś nie produkowal tych wszystkich kocopołów:

DRYF GENETYCZNY:

Wyobraźmy sobie kopiec fasoli składający się z trzech rodzajów nasion fasoli: A, B, C. Teraz wyobraźmy sobie, że w jakiś sposób przez sito przedostały się tylko nasiona A i B. Następnie ktoś użył kolejnego sita i przesiały się tylko nasiona odmiany A.
Rodzaje fasoli A, B ,C obrazują różne allele tego samego genu w populacji (wielokrotność alleli w populacji), co skutkuje tzw. polimorfizmem genetycznym. Można też w takich przypadkach mieć do czynienia z wysoką heterozygotycznością w populacji. Jeżeli w wyniku dryfu genetycznego (wąskiego gardła, lub efektu założyciela) zostaną wyselekcjonowane tylko Allele A, to będziemy mieli do czynienia ze stanem homozygotycznym i w tym układzie allele A zdobędą frekwencję w populacji. Populacja będzie się składała z genotypów A,A,A…Teraz dopiero, teoretycznie, może zacząć się mutowanie i rozprzestrzenianie pozytywnych mutacji na zasadzie selekcyjnego wymiatania.




1)Efekt założyciela 2)Efekt wąskiego gardła
(wg Kowalczyk, Filipska, 2004) (wg Kowalczyk, Filipska, 2004)

W obu przypadkach pula genowa nowej populacji jest różna od puli genowej populacji wyjściowej. Następuje zmniejszenie różnorodności genetycznej populacji (zmniejsza się pula genowa populacji).

Teraz mi wyjaśnij, w jaki sposób na kanwie tego procesu mogły zostać wyeliminowane wszystkie chromosomy Y z dyskutowanym polimorfizmem, tak iż ostał się tylko w jednej współczesnej populacji? Nie zaprezentowałeś też rozwiązania, jak w ogóle ten polimorfizm mógł się dostać do chromosomu Y mimo, że członkowie współczesnej, ludzkiej populacji wszyscy odziedziczyliśmy go po wspólnym męskim przodku. Pozbierałeś gdzieś jakieś informacje, których nie rozumiesz i po przepuszczeniu tego wszystkiego przez twój umysł i klawiaturę wyszedł ci bełkot, jaki wyszedł. Daj lepiej namiary na źródła, z których czerpałeś te informację, to zaoszczędzisz przynajmniej ludziom czasu.

[elkate-2]

Halo! Nie wiem, czy ktoś jeszcze wchodzi na tę bardzo ważną dyskusję.
Jako sprawca i bezpośredni uczestnik badać haplogrupy A00 chciałbym tu o kilku sprawach poinformować i kilka pojawiających się tu błędnych informacji sprostować.
Ale czy ktoś jeszcze tu zagląda? Czy jest zapotrzebowanie na moją odpowiedź?
Proszę odpowiedzieć!
Stan

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Halo! Nie wiem, czy ktoś jeszcze wchodzi na tę bardzo ważną dyskusję.
> Jako sprawca i bezpośredni uczestnik badać haplogrupy A00 chciałbym tu o kilku
> sprawach poinformować i kilka pojawiających się tu błędnych informacji sprostow
> ać.
> Ale czy ktoś jeszcze tu zagląda? Czy jest zapotrzebowanie na moją odpowiedź?
> Proszę odpowiedzieć!
> Stan

Ależ oczywiście, jeśli faktycznie jest coś do zakomunikowania.

[elkate-2]

b]2) Publikacja wynikow testowania haplogrupy A00[/b]
(Tu wyjaśniam, że mutacje typu SNP, czyli pojedynczych nukleotydów, stanowią o haplogrupach, a nie haplotypach; haplotypy to zestawy mutacji w STR, zmian liczby powtórzeń krótkich tandemów w rejonie tzw. mikrosatelitów Y-DNA).
........
Thomas Krahn i Bonnie Schrack (za moim przyzwoleniem) przekazali wyniki testowania profesorowi Uniwersytetu Arizona, M. Hammerowi i jego zespołowi. Zespół dokonał dodatkowych testów innych próbek, rozpoznanych jako A00, a nawet szympansa i goryla - dla ustalenia charakteru mutacji.
...
10 listopada ubiełego roku podczas dwudniowej międzynarodowej konferencji administratorów wszystkich, chyba kilkuset projektów Y-DNA i mtDNA światowej firmy FTDNA w Houston, ogłoszono m.in. wyniki testowania w nowych haplogrupach A0 i A00.
Wyniki relacjonowali: Michal Hammer, Thomas Krahn i Bonnie Schrack.
...
Ten pierwszy ogłosił datowanie wspólnego i jedynego przodka współczesnego człowieka na 338 tysięcy lat temu - według niedawno opracowanej nowej stopy mutacji na jeden nukleotyd i na 30-letnie pokolenie. Oznacza to wzrost czasu człowieka o 67 procent w stosunku do dotychczas znanej haplogrupy A0, datowanej na 202 tysiące lat; co Cruciani, według poprzedniej stawki mutacji, datował na 142 tysiące lat.
...
Uogólniając, została odkryta oczekiwana jakby druga “połowa” ludzkości (choć może tylko kilku lub kilkunastutysięczna!), ułatwiająca zidentyfikowanie naszego wspólnego praojca, chromosomalnego Y-Adama.
...
T. Krahn na konferencji wyjaśniał postęp i sukcesy swojej metody testowania zwanej WTY “Walk Through Y-chromosome” – ‘Spacer po chromosomie Y’ to szeroki zakres poszukiwań mutacji w wybranych regionach Y-DNA, w zakresie w sumie około 420 tysięcy par zasad (nukleotydów). Takie testowanie umożliwiło uzyskanie wielkiej liczby mutacji (SNP) i opracowanie klarownego drzewa genealogicznego ludzkości.
...
Bonnie Schrack przy pomocy slajdów relacjonowała przebieg badań grup A0 i A00 i rozwój drzewa genealogicznego w najstarszych haplogrupach, czyli w A. W trakcie opisywania slajdów wspomniała, że nie byłoby tego sukcesu bez aktywnego udziału “fantastycznych i entuzjastycznych wspomożycieli”, wśród których ‘graetest supporter’ był “Stan [...] from Poland” www.haplogroup-a.com/ .
...
Po konferencji wśród genealogów genetycznych na naukowych blogach i forach ukazały się emocjonalne i entuzjastyczne oceny, uznające wyniki za olbrzymie, wspaniałe, zaskakujące, a nawet za [b]“największe odkrycie w dziejach ludzkości”.
...
Publikacja wyników i zasad datowania ukazała się 28 lutego 2013 r. Głównym autorem jest prof. Uniwersytetu Arizona, Fernando Mendez. Wśród 11 autorów znajduje się i administratorka badań, Bonnie Schrack oraz Historyk Uniwersytetu Yaounde w Kamerunie, Forka Fomine. Pochodzi on z plemienia Mbo/Samba i należy do tej samej grupu genowej, A00. Jako student osobiście zbierał próbki wśród MBO dla laboratorium w Anglii i fundacji Sorensona SMGF w USA, nie znając ich niezwykłości.
...
Po ukazaniu się tej publikacji na forach i blogach znów odezwały się głosy entuzjazmu i aprobaty, a autorzy kilkunastu tematów na stronach Wikipedii przystąpili do wprowadzenia odpowiednich zmian lub nawet nowych stron. Wśród komunikatów światowych agencji prasowych nieco wyróżniał się komunikat rosyjskiej agencji RIA Nowosti. W komentarzu do tego komunikatu ktoś (nomina sunt odiosa) oskarżył prof. Hammmera z Uniwersytetu Arizona, że “dopuścił się złamania wszystkich norm etycznych”, gdyż “wziął pod siebie wyniki analiz, które były opłacone nie z grantu naukowego, lecz z osobistych środków pana Stanisława [z Polski] ”.

Obecnie wśród żądnych sensacji pojawiają się i takie domysły, że grupa A00, którą od pozostałych młodszych grup (A0 i A1) dzieli aż około 136 tysięcy lat, jest może owocem “mezaliansu” jakiegoś neandertalczyka z kobietą spośród ludzi współczesnych. Jest to oczywiście niezgodne z tradycyjnym datowaniem samego neandertalczyka, a zwłaszcza wspólnego przodka jego i człowieka współczesnego. Tym przodkiem jest, jak już wiemy, człowiek rodezyjski (Homo Rhodesiensis), którego europejską odnogą był człowiek heidelberski. Afrykańska gałaź (rodezyjska) dała początek człowiekowi współczesnemu (A00), a europejska gałąź (heidelberska) dała poczatek neandertalczykowi.

Co więcej, datowanie na 338.000 lat okazuje się przesadzone. Oparte jest bowiem na testowaniu dzisiejszych kilkudziesięciu mężczyzn, co do których ustalono przeciętny czas rodzicielstwa 29,7 lat (30 lat na jedno pokolenie). Tymczasem w paleolicie, co wykazały inne badania, przecietny czas rodzicielsrtwa wynosił 25 lat (25 lat na jedno pokolenie). Dlatego obliczony przez Mendeza wiek 338.000 lat trzeba zmniejszyć o 1/6.
A więc czas życia Adama to 280 tysięcy lat temu.
Ten wynik opublikowałem przedwczoraj na forum RootsWeb. Zaakceptowała go już ważna dwójka autorów: Bonnie Schrack i Thomas Krahn. Przy okazji ten ostatni nawet ujawnił kulisy tego zawyżonego przez Mendeza datowania.
A więc ostatecznie – nie 338.000 lecz 280.000 lat.

C. D. N.

do elkate-2

[pomruk]

Część 2 wypowiedzi napisz jeszcze raz pod częścią 1 (tę wtedy skasuję).

[elkate-2]

Wpisałem tam część 2 i 3, ale końcówkę urwało!

[pomruk]

Post był widać za długi :)

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Co więcej, datowanie na 338.000 lat okazuje się przesadzone. Oparte jest bowiem
> na testowaniu dzisiejszych kilkudziesięciu mężczyzn, co do których ustalono pr
> zeciętny czas rodzicielstwa 29,7 lat (30 lat na jedno pokolenie). Tymczasem w p
> aleolicie, co wykazały inne badania, przecietny czas rodzicielsrtwa wynosił 25
> lat (25 lat na jedno pokolenie). Dlatego obliczony przez Mendeza wiek 338.000 l
> at trzeba zmniejszyć o 1/6.
> A więc czas życia Adama to 280 tysięcy lat temu.
> Ten wynik opublikowałem przedwczoraj na forum RootsWeb. Zaakceptowała go już wa
> żna dwójka autorów: Bonnie Schrack i Thomas Krahn. Przy okazji ten ostatni naw
> et ujawnił kulisy tego zawyżonego przez Mendeza datowania.
> A więc ostatecznie – nie 338.000 lecz 280.000 lat.

To nie takie proste. Tak naprawdę z punktu widzenia datowania liczy się nie tyle liczba pokoleń, co liczba podziałów komórkowych (a średnia prędkość podziałów raczej się nie zmieniła od czasów prehistorycznych). Jeśli dziś średnia długość pokolenia wynosi ok. 30 lat, to znaczy, że przeciętny haploidalny plemnik trzydziestoletniego ojca ma za sobą historię ok. 400 podziałów (i prawdopodobnie ok. 120 punktowych mutacji). Oczywiście im krótszy wiek ojcowski (o ile naprawdę był krótszy w paleolicie, co jest czystą spekulacją), tym mniejsza liczba mutacji, a większa liczba pokoleń

Korekta

[petrucchio]

petrucchio napisał:

> W najlepszym razie czy to 338 tys., czy 200 tys. lat...

Maiałem na myśli "czy to 338 tys., czy 280 tys. lat...". Pardon.

[elkate-2]

Petrucchio, o tym co piszesz, myślałem od dawna: Kiedy powstają mutacje NRY. I dotąd u poważnych autorów zawsze spotykałem zależność liczby mutacji STR od liczby mejoz.
Nie znalazłem dotąd wypiowiedzi, która by łączyła mutacje STR czy SNP z liczbą lat ojców.
Pierwszy sygnał znalazłem dopiero teraz, u Konga 2012, który nawet obliczył, że liczba mutacji SNP podwaja się co chyba 16,5 lat. A w wieku 30 lat, kiedy przeciętna rozrodczośc ojca jest najwyższa, liczba mutacji w jednej parze zasad wynosi 6,17x10^-10.
Taka stopę mutacji zastosował Mendez.
Ale Kong testował tylko zdegenerowane X, które znajdują się w Y-DNA.
Pytanie, czy tym samym regułom polegają NRY. O to pytał i Krahn Mendeza, co napissał przedwczoraj na Forum.
Jak dotąd, to tylko to wiadomo, że ustalone na trzydzieści lat pokolenia trzeba przeliczyć na 25 lat. Dziesiątki tysięcy lat w paleolicie nie wykazują specjalnych zmian ekologicznych, sprzyjających rozwojowi dlugości życia, aż do neolitu.
A u szympansa znaleziono szczyt ojcowstwa na 24,9 lat.

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Jak dotąd, to tylko to wiadomo, że ustalone na trzydzieści lat pokolenia trzeba
> przeliczyć na 25 lat. Dziesiątki tysięcy lat w paleolicie nie wykazują specjal
> nych zmian ekologicznych, sprzyjających rozwojowi dlugości życia, aż do neolitu
> .
> A u szympansa znaleziono szczyt ojcowstwa na 24,9 lat.

No właśnie to jest spekulacja. Porównanie z szympansami to trochę mało, żeby wnioskować o szczycie ojcostwa o ludzi. A jeśli chodzi o przeciętną długość życia, to wiele wskazuje, że rewolucja neolityczna początkowo ją zmiejszyła, i to dość drastycznie, wskutek zmian dietetycznych i ułatwionego szerzenia się epidemicznych chorób. Paleolityczny nastolatek, kiedy już przebrnął przez trudne dzieciństwo, miał dobre widoki na dożycie pięćdziesięciu kilku lat.

[elkate-2]

Wiem o takich badaniach, ale to było może "na przełomie dziejów", gdy nie było umiejętności uprawiania i przygotowywania potraw .
Patrząc na drzewo genealogiczne Y-DNA to widzimy, że zaczyna się ono rozkrzaczać tak na dobre dopiero w neolicie. Większośc linii haplogrupy R1a sięga lat okoolo 3500 przed Chr. A co sie działo od powiedzmy około 20.000 lat w tej grupie?
To samo widzimy we wszystkich haplogrupach, począwszy od A00, A0, A1a, B itd.
To przeciez co najmniej 100.000 lat!

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Patrząc na drzewo genealogiczne Y-DNA to widzimy, że zaczyna się ono rozkrzacza
> ć tak na dobre dopiero w neolicie. Większośc linii haplogrupy R1a sięga lat oko
> olo 3500 przed Chr. A co sie działo od powiedzmy około 20.000 lat w tej grupie?

Tak samo się rozkrzaczało, ale przecież większość starych linii z czasem wymiera. Przeżywają nieliczne i tylko ich rozgałęzienia widzimy dzisiaj. Większa część drzewa rodowego jest dla nas niewidzialna, bo używanie wyłącznie współczesnych danych powoduje skrzywienie perspektywy.

Dowody ukryte w lukach naszej wiedzy?

[bioslawek]

petrucchio napisał:

> elkate-2 napisał:
>
> > Patrząc na drzewo genealogiczne Y-DNA to widzimy, że zaczyna się ono rozk
> rzacza
> > ć tak na dobre dopiero w neolicie. Większośc linii haplogrupy R1a sięga l
> at oko
> > olo 3500 przed Chr. A co sie działo od powiedzmy około 20.000 lat w tej g
> rupie?
>
> Tak samo się rozkrzaczało, ale przecież większość starych linii z czasem wymier
> a. Przeżywają nieliczne i tylko ich rozgałęzienia widzimy dzisiaj.

Geny mówią,że ekspansja i różnicowanie się rodzaju ludzkiego jest młodej daty, a ty twierdzisz, że dowody na starą ekspensję musiały zaniknąć gdzieś w pomrokach dziejów. Z twojej argumentacji, która jest błędna logicznie, ponieważ odwołuje się do argumentu z niewiedzy, wynika, że dowodów na archaiczną historię naszego gatunku należy szukać w lukach naszej wiedzy.

>Większa częś
> ć drzewa rodowego jest dla nas niewidzialna, bo używanie wyłącznie współczesnyc
> h danych powoduje skrzywienie perspektywy.

A w jaki to sposób ta perspektywa jest niby krzywiona? Geny zawierają pewną historię i ona mówi to, co mówi. Wiem, że ty byś chciał, żeby wymowa empirii była inna i dlatego usiłujesz narzucić tej empirii wlasną interpretację.

[elkate-2]

Petruchio dał pozwolenie (a widzę, że to niegłupi chłop) , więc piszę.
Widzę, że wiele mądrych rzeczy już tu napisano, a wiele błędnych.
Co trzeba, to sprostuję (nie wskazując na nazwiska dyskutantów), a co trzeba, to uzupełnię.
....................
1) Historia odkrycia A0 i A00.

W 2011 r. chciałem uzupełnić drzewo genealogiczne swojego rodu o jakąś informację odnośnie pierwszego wspólnego praojca wszystkich ludzi, żeby też nieco dokładniej nakreślić drogę migracji moich przodków od Y-chromosomalnego Adama do (...).
Odpowiednio naszkicowana strona internetowa już funkcjonowała.
...
W projekcie A Haplogroup FTDNA, prowadzonym przez p. Bonnie Schrack, oraz w bazie SMGF - w małej grupce "citizen scientists" wstępnie wyeksponowaliśmy kilka wyróżniających się haplotypów, ale przetestowanych tylko wstępnie, w wąskim zakresie STR.
...
Wybór mój padł na nazwiska Jones, Dorsey i Perry.
Ponieważ dotyczący nie wykazywali ochoty interesowania się tymi badaniami i opłatami na szersze badania, zaszła potrzeba osobistego zaangażowania się finansowego w tę akcję. Zdecydowałem się na głębokie testowanie w ramach WTY u T.Krahna w Houston. Okazało się, że w końcu osobiście musiałem pokryć około 80 procent wszystkich kosztów. Dokumentacja wpłat jest publicznie dostępna w Projekcie haplogrupy A (link mogę podać na życzenie).
...
Rezyltaty testowania WTY Jonesa i Dorsey'a okazały się nadzwyczaj owocne: po kilkadziesiąt SNP (czyli mutacji pojedynczych nukleotydów). Zostali oni przyporządkowani do haplogrupy A0. Wykrył ją już wcześniej F.Cruciani (Cruciani et al. 2011), ale jego wyniki nie mogły być oficjalnie uznane; czekały bowiem na potwierdzenie w innych badaniach. Takie więc się teraz dokonały i nowe SNP (czytaj snipy) mogły być zatwierdzone i umieszczone na drzewie genealogicznym przez międzynarodowe stowarzyszenie ISOGG.
...
Teraz kolej na testy Y-DNA Perryego.
Kontak z nim był niełatwy. Ale znalazł się jego zamiennik, kuzyn Jackie. Prawie w całości opłaciłem jego testowanie WTY. P. Bonnie Schrack i Thomas Krahn dziwili się, dlaczego jakiś Polak, w kraju niebogatym, zupełnie niezwiązany z tymi ludźmi tak bardzo interesuje się testowaniem Y-DNA i to za solidne pieniądze.
...
Musiałem więc wyjaśnić, że “szukam genów mojego praojca Adama", a właściwie mutacji najbliższych jego potomków, bo nie w pojedynczym Y-DNA ich wspólnego przodka, a tylko u nich można zidentyfikować najwcześniejsze mutacje.
...
Przy okazji w bazie mutacji Y-DNA znalazłem, że jedna mutacja SNP już jest w bazie. To L74, przez Krahna znalezione było przypadkiem, odróżnia mężczyzn od DNA szympansa i kobiet, ale jest jednakowe u wszystkich mężczyzn. Wśród samych mężczyzn jest więc nierozpoznawalne, bo jest u wszystkich i nikogo nie rozróżnia (więc nie jest mutacją); jest więc widoczne jako niezmutowany nukleotyd, otrzymany od ich wspólnego przodka, właśnie owego Y-Adama.
...
T.Krahn, widząc niezwykłość celu tych badań i jego znaczenie dla całego drzewa genealogicznego ludzkości, narażając się czekającym na swoją kolej klientom, przystąpił natychmiast do badania Y-DNA rodziny Perry’ego.

W czwartek 12 kwietnia 2012 roku wyniki WTY były już na stole. Krahn i jego żona Astrid (laborantka) byli zdumieni. Bowiem podczas gdy dotychczas w takich samych badaniach uzyskiwali oni zaledwie jeden dwa lub zero SNP, tutaj mają aż ponad 80! Gorączkowe sprawdzanie wyników prowadzili przez dwa dni z nocami!
W niedzielę nad ranem otrzymałem podziekowanie i ciepłe gratulacje. Na moment ogłosili wyniki na stronie Finch-2, ale zaraz usunęli, bo przecież: “wyniki trzeba opracować i opublikować drukiem”, “świat przecież musi wiedzieć o tym przełomowym odkryciu” – napisano do mnie, prosząc o cierpliwość i o zgodę na embargo dla tych informaji; z ja tymczasem “powinieneś być dumny z powodu tego odkrycia, które się dokonało, bo bez twojego udziału i ofiarności nie byłoby tak wielkiego sukcesu”.

Na embargo więc się zgodziłem.
I wtedy wśród genealogów genetycznych w Stanach Zjednoczonych, Europie Zachodniej i w Rosji powstała burza gniewu. Firmnie FTDNA nawet grożono sądem z powodu bezprawnego utajnienia wyników, za które ktoś przecież płacił. Poczułem się w obowiązku wydać 2 maja oświadczenie na głównych stronach genealogii genetycznej, np. DNA-Forums i RootsWeb, że jako główny inicjator i inwestor tych badań byłem proszony o zgodę na to embargo, do czasu opracowania i opublikowania uzyskanych wyników.

To oświadczenie w znacznym stopniu uspokoiło opinie genetyków, choć trochę gniewu skierowało się teraz przeciw mnie.

C.D.N.

[petrucchio]

A, to miło mi poznać pana SP, sponsora projektu. Citizen science to piękna rzecz.

[elkate-2]

........................................
2) Publikacja wynikow testowania haplogrupy A00
(Tu wyjaśniam, że mutacje typu SNP, czyli pojedynczych nukleotydów, stanowią o haplogrupach, a nie haplotypach; haplotypy to zestawy mutacji w STR, zmian liczby powtórzeń krótkich tandemów w rejonie tzw. mikrosatelitów Y-DNA).
........
Thomas Krahn i Bonnie Schrack (za moim przyzwoleniem) przekazali wyniki testowania profesorowi Uniwersytetu Arizona, M. Hammerowi i jego zespołowi. Zespół dokonał dodatkowych testów innych próbek, rozpoznanych jako A00, a nawet szympansa i goryla - dla ustalenia charakteru mutacji.
...
10 listopada ubiełego roku podczas dwudniowej międzynarodowej konferencji administratorów wszystkich, chyba kilkuset projektów Y-DNA i mtDNA światowej firmy FTDNA w Houston, ogłoszono m.in. wyniki testowania w nowych haplogrupach A0 i A00.
Wyniki relacjonowali: Michal Hammer, Thomas Krahn i Bonnie Schrack.
...
Ten pierwszy ogłosił datowanie wspólnego i jedynego przodka współczesnego człowieka na 338 tysięcy lat temu - według niedawno opracowanej nowej stopy mutacji na jeden nukleotyd i na 30-letnie pokolenie. Oznacza to wzrost czasu człowieka o 67 procent w stosunku do dotychczas znanej haplogrupy A0, datowanej na 202 tysiące lat; co Cruciani, według poprzedniej stawki mutacji, datował na 142 tysiące lat.
...
Uogólniając, została odkryta oczekiwana jakby druga “połowa” ludzkości (choć może tylko kilku lub kilkunastutysięczna!), ułatwiająca zidentyfikowanie naszego wspólnego praojca, chromosomalnego Y-Adama.
...
T. Krahn na konferencji wyjaśniał postęp i sukcesy swojej metody testowania zwanej WTY “Walk Through Y-chromosome” – ‘Spacer po chromosomie Y’ to szeroki zakres poszukiwań mutacji w wybranych regionach Y-DNA, w zakresie w sumie około 420 tysięcy par zasad (nukleotydów). Takie testowanie umożliwiło uzyskanie wielkiej liczby mutacji (SNP) i opracowanie klarownego drzewa genealogicznego ludzkości.
...
Bonnie Schrack przy pomocy slajdów relacjonowała przebieg badań grup A0 i A00 i rozwój drzewa genealogicznego w najstarszych haplogrupach, czyli w A. W trakcie opisywania slajdów wspomniała, że nie byłoby tego sukcesu bez aktywnego udziału “fantastycznych i entuzjastycznych wspomożycieli”, wśród których ‘graetest supporter’ był “Stan [...] from Poland” www.haplogroup-a.com/ .
...
Po konferencji wśród genealogów genetycznych na naukowych blogach i forach ukazały się emocjonalne i entuzjastyczne oceny, uznające wyniki za olbrzymie, wspaniałe, zaskakujące, a nawet za [b]“największe odkrycie w dziejach ludzkości”.
...
Publikacja wyników i zasad datowania ukazała się 28 lutego 2013 r. Głównym autorem jest prof. Uniwersytetu Arizona, Fernando Mendez. Wśród 11 autorów znajduje się i administratorka badań, Bonnie Schrack oraz Historyk Uniwersytetu Yaounde w Kamerunie, Forka Fomine. Pochodzi on z plemienia Mbo/Samba i należy do tej samej grupu genowej, A00. Jako student osobiście zbierał próbki wśród MBO dla laboratorium w Anglii i fundacji Sorensona SMGF w USA, nie znając ich niezwykłości.
...
Po ukazaniu się tej publikacji na forach i blogach znów odezwały się głosy entuzjazmu i aprobaty, a autorzy kilkunastu tematów na stronach Wikipedii przystąpili do wprowadzenia odpowiednich zmian lub nawet nowych stron. Wśród komunikatów światowych agencji prasowych nieco wyróżniał się komunikat rosyjskiej agencji RIA Nowosti. W komentarzu do tego komunikatu ktoś (nomina sunt odiosa) oskarżył prof. Hammmera z Uniwersytetu Arizona, że “dopuścił się złamania wszystkich norm etycznych”, gdyż “wziął pod siebie wyniki analiz, które były opłacone nie z grantu naukowego, lecz z osobistych środków pana Stanisława [z Polski] ”.

Obecnie wśród żądnych sensacji pojawiają się i takie domysły, że grupa A00, którą od pozostałych młodszych grup (A0 i A1) dzieli aż około 136 tysięcy lat, jest może owocem “mezaliansu” jakiegoś neandertalczyka z kobietą spośród ludzi współczesnych. Jest to oczywiście niezgodne z tradycyjnym datowaniem samego neandertalczyka, a zwłaszcza wspólnego przodka jego i człowieka współczesnego. Tym przodkiem jest, jak już wiemy, człowiek rodezyjski (Homo Rhodesiensis), którego europejską odnogą był człowiek heidelberski. Afrykańska gałaź (rodezyjska) dała początek człowiekowi współczesnemu (A00), a europejska gałąź (heidelberska) dała poczatek neandertalczykowi.

Co więcej, datowanie na 338.000 lat okazuje się przesadzone. Oparte jest bowiem na testowaniu dzisiejszych kilkudziesięciu mężczyzn, co do których ustalono przeciętny czas rodzicielstwa 29,7 lat (30 lat na jedno pokolenie). Tymczasem w paleolicie, co wykazały inne badania, przecietny czas rodzicielsrtwa wynosił 25 lat (25 lat na jedno pokolenie). Dlatego obliczony przez Mendeza wiek 338.000 lat trzeba zmniejszyć o 1/6.
A więc czas życia Adama to 280 tysięcy lat temu.
Ten wynik opublikowałem przedwczoraj na forum RootsWeb. Zaakceptowała go już ważna dwójka autorów: Bonnie Schrack i Thomas Krahn. Przy okazji ten ostatni nawet ujawnił kulisy tego zawyżonego przez Mendeza datowania.
A więc ostatecznie – nie 338.000 lecz 280.000 lat.

C. D. N.
...........................................................................
3) Niektóre kwestie na forum “Męski prachromosom w Kamerunie”.

1) Nie wiem, czy chromosom A00 można nazywać “prachromosom”. Jest to chromosom dzisiejszych dawców próbek. I prawdę mówiąc, nie jest to chromosom jakichś wymarłych przodków wspólczesnego człowieka. Jest to chromosom pochodzeniem i wiekowo równorzędny chromosomowi A0T-R2. A0T to tylko pewna grupa SNP, dziedziczona przez wszystkich jej potomków, a więc A0 i od A1 to R2.

2) Chcę sprostować, że wbrew informacjom na niektórych forach, Albert Perry jeszcze żyje i żyje też jego kuzyn.

3) Czy gatunki się krzyżują? Właśnie cechą rozpoznawczą gatunków, o ile dobrze wiem, jest ich zasadnicze niekrzyżowanie się. Mówię “zasadnicze”, bo jakies przypadkowe, a może kalekie może się zdarzyć.
Jak tu pisano, gatunki powstają przez stopniowe różnicowanie się i (dodam) przez stopniowe niekrzyżowanie się.

4) Datowanie współczesnego człowieka na 200.000 lat zawsze było tymczasowe i uznaniowe. Podstawą datowania były szczątki ludzkie znalezione we wschodniej Afryce i datowane na 195.000 lat, dające sie porównać do dzisiejszych szkieletów. Ale antropolodzy szukali zawsze dalszych znalezisk i raczej są otwarci na inne datowanie.

Mitochondrialna Ewa, której haplogrupę Behar et al. 2012 oznaczyli jako RSRS, datowana jest na 177.000 lat. Ale nadal jest poszukiwana precyzyjna stopa mutacji, czyli ilość mutacji w genomie na jedno pokolenie czy na jeden rok.

Widzimy, że Y-DNA ma wyższe datowanie, bo 280.000 lat. Nie jest to sprzeczność. Bowiem Ewa to matka w punkcie rozgałęzienia. Do jej wykrycia dochodzi sie tylko wtedy, gdy są rozgałęzienia. Wcześniejsze proto-Ewy i wcześniejsze rozgałęzienia istniały, tylko że ich boczne linie wyginęły, została tylko jedna linia, ta prowadząca do mtEwy RSRS.
Więc były jakieś Ewy, żyjące wraz z Y-Adamem 280.000 lat temu.

5) Nie znam reguły mutacji: “raz na milion lat, a 6 mutacji to 6 milionów lat.”
Dotąd liczono 1 mutacja (SNP) na każdą jedną z 3 miliardów par zasad na 1 mialiard lat.
Czyli za miliard lat zmutowane mogą być wszystkie pary zasad w genomie. Ta miara służyła, żeby obliczyć, ile lat upłyneło od wspólnego przodka, skoro widzimy tylko np. jedną mutację w stosunku do genomu mojego kolegi. Ale znów jaki procent tego genomu poddaliśmy testowaniu? To wszystko trzeba przeliczać.
Teraz te normy się zmieniają. Mendez wziął od Kong et al. 2012 liczbę mutacji w całym genomie w trzech pokoleniach: ojciec, syn i wnuk.i wykorzystał te dane w swojej pracy pracy.

6) Napisano tu: [i]&

[elkate-2]

3) Niektóre kwestie na forum “Męski prachromosom w Kamerunie”.

1) Nie wiem, czy chromosom A00 można nazywać “prachromosom”. Jest to chromosom dzisiejszych dawców próbek. I prawdę mówiąc, nie jest to chromosom jakichś wymarłych przodków wspólczesnego człowieka. Jest to chromosom pochodzeniem i wiekowo równorzędny chromosomowi A0T-R2. A0T to tylko pewna grupa SNP, dziedziczona przez wszystkich jej potomków, a więc A0 i od A1 to R2.

2) Chcę sprostować, że wbrew informacjom na niektórych forach, Albert Perry jeszcze żyje i żyje też jego kuzyn.

3) Czy gatunki się krzyżują? Właśnie cechą rozpoznawczą gatunków, o ile dobrze wiem, jest ich zasadnicze niekrzyżowanie się. Mówię “zasadnicze”, bo jakies przypadkowe, a może kalekie może się zdarzyć.
Jak tu pisano, gatunki powstają przez stopniowe różnicowanie się i (dodam) przez stopniowe niekrzyżowanie się.

4) Datowanie współczesnego człowieka na 200.000 lat zawsze było tymczasowe i uznaniowe. Podstawą datowania były szczątki ludzkie znalezione we wschodniej Afryce i datowane na 195.000 lat, dające sie porównać do dzisiejszych szkieletów. Ale antropolodzy szukali zawsze dalszych znalezisk i raczej są otwarci na inne datowanie.

Mitochondrialna Ewa, której haplogrupę Behar et al. 2012 oznaczyli jako RSRS, datowana jest na 177.000 lat. Ale nadal jest poszukiwana precyzyjna stopa mutacji, czyli ilość mutacji w genomie na jedno pokolenie czy na jeden rok.

Widzimy, że Y-DNA ma wyższe datowanie, bo 280.000 lat. Nie jest to sprzeczność. Bowiem Ewa to matka w punkcie rozgałęzienia. Do jej wykrycia dochodzi sie tylko wtedy, gdy są rozgałęzienia. Wcześniejsze proto-Ewy i wcześniejsze rozgałęzienia istniały, tylko że ich boczne linie wyginęły, została tylko jedna linia, ta prowadząca do mtEwy RSRS.
Więc były jakieś Ewy, żyjące wraz z Y-Adamem 280.000 lat temu.

5) Nie znam reguły mutacji: “raz na milion lat, a 6 mutacji to 6 milionów lat.”
Dotąd liczono 1 mutacja (SNP) na każdą jedną z 3 miliardów par zasad na 1 mialiard lat.
Czyli za miliard lat zmutowane mogą być wszystkie pary zasad w genomie. Ta miara służyła, żeby obliczyć, ile lat upłyneło od wspólnego przodka, skoro widzimy tylko np. jedną mutację w stosunku do genomu mojego kolegi. Ale znów jaki procent tego genomu poddaliśmy testowaniu? To wszystko trzeba przeliczać.
Teraz te normy się zmieniają. Mendez wziął od Kong et al. 2012 liczbę mutacji w całym genomie w trzech pokoleniach: ojciec, syn i wnuk.i wykorzystał te dane w swojej pracy pracy.

6) Napisano tu: “Pytanie, czy haplogrupa A00 jest wariantem odziedziczonym przez przedsapiensowych” przodkach (i prawie, ale jeszcze nie do końca wypartym wskutek dryfu) czy zapożyczonym od bliskich kuzynow, prawdopodobnie da się rozstrzygnać w dalszych badaniach”

Otóż nie. SNP w Y-DNA nie pożycza się od kuzynów,lecz otrzymuje się i ewentualnie dodaje się do nich nowe w liniach prostych: z ojca na syna.
Zestaw 58 SNP w haplorupie A00 powstał tylko w tej linii, na odcinku pokoleń od Y-Adama do dziś. Nie jbył dziedziczony od przodka czyli Y- Adama ani od rozmaitych proto-Adamów.
Te mutacje, czyli zmiany, polimorfizmy w nukleotydach/parach zasad sa rozponawane tylko przez porównanie do jakiejś linii równoległej.
Równoległą do A00 mamy np. A0T do R. Obydwie linie rodowe wychodzą bezpośrednio od wspólnego przodka czyli Y-Adama. Powyżej tych dwóch linii już nie rozpoznaje się mutacji, bo jest to jedna linia. Dlatego zestaw mutacji w haplogrupach A00 lub A0T-R2 powstał tylko w tych liniach i został wykryty przez ich wzajemne porownanie.

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> 6) Napisano tu: “Pytanie, czy haplogrupa A00 jest wariantem odziedzicz
> onym przez przedsapiensowych” przodkach (i prawie, ale jeszcze nie do koń
> ca wypartym wskutek dryfu) czy zapożyczonym od bliskich kuzynow, prawdopodobnie
> da się rozstrzygnać w dalszych badaniach”
>
> Otóż nie. SNP w Y-DNA nie pożycza się od kuzynów,lecz otrzymuje się i ewentualn
> ie dodaje się do nich nowe w liniach prostych: z ojca na syna.

Wszystkie geny mamy od rodziców (pomijając skrajnie rzadkie u wyższych zwierząt przypadki horyzontalnego transferu do komórek linii płciowej). Miałem na myśli, że ojciec pierwszego "sapiensowego" nosiciela A00 mógł nie należeć do wąsko rozumianego gatunku Homo sapiens, tylko do blisko spokrewnionego gatunku Homo sporadycznie krzyżującego się z naszym. W sumie chodzi o to, czy genealogie obu podstawowych haplogrup zawsze biegły w jednej linii rozwojowej (głęboka koalescencja), czy z początku uległy segregacji między dwie populacje rozdzielone nieszczelną barierą rozrodczą, ale po pewnym czasie spotkały się znowu (introgresja).

[elkate-2]

No właśnie, wkraczamy tu na pole krzyżowania sie człowieka s.s. z neandertalczykiem.
Nie rozumiem tego tematu.
Jeżeli było jakiekolwiek krzyzowanie w ostatniczh czasach, np. 50-30.000 lat temu, a miało być ono bardzo liczne, skoro teraz w ramach testowania Geno-2 przypisują wszystkim klientom około 2% neandertalskiego DNA, to dlaczego nie przeniknęo żadne neandertalskie mtDNA lub neandertalskie Y-DNA do cżłowieka i na odwrót!
To jest jakiś obłęd!
Drzewa Y-DNA i MtDNA są zwarte. Obok tych drzew nie ma żadnych krzaczkow neandertalskich. Co tu jest grane?
Stawiałem już to pytanie na niektórych forach. I nic!

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Drzewa Y-DNA i MtDNA są zwarte. Obok tych drzew nie ma żadnych krzaczkow neande
> rtalskich. Co tu jest grane?
> Stawiałem już to pytanie na niektórych forach. I nic!

Pewnie jeśli domieszka była niewielka, to dryf losowy mógł ją łatwo usunąć z lokalnych populacji. Mogła uchować się w autosomach i chromosomach X dzięki rekombinacji, ale chromosom Y i mitochondria albo dziedziczą się w całości, albo w ogóle, dlatego o wiele silniej doświadczają skutków dryfu.

A jednak....

[bioslawek]

elkate-2 napisał:
> 3) Czy gatunki się krzyżują? Właśnie cechą rozpoznawczą gatunków, o ile dobrze
> wiem, jest ich zasadnicze niekrzyżowanie się. Mówię “zasadnicze”, b
> o jakies przypadkowe, a może kalekie może się zdarzyć.
> Jak tu pisano, gatunki powstają przez stopniowe różnicowanie się i (dodam) prze
> z stopniowe niekrzyżowanie się.

Problem w tym, że to tylko mrzonki, ponieważ JESZCZE NIKOMU nie udało się udowodnić,że specjacja jest mechanizmem powstawania nowych gatunków. Dwie populacje myszy mogą się ze sobą przestać krzytżować, ale to jeszcze nie znaczy, że jedna z tych populkacji przeistoczy się kiedyś w NIEmyszy.

> 5) Nie znam reguły mutacji: “raz na milion lat, a 6 mutacji to 6 milionów
> lat.”

To było tylko dziecinne uproszczenie. Chciałem coniektorym wyjaśnić na czym polega dzialanioe zegara molekularnego (z resztą nie pierwszy już raz).

>
>
> Otóż nie. SNP w Y-DNA nie pożycza się od kuzynów,lecz otrzymuje się i ewentualn
> ie dodaje się do nich nowe w liniach prostych: z ojca na syna.
> Zestaw 58 SNP w haplorupie A00 powstał tylko w tej linii, na odcinku pokoleń od
> Y-Adama do dziś. Nie jbył dziedziczony od przodka czyli Y- Adama ani od rozmai
> tych proto-Adamów.
> Te mutacje, czyli zmiany, polimorfizmy w nukleotydach/parach zasad sa rozponawa
> ne tylko przez porównanie do jakiejś linii równoległej.
> Równoległą do A00 mamy np. A0T do R. Obydwie linie rodowe wychodzą bezpośredni
> o od wspólnego przodka czyli Y-Adama.

A stwierdzileś,że "z tego Petrucchio, to niegłupi chłop":)

[elkate-2]

O, takie ładne drzewko dla tych, którzy w Boga wierzą, że może On z wymyślonych przez siebie mutacji materiału genetycznego, pozornie (nieprzypadkowo) przypadkowych, uczynić narzędzie rozwoju świata i człowieka.
Nie trzeba się za to na Niego gniewać!
www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/images/adam_root2012.jpg

Tempo mutacji trzy razy wolniejsze?

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> O, takie ładne drzewko dla tych, którzy w Boga wierzą, że może On z wymyślonych
> przez siebie mutacji materiału genetycznego, pozornie (nieprzypadkowo) przypad
> kowych, uczynić narzędzie rozwoju świata i człowieka.
> Nie trzeba się za to na Niego gniewać!
> www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/images/adam_root2012.jpg

Drzewko, a właściwie drzewka, to w 99% istnieją tylko w waszej wyobraźni. A te wasze "filogenetyczne drzewka" doprowadziły do ścięcia drzewka ustalonego na podstawie porównań anatomicznych bioslawek.wordpress.com/2012/05/17/dane-anatomiczne-kontra-filogenetyka-molekularna/ .

A co sądzisz o tym odkryciu, że tempo mutacji jest trzy razy wolniejsze i że ilość mutacji w gametach żeńskich i męskich może być taka sama?

A twoje szyderstwa nie robią na mnie wrażenia, ponieważ widzę to, co widzę i byle fantazje nie jest w stanie zrobić mi wody z mózgu bioslawek.wordpress.com/2012/02/08/warsztaty-karola-darwina/
Jak sfinansujesz badania, które konkretnie ustalą, kiedy powstał gatunek ludzki, to pogadamy. Póki co, bądź przekonany, takich sponsorów jak ty, z nowymi rewelacjami, pokażą się jeszcze tysiące. A o tobie i twoim geście mało kto niedługo będzie pamiętał.


www.newsweek.pl/artykuly/sekcje/nauka/wszyscy-jestesmy-mutantami,78145,1

www.nature.com/ng/journal/v43/n7/full/ng.862.html
Variation in genome-wide mutation rates within and between human families

Tempo ewolucji gatunku ludzkiego, jest trzykrotnie wolniejsze niż zakładano. Ten zdumiewający fakt odkryto dzięki dokładnemu policzeniu liczby mutacji, które odróżniają dzieci od ich rodziców - donosi dzisiejsze „Nature Genetics”.

Ludzki genom składa się z mniej więcej z 6 miliardów zasad - podstawowych cegiełek życia. Połowę z tego dziedziczymy po matce, a połowę po ojcu. Do tej pory uczeni przypuszczali, że rodziców od dzieci odróżnia ok. 100-200 mutacji. Było wiadomo, że zmiany te powstają w tworzącym się jajeczku lub plemniku, a te z kolei po połączeniu dają początek nowemu organizmowi.

Dokładną liczbę tych mutacji udało się ustalić dopiero teraz, za sprawą badań przeprowadzonych na członkach dwóch rodzin biorących udział w projekcie 1000 Genomes Project. Naukowcy m.in. z Wellcome Trust Sanger Institute oraz University of Montreal szukali u dzieci zmian w DNA, nieobecnych u rodziców. Okazało się, że jest ich zaledwie około 60 - trzykrotnie mniej niż dotąd sądzono.

Do tej pory zakładano też, że mutacje zachodzą głównie w plemnikach, bo mężczyźni produkują ich więcej niż kobiety jajeczek, a to zwiększa szanse na błędy w „męskim” DNA. W pierwszym przypadku rzeczywiście tak było - dziecko dostało „po tacie” 92 proc. mutacji, jednak w drugim było to zaledwie 36 proc. Uczeni sądzą, że kwestia tego, ile zmian genetycznych dostajemy od każdego z rodziców jest sprawą indywidualną.

Mniejsza liczba nowych mutacji oznacza też, że tempo ewolucji naszego gatunku jest wolniejsze niż przypuszczano. - Zasadniczo, o dwie trzecie niż zakładaliśmy - mówi Philip Awadalla z University of Montreal. Wynika z tego, że trzeba będzie zrewidować większość obowiązujących do tej pory ustaleń dotyczących ewolucji naczelnych. Stała, określona liczba mutacji, przypadających na jedno pokolenie pozwalała bowiem na postawie analizy genomów niejako „cofnąć się w czasie” i określić, kiedy żył na przykład wspólny przodek ludzi i szympansów. Teraz nie jest to już takie pewne.

[elkate-2]

Sławek:
> Drzewko, a właściwie drzewka, to w 99% istnieją tylko w waszej wyobraźni.
> A tewasze "filogenetyczne drzewka" doprowadziły do ścięcia drzewka
> ustalonego na podstawie porównań anatomicznych

Biosławku, drzewo powstałe na podstawie porównań anatomicznych ma to do siebie, że jest budowane na drodze uznaniowości. Można uznać, że cos jest podobne lub nie uznać. Powstaje więc drzewo, które można uznać lub nie uznać. I to cały pożytek z tego drzewa.

A jak powstaje drzewo Y-DNA?
Otóż Y-DNA posiada rejony, które nie ulegają rekombinacji w trakcie mejozy (zapłodnienia) -NRY (Nierekombinujący Region Y-chromosomu). Są one przekazane tylko z ojca na syna, a wraz z nimi ich mutacje mutacje z ojca przechodzą na synów, wnuków, prawnuków itd., tworząc czytelną siatkę połączeń rodzinnych.

Jak w rodzinie istnieje hierarchia pochodzenia, tak i mutacje, chociaż powstają przypadkowo, układaja się hierarchicznie. Tu istnieją ścisłe połączenia czy rozgraniczenia, jak w rodzinie. Nie ma żadnej uznaniowości.

Jest ścisła zasada: Ojciec (genetyczny) to ten, którego mutacje dziedziczone są przez synów (genetycznych), ale ich mutacji nie ma u niego. Synowie to ci, którzy mąją mutacje ojca i miewają nowe, których ojciec nie miał. I tak dalej, przez wnuków, prawnuków...
Ustalaniem tych powiązań i rozgraniczeń rodzinnych zajmują się laboranci firm genetycznych i komputery. Wyniki w postaci także tablic genealogicznych czy drzew są publikowane, np. ofcjalnie przez międzynarodowej stowarzyszenie ISOGG. Mówię tu o mutacjach oznaczanych jako SNP, bo one są powolne, średnio raz na miliard lat w jednym nukleotydzie, i prawie nie zdarza się zjawisko cofnięcia sie mutacji (back mutation). Tu nie ma uznaniowości.

Otóż tak jak powstało drzewo genealogiczne współczesnego człowieka, tak samo i np. szympansa. Są też jakieś mutacje ojcowskie, które przeszły jednakowo na człowieka i szympansa. Poznajemy je, że pochodzą od wspólnego przodka, bo są jednakowe po jednej i po drugiej stronie, tak samo jak miewaliśmy w grupach ludzkich.

DNA człowieka i DNA szympansa z ich mutacjami , zestawione razem, tworzą widełki. Powyżej rozwidlenia, linia ku górze, to linia przodków. Poniżej rozwidlenia te dwie nogi to mutacje czlowieka (na jednej nóżce) i szympansa (na grugiej nóżce); taki sam obraz, jak w DNA dwóch ludzi.
Na pewnym porównalnym odcinku DNA cżłowieka i szympansa w labolratorium w Houston T.Krahn znalazł między człowiekiem i szympoansem 2218, czyli na jedną nogę widełek przypada po 1109 mutacji (SNP). Na podstawie znanych mi norm (tempa mutacji), przeliczyłem te mutacje na lata, i wyszło mi 7.200.000 od wspólnego przodka człowieka i szympansa. A już wcześniej w antropologii i archeologii obliczono na podstawie innych kryteriów , że jakis pierwszy przodek cżłowieka lub wspólny przodek człowieka i szympansa to Sahelantropus Tschadensis, który miał życ około 7,000,000 lat temu.
Więc zgadza się.
W tamtym rejonie żył też przodek wszystkich współczesnych ludzi, ów Y-Adam - 280.000 lat temu.

Filogenetyka molekularna a metoda oszczędności

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> Biosławku, drzewo powstałe na podstawie porównań anatomicznych ma to do siebie,
> że jest budowane na drodze uznaniowości. Można uznać, że cos jest podobne lub
> nie uznać. Powstaje więc drzewo, które można uznać lub nie uznać. I to cały poż
> ytek z tego drzewa.

Coś podobnego, piszesz jakby chodziło o mało istotne szczegóły, a nie powszechną zasadę, na której była zbudowana do niedawna cała biologia ewolucyjna.

>
> A jak powstaje drzewo Y-DNA?
> Otóż Y-DNA posiada rejony, które nie ulegają rekombinacji w trakcie mejozy (zap
> łodnienia) -NRY (Nierekombinujący Region Y-chromosomu). Są one przekazane tylk
> o z ojca na syna, a wraz z nimi ich mutacje mutacje z ojca przechodzą na synów,
> wnuków, prawnuków itd., tworząc czytelną siatkę połączeń rodzinnych.

U tak blisko spokrewnionych organizmów, jak ludzie ustalanie pokrewieństwa genetycznego na podstawie mutacji jest oczywiste, ale czym bardziej ludzie w bardziej odległy sposób spokrewnieni, tym większe schody się zaczynają. Jeżeli chodzi o chromosom Y, to mi jak najbardziej na rękę wyniki tych doświadczeń, które przeprowadziliście. Mam tylko zastrzeżenia do waszej pewności siebie, ponieważ dopuszczają one ogromną liczbę interpretacji. A więc można z nich wywnioskować, że Y-Adam żył bardzo dawno temu, można też wywnioskować,że niedawno. Że niedawno (o czym sam wspomniałeś) nastąpiło różnicowanie się ludzi od wspólnego pnia.

Teraz male pominięcie, ponieważ tłumaczysz mi rzeczy oczywiste. Wytłumacz te rzeczy Petruchiowi.

> DNA człowieka i DNA szympansa z ich mutacjami , zestawione razem, tworzą widełk
> i. Powyżej rozwidlenia, linia ku górze, to linia przodków. Poniżej rozwidlenia
> te dwie nogi to mutacje czlowieka (na jednej nóżce) i szympansa (na grugiej nóż
> ce); taki sam obraz, jak w DNA dwóch ludzi.(....)

Stronniczo wszystko interpretujesz. Filogenetyka molekularna (o czym można poczytać w każdym porządnym podręczniku do biologii) obciążona jest ogromnym marginesem błędu. Niepewność zaczyna się zwłaszcza kiedy porównuje się organizmy niespokrewnione (czy jak wy mawiacie: spokrewnione odlegle ewolucyjnie). Wyniki należy oczyścić z wątpliwości i w tym celu stosuje się wiele metod, a podstawowa, to zasada oszczędności. W 99% polega ona na dorabianiu ideologii do faktów. Wiele można by pisać o kontrowersjach w obrębie filogenetyki molekularnej i temat był dogłębnie dyskutowany na pl.sci. biologia. Podobne zmiany w DNA nie muszą być spowodowane mutacjami u wspólnych przodków, ale np. zmianami w ramach normy reakcji na środowisko bioslawek.wordpress.com/2012/01/15/ewolucja-kontrolowana/ (Tutaj przykład z nieco innej beczki bioslawek.wordpress.com/2012/06/23/przyczyny-mimikry-u-motyli-upadek-kolejnego-neodarwinowskiego-mitu/ ). W wyniku analiz komputerowych "drzewka i nóżki" powstają na różne sposoby. Czasami ma się do czynienia ze sprzecznymi drzewami, których powstają tysiące. I wówczas właśnie stosuje się metodę oszczędności i dobiera takie wyniki, które pasują do założeń. Często się zdarza, że analiza jednych sekwencji zaprzecza analizie innych itd.

A co do szympansa i człowieka, to ciekawie wypowiedział się na ten temat Paweł Golik (miałem okazję z nim trochę podyskutować):

www.kulturaswiecka.pl/node/76
W poszukiwaniu „genów człowieczeństwa”
– biologia molekularna na tropie ewolucji człowieka

"(.....)Od dawna zastanawiano się, czy w trakcie ewolucji człowieka pojawiły się w jego genomie jakieś wyjątkowe geny, które odpowiadają za te kluczowe dla naszego gatunku cechy – czy istnieją „geny człowieczeństwa”. Możliwość poznania odpowiedzi na takie pytania pojawiła się wraz ze zbadaniem sekwencji genomu człowieka oraz szympansa. Czy porównując oba genomy udało się „gen człowieczeństwa” zidentyfikować?

Często spotykane w popularnych tekstach sprowadzanie różnic między genomami do procentowej wartości podobieństwa niewiele w istocie wnosi, zwłaszcza że nie ma sposobu pozwalającego na jednoznaczne obliczenie takiej wartości. Wspomnijmy jedynie, że różnice między genomem człowieka a szympansa są stosunkowo niewielkie, jedynie około dziesięciokrotnie większe niż zróżnicowanie genomów różnych ludzi. Wśród trzech miliardów par zasad składających się na genom człowieka (genom szympansa ma bardzo podobną wielkość) znajdziemy około 35 milionów (nieco ponad 1%) takich, które nas różnią, do tego doliczyć należy około 5 milionów miejsc, gdzie zaszło wstawienie lub wypadnięcie większego fragmentu DNA. Gdy porównamy kodowane przez genom białka, podobieństwo staje się jeszcze bardziej uderzające – 29% wszystkich białek ma u człowieka i szympansa identyczną sekwencję aminokwasów, a przeciętne ludzkie białko różni się od szympansiego odpowiednika zaledwie dwoma aminokwasami. (....)Poszukiwania nowych genów specyficznych dla genomu człowieka nie przyniosły przełomowych odkryć."

Jak więc widzisz podobieństwa pomiędzy genomami człowieka i szympansa przysparzają więcej zagadek niż odpowiedzi.
Z porównań na jakich ty opierasz swoje wnioski można np. wywnioskować, że mężczyzna jest bardziej spokrewniony z szympansem niż z kobietą, a kobiety mniej między sobą niż z mężczyznami odkrywcy.pl/kat,111396,title,Mezczyzna-jest-blizszy-szympansowi-niz-kobiecie,wid,12776465,wiadomosc.html?smg4sticaid=6106f0 (oryginalny artykuł gdzieś mi zaginął). Poza tym powołujesz się na jakieś zwierzęce szczątki uznane za przodka człowieka, a wcześniej pisałeś,że porównania anatomiczne są mało istotne dla teorii ewolucji. Widać nie tam, gdzie ci pasuje do twoich wyliczeń, ponieważ zdajesz sobie sprawę,że wnioski wynikające z filogenetyki molekularnej powinny mieć też NIEZALEŻNE POTWIERDZENIA w innych dziedzinach, w tym przede wszystkim paleontologii. No niestety stosując narzędzia na jakich opiera się filogenetyka molekularna badamy ewentualną historię genu, a nie gatunku, więc takie niezależne potwierdzenia są konieczne.

Dopiero jesteśmy na początku poznawania genomów i ich funkcjonowania. Mechanizmy ewolucji dalej pozostają w sferze spekulacji, ponieważ to, co wcześniej było oczywiste okazało się nieprawdą. Nie wiadomo jakie mutacje mogłyby powodować powstawanie nowych gatunków i w jakich rejonach musiałyby one powstawać. Nie wiadomo w jaki sposób powstawały NIEREDUKOWALNIE ZŁOŻONE sieci genetyczne bioslawek.wordpress.com/2012/02/09/nieredukowalne-instynkty/ . A podobne mutacje w sekwencjach "homologicznych" można tłumaczyć na wiele różnych sposobów. Poza tym zadałem ci uprzejme pytanie odnośnie nowych poglądów na temat tempa mutacji. Wolałbym żebyś odniósł się do tego pytania zamiast robić mi wykład z podstaw filogenetyki molekularnej. Muszę też zaznaczyć, że twoje wnioski są bardzo jednostronne, że je przedstawiając stosujesz już metodę oszczędności ignorując wszystkie sprzeczne z twoimi poglądami informacje. Tym samym dopuszczasz się błędu logicznego. Pamiętaj też, że teoria ewolucji musi wyjaśniać wszystkie właściwości biologii, a nie tylko te jej elementy, które do niej zdają się pasować, ty natomiast chcesz jednym wątpliwym motywem wyjaśniać wszystko. Tym samym dopuszczasz się kolejnego błędu logicznego, ponieważ twoje wnioski są dobierane tendencyjnie, bez szerszego spojrzenia.

O filogenetyce molekularnej chętnie dalej

[elkate-2]

Biosławku, niepotrzebnie się męczysz przydługimi tekstami.
Nawet zauważam metodę ustawiania wypowiedzi partnera, by były bokserskim "workiem do bicia".
Otóż prostuję:
- nigdzie nie pisałem o filogenetyce molekularnej",
- nie robiłem Ci "wykładu z podstaw filogenetyki molekularnej",
- wcale nie pisałem o "zróżnicowaniu genomów", nie jest to dla mnie istotne,
- nie "lekceważę porównań anatomicznych", lecz wiem, że nie dają wystarczającej pewności. Są liczne luki w materialne archeologicznym.
- nie zajmuje się rozwiązywaniem wątpliwości co do "wszystkich własciwości biologii" i nigdy tym nie będe się zajmował.

1) Zajmuję się tylko genealogią Y-DNA, a dokładniej jego nierekombinującym, nie kodującym rejonem zwanym NRY. Genealogia Y-DNA (choć nie zajmuje sie genami) i podobnie genealogia mtDNA jest tylko częścią genetyki w ogóle, ale nie samej genetyki populacyjnej, kórą sobie przestudiowałeś i do której sie odwołujesz.

2) Jest istotny sens w Twoim pytaniu o tempo mutacji.
Chodzi oczywiście o mutacje zwane SNP, a nie w rejonach szybkozmiennych STR.
Trzeba więc zawsze brać pod uwagę różnice tempa mutacji (czy są obliczane dla pojedynczych nukleotydów, czy dla ich grup np. w STR).

Otóż teraz, gdy głębokie testowanie Y-DNA jest tańsze (choć stale jeszcze drogie, bo w sumie około 1200 dolarów dla wybranych rejonów Y-DNA - około 420,000 par zasad (nukleotydów), wykonuje sie już testowanie np. dalekich kuzynów, mających udokumentowanego przodka męskiego z około 500 lat dawnego. W sumie daje to odcinek 1000 lat. Biorąc pod uwagę kilka czy kilkanaście takich badań można uśrednić wyniki i wiedzieć, jakie jest tempo mutacji na 1000 lat. Już nie da sie zmyślać! Nie ma tu uznaniowości.

Ostatnio jednak Kong et al. 2012 wykonał pełne testowanie kilkudziesięciu genomów i obliczenie średniego tempa mutacji na jedną parę zasad na pokolenie (liczone 30 lat).
Okazało sie ono wyższe o o około 50 procent od dotychczas stosowanego tempa mutacji. Dlatego obliczono w pracy Mendez et al. 2013 czas życia Y-ADAMA 338 tysięcy lat (zamiast 209 tysięcy lat według dotychczasowej stopy muttacji).
www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/images/a00tree.gif

Ja zaś przeliczam te 338 tysięcy dla pokolenia 25 letniego i wychodzi mi 280 tysięcy lat, jak pokazuje nowe drzewo genealogiczne współczesnego cżłowieka.
www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/images/adam_root2012.jpg
3) Nie należy sie martwić róznicą między wiekiem Y-Adama (280,000) i mtEwy (177.000 lat).
Bowiem operujemy pojęciem "najbliższego wspólnego przodka". Prawdziwa mtEwa (ta "żona" Y-Adama, jego rówieśniczaka), jest już jakimś dalszym kobiecym przodkiem, ale nie ma możliwości obliczania jej wieku, bo linie boczne z jej czasu zagineły. Jest znana linia mutacji mtDna od mtEwy do gałęzi neandertalczyków (zob. Behar et al. 2012), ale która z tych mutacji i ile z nich trzeba przypisać te "prawdziwej" mtEwie, "żonie" Y-Adama?

3) Gdyby chodziło o liczbę mutacji od Y-Adama np. do mnie, to nie jest ona olbrzymia. To zaledwie 45 SNP w dość ograniczonym wybranym rejonie Y-DNA, jaki był testowany przez Krahna u Afrykańczyków i w porównywalnych próbkach z innych grup ludzi.
Sam nie wiem, jaki to procent całego sektora NRY. Wiem tylko że w zakresie długiego odcinka DNA T.Krahn osiagał już nawet do 190 SNP. Nie mógł jednak zastosowować do obliczania czasu Y-Adama, bo nie był on porównywalny dla innych próbek, uprzednio badanych w nieco innych zakresach.

Wiek tej grupy A00 i bratniej A0T (datujących Y-Adama) nie może ulegać wiekszej zmianie, gdyż one w hierarchi snipów (SNP) chyba zawsze pozostaną na szczycie drzewa człowieka współczesnego. Zawsze muszą się liczyć z wiekiem niżej położonych w hierarchii snipów grup. Nie mozna ich przestawić. Chyba że przypadkiem znajdzie sie jakieś afrykańskie plemię, do którego dotąd testerzy nie dotarli i okaże się jeszcze starszym genowo (co jednak już mało prawdopodobne).

Różnica zdań w datowaniach

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> Biosławku, niepotrzebnie się męczysz przydługimi tekstami.
> Nawet zauważam metodę ustawiania wypowiedzi partnera, by były bokserskim "worki
> em do bicia".

:) Źle to odebrałeś.

> Otóż prostuję:
> - nigdzie nie pisałem o filogenetyce molekularnej",
> - nie robiłem Ci "wykładu z podstaw filogenetyki molekularnej",
> - wcale nie pisałem o "zróżnicowaniu genomów", nie jest to dla mnie istotne,
> - nie "lekceważę porównań anatomicznych", lecz wiem, że nie dają wystarczającej
> pewności. Są liczne luki w materialne archeologicznym.
> - nie zajmuje się rozwiązywaniem wątpliwości co do "wszystkich własciwości biol
> ogii" i nigdy tym nie będe się zajmował.

Pisałeś o porównywaniu małpich sekwencji z ludzkimi. Może źle cię zrozumiałem, ale na drugi raz pisz bardziej konkretnie.


> 1) Zajmuję się tylko genealogią Y-DNA, a dokładniej jego nierekombinując
> ym, nie kodującym rejonem zwanym NRY. Genealogia Y-DNA (choć nie zajmuje sie g
> enami) i podobnie genealogia mtDNA jest tylko częścią genetyki w ogóle, ale nie
> samej genetyki populacyjnej, kórą sobie przestudiowałeś i do której sie
> odwołujesz.

Jeżeli chodzi o genetykę populacyjną, to Petruchiowi wyjaśniałem na czym polega dryf genetyczny (tego uczą już w gimnazjum). Z resztą sam wiesz o czym piszę, ponieważ sam prostowałeś jego rewelacje (choć z grzeczności anonimowo). Filogenetyka molekularna chyba nie jest częścią genetyki populacyjnej? Ja niczego na jej temat nie napisałem czego by nie pisali autorzy książek do biologii. Z resztą na ten temat można znaleźć dużo nawet w wikipedii.

www.wuw.pl/ksiegarnia/product_info.php?products_id=4123



> 2) Jest istotny sens w Twoim pytaniu o tempo mutacji.
> Chodzi oczywiście o mutacje zwane SNP, a nie w rejonach szybkozmiennych
> STR.

Przeprasza, z całym szacunkiem do twojej fachowej wiedzy: a na jakich zasadach biochemicznych w tym wypadku opiera się częstotliwość mutowania? Dlaczego jedne rejony są szybkozmienne, a inne nie?

> Trzeba więc zawsze brać pod uwagę różnice tempa mutacji (czy są obliczane dla p
> ojedynczych nukleotydów, czy dla ich grup np. w STR).

Możesz i w tym przypadku wyjaśnić mi różnicę?

> Otóż teraz, gdy głębokie testowanie Y-DNA jest tańsze (choć stale jeszcze drogi
> e, bo w sumie około 1200 dolarów dla wybranych rejonów Y-DNA - około 420,000 pa
> r zasad (nukleotydów), wykonuje sie już testowanie np. dalekich kuzynów, mający
> ch udokumentowanego przodka męskiego z około 500 lat dawnego.

A jak takiego przodka udokumentować? Bo jak rozumiem próbki do badań są pobierane z kości?

> W sumie daje to o
> dcinek 1000 lat. Biorąc pod uwagę kilka czy kilkanaście takich badań można uśre
> dnić wyniki i wiedzieć, jakie jest tempo mutacji na 1000 lat. Już nie da sie zm
> yślać! Nie ma tu uznaniowości.

A jaka jest pewność, że w każdym konkretnym odcinku czasu powstawało tyle samo mutacji? Przecież mogło być tak, że w jakimś okresie powstawało ich o wiele więcej?

> Ostatnio jednak Kong et al. 2012 wykonał pełne testowanie kilkudziesięc
> iu genomów i obliczenie średniego tempa mutacji na jedną parę zasad na pokoleni
> e (liczone 30 lat).

Możesz coś więcej napisać na temat metod jakie stosował? Musisz bardziej łopatologicznie, ponieważ nie masz do czynienia z fachowcem w tej dziedzinie. Poczuwam się do pewnej wiedzy na temat biochemii czy biologii strukturalnej (syntazy ATP, witki bakteryjne, białka motoryczne itd.), ale temat, o którym piszesz jest mi niemal obcy.

> Okazało sie ono wyższe o o około 50 procent od dotychczas stosowanego tempa mut
> acji. Dlatego obliczono w pracy Mendez et al. 2013 czas życia Y-ADAMA 33
> 8 tysięcy lat (zamiast 209 tysięcy lat według dotychczasowej stopy muttacji).
> www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/images/a00tree.gif
>
> Ja zaś przeliczam te 338 tysięcy dla pokolenia 25 letniego i wychodzi mi 280
> tysięcy lat, jak pokazuje nowe drzewo genealogiczne współczesnego cżłowiek
> a.
> www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/images/adam_root2012.jpg


> 3) Nie należy sie martwić róznicą między wiekiem Y-Adama (280,000) i mtEwy (177
> .000 lat).

A tym to ja się akurat nie martwię, ponieważ dla mnie absolutnie niewiarygodne są wyniki badań w tym zakresie na mtDNA. Ono mutuje tak szybko, że wnioski mogą być tutaj totalnie nietrafne.

>
> 3) Gdyby chodziło o liczbę mutacji od Y-Adama np. do mnie, to nie jest ona olbr
> zymia. To zaledwie 45 SNP w dość ograniczonym wybranym rejonie Y-DNA, jaki był
> testowany przez Krahna u Afrykańczyków i w porównywalnych próbkach z innych gru
> p ludzi.
> Sam nie wiem, jaki to procent całego sektora NRY. Wiem tylko że w zakresie dług
> iego odcinka DNA T.Krahn osiagał już nawet do 190 SNP. Nie mógł jednak zastosow
> ować do obliczania czasu Y-Adama, bo nie był on porównywalny dla innych próbek,
> uprzednio badanych w nieco innych zakresach.
>
> Wiek tej grupy A00 i bratniej A0T (datujących Y-Adama) nie może ulegać wiekszej
> zmianie, gdyż one w hierarchi snipów (SNP) chyba zawsze pozostaną na szczycie
> drzewa człowieka współczesnego. Zawsze muszą się liczyć z wiekiem niżej położon
> ych w hierarchii snipów grup. Nie mozna ich przestawić. Chyba że przypadkiem zn
> ajdzie sie jakieś afrykańskie plemię, do którego dotąd testerzy nie dotarli i o
> każe się jeszcze starszym genowo (co jednak już mało prawdopodobne).

Z tej dyskusji wynika, że jedyna różnica zdań między nami polega na różnicy w poglądach na temat czasu pojawienia się naszego gatunku na ziemi. Ty uważasz,że Y-Adam pojawił się 280 lat temu, ja uważam,że kilka tysięcy lat temu. Oczywiście chętnie poznam szczegóły twojej argumentacji, o które kilka razy prosiłem podczas przebiegu tej dyskusji i wówczas mogę napisać, co myślę o wartości twojej argumentacji. Jak na razie nie czuję się kompetentny, żeby na polu twojej dziedziny zaprzeczać ci, lub się z tobą zgadzać.

[elkate-2]

1) Mutacje w ogóle zachodzą stochastycznie, przypadkowo, ale jednak tak, że w ogóle zachodzą i dają się ująć w jakies statystyki. Natomiast są rejony czy segmenty DNA, które sa określane jako szybkozmienne w stosunku do innych, np. mutacje STR. Parę dni temu wpadło mi do głowy takie prozaiczne wyjaśnienie, że one właściewie nie są szybkozmienne. Lecz brane są pod uwagę allele czyli zmienna liczba powtarzających się tandemów par zasad. Te tandemy to zespoły składające się z kilku, kilkunastu czy nawet kilkudziesięciu nykleotydów. Dlatego prawdopodobieństwo mutacji nukleotydu wzrasta proporcjonalnie do SNP (mutacji pojedynczych nukleotydów) kilka, kilkanaście czy kilkadziesiąt razy. Ale każda zmiana nukleotydu w parze zasad zauważana jest tylko w postaci zmniejszenia się lub zwiększenia liczby jednakowych, powtarzających się tandemów.

2) Zwyczajnie jednak rzadko eksponuje się tempo mutacji w pojedynczych nukleotydach czy parach zasad STR, bo tych zmiennych miejsc jest dużo (np. 57 czy 111) i do żadnego wniosku sie nie dochodzi. Mutacje bierze się w całości danego zestawu STR i oblicza się tempo. Tempo oblicza się najbardziej dokładnie na podstawie wielkiej liczby, np. kilka tysięcy par ojciec-syn (lub trójek ojciec syn wnuk), gdyż sytuację, żeby dalecy kuzyni mieli wspólnego przodka powiedzmy 500 last temu, jest rzadko osiągalna. Istnieją gotowe już tablice dla tempa mutacji STR w poszczególnych miejscach (loci) DNA lub obliczenia stopy mutacji na jedno miejsce na pokolenie (Sandy Paterson, John Chandler, Anatole Klosov itd).

3) Inaczej jest z rzadkimi mutacjami pojedynczych nukleotydów (SNP). Układaję sie one hierarchicznie i do obliczenia jakiegoś dłuższego czasu bierze się tylko ich liczbę tylko w linii prostej. Pierwszej próby dokonałem dwa lata temu i przesłałem ją znanym autorom (może dlatego zaczęli stosować tę metodę, zwłaszcza że w międzyczasie doszło do wielu badań tempa mutacji SNP (np. Kong). Wykorzystali je praktycznie po raz pierwszy pod koniec ubiegłego roku, obliczając włąsnie czas grupy A00 i A0T.

Kong et al.: Rate of de novo mutations and the importance of father’s age to disease risk.
Nie mam dostępu do pełnego tekstu, lecz omawia go Dienekes:
dienekes.blogspot.com/2012/08/more-mutations-in-children-of-older.html
Jego tablice i wykresy zostały odpowiednio wykorzystane w pracy Mendez et al. 2013. Kong przeprowadził pełne testowanie genomu 78 Islandczyków w zestawieniu ojciec-syn-wnuk. Policzył ilość SNP i średni czas rodzenia (czyli czas pokolenia 29,7 lat). Kong zajął sie rejonem zdegeneroanego X na chromosomie Y w NRY (Nonrecombining Region Y).

4) Mutacje mtDNA także mają obliczone własne tempa mutacji, w dwóch zakresach: HVR1 i HVR2. Są mi znane talice powstania poszczególnych mutacji.Są to jakby punkty orientacyjne dla obliczenia wieku najnowszych mutacji (ostatnich), które są wykrywane w grupie ludzi.

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> 1) Mutacje w ogóle zachodzą stochastycznie, przypadkowo, ale jednak tak, że w o
> góle zachodzą i dają się ująć w jakies statystyki. Natomiast są rejony czy seg
> menty DNA, które sa określane jako szybkozmienne w stosunku do innych, np. muta
> cje STR. Parę dni temu wpadło mi do głowy takie prozaiczne wyjaśnienie, że one
> właściewie nie są szybkozmienne. Lecz brane są pod uwagę allele czyli zmienna
> liczba powtarzających się tandemów par zasad. Te tandemy to zespoły składające
> się z kilku, kilkunastu czy nawet kilkudziesięciu nykleotydów. Dlatego prawdopo
> dobieństwo mutacji nukleotydu wzrasta proporcjonalnie do SNP (mutacji pojedyncz
> ych nukleotydów) kilka, kilkanaście czy kilkadziesiąt razy. Ale każda zmiana nu
> kleotydu w parze zasad zauważana jest tylko w postaci zmniejszenia się lub zwię
> kszenia liczby jednakowych, powtarzających się tandemów.

Wybacz, ale nie rozumiem twojego toku myślenia. Dla mnie szybkość mutowania jakiegoś genu (utrawalania się mutacji) zależy od tego, w jaki sposób w danym odcinku DNA te mutacje są tolerowane. Jeżeli gen jest konserwatywny, lub w dużym stopniu konserwatywny, to większość mutacji będzie dostrzegał dobór naturalny i je eliminował, natomiast utrawalą się tylko te nieliczne w miejscach neutralnych danej sekwencji. Tandemowe powtórzenia tolerują widać więcej mutacji ; jeżeli wszystkie są przypadkowe, ponieważ mogą powstawać w gorących miejscach, jako powtarzalny mechanizm zmienności w ramach normy reakcji na środowisko (pisałem ci o tym we wcześniejszm poście i mogę napisać więcej). Samo ułożenie sekwencji tandemowych, te dziwaczne powtórzenia, świadczą o tym ,że są wkomponowane z matematyczną dokladnością i muszą spelniać jakieś funkcję w organiźmie. Najlepszym dowodem na to jest fakt, że są, mimo tych wszystkich mutacji, konserwowane przed dobór. Kiedyś na pl.sci. biologia przeprowadziliśmy na ten temat długą dyskusję z cytowaniem obszernej literatury.


> 2) Zwyczajnie jednak rzadko eksponuje się tempo mutacji w pojedynczych nukleoty
> dach czy parach zasad STR, bo tych zmiennych miejsc jest dużo (np. 57 czy 111)
> i do żadnego wniosku sie nie dochodzi. Mutacje bierze się w całości danego zest
> awu STR i oblicza się tempo. Tempo oblicza się najbardziej dokładnie na podstaw
> ie wielkiej liczby, np. kilka tysięcy par ojciec-syn (lub trójek ojciec syn wnu
> k), gdyż sytuację, żeby dalecy kuzyni mieli wspólnego przodka powiedzmy 500 las
> t temu, jest rzadko osiągalna. Istnieją gotowe już tablice dla tempa mutacji ST
> R w poszczególnych miejscach (loci) DNA lub obliczenia stopy mutacji na jedno m
> iejsce na pokolenie (Sandy Paterson, John Chandler, Anatole Klosov itd).

Należałoby udowodnić, że w każdym czasie w historii gatunku ludzkiego tempo tych mutacji było takie samo. Nowe badania dowodzą, dostałeś namiary na oryginalny artykuł, że mutacje potrafią być nieprzewidywalne.

> 3) Inaczej jest z rzadkimi mutacjami pojedynczych nukleotydów (SNP). Układaję s
> ie one hierarchicznie i do obliczenia jakiegoś dłuższego czasu bierze się tylko
> ich liczbę tylko w linii prostej.

Co to znaczy,że układają się hierarchicznie?

>Pierwszej próby dokonałem dwa lata temu i pr
> zesłałem ją znanym autorom (może dlatego zaczęli stosować tę metodę, zwłaszcza
> że w międzyczasie doszło do wielu badań tempa mutacji SNP (np. Kong). Wykorzyst
> ali je praktycznie po raz pierwszy pod koniec ubiegłego roku, obliczając włąsni
> e czas grupy A00 i A0T.

Tym samym mam rozumieć,że jest to metoda 100% pewna?

> Kong et al.: Rate of de novo mutations and the importance of father’s age
> to disease risk.
> Nie mam dostępu do pełnego tekstu, lecz omawia go Dienekes:
> dienekes.blogspot.com/2012/08/more-mutations-in-children-of-older.html
> Jego tablice i wykresy zostały odpowiednio wykorzystane w pracy Mendez et al. 2
> 013. Kong przeprowadził pełne testowanie genomu 78 Islandczyków w zestawieniu o
> jciec-syn-wnuk. Policzył ilość SNP i średni czas rodzenia (czyli czas pokolenia
> 29,7 lat). Kong zajął sie rejonem zdegeneroanego X na chromosomie Y w NRY (No
> nrecombining Region Y).

Ojciec, syn, wnuk, to mało prpóbek. Zastanowiłbym się nad wartością tej koncepcji, jakby diostarczono próbek z przedziały wiekowego kilkuset lat. Nie będę się z tobą kłócił i forsował swoich racji, ale o wartości metody zadecyduje czas. Zobaczymy, co z tą teorią będzie za kilka lat. W swoim życiu i zainteresowaniach biologią i biologią ewolucyjną widzialem już tyle rewolucji w biologii ewolucyjnej, że mam podstawy,aby być septycznym wobec każdej metody.

> 4) Mutacje mtDNA także mają obliczone własne tempa mutacji, w dwóch zakresach:
> HVR1 i HVR2. Są mi znane talice powstania poszczególnych mutacji.Są to jakby pu
> nkty orientacyjne dla obliczenia wieku najnowszych mutacji (ostatnich), które s
> ą wykrywane w grupie ludzi.

Na ten temat jest tyle literatury, w której prezentuje się watpliwości (a niektórzy uczeni wręcz twierdzą,że mtDNA nie nadaje się do ustalania pokrewieństw i filogenezy), że aż dziw bierze, że z takim przekonaniem zapewniasz mnie o tak dużej wartości tej metody. W swojej argumentacji popelniasz błąd logiczny, poniewaz cały czas usiłujesz podpierać się tezami, ktore domagają się mocniejszego potwierdzenia empirycznego.

Piszesz coś o porownywaniach genów małp i ludzi, następnie piszesz, że nie pisałeś nic o filogenetyce molekularnej. Nie cytujesz adwersarza, co sprawia wrażenie jakbyś nie słuchał, co się do ciebie pisze itd..

[elkate-2]

bioslawek napisał:
(1)
> Wybacz, ale nie rozumiem twojego toku myślenia. Dla mnie szybkość mutowania jak
> iegoś genu (utrawalania się mutacji) zależy od tego, w jaki sposób w danym odci
> nku DNA te mutacje są tolerowane. Jeżeli gen jest konserwatywny, lub w dużym st
> opniu konserwatywny, to większość mutacji będzie dostrzegał dobór naturalny i j
> e eliminował, natomiast utrawalą się tylko te nieliczne w miejscach neutralnyc
> h danej sekwencji. Tandemowe powtórzenia tolerują widać więcej mutacji ; jeżeli
> wszystkie są przypadkowe, ponieważ mogą powstawać w gorących miejscach, jako p
> owtarzalny mechanizm zmienności w ramach normy reakcji na środowisko (pisałem c
> i o tym we wcześniejszm poście i mogę napisać więcej). Samo ułożenie sekwencji
> tandemowych, te dziwaczne powtórzenia, świadczą o tym ,że są wkomponowane z mat
> ematyczną dokladnością i muszą spelniać jakieś funkcję w organiźmie. Najlepszym
> dowodem na to jest fakt, że są, mimo tych wszystkich mutacji, konserwowane prz
> ed dobór. Kiedyś na pl.sci. biologia przeprowadziliśmy na ten temat długą dysku
> sję z cytowaniem obszernej literatury.
>
Genealogia Y-DNA nie zajmuje się genami, omija je.
Zajmuje sie tylko elementami nierekombinującymi (NRY), zwanymi też śmieciowe. Myślę, że są to zdegenerowane geny lub fragmenty genów; One są wszystkie "tolerowane", gdyz odstawione na ubocze, zgromadziły sie do ilość około 95 procent Y-DNA!
>
> Należałoby udowodnić, że w każdym czasie w historii gatunku ludzkiego tempo tyc
> h mutacji było takie samo. Nowe badania dowodzą, dostałeś namiary na oryginalny
> artykuł, że mutacje potrafią być nieprzewidywalne.
>
Pojedyncze mutacje są nieoprzewidywalne, jak rzucanie monetą: orzeł i reszka. Ale "statystyka ich wielkich liczb" przemawia.
Rzuć monetę. Po kilku rzutach możesz mieć statystykę 5:0, ale po stu rzutach powinieneś mieć wyniki bliskie 5:5. To sprawa statystyki.
>
> Co to znaczy,że układają się hierarchicznie?
>
Np. tak jak w hierarchii politycznej: rząd (premier), wojewodowie, starostowie, wójtowie, sołtysi.
Rozróżnikiem pomiędzy poszczególnymi piętrami tej hierarchii mutacji jest czas ich powstania, czyli późniejsze mutacje dają poczatek jakiejś tylko części tej populacji, którą zapoczątkowała i tworzy jakaś wcześniejsza mutacja.
Podobnie jak w wielkim starym rodzie - nowo powstała rodzina wpisuje sie tylko jako jego część, na dole całego wielkiego rodu. I nie może być inaczej, choćby tym nowym ojcem był ktos bardzo ważny!
>
> Tym samym mam rozumieć,że jest to metoda 100% pewna?
>
Tak. Ale hierarchia mutacji to nie metoda, tylko rzeczywistość.

[elkate-2]

Biosławek
(2)
> Ojciec, syn, wnuk, to mało prpóbek.
>
Tych próbek może być wiele tysięcy i dają więc jasną statystykę.
>
> Zastanowiłbym się nad wartością tej koncepc
> ji, jakby diostarczono próbek z przedziały wiekowego kilkuset lat. Nie będę się
> z tobą kłócił i forsował swoich racji, ale o wartości metody zadecyduje czas.
>
Sprawa jest jasna, chodzi tylko o to, by takich badań było duzo - dla metody statystycznej
>
> Zobaczymy, co z tą teorią będzie za kilka lat.
>
Będzie więcej dokonanych badań, to i wynik będzie dokładniejszy. I tyle.
>
> W swoim życiu i zainteresowaniac
> h biologią i biologią ewolucyjną widzialem już tyle rewolucji w biologii ewoluc
> yjnej, że mam podstawy,aby być septycznym wobec każdej metody.
>
>
> Na ten temat jest tyle literatury, w której prezentuje się watpliwości (a niekt
> órzy uczeni wręcz twierdzą,że mtDNA nie nadaje się do ustalania pokrewieństw i
> filogenezy),
>
Jacy autorzy i kiedy? - bo to ważne.
Do niedawna nie posiadano brakujących ogniw, były wielkie luki w drzewie mtDNA, ale nie kwestionowały one całości drzewa- tak jak brak metryki urodzenia i śmierci ojca nie unieważnia metryk i genealogii synów: w metrykach synów są i zapisy ojców.
>
> że aż dziw bierze, że z takim przekonaniem zapewniasz mnie o tak d
> użej wartości tej metody. W swojej argumentacji popelniasz błąd logiczny,
>
Czy przypadkiem nie nadużywasz pojęcia "błąd logiczny"?
Wiesz co to jest?
>
> ponie
> waz cały czas usiłujesz podpierać się tezami, ktore domagają się mocniejszego p
> otwierdzenia empirycznego.
> Piszesz coś o porownywaniach genów małp i ludzi, następnie piszesz, że nie pisa
> łeś nic o filogenetyce molekularnej.
>
Pisałem, że nie chodzi o geny, tylko o NRY.
A filogenetyka molekularna ma bardzo szeroki zakres w stosunku do filogenetyki NRY.
>
> Nie cytujesz adwersarza, co sprawia wrażen
> ie jakbyś nie słuchał, co się do ciebie pisze itd..
>
Nie traktuję Cię jako swojego adwersarza, tylko zagubionego...

Wartość badań statystycznych.mtDNA Ewa

[bioslawek]

elkate-2 napisał:


> Sprawa jest jasna, chodzi tylko o to, by takich badań było duzo - dla metody st
> atystycznej

A rodzaj i wartość badań już się nie liczy? Statystyki, totolotek. To nie są naukowe metody tylko właśnie statystyczne. Jak chcesz to stosując takie statystyki udowodnię ci korelację urodzin dzieci w danej okolicy, do stosunku liczby gniazdujących w pobliżu bocianów.


> > Zobaczymy, co z tą teorią będzie za kilka lat.

> Będzie więcej dokonanych badań, to i wynik będzie dokładniejszy. I tyle.

Zgadza się. Nie bierzesz tylko pod uwagę możliwości, że nowe wnioski nie muszą uszczegóławiać starych tylko mogą mieć całkowicie inną wymowę. W nauce to normalne, zwłaszcza jeżeli chodzi o nauki teoretyczne.


> Jacy autorzy i kiedy? - bo to ważne.


> Do niedawna nie posiadano brakujących ogniw, były wielkie luki w drzewie mtDNA,
> ale nie kwestionowały one całości drzewa- tak jak brak metryki urodzenia i śmi
> erci ojca nie unieważnia metryk i genealogii synów: w metrykach synów są i zapi
> sy ojców.

laboratoria.net/pl/artykul/14131.html
Tutaj nie chodzi o brakujące ogniwa, tylko o wyławianie prawidłowych drzew z chaosu mutacyjnego. Nawet Dawkins w swojej 'Rzece genów" zwraca na ten fakt uwagę. Porównania mtDNA, jak każda taka metoda sprawdza się w przypadku blisko spokrewnionych organizmów. Porównując mtDNA, czy jakiekolwiek inne sekwencje, dwóch blisko spokrewnionych ludzi wyławiamy podobne mutacje i tutaj statystyka jest pomocna, ale czym organizmy dalej odległe zaczynają się schody. Zaczyna się stosowanie coraz bardziej życzeniowych algorytmów. Stosuje się coraz więcej założeń itd. A więc wywnioskowanie na tej podstawie, że twoja żona i twoje dziecko, to matka i dziecko jest jak najbardziej możliwe i pewne. Natomiast wywnioskowanie na tej podstawie, że jakaś mitochondrialna Ewa żyła kilkaset tysięcy lat temu, to już zwykła fantazja. Pisze się o tym wszędzie www.pewnytato.pl/koncepcja_mitochondrialnej_ewy Chociaż nikt nie sprzecza się z tezą jakoby człowiek pochodził z Afryki to koncepcja mitochondrialnej Ewy budzi wiele kontrowersji. Przede wszystkim niewiarygodne jest datowanie Ewy. Nie jest bowiem możliwe oszacowanie tempa mutacji mtDNA a zatem określenie dokładnej daty pojawienia się prakobiety także nie jest możliwe.

> > że aż dziw bierze, że z takim przekonaniem zapewniasz mnie o tak d
> > użej wartości tej metody. W swojej argumentacji popelniasz błąd logiczny,
>
> >
> Czy przypadkiem nie nadużywasz pojęcia "błąd logiczny"?
> Wiesz co to jest?

Jeżeli uważasz, że ty wiesz, a ja nie, to zamieniam się w słuch.

> > ponie
> > waz cały czas usiłujesz podpierać się tezami, ktore domagają się mocniejs
> zego p
> > otwierdzenia empirycznego.
> > Piszesz coś o porownywaniach genów małp i ludzi, następnie piszesz, że ni
> e pisa
> > łeś nic o filogenetyce molekularnej.


> Pisałem, że nie chodzi o geny, tylko o NRY.
> A filogenetyka molekularna ma bardzo szeroki zakres w stosunku do filogenetyki
> NRY.

Przyjrzyj się jeszcze raz temu, co napisałeś powyżej. Jest to twierdzenie wewnętrznie sprzeczne i w dodatku trącające tautologią. To prawda, że filogenetyka molekularna obejmuje szeroki zakres badań, a w tym twoją genealogię. A tym bardziej genetyczne porównania na podstawie próbek pobranych od różnych gatunków. I nieważne czy dotyczą sekwencji kodujących czy nie. Tak w ogóle, to w tej metodzie wykorzystuje się właśnie sekwencje niekodujące z przyczyn wymienionych przeze mnie w poprzednich postach, które z resztą znasz.

> > Nie cytujesz adwersarza, co sprawia wrażen
> > ie jakbyś nie słuchał, co się do ciebie pisze itd..
> >
> Nie traktuję Cię jako swojego adwersarza, tylko zagubionego...

Na razie gubię się jedynie w gąszczu twoich fragmentarycznych i często wewnętrznie sprzecznych informacji. Jak już wspomniałem nie jestem fachowcem w twojej dziedzinie, ale nie jestem też głupkiem, który nie potrafi sprawdzić podawanych przez ciebie informacji. Mam książki na temat bioinformatyki, jedną ci tutaj zaprezentowałem, i zdaję sobie sprawy z kontrowersji, jakie budzi filogenetyka molekularna, a ty mi każesz wierzyć,że udowodniono na podstawie genów pokrewieństwo małp i ludzi. Nie udowodniono i z czasem, kiedy przeprowadza się coraz więcej badań to pokrewieństwo wydaje się coraz bardziej wątpliwe. To, co kiedyś wydawało się proste i oczywiste teraz doprowadza do wręcz odwrotnych wniosków. Jest też część biologii, o której ty nie masz większego pojęcia,a ja po tym terenie poruszam się sprawnie. Oczywiście wy ewolucjoniści unikacie trudnych tematów (np. jak wyewoluowała syntaza ATP), bo to przerasta wasze możliwości wyjaśniania, i dlatego to wy jesteście zagubieni. Pozostało więc wam schronić się do budynku zbudowanego na spekulacjach i domysłach, jak ta cała filogenetyka molekularna. Bo przecież, jak się okaże, że coś nie pasuje do starych wniosków, to zawsze można przesunąć granice i powiedzieć,że tak działa nauka. A nawet znajdzie się kilku naukowców, którzy twierdzili tak od dawna, tylko ogół uczonych ich wyśmiewał. No i do kolejnej rewelacji i wówczas następuje zmiana bociana.

To, co napisałeś powyżej, to zwykłe wyznanie religijnego fanatyka, a nie prawdziwego naukowca. Szydzisz, ale jesteś zbyt przestraszony, żeby stanąć do merytorycznej dyskusji. Innymi słowy zachowujesz się jak Bruce Weber odnośnie układów nieredukowalnie złożonych:

bioslawek.wordpress.com/2011/07/17/137/
"“(……)Udzielono licznych odpowiedzi Behe’emu – mieli w tym udział
również biochemicy, łącznie ze mną – które odnosiły się do tego, jak
naprawdę powinien on przedstawić obecny stan literatury przy
uwzględnieniu podanych przez niego konkretnych przykładów. 2 W
rzeczywistości opublikowano próby wyjaśnienia zagadnień, takich jak
powstanie wici, układu krzepnięcia krwi czy biochemicznej podstawy
procesu widzenia.

Należy przyznać, że przedstawienie tego, w jaki sposób aktualne dane biologii molekularnej sugerują procesy duplikacji genu, tasowania domen i eksonów oraz ewolucji dywergentnej nie wyjaśnia, jak NIEKOMPLETNE SYSTEMY (przyp. moja: nie w pełni ukształtowane pewne systemy biochemiczne-jak szlaki metaboliczne , czy organy , jak np. : “ćwierć-witka czy pół-witka bakteryjna”) zyskują przewagę selekcyjną.

Obecnie jesteśmy jednak na etapie gromadzenia wystarczającej ilościdanych na podstawie sekwencji DNA i trójwymiarowych struktur białek, by w niedalekiej przyszłości przeprowadzać liczne testy przypuszczalnych wyjaśnień ewolucyjnych, co do których można by się spodziewać, że nie będą „takimi sobie bajeczkami”.”

Nie trudno jest zauważyć , że tym samym Bruce Weber przyznaje iż ewolucjoniści nie mają pojęcia , w jaki możliwy do zaakceptowania sposób mogły wyewoluować układy nieredukowalnie złożone. Przy okazji sugerując zachowanie optymizmu i nadziei na przyszłość Bruce Weber dopuszcza się w swojej argumentacji błędów logicznych :

1) “Argument to the future”- ‘Błąd ten popełnia się, gdy się twierdzi, że coś w przyszłości uda się wykazać, choć teraz jest to niemożliwe’.

2) “Hypothesis contrary to fact”-Błąd tego typu powstaje wtedy, gdy ktoś argumentuje na podstawie tego, że coś mogło się zdarzyć, choć jednocześnie nic nie wskazuje na to, że tak się zdarzyło, lub nawet coś temu przeczy.’"

Napisz w ktÓrym miejscu jestem konkretnie zagubiony. W kwestiach odnoszących się do twojej dziedziny, czy np. tytch dotyczących niemożliwości ewolucj

"Śmieciowe" DNA i norma reakcji

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> Genealogia Y-DNA nie zajmuje się genami, omija je.
> Zajmuje sie tylko elementami nierekombinującymi (NRY), zwanymi też śmieciowe. M
> yślę, że są to zdegenerowane geny lub fragmenty genów; One są wszystkie "toler
> owane", gdyz odstawione na ubocze, zgromadziły sie do ilość około 95 procent Y-
> DNA!

Podoba mi się, że używasz zwrotów typu "uważam", "moim zdaniem", ponieważ wówczas zdajesz się nie zamykać umysłu na inne wyjaśnienia:

bioslawek.wordpress.com/2012/05/26/chromosom-y-bedzie-zyl/
"”Wyniki nowych badań wskazują jednak, że chociaż chromosomy te skurczyły się w ciągu milionów lat i straciły wiele ze swoich pierwotnych genów, te które pozostały są niezwykle ważne dla prognozowania płodności, a przez to mało prawdopodobne jest ich wymarcie. Autorka naczelna, profesor Judith Mank z University College London twierdzi: “Chromosomy Y pozostaną i nie są nieużytkiem genetycznym, za jaki były kiedyś uznawane” (…)Profesor Mank zauważa: “Wykazaliśmy, że chromosomy Y i W są niezwykle istotne dla płodności – Y u osobników męskich i W u osobników żeńskich. Zdolność genów W do ewoluowania ma kluczowe znaczenie dla przetrwania, co sugeruje, że zarówno chromosomy Y, jak i W jeszcze długo z nami pozostaną”.”"

A co powiesz na to:

odkrywcy.pl/kat,111396,title,Chromosom-Y-po-tuningu,wid,11857391,wiadomosc.html?smg4sticaid=61079f
"Wbrew oczekiwaniom naukowców okazało się, że dwie sekwencje MSY znacząco się różnią pod względem zawartości i struktury genów, co wskazuje na szybką ewolucję chromosomu Y na przestrzeni ostatnich 6 milionów lat.

Odkrycie zaprzecza dotychczasowym poglądom, iż chromosom Y to mało dynamiczne struktury, o wyjątkowo powolnej ewolucji polegającej przede wszystkim na utracie genów. Okazało się, że zarówno małpi jak i ludzki chromosom Y podczas ewolucji przeszedł szereg zabiegów "ulepszających" jego działanie - głównie udział w tak ważnych procesach jak zachowania seksualne i produkcja nasienia. "

Jak widzisz na temat chromosomu Y możemy dowiedzieć się jeszcze wiele. Informacje te mogą zaprzeczyć standardowym opiniom. Zajrzyj jeszcze tutaj:

bioslawek.wordpress.com/2012/04/02/mit-smieciowego-dna/
Mit “Śmieciowego DNA”

bioslawek.wordpress.com/2012/05/26/czy-nieaktywne-receptory-wechowe-moga-stanowic-dowod-wspulnego-pochodzenia-zwierzat-i-ludzi/
Czy nieaktywne receptory węchowe stanowią dowód wspólnego pochodzenia zwierząt i ludzi?

bioslawek.wordpress.com/2012/05/26/tajemniczy-gen-gulo/
Tajemniczy gen GLO

> > Należałoby udowodnić, że w każdym czasie w historii gatunku ludzkiego tem
> po tyc
> > h mutacji było takie samo. Nowe badania dowodzą, dostałeś namiary na oryg
> inalny
> > artykuł, że mutacje potrafią być nieprzewidywalne.
> >
> Pojedyncze mutacje są nieoprzewidywalne, jak rzucanie monetą: orzeł i reszka.
> Ale "statystyka ich wielkich liczb" przemawia.
> Rzuć monetę. Po kilku rzutach możesz mieć statystykę 5:0, ale po stu rzutach po
> winieneś mieć wyniki bliskie 5:5. To sprawa statystyki.

Zgadza się, ale kolejny raz ci tłumaczę, że tylko wtedy, kiedy te mutacje są losowe. Kiedy po prostu myli się sama polimeraza DNA w wyniku jakichś czynników zewnętrznych czy wewnętrznych indukujących losowe mutacje. Jeżeli są to mutacje zaplanowane przez genom, jak w wyniku ewolucji kontrolowanej bioslawek.wordpress.com/2012/01/15/ewolucja-kontrolowana/ to mamy już do czynienia z inną sytuacją. Takich mechanizmów odkryto multum, zwłaszcza u prokariontów, które niemal na zawołanie w odpowiednich warunkach potrafią dostosowywać swój genom do warunków środowiska. Wówczas w gorących miejscach genomu, dokładnie na swoich miejscach, powstają potrzebne mutacje.

Zajrzyj do tego artykułu www.nauka-a-religia.uz.zgora.pl/index.php?action=tekst&id=237

"Adaptacje obserwowane u bakterii są niewątpliwie niezwykłe. Czy jednak
stanowią one nieodparte świadectwo ewolucji na dużą skalę? I tym razem nie
jest to cała historia. W rzeczywistości te adaptacje wytwarzane są przez mechanizm
przeznaczony specjalnie do tego celu. Jesteśmy świadkami działania złożonej,
solidnej maszynerii, nie zaś mutacji na oślep eksplorujących nowe projekty.Na przykład, kiedy bakterie w populacji są wystawione na trudne warunki,
zazwyczaj przyspieszają swoje tempo mutacji. To tak, jakby został wysłany sygnał
mówiący: „Czas się przystosować”. Ponadto mała część populacji jeszcze
bardziej zwiększa tempo mutacji. Dzięki tym „hipermutatorom” wypróbowana
zostanie większa różnorodność zmian adaptacyjnych. Takie hipermutacje mogą
w pewnych przypadkach być istotne dla przetrwania populacji bakterii. Same
mutacje nie pojawiają się w genomie losowo, lecz koncentrują się w określonych
obszarach, w których mogą zostać zapoczątkowane korzystne zmiany. Innymi
słowy, ścieżki adaptacji są do pewnego stopnia uprzednio wytyczone.
Nasza wiedza o odporności owadów na pestycydy sugeruje podobny scenariusz.
Jedno z badań popularnej muszki owocówki ujawniło, że odporność na
pestycydy zapewnia jej gen, który jest cały czas obecny. Gen ten służy do niszczenia
pestycydu. Przed pojawieniem się wywieranej przez pestycyd presji gen
był mniej aktywny. Jednak po pojawieniu się pestycydu u odpornej muszki gen
zwiększa swoją aktywność, a zjawisko to wywoływane jest przez wysłany do
niego sygnał, by znieść ograniczenia produkcyjne. Wygląda to zatem, jakby odporność
na pestycyd była skutkiem jedynie wciśnięcia guzika uruchamiającego
genetyczną linię produkcyjną, nie zaś stworzenia nowej fabryki.
Te odkrycia są godne uwagi, ale trudno uznać, że przemawiają one za ewolucją.
Każe nam się teraz wierzyć nie w to, że pojedyncze mutacje wiodą krok
po kroku do nowych funkcji, lecz że ewolucja wyprodukowała cudowne maszyny,
dzięki którym nastąpić mogą bardziej skomplikowane zmiany. Genomy musiały
wykształcić zdolność reagowania na przewidywalne wyzwania środowiska
przewidywalnymi zmianami. Tempo mutacji jest przyspieszane wówczas, gdy
jest to potrzebne, i koncentrowane w tych lokalizacjach, w których są potrzebne.
Na szczęście, w pojedynczym kroku mogą wystąpić liczne mutacje.
W ten sposób ewolucja wyprodukowała machinę, która może ewoluować."

Zajrzyj też do tego artykułu:

bioslawek.wordpress.com/2011/09/12/czy-nabywanie-opornosci-na-antybiotyki-i-pestycydy-dowodzi-makroewolucji/
I koniecznie do tego:

bioslawek.wordpress.com/2011/09/12/mnogie-mutacje-przeszkoda-dla-darwinizmu/
MNOGIE MUTACJE – PRZESZKODA DLA DARWINIZMU?

Hierarchia mutacji, a tempo mutacji

[bioslawek]

Np. tak jak w hierarchii politycznej: rząd (premier), wojewodowie, starostowie, wójtowie, sołtysi.
Rozróżnikiem pomiędzy poszczególnymi piętrami tej hierarchii mutacji jest czas ich powstania, czyli późniejsze mutacje dają poczatek jakiejś tylko części tej populacji, którą zapoczątkowała i tworzy jakaś wcześniejsza mutacja.
Podobnie jak w wielkim starym rodzie - nowo powstała rodzina wpisuje sie tylko jako jego część, na dole całego wielkiego rodu. I nie może być inaczej, choćby tym nowym ojcem był ktos bardzo ważny!
>
> Tym samym mam rozumieć,że jest to metoda 100% pewna?
>
Tak. Ale hierarchia mutacji to nie metoda, tylko rzeczywistość.

Biosławek:

Teraz rozumiem i z tym się zgadzam. Jednak obecność nowych mutacji w stosunku potomków nie wyjaśnia czasu i ilości w pojawianiu się tych mutacji. Ten czas można obliczyć tylko dla blisko spokrewnionych organizmów, dla szerszych wniosków po prostu brakuje odpowiednich próbek. Trzeba ekshumować i badać DNA przodków uzyskane z kości, a nie posługiwać się jakimiś tablicami ustalonymi na zakładanym tempie mutacji. Dałem ci namiary na artykuł, który pokazuje, że tempo mutacji (pomijając przyczyny) może być nieprzewidywalne. Wyniki zegara molekularnego muszą mieć potwierdzenia w niezależnych badaniach, a nie w jakichś teoretycznych tablicach. Np. jak byśmy wiedzieli, kiedy przodkowie z linii prostej żyli, np. badając metryki, inne zapiski oraz datowania węglem i porównując DNA uzyskane z kości można by było ułożyć dobrze wydatowane drzewo genealogiczne.

Część dalsza-szczątki kopalne

[bioslawek]

O filogenetyce molekularnej chętnie dalej podyskutuję, bo akurat trochę się tym aspektem biologii ewolucyjnej interesowałem. Nie opiera się ona tylko na analizie mutacji punktowych, ale też na analizie lokalizacji ruchomych elementów genomu czy endogennych retrowirusów. To wszystko było dyskutowane na pl.sci.biologia i na wszystko znalazło się alternatywne do neodarwinowskiej interpretacji wyjaśnienie. Ruchome elementy genomu lokalizują się w KONKRETNYCH i powtarzalnych sekwencjach (i stąd podobieństwa w ich lokalizacji u różnych organizmów) i mają, jak się okazuje, bardzo duże znaczenie w regulacji aktywności genów. Natomiast wirusy endogenne, to naturalne szczepionki, które już od początku były ulokowane w analogicznych miejscach w genomach różnych organizmów.

A jeszcze o rzekomych kopalnych przodkach człowieka. Petrucchio kilka lat temu też powoływał się na różne " homo-habilisy", ale po kilku latach oczywiście poniekąd zaparł się swoich twierdzeń, tak samo, jak w tej dyskusji. Wyparł się w żywe oczy, że pisał coś o dryfie genetycznym (tak był przekonany o słuszności swoich racji,że nazwał mnie "osłem") i napisał,że on tylko mówił o krzyżówkach międzygatunkowych. Z resztą nawet to jego odtłumaczanie, to zwykły bełkot.

bioslawek.wordpress.com/2012/03/31/h-habilis-zdegradowany-do-rangi-australopiteka-malpy-poludniowej-uczeni-ewolucjonisci-proponuja-nowego-kandydata-na-ognowo-laczace-malpe-z-czlowiekiem-nowego-kandydata-nazwano-australopitek-s/
“H. habilis” zdegradowany do rangi australopiteka (małpy południowej). Uczeni ewolucjoniści proponują nowego kandydata na ogniwo łączące małpę z człowiekiem. Nowego kandydata nazwano Australopitek sediba.

bioslawek.wordpress.com/2012/03/31/czy-australopiteki-chodzily-na-dwoch-nogach/
Czy australopiteki chodziły na dwóch nogach?

bioslawek.wordpress.com/2012/04/03/1014/
Czy australopiteki twardo stoją na swoich stopach?

[elkate-2]

A może tak, biosławku?


Ewolucja człowieka - wbrew zasadzie doboru naturalnego!
Zasadą czyli motorem ewolucji jest przypadkowa mutacja i reakcja na nią przez tzw. dobór naturalny. W rozwoju człowieka doszło do istotnych mutacji już na etapie pierwszego hominida; był nim prawdopodobnie sahelanatropus znad jeziora Czad. Podstawowymi zmianami tworzącymi człowieka był rozwój mózgu i dwunożność. U korzeni były to zmiany zdecydowanie niekorzystne i powinny być usunięte przez dobór. Dwunożność musiała przez długi czas oznaczać chwiejne i spowolnione ruchy, co hominida czyniło mało sprawnym z zdobywaniu pokarmu i obronie przez drapieżnikami.. Dwunożność wymagała przebudowy kręgosłupa od nasady czaszki do kości ogonowej (utrata ogona), przebudowy klatki piersiowej, zmiany stawów kolan i bioder, zwężenia miednicy oraz rozrostu mięśni pośladkowych; zmiany te były przyczyną stanów zapalnych i schorzeń (niektóre z nich pojawiają się do dziś). Natomiast rozwój mózgu i jego funkcji pociągał za sobą wzrost energochłonności oraz oznaczał wzrost jego masy i objętości czaszki, co przy równoczesnym zwężeniu kości miednicy powodowało gwałtowny wzrost okołoporodowej śmiertelności. Dwunożność spowodowała także wyjście z zalesionych enklaw na sawannę, co pociągało za sobą znaczne zwiększenie bezbronności i narażania się na gwałtowne promieniowanie UV, zwłaszcza po utracie owłosienia.
A jednak dobór naturalny nie zlikwidował tak "nieszczęśliwie" zmodyfikowanego hominida. Jak to wytłumaczyć?
Otóż prawdopodobnie pierwsza uczłowieczająca zmiana musiała nastąpić w mózgu i doprowadziła do powstania nowych jego funkcji; te zaś doprowadziły do wyprostowania postawy, uwolnienia rąk i wykorzystania ich dla celów obronnych oraz społecznego współdziałania. Hominid, mając w ręce narzędzia obronne (kij, kamień, ogień) oraz psychiczną zdolność do społecznego współdziałania, mógł w miarę skutecznie przeciwdziałać nowym zagrożeniom i przetrwać do wyznaczonego mu przez Naturę czasu pełnego rozwoju w postaci anatomicznie i behawioralnie współczesnego człowieka.
W podsumowaniu można powiedzieć, że w owych zmianach ewolucyjnych hominida i przebiegu genezy człowieka współczesnego widać wyraźnie jakiś "Zamysł Boga" - jeśli by użyć sformułowania A. Einsteina albo urzeczywistnienie się przysłowiowego "Wielkiego Projektu".

Fantazje czy nauka? Tempo mutacji 3 razy wolniejsz

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> A może tak, biosławku?
>
>
> Ewolucja człowieka - wbrew zasadzie doboru naturalnego!
> Zasadą czyli motorem ewolucji jest przypadkowa mutacja i reakcja na ni
> ą przez tzw. dobór naturalny. W rozwoju człowieka doszło do istotnych mutacji j
> uż na etapie pierwszego hominida; był nim prawdopodobnie sahelanatropus znad je
> ziora Czad. Podstawowymi zmianami tworzącymi człowieka był rozwój mózgu i dwuno
> żność. U korzeni były to zmiany zdecydowanie niekorzystne i powinny być usunięt
> e przez dobór. Dwunożność musiała przez długi czas oznaczać chwiejne i spowolni
> one ruchy, co hominida czyniło mało sprawnym z zdobywaniu pokarmu i obronie prz
> ez drapieżnikami.. Dwunożność wymagała przebudowy kręgosłupa od nasady czaszki
> do kości ogonowej (utrata ogona), przebudowy klatki piersiowej, zmiany stawów k
> olan i bioder, zwężenia miednicy oraz rozrostu mięśni pośladkowych; zmiany te b
> yły przyczyną stanów zapalnych i schorzeń (niektóre z nich pojawiają się do dzi
> ś). Natomiast rozwój mózgu i jego funkcji pociągał za sobą wzrost energochłonno
> ści oraz oznaczał wzrost jego masy i objętości czaszki, co przy równoczesnym zw
> ężeniu kości miednicy powodowało gwałtowny wzrost okołoporodowej śmiertelności.
> Dwunożność spowodowała także wyjście z zalesionych enklaw na sawannę, co pocią
> gało za sobą znaczne zwiększenie bezbronności i narażania się na gwałtowne prom
> ieniowanie UV, zwłaszcza po utracie owłosienia.

Znane mi są te problemy:

bioslawek.wordpress.com/2012/10/06/czy-mogla-istniec-przejsciowa-lokomocja-miedzy-sposobami-poruszania-sie-malp-czlekoksztaltnych-i-ludzi/
Czy mogła istnieć przejściowa lokomocja między sposobami poruszania się małp człekokształtnych i ludzi?




bioslawek.wordpress.com/2013/02/17/paleoklimatologia-przeciwko-hipotezie-ewolucji-czlowieka-od-malpy-czyli-o-tym-jak-jeden-nowy-element-w-naszej-wiedzy-moze-powywracac-do-gory-nogami-wszystkie-dotychczasowe-poglady-na-temat-hipotez-zw/
Paleoklimatologia przeciwko hipotezie ewolucji człowieka od małpy. Czyli o tym jak jeden nowy element w naszej wiedzy może powywracać do góry nogami wszystkie dotychczasowe poglądy na temat hipotez związanych z ewolucją człowieka.

Zobacz też komentarze do tego artykułu. Jest na temat rzekomych niedoróbek w anatomii człowieka:

bioslawek.wordpress.com/2012/04/01/wyrostek-robaczkowy-kosc-ogonowa-czkawka-i-gesia-skorka-czy-to-organy-szczakowe/
> A jednak dobór naturalny nie zlikwidował tak "nieszczęśliwie" zmodyfik
> owanego hominida. Jak to wytłumaczyć?
> Otóż prawdopodobnie pierwsza uczłowieczająca zmiana musiała nastąpić w
> mózgu i doprowadziła do powstania nowych jego funkcji; te zaś doprowadziły do
> wyprostowania postawy, uwolnienia rąk i wykorzystania ich dla celów obronnych o
> raz społecznego współdziałania. Hominid, mając w ręce narzędzia obronne (kij, k
> amień, ogień) oraz psychiczną zdolność do społecznego współdziałania, mógł w mi
> arę skutecznie przeciwdziałać nowym zagrożeniom i przetrwać do wyznaczonego mu
> przez Naturę czasu pełnego rozwoju w postaci anatomicznie i behawioralnie współ
> czesnego człowieka.

Po co prezentujesz te bajki, przecież o tym można poczytać w każdej ściądze dla licealistów?

www.sciaga.pl/tag/ewolucja-czlowieka/
> W podsumowaniu można powiedzieć, że w owych zmianach ewolucyjnych homi
> nida i przebiegu genezy człowieka współczesnego widać wyraźnie jakiś "Zamysł Bo
> ga" - jeśli by użyć sformułowania A. Einsteina albo urzeczywistnienie się przys
> łowiowego "Wielkiego Projektu".

Tak tylko te "zmiany ewolucyjne" są jedynie produktem twoich (i nie tylko twoich) fantazji. To pozbawiona treści gadanina, która jest oderwana od wszelkiej działalności empirycznej. Czytałeś, co napisałem o australopitekach? Poczytaj, a może do ciebie dotrze,ze nie było poza homo sapiens żadnych hominidów. Pisz ty lepiej o filogenetyce molekularnej, bo w tym temacie zdajesz się bardzo zagubiony. No niestety na podstawie porównań genetycznych (czy anatomicznych) nie da się prześledzić ewolucji ludzi od NIEludzi. Pozostaje więc serwować takie sobie bajeczki.

Jak uważasz-jeżeli tempo mutacji rzeczywiście okaże się trzy razy wolniejsze, a w tym ewolucja, to czy wtedy trzeba będzie przyjąć,że "wspólny przodek" szympansa i człowieka żył jakieś 18 000 000 lat temu? A co z innymi "przodkami" wtedy będzie?

Jakiś czas temu pojawiło się ciekawe i słabo nagłośnione w Polsce doniesienie naukowe na temat nowych badań nad tempem mutacji www.nature.com/ng/journal/v43/n7/full/ng.862.html (Variation in genome-wide mutation rates within and between human families) Tempo mutacji okazało się trzy razy wolniejsze niż latami zakładano. Jeżeli te badania zostaną niezależnie potwierdzone, choć nie było dotychczas rzetelniejszych badań na temat tempa mutacji, to trzeba będzie przewartościować cały sposób myślenia o ewolucji. Trzy razy wolniejsze tempo mutacji oznacza trzy razy wolniejszą ewolucję. Na podstawie dystansu molekularnego i arbitralnie ustalonego tempa mutacji zakładano, że wspólny przodek szympansów i ludzi żył jakieś 6-7 000 000 lat temu. Jeżeli tempo mutacji jest rzeczywiście wolniejsze o trzy razy, to należałoby wnioskować, że ta 'dywergencja' miała miejsce nie 7-6 000 000 lat temu, a co najmniej 21-18 000 000 temu. Warto zaznaczyć, że według TE wówczas mniej więcej miał żyć 'wspólny przodek' małp człekokształtnych i ludzi (dopuszczalny limit pomyłki wynosi 5000 000 lat). Przy dotychczasowym założeniu, że tempo mutacji jest równe dla wszystkich 'linii ewolucyjnych' należałoby jeszcze raz poważnie przeanalizować wszystkie dotychczasowe założenia, ustalone na podstawie zegara molekularnego, co do wieku różnych taksonów oraz zweryfikować dotychczasowe spekulacje na temat czasu dywergencji wszystkich postulowanych 'linii ewolucyjnych'. Czas tych 'dywergencji' należałoby przesunąć ze trzy razy do tyłu! Czy zdajecie sobie sprawę, jakie to ogromne konsekwencje niesie dla teorii ewolucji ? Pod spodem zamieszczam zakładane 'drzewo filogenetyczne', nakreślone dla naczelnych. Proszę zacząć przesuwać daty wszystkich zakładanych 'dywergencji' trzy razy do tyłu. A co zresztą organizmów żywych i wymarłych? W ich przypadku należałoby postąpić identycznie!



www.newsweek.pl/artykuly/sekcje/nauka/wszyscy-jestesmy-mutantami,78145,1

[i]Tempo ewolucji gatunku ludzkiego, jest trzykrotnie wolniejsze niż zakładano. Ten zdumiewający fakt odkryto dzięki dokładnemu policzeniu liczby mutacji, które odróżniają dzieci od ich rodziców - donosi dzisiejsze „Nature Genetics”.
(...)
Do tej pory zakładano też, że mutacje zachodzą głównie w plemnikach, bo mężczyźni produkują ich więcej niż kobiety jajeczek, a to zwiększa szanse na błędy w „męskim” DNA. W pierwszym przypadku rzeczywiście ta

3 razy wolniejsze tempo mutacji, a genEalogia ch Y

[bioslawek]

Nie wszystko się zmieściło:

www.newsweek.pl/artykuly/sekcje/nauka/wszyscy-jestesmy-mutantami,78145,1

Tempo ewolucji gatunku ludzkiego, jest trzykrotnie wolniejsze niż zakładano. Ten zdumiewający fakt odkryto dzięki dokładnemu policzeniu liczby mutacji, które odróżniają dzieci od ich rodziców - donosi dzisiejsze „Nature Genetics”.

Ludzki genom składa się z mniej więcej z 6 miliardów zasad - podstawowych cegiełek życia. Połowę z tego dziedziczymy po matce, a połowę po ojcu. Do tej pory uczeni przypuszczali, że rodziców od dzieci odróżnia ok. 100-200 mutacji. Było wiadomo, że zmiany te powstają w tworzącym się jajeczku lub plemniku, a te z kolei po połączeniu dają początek nowemu organizmowi.

Dokładną liczbę tych mutacji udało się ustalić dopiero teraz, za sprawą badań przeprowadzonych na członkach dwóch rodzin biorących udział w projekcie 1000 Genomes Project. Naukowcy m.in. z Wellcome Trust Sanger Institute oraz University of Montreal szukali u dzieci zmian w DNA, nieobecnych u rodziców. Okazało się, że jest ich zaledwie około 60 - trzykrotnie mniej niż dotąd sądzono.

Do tej pory zakładano też, że mutacje zachodzą głównie w plemnikach, bo mężczyźni produkują ich więcej niż kobiety jajeczek, a to zwiększa szanse na błędy w „męskim” DNA. W pierwszym przypadku rzeczywiście tak było - dziecko dostało „po tacie” 92 proc. mutacji, jednak w drugim było to zaledwie 36 proc. Uczeni sądzą, że kwestia tego, ile zmian genetycznych dostajemy od każdego z rodziców jest sprawą indywidualną.

Mniejsza liczba nowych mutacji oznacza też, że tempo ewolucji naszego gatunku jest wolniejsze niż przypuszczano. - Zasadniczo, o dwie trzecie niż zakładaliśmy - mówi Philip Awadalla z University of Montreal. Wynika z tego, że trzeba będzie zrewidować większość obowiązujących do tej pory ustaleń dotyczących ewolucji naczelnych. Stała, określona liczba mutacji, przypadających na jedno pokolenie pozwalała bowiem na postawie analizy genomów niejako „cofnąć się w czasie” i określić, kiedy żył na przykład wspólny przodek ludzi i szympansów. Teraz nie jest to już takie pewne.

Jakie wyniki czasowe dawała by twoja genealogia ustalana na podstawie chromosomu Y, gdyby się okazało, że tempo mutacji jest naprawdę trzy razy wolniejsze?

[elkate-2]

Biosławku
1) Żeby nie było wątpliwości, na poczatku podaję moje hasło:
“Człowieka tworzył InteliGENtny ProjEkt”, a więc projekt, w którym w całość jest wpisana GEN(etyka) i E(wolucja), w sumie jakby został “oswojony przypadek” - jak pisze ks. M. Heller w tytule swojej książki.

2) Napisałem, że ewolucja człowieka dokonała się wbrew zasadzie doboru naturalnego. Miałem na myśli tylko kolejność i przyczynę zdarzeń. Nie zanik lasu i konieczność wyjścia na sawannę, jak piszą rasowi ewolucjoniści, postawił człowieka na dwie nogi, tylko uaktywniony rozum. Mniejsza o szczegóły.

3) Piszesz, że tempo mutacji okazało się trzy razy wolniejsze, więc ono teraz daje “ogromne konsekwencje dla teorii ewolucji”.
Otóż to trzykrotnie spowolnienie to - używając Twojego nienaukowego, emocjonalnedgo języka, którym lubisz się posługiwać, ”bzdura” “bajeczka”, “gadanina”, “fantazja” (może nie Twoja, tylko gazeciarska).
Napisałeś: “Do tej pory uczeni przypuszczali, że rodziców od dzieci odróżnia około 100-200 mutacji (...) Okzazało się, że jest ich zalewie około 60 – trzykronie mniej”.
Powtórzę tu Twoje słowa: ,”bzdura” “bajeczka”, “gadanina”, “fantazja”!

Dotąd w podręcznikach czytam, że do mutacji w każdej parze zasad dochodzi około raz na miliard lat, czyli 0,000,000.030 mutacji na jedną parę zasad na jedno pokolenie (30 lat).
Daje to w sumie 30 mutacji na jedno pokolenie, według wzoru 3x10^-8.
Obliczenie to było wykonane na podstawie odleglości czasowej między nami a wspólnym przodkiem człowieka i szympansa, zakładanej na 5 miliardów lat.

W cytowanej przez Ciebie pracy Donalda Conrada et al. 2011 “Variation in genome-vide mutation rates” jako punkt wyjścia i porównania biorą dystans do szympansa 25 mutacji na parę zasad na pokolenie. Czytam tam, że nowe obliczenia kilku autorów wskazują, iz do mutacji w jednym pokoleniu dochodzi przeciętnie od 1,12 do 2,05 x10^-8, czyli średnio około 1,6x10^-8 na parę zasad na pokolenie, czyli szesnaście mutacji na pokolenie.
A więc tempo mutacji spadło od 25 do tylko 16 mutacji na pokolenie. NIE TRZYKROTNIE!!
Na tej podstawie w kilku pracach definiowano, że można dotychczasowe obliczenia przemnożyc przez 1,5.
Tu dodam, że obliczając wiek rodu Y-Adama, pomnożono wynik 209,000 lat przez 1,62 (a nie trzykronie) i wyszło 338,000 lat (liczac pokolenie po 30 lat, co oznacza 280,000 lat, licząc pokolenie po 25 lat).
Więc wołam o więcej uczciwości w pisaniu!

[elkate-2]

Korekta zdania: W cytowanej przez Ciebie pracy Donalda Conrada et al. 2011 “Variation in genome-vide mutation rates” jako punkt wyjścia i porównania biorą dystans do szympansa 25 mutacji na parę zasad na pokolenie.

Ma być: 25 mutacji na genom na pokolenie.

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> W cytowanej przez Ciebie pracy Donalda Conrada et al. 2011 “Variation in
> genome-vide mutation rates” jako punkt wyjścia i porównania biorą dystans
> do szympansa 25 mutacji na parę zasad na pokolenie. Czytam tam, że nowe oblicz
> enia kilku autorów wskazują, iz do mutacji w jednym pokoleniu dochodzi przecięt
> nie od 1,12 do 2,05 x10^-8, czyli średnio około 1,6x10^-8 na parę zasad na poko
> lenie, czyli szesnaście mutacji na pokolenie.

6,4 mld par zasad (w diploidalnym genomie) razy 1,6 x 10^(-8) = ok. 102, nie szesnaście.

Te rachunki proszą się o uściślenie. Przede wszystkim ojciec i matka dają nierówny wkład, jeśli chodzi o średnią liczbę mutacji (mówię tu tylko o SNP). Komórka jajowa ma za sobą około 30 podziałów, licząc od zygoty. W przypadku plemnika liczba podziałów do średniego wieku ojcostwa to ok. 400. Mutacje punktowe są błędami kopiowania, więc ich liczba zależy wprost proporcjonalnie od liczby podziałów (także mitotycznych). Jest to główna przyczyna różnego tempa gromadzenia się SNP (w skali wielu pokoleń) w chromosomach Y, X i autosomach. Prawdopodobieństwo błędu kopiowania wynosi mniej więcej 10^(-10) na parę zasad (replisom popełnia mniej więcej jeden błąd na 10^8 par zasad, ale 99% błędów zostaje naprawionych), przy każdym podziale mamy więc średnio 0,3 mutacji punktowych. Powinno to dać w sumie ok. 120 mutacji w plemniku i ok. 9 mutacji w komórce jajowej, razem (w grubym przybliżeniu) ok. 130 SNP na pokolenie. Zgadza się to nieźle z wynikami badań np. Yali Xue i Chrisa Tylera-Smitha (2009) oraz z zacytowanym przez Ciebie tempem mutacji (przynajmniej co do rzędu wielkości).

To są oczywiście obliczenia obciążone dużą niepewnością. Niektóre badania z ostatnich lat (Roach et al. 2010, Lynch 2010) sugerują wolniejsze tempo mutacji (oczywiście, jak słusznie zauważasz, nie trzykrotnie, ale ok. 1,5-1,8 razy wolniejsze), ale dyskusja na ich temat jeszcze się nie zakończyła.

Szkoda, że ten potencjalnie interesujący wątek zszedł na manowce, ale taki już widać los Forum Nauka.

[elkate-2]

Artykuł Conrada przestudiowałem już w swoim czasie (dyskusja była u Dienekesa), i teraz też, ale nie dotarłem do wszystkich jego szczegółów np. tabel) i nie wszystko zrozumiałem (och, ta angielszczyzna!).
Dlatego za pewne objaśnienia - dzięki.

Bardziej klarowne by było poslugiwanie się w datowaniu tylko wydzielonymi rejonami nierekombinującymi, np. NRY i mtDNA.
Daje to chyba większą pewność datowania, a nadto lepsze jest odniesienie do pierwotnych grup plemiennych, przede wszystkim przecież ojcowskich.

"Afrykański Exodus"

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> Bardziej klarowne by było poslugiwanie się w datowaniu tylko wydzielonymi rejon
> ami nierekombinującymi, np. NRY i mtDNA.
> Daje to chyba większą pewność datowania..

Jak już wspomnialem jedyne różnice w naszych poglądach rozbijają się o to datowanie. Jeżeli chodzi o ilość mutacji w gamentach żeńskich i męskich, to może się okazać,że częstotliwość mutacji nie musi być większa w gametach męskich. Nie znamy jeszcze wszystkich realii funkcjonowania genomu i pochodzenia mutacji-szkoda, że pominąłeś mój post o ewolucji kontrolowanej. Kontrolowanym mutowaniu. Ale tak już z tobą jest; dobierasz sobie tylko te informacje, które pasują do twoich założeń.

> a nadto lepsze jest odniesienie do pie
> rwotnych grup plemiennych, przede wszystkim przecież ojcowskich.


A skąd ty wiesz, jakie ludy są pierwotne? Równie dobrze, patrząc przez pryzmat waszej interpretacji, czarni z Afryki mogą być potomkami Europejczyków, którzy powrócili do Afryki po "Afrykańskim Exodusie".

bioslawek.wordpress.com/2012/01/12/neandertalczykczyk-czy-aborygen/
Aborygen czy ‘neandertalczyk’?



Różni ludzie archaiczni, to tylko „różne wersje neandertalczyków”„(Szkielet Turkana Boy, zaliczanego do Homo ergaster) Wygląd ma niesamowicie ludzki. Nie jestem pewny czy przeciętny patolog zauważyłby cokolwiek różniącego ten szkielet od szkieletu człowieka”.(…) (…)Co się zaś tyczy jego czaszki, to Walker wspomniał: „Kiedy dołączyłem żuchwę do tej czaszki, wtedy Richard (Leakey) i ja zaczęliśmy się obaj śmiać, ponieważ tak bardzo przypominała neandertalczyka” (Dr Walker „Wash. Post”, 19października 1984, str. A 11). Pojemność mózgu ustalono na 850 cm3, co jest niewiele, ale mieści sięw ramach zmienności ludzkiej.(…) „

Alan Walker


Przeczytaj sobie cały artykuł.

[bioslawek]

petrucchio napisał:

> Szkoda, że ten potencjalnie interesujący wątek zszedł na manowce, ale taki już
> widać los Forum Nauka.

Petrucchio to są naprawdę zbędne uszczypliwości, bo jak widać moje dyskusje z naszym gościem wcale nie przeszkadzają ci wyrażać swojego zdania. Z resztą ja włączyłem się do tej dyskusji, gdy ty z niej odszedłeś, więc nie możesz powiedzieć, że ci przeszkadzam. Po ostatnie, to ja założyłem ten watek i mam prawo w nim brać udział. Po ostatnie, to ty naprodukowałeś andronów na temat chromosomu Y, dryfu genetycznego itd. A mimo to nasz gość stwierdził, że jesteś niegłupi facet. Czego ci jeszcze brakuje w tej dyskusji?

[petrucchio]

bioslawek napisał:

> Petrucchio to są naprawdę zbędne uszczypliwości, bo jak widać moje dyskusje z n
> aszym gościem wcale nie przeszkadzają ci wyrażać swojego zdania. Z resztą ja wł
> ączyłem się do tej dyskusji, gdy ty z niej odszedłeś, więc nie możesz powiedzie
> ć, że ci przeszkadzam. Po ostatnie, to ja założyłem ten watek i mam prawo w nim
> brać udział. Po ostatnie, to ty naprodukowałeś andronów na temat chromosomu Y,
> dryfu genetycznego itd. A mimo to nasz gość stwierdził, że jesteś niegłupi fac
> et. Czego ci jeszcze brakuje w tej dyskusji?

Nie odszedłem. Śledzę od czasu do czasu dyskusję, ale nie zawsze mam ochotę zabierać głos. Zniechęca mnie twoje zarozumialstwo, które jest i śmieszne, i straszne. Co do genetyki populacyjnej ze szczególnym uwzględnieniem dryfu losowego, kompletnie brak ci podstaw. Nie żartuję: naprawdę nie wiesz, czym jest dryf, dlaczego zachodzi i w jakich okolicznościach może dominować nad doborem (nie wspominając o stronie matematycznej). Udowodniłeś to wystarczająco w tym poście, prezentując pomieszanie z poplątaniem, przeklejejąc Bóg wie skąd jakieś przeraźliwe pierdoły o kopcu fasoli, myląc dryf losowy z efektami założyciela i wąskiego gardła itp. W tej sytuacji zarzucanie mi "produkcji andronów" jest klasycznym objawem projekcji. Gdybyś choć zdał sobie sprawę z własnej ignorancji, byłbyś na dobrej drodze, żeby ją zredukować, doczytawszy sobie to i owo.

Twoje kolejne fantazje +dzięki za wyjaśnienia

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> Biosławku
> 1) Żeby nie było wątpliwości, na poczatku podaję moje hasło:
> “Człowieka tworzył InteliGENtny ProjEkt”, a więc projekt, w którym
> w całość jest wpisana GEN(etyka) i E(wolucja), w sumie jakby został “osw
> ojony przypadek” - jak pisze ks. M. Heller w tytule swojej książki.

Bełkot:


Definicja zaawansowanego technicznie, inteligentnie zaprojektowanego urządzenia



Zobacz też:

bioslawek.wordpress.com/2012/02/23/prawdziwa-definicja-nieredukowalnej-zlozonosci/
Prawdziwa definicja nieredukowalnej złożoności

bioslawek.wordpress.com/2012/05/23/co-to-jest-nieredukowalna-zlozonosc-pod-wzgledem-funkcji-darwin-zlapany-w-lapke-na-myszy/
O tym co to jest nieredukowalna złożoność pod względem funkcji. Darwin złapany w łapkę na myszy.

bioslawek.wordpress.com/2012/05/24/o-mozliwosci-ewolucji-ukladow-nieredukowanie-zlozonych-jaka-funkcja-byla-pierwsza-czyli-o-blednokolowej-argumentacji-zwolennikow-neodarwinizmu/
O możliwości ewolucji układów nieredukowanie złożonych. Jaka funkcja była pierwsza, czyli o błędnokołowej argumentacji zwolenników neodarwinizmu



bioslawek.wordpress.com/2012/01/13/o-definiowaniu-i-metodach-wykrywania-inteligetnego-projektu-w-przyrodzie/
O definiowaniu i metodach wykrywania inteligetnego projektu w przyrodzie

Poczytaj i dowiedz się czegoś na temat teorii inteligentnego projektu.
> 2) Napisałem, że ewolucja człowieka dokonała się wbrew zasadzie doboru naturaln
> ego.

Zapomniałeś dodać "przypuszczalnie"-taka to twoja naukowość. Poza tym, z założenia, w brew zasadzie doboru naturalnego żadna ewolucja nie może się odbyć.


>Miałem na myśli tylko kolejność i przyczynę zdarzeń. Nie zanik lasu i koni
> eczność wyjścia na sawannę, jak piszą rasowi ewolucjoniści, postawił człowieka
> na dwie nogi, tylko uaktywniony rozum. Mniejsza o szczegóły.

Nie dostałeś linka tylko do artykułu o sawannie bioslawek.wordpress.com/2012/10/06/czy-mogla-istniec-przejsciowa-lokomocja-miedzy-sposobami-poruszania-sie-malp-czlekoksztaltnych-i-ludzi/ . No cóż już dawno zauwazyłem, że wyszkoliłeś się w niedostrzeganiu niewygodnych dla ciebie informacji. Popełniasz błąd logiczny, ponieważ pomijasz informacje, które podkopują twoją argumentację. "Mniejsza o szczegóły"? Tutaj nie chodzi o szczegóły, tylko o rozległe obszary niewiedzy, przepaście niemożliwe do zasywpania waszymi bajeczkami. No ale już od dawna wiadomo, że wyćwiczyliście się w bajkowej wyobraźżni.

>
> 3) Piszesz, że tempo mutacji okazało się trzy razy wolniejsze, więc ono teraz d
> aje “ogromne konsekwencje dla teorii ewolucji”.
> Otóż to trzykrotnie spowolnienie to - używając Twojego nienaukowego, emocjonaln
> edgo języka, którym lubisz się posługiwać...

VICE VERSA

> ”bzdura” “bajeczka
> ”, “gadanina”, “fantazja” (może nie Twoja, tylko
> gazeciarska).

Być może. Dlatego prosiłem cię abyś się do tego odniósł jako fachowiec. Dzięki za wyjaśnienia.

[elkate-2]

To może zainteresować.
Dr T.Krahn, który był kierownikiem laboratorium FTDNA w Houston i wykonywał testowanie procedurą WTY dla genetycznego rodu A00, dostał teraz awans: jest głównym szefem naukowym firmy. W jakby uzasadnieniu napisano m.in.:

“He has discovered an uncountable number of new haplogroups. Among them is the oldest contemporary human A00 haplogroup that revolutionized the complete Y-tree topology and extended into the past the understanding of modern humans by more than 50,000 years. He is the inventor of the Walk Through the Y project” .
Czyli: ‘Odkrył niezliczoną liczbę nowych haplogroup. Wśród nich jest haplogrupa A00 najstarszego rodu współczesnego człowieka, co zrewolucjonizowało całe drzewo topologii Y-DNA i przesunęło dzieje współczesnych ludzi o ponad 50,000 lat w przeszłość. Jest on twórcą projektu ‘Spacer po chromosomie Y’ (WTY)”.

Ciekawe jest to, że podano wzrost czasu współczesnego człowieka (po testowaniu A00) o ponad 50,000 lat, a nie jak główny autor pracy, Mendez – o 136,000 lat) w stosunku do poprzednich badań (A0 – około 202,000 lat).
Czyli wszyscy oni już jakby zaakceptoweali moją poprawkę datowania z 338,000 na około 280,000 lat.

[dum10]

elkate-2 napisał:

> Ciekawe jest to, że podano wzrost czasu współczesnego człowieka (po testowaniu
> A00) o ponad 50,000 lat, a nie jak główny autor pracy, Mendez – o 136,000
> lat) w stosunku do poprzednich badań (A0 – około 202,000 lat).
> Czyli wszyscy oni już jakby zaakceptoweali moją poprawkę datowania z 338,000 na
> około 280,000 lat.

Jak sie nazywal czlowiek ktory zyl przed wspolczesnym i jakie ta poprawka ma znaczenie?

[elkate-2]

dum10 napisał:

> elkate-2 napisał:
>
> > Ciekawe jest to, że podano wzrost czasu współczesnego człowieka (po testo
> waniu
> > A00) o ponad 50,000 lat, a nie jak główny autor pracy, Mendez – o 1
> 36,000
> > lat) w stosunku do poprzednich badań (A0 – około 202,000 lat).
> > Czyli wszyscy oni już jakby zaakceptoweali moją poprawkę datowania z 338,
> 000 na
> > około 280,000 lat.
>
> Jak sie nazywal czlowiek ktory zyl przed wspolczesnym i jakie ta poprawka ma zn
> aczenie?

Poprawka ma znaczenie dla prawdy obiektywnej.
Nadto ma to znaczenie, by współcześnie żyjących ludzi nie odpisywać od naszej wspólnoty, a dopisywać do grup już wymarłych lub - co gorsze - do w obiegowym mniemaniu "niedorozwiniętych".
Dla rodu A00 może mieć to ogromne znaczenie, jak być i nie być!

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Poprawka ma znaczenie dla prawdy obiektywnej.
> Nadto ma to znaczenie, by współcześnie żyjących ludzi nie odpisywać od naszej w
> spólnoty, a dopisywać do grup już wymarłych lub - co gorsze - do w obiegowym mn
> iemaniu "niedorozwiniętych".
> Dla rodu A00 może mieć to ogromne znaczenie, jak być i nie być!

Z punktu widzenia "klasyfikowania" żyjących ludzi poprawka nie ma znaczenia, bo drzewo rodowe haplogrup nie musi się pokrywać z drzewem rodowym gatunków. Jak pisałem wyżej, neutralny polimorfizm mógł się z powodzeniem utrzymywać w jednej linii rodowej od czasów "przedludzkich" (a zresztą ostrej granicy między Homo sapiens a jego bezpośrednim przodkiem i gatunkami siostrzanymi i tak nie było).

[elkate-2]

petrucchio napisał:

> Z punktu widzenia "klasyfikowania" żyjących ludzi poprawka nie ma znaczenia, bo
> drzewo rodowe haplogrup nie musi się pokrywać z drzewem rodowym gatunków. Jak
> pisałem wyżej, neutralny polimorfizm mógł się z powodzeniem utrzymywać w jednej
> linii rodowej od czasów "przedludzkich" (a zresztą ostrej granicy między Ho
> mo sapiens a jego bezpośrednim przodkiem i gatunkami siostrzanymi i tak nie
> było).

Mutacje Y-DNA nie wpływaja na cechy rasowe czy gatunkowe człowieka, to wiadomo. Ale ona towarzyszą mutacjom autosomalnym, które takie rzeczywistości tworzą. Jeszcze dziś bardzo wiele populacji jest rozpoznawalnych po mutacji Y-DNA.
Nadto datowanie mutacji Y-DNA może pokrywać się z datowaniem gatunków.
Tak własnie niekórzy ewolucjoniści (łącznie z Hammerem) potraktowali datowanie rodu A00.
Nawet jeden z takich (D.V.), który na podstawie datowania wywnioskował, że A00 może być owocem jakiegos mezaliansu neandertalczyka lub innego archaika z kobietą współczesną,
napisał na forum RootsWeb, że nie chciałby być w skórze tych ludzi (A00), gdy dziennikarze ich wywęszą i zrobią z nich sensację.
Dlatego zareagowałem na to odpowiednio ostro, nie widząc zresztą naukowego uzasadnienia w takim stawianiu sprawy!

[elkate-2]

petrucchio napisał:
> Jak
> pisałem wyżej, neutralny polimorfizm mógł się z powodzeniem utrzymywać w jednej
> linii rodowej od czasów "przedludzkich"
>
Nie, taki polimorfizm, jeżeli należałby do Y-DNA, nie może się utrzymywać w jednej linii rodowej od czasów przedludzkich (czyli sprzed Y-Adama), bo zostałby przekazany wszystkim mężczyznom, jak np mutacja A-L74, i zresztą byłby nierozpoznawalny jako polimorfizm.

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Nie, taki polimorfizm, jeżeli należałby do Y-DNA, nie może się utrzymywać w jed
> nej linii rodowej od czasów przedludzkich (czyli sprzed Y-Adama), bo zostałby p
> rzekazany wszystkim mężczyznom, jak np mutacja A-L74, i zresztą byłby nierozpoz
> nawalny jako polimorfizm.

"Y-Adam" to czysto umowny punkt w historii chromosomu Y, a nie początek gatunku ludzkiego. Ponieważ haplogrupy Y tworzą eleganckie drzewo rodowe, ich genealogie muszą się zbiegać (ulegać koalescencji) gdzieś w przeszłości. Gdyby (odpukać) wymarli wszyscy żyjący przedstawiciele haplogrupy A00, "Y-Adam" nagle stałby się całkiem inną osobą, późniejszą o kilkadziesiąt tysięcy lat

[elkate-2]

petrucchio napisał:
> Bezpośrednio od Y-Adama wywodzą się dwie główne "braterskie" haplogrupy: A00 i
> A0-T. Nie ma żadnego powodu, dla którego obie nie miałyby istnieć już w populac
> ji "przedludzkiej".

Nie, nie, nie!
www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/images/adam_root2012.jpg
Jeśli popatrzysz na to drzewo, na szczytowe haplogrupy A00 i A0T, to powyżej nich jest już tylko JEDEN wspólny przodek, MRCA (Most Recent Common Ancestor), tak pod względem Y-DNA jak i w innych chromosomach.
Wszystkie jego mutacje przechodzą na CAŁE potomstwo,
czyli na potomstwo obydwu synów Y-Adama: A00 i A0T.

[elkate-2]

Może teraz obraz da sie otworzyć::
www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/images/adam_root2012.jpg

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Nie, nie, nie!
> www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/images/adam_root2012.jpg
> Jeśli popatrzysz na to drzewo, na szczytowe haplogrupy A00 i A0T, to powyżej ni
> ch jest już tylko JEDEN wspólny przodek, MRCA (Most Recent Common Ancestor), ta
> k pod względem Y-DNA jak i w innych chromosomach.
> Wszystkie jego mutacje przechodzą na CAŁE potomstwo,
> czyli na potomstwo obydwu synów Y-Adama: A00 i A0T.

Chyba mylisz Y-Adama z biblijnym Adamem. Y-Adam jest tylko i wyłącznie MRCA w linii męskiej wszystkich współcześnie żyjących mężczyzn (czyli wyłącznie przodkiem ich Y-DNA). Jego DNA autosomalne i należące do chromosomu X uległo wielokrotnemu przetasowaniu u bliższych i dalszych potomków: przecież Y jest jedynym chromosomem dziedziczonym w całości "po mieczu". Jednocześnie z Y-Adamem żyły tysiące innych mężczyzn, którzy niczym szczególnym się od niego nie różnili. Wielu z nich mogło przekazać nam fragmenty swoich genomów, tyle że nie wyłącznie w linii męskiej i nie w formie kompletnego chromosomu Y.

[elkate-2]

petrucchio napisał:
> Chyba mylisz Y-Adama z biblijnym Adamem. Y-Adam jest tylko i wyłącznie MRCA
> w linii męskiej wszystkich współcześnie żyjących mężczyzn (czyli wyłącznie
> przodkiem ich Y-DNA). Jego DNA autosomalne i należące do chromosomu X uległo wi
> elokrotnemu przetasowaniu u bliższych i dalszych potomków: przecież Y jest jedy
> nym chromosomem dziedziczonym w całości "po mieczu". Jednocześnie z Y-Adamem ży
> ły tysiące innych mężczyzn, którzy niczym szczególnym się od niego nie różnili.
> Wielu z nich mogło przekazać nam fragmenty swoich genomów, tyle że nie wyłączn
> ie w linii męskiej i nie w formie kompletnego chromosomu Y.
>
Genami biblijnego Adama nigdy się nie zajmujemy (i nie muszą się one różnić od genów Y-Adama).
Bezpośredni synowie Y-Adama otrzymują tylko jego Y-DNA, natomiast autosomalne DNA są juz w części od matki.
Inni panowie, jacyś rówieśnicy Y-Adama, gdyby chcieli wcisnąć już dalszemu(!) potomstwu Y-Adama swoje DNA tylko autosamalne(!) , muszą to czynić za pośrednictwem kobiet-matek, mając z nimi tylko córki.
Bowiem jeśliby to był synowie, wtedy przekazaliby swoje Y-DNA. Lecz konsekwentnie Y-Adamem stałby sie ktoś z wyższej półki i wtedy tej domieszki by też nie było w charakterze domieszki, tylko w charakterze spadku ojcowskiego!
Ot, takie to są meandry genealogii.

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Genami biblijnego Adama nigdy się nie zajmujemy (i nie muszą się one różnić od
> genów Y-Adama).
> Bezpośredni synowie Y-Adama otrzymują tylko jego Y-DNA, natomiast autosomalne D
> NA są juz w części od matki.
> Inni panowie, jacyś rówieśnicy Y-Adama, gdyby chcieli wcisnąć już dalszemu(!) p
> otomstwu Y-Adama swoje DNA tylko autosamalne(!) , muszą to czynić za pośrednict
> wem kobiet-matek, mając z nimi tylko córki.

Dlaczego? Każdy mężczyzna ma prawo przekazać córce chromosom X, synowi Y, a niezależnie od płci dziecka

Skaczące fragmenty z Y na Y:)

[bioslawek]

petrucchio napisał:

> elkate-2 napisał:
>
> > Genami biblijnego Adama nigdy się nie zajmujemy (i nie muszą się one różn
> ić od
> > genów Y-Adama).
> > Bezpośredni synowie Y-Adama otrzymują tylko jego Y-DNA, natomiast autosom
> alne D
> > NA są juz w części od matki.
> > Inni panowie, jacyś rówieśnicy Y-Adama, gdyby chcieli wcisnąć już dalszem
> u(!) p
> > otomstwu Y-Adama swoje DNA tylko autosamalne(!) , muszą to czynić za pośr
> ednict
> > wem kobiet-matek, mając z nimi tylko córki.
>
> Dlaczego? Każdy mężczyzna ma prawo przekazać córce chromosom X, synowi Y, a nie
> zależnie od płci dziecka

[elkate-2]

petrucchio napisał:
> Ależ mogli przekazać swoje Y-DNA dowolnej liczbie synów, wnuków, prawnuków itd.
> Tyle tylko, że żaden ciąg ich wyłącznie męskich potomków nie sięga współczesno
> ści (zob. powyżej).
>
Otóż właśnie w tym mój problem (ale czy faktycznie mój?), że genetyk populacyjna z taką predylekcją zajmuje się domieszkami, podaje nieprzeliczalną ilośc krzyżowań, nawet od denisowca i neandertalczyka, ale bez ich mtDNA i Y-DNA !!!
U mnie też znaleziono 2,9 procent domieszki od neandertalczyka oraz 2,6 procent od denisowca. I podobnie mają chyba wszyscy uczestnicy projektu Geno-2.
Natomiast co to jest, że te dwa podstawowe elementy genealogii, dziedziczenie w linii prostej z ojca na syna i z matki na córki, gdzieś po drodze zostają eksterminowane?
Wszystko inne, jako te "domieszki", od tych "nieprawych" przodków do najdalszego potomstwa dochodzi, a ich Y-DNA i mtDNA gdzieś po drodze jakiś szlag trafia!

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> petrucchio napisał:
> > Ależ mogli przekazać swoje Y-DNA dowolnej liczbie synów, wnuków, prawnukó
> w itd.
> > Tyle tylko, że żaden ciąg ich wyłącznie męskich potomków nie sięga współ
> czesno
> > ści (zob. powyżej).
> >
> Otóż właśnie w tym mój problem (ale czy faktycznie mój?), że genetyk populacyjn
> a z taką predylekcją zajmuje się domieszkami, podaje nieprzeliczalną ilośc krzy
> żowań, nawet od denisowca i neandertalczyka, ale bez ich mtDNA i Y-DNA !!!
> U mnie też znaleziono 2,9 procent domieszki od neandertalczyka oraz 2,6 procent
> od denisowca. I podobnie mają chyba wszyscy uczestnicy projektu Geno-2.
> Natomiast co to jest, że te dwa podstawowe elementy genealogii, dziedziczenie w
> linii prostej z ojca na syna i z matki na córki, gdzieś po drodze zostają ekst
> erminowane?
> Wszystko inne, jako te "domieszki", od tych "nieprawych" przodków do najdalszeg
> o potomstwa dochodzi, a ich Y-DNA i mtDNA gdzieś po drodze jakiś szlag trafia!

No i tu się właśnie kłania biologia populacyjna. Pula genetyczna populacji nie ma jednego drzewa rodowego, tylko splątaną sieć genealogii poszczególnych fragmentów genomu. Dlatego nie można o niej myśleć jako o czystym drzewie rodowym po mieczu lub kądzieli "zanieczyszczonym" domieszkami po innych liniach. Wśród twoich 32 praprapradziadków tylko jeden praprapradziadek był źródłem twojedo Y-DNA, jedna prapraprababcia dostarczyła mt-DNA, a reszta genomu pochodzi po trosze od każdego z 32. Te fragmenty genomu, które rekombinują, mają większą szansę na przetrwanie w populacji. Te, które nie rekombinują, tylko dziedziczone są hurtowo z całym chromosomem (Y lub mt) na zasadzie "tak albo nie", łatwiej wymiatane są przez dryf lub dobór naturalny. Gdybyśmy mieli choć jedną współczesną linię Y pochodzącą od neandertalczyków, automatycznie Y-Adam musiałby być co najmniej wspónym przodkiem obu gatunków. Ale prawdopodobieństwo istnienia takiej linii jest astronomicznie małe.

[elkate-2]

petrucchio napisał:
> No i tu się właśnie kłania biologia populacyjna. Pula genetyczna populacji nie
> ma jednego drzewa rodowego, tylko splątaną sieć genealogii poszczególnych fragm
> entów genomu. Dlatego nie można o niej myśleć jako o czystym drzewie rodowym po
> mieczu lub kądzieli ....
>
Ależ tak, obliczałem kiedyś, że mam co najmniej 88.000 przodków, a byłoby ich miliardy, gdyby nie to, że ci sami przodkowie bywają wielokrotnie ze sobą spokrewnieni.
W końcu jednak, cofając się w przeszłość dochodzimy do Y-Adama i mtEwy.

Ludzi interesuje nie cała masa owych nieznanych przodków. Pytamy bardziej o tego pierwszego jedynego wspólnego ojca i tej pierwszej, jedynej wspólnej matce.
I dochodzimy do nich.
A te "domieszki", które głównie dostarczają pensji genetykom populacyjnym, datowane zwłaszcza na czasy nowsze (30-50 tysięcy lat), pozbawione ojcowskiego Y-DNA i matczynego mtDna, śmieszą mnie.

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> A te "domieszki", które głównie dostarczają pensji genetykom populacyjnym, dato
> wane zwłaszcza na czasy nowsze (30-50 tysięcy lat), pozbawione ojcowskiego Y-DN
> A i matczynego mtDna, śmieszą mnie.

A niepotrzebnie. Lepiej byłoby to zrozunieć, niż śmiać się z czegoś, czego nie rozumie się do końca. Postaram się to przystępnie wyjaśnić (ale trochę później).

[elkate-2]

petrucchio napisał:
> elkate-2 napisał:
>
> > A te "domieszki", które głównie dostarczają pensji genetykom populacyjnym
> , dato
> > wane zwłaszcza na czasy nowsze (30-50 tysięcy lat), pozbawione ojcowskieg
> o Y-DN
> > A i matczynego mtDna, śmieszą mnie.
>
> A niepotrzebnie. Lepiej byłoby to zrozunieć, niż śmiać się z czegoś, czego nie
> rozumie się do końca. Postaram się to przystępnie wyjaśnić (ale trochę później)
> .
Pewnie juz to wyjaśnienie opublikowane niżej, ale nadal się śmieje...

[elkate-2]

petrucchio napisał:
> Ależ mogli przekazać swoje Y-DNA dowolnej liczbie synów, wnuków, prawnuków itd.
> Tyle tylko, że żaden ciąg ich wyłącznie męskich potomków nie sięga współczesno
> ści (zob. powyżej).
>
I jak to rozumieć "wyłącznie" męskich przodków? Wystarczy jeden między córkami, byleby i ten miał też przynajmniej jednego męskiego syna.
Dlaczego w rodzie jednego Y-Adama synowie sie rozmnożyli aż do 7/2 miliardów, i podobnie córki mtEwy, a ci inni panowie i panie spoza rodu Y-Adama i mtEwy, których miałoby byc około 10 tysięcy, mogli przekazać tylko autosomy niczym kukułcze jaja w genomach potomstwa A i E, nie dawszy nam, współczesnym, żadnego swojego syna lub córki z własnego rodowego gniazda?

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> I jak to rozumieć "wyłącznie" męskich przodków? Wystarczy jeden między córkami,
> byleby i ten miał też przynajmniej jednego męskiego syna.

Nie, jeśli ty masz córkę, a ona ma syna, ów wnuk nie ma przecież twojego Y, tylko Y swojego drugiego dziadka, teścia twojej córki. Jeśli masz wyłącznie córki, twój Y ginie bezpowrotnie, choćby każda z nich miała wyłącznie synów, a ci z kolei także wyłącznie synów. Natomiast córka ma 50% twojego DNA autosomalnego (+ cały chromosom X), a twój wnuk ma około 50% tego, co zainwestowałeś w córkę. Ok. 25% twojego genomu, tyle że bez Y.

[elkate-2]

petrucchio napisał:
> Nie, jeśli ty masz córkę, a ona ma syna, ów wnuk nie ma przecież twojego Y, tyl
> ko Y swojego drugiego dziadka, teścia twojej córki. Jeśli masz wyłącznie córki,
> twój Y ginie bezpowrotnie, choćby każda z nich miała wyłącznie synów, a ci z k
> olei także wyłącznie synów.
>
Wracajmy do Y-Adama.
Jeżeli jakiś potomek Adama, np. Adam5, nie będzie miał synów, to jego córki wyjdą za jakichś potomków Adama4, Adama3, Adama2 lub Adama1... Jesteśmy więc nadal w rodzie Adama, choć w innych gałęziach tego rodu. I nie będzie tu "domieszki".
A jeżeli wyjdą za potomków Neandertalczyków, to wtedy w rodzie "ludzkim, H.s.s." pojawi się neandertalska gałaźY-DNA. I wyjdzie szydło z worka!
Tymczasem wśród ludzi-"domieszańców", od Pirenejów do Nowej Zeklandii, nie ma takich gałęzi Y-DNA neandertalskich lub denisowskich.
Więc co tu jest grane?

Petrucchio i wieloadamowość

[bioslawek]

elkate-2 napisał:


> > Nie, jeśli ty masz córkę, a ona ma syna, ów wnuk nie ma przecież twojego
> Y, tyl
> > ko Y swojego drugiego dziadka, teścia twojej córki. Jeśli masz wyłącznie
> córki,
> > twój Y ginie bezpowrotnie, choćby każda z nich miała wyłącznie synów, a
> ci z k
> > olei także wyłącznie synów.
> >
> Wracajmy do Y-Adama.
> Jeżeli jakiś potomek Adama, np. Adam5, nie będzie miał synów, to jego córki wyj
> dą za jakichś potomków Adama4, Adama3, Adama2 lub Adama1... Jesteśmy więc nadal
> w rodzie Adama, choć w innych gałęziach tego rodu. I nie będzie tu "domieszki"

"Niegłupi chłop" chyba myśli, że wszyscy mężczyźni pochodzą od wielu Adamów:)

> A jeżeli wyjdą za potomków Neandertalczyków, to wtedy w rodzie "ludzkim, H.s.s.
> " pojawi się neandertalska gałaźY-DNA. I wyjdzie szydło z worka!
> Tymczasem wśród ludzi-"domieszańców", od Pirenejów do Nowej Zeklandii, nie ma t
> akich gałęzi Y-DNA neandertalskich lub denisowskich.
> Więc co tu jest grane?

Petrucchio chyba ma rację. Oni pochodzą od innych Adamów-Y:)

Prawda jest taka, że mutacje u wspólnego Adama-Y ludzi współczesnych pojawiły się już po rozejściu się od wspólnego Adama-Y przodków ludzi współczesnych i neandertali. Te mutacje muszą mieć jakiś biologiczny sens i tyle.

[elkate-2]

bioslawek napisał:
> Prawda jest taka, że mutacje u wspólnego Adama-Y ludzi współczesnych pojawiły s
> ię już po rozejściu się od wspólnego Adama-Y przodków ludzi współczesnych i nea
> ndertali. Te mutacje muszą mieć jakiś biologiczny sens i tyle.
>
Można sformułować to inaczej:
Y-Adam przejął mutacje Y-DNA (czyli SNP) wszystkich swoich przodków
(zapewne od początku życia na ziemi),
a mutacje, które w nim się dokonały
i które przekazl swoim "synom" A00 i A0T,
odłączyły go i jego potomstwo od innych krewnych (w linii bocznej).

Krzyżowaliśmy się nie tylko z neandertalczykami

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> > Prawda jest taka, że mutacje u wspólnego Adama-Y ludzi współczesnych poja
> wiły s
> > ię już po rozejściu się od wspólnego Adama-Y przodków ludzi współczesnych
> i nea
> > ndertali. Te mutacje muszą mieć jakiś biologiczny sens i tyle.
> >
> Można sformułować to inaczej:
> Y-Adam przejął mutacje Y-DNA (czyli SNP) wszystkich swoich przodków
> (zapewne od początku życia na ziemi),
> a mutacje, które w nim się dokonały
> i które przekazl swoim "synom" A00 i A0T,
> odłączyły go i jego potomstwo od innych krewnych (w linii bocznej).

Można i tak, wszystko zależy od światopoglądu. Na czym twoim zdaniem miało polegać to odłączenie od innych krewnych? Na powstaniu nowych mutacji u tych ludzi, którzy dali bezpośrednio początek ludziom współczesnym? Bo przecież jest faktem bezspornym, że ludzie bezpośredni przodkowie ludzi współczesnych na niemal całym świecie krzyżowali się z neandertalczykami, co pozostawiło ślad w naszych genach. A nawet, jak wynika z pewnych analiz, przodkowie bezpośredni współczesnych populacji afrykańskich krzyżowali się płodnie z przedstawicielami tzw. ludzi archaicznych (takich, jak H. ergaster):

www.wprost.pl/ar/260712/Czlowiek-wspolczesny-krzyzowal-sie-ze-swymi-archaicznymi-kuzynami/
Człowiek współczesny krzyżował się ze swymi archaicznymi kuzynami
Człowiek anatomicznie współczesny krzyżował się w Afryce z bardziej archaicznymi przedstawicielami człowiekowatych – napisali naukowcy na łamach tygodnika „Proceedings of the National Academy of Sciences”.

[elkate-2]

bioslawek napisał:

> elkate-2 napisał:
> > Y-Adam przejął mutacje Y-DNA (czyli SNP) wszystkich swoich przodków
> > (zapewne od początku życia na ziemi),
> > a mutacje, które w nim się dokonały
> > i które przekazl swoim "synom" A00 i A0T,
> > odłączyły go i jego potomstwo od innych krewnych (w linii bocznej).
>
> Można i tak, wszystko zależy od światopoglądu.
>
Raczej od wyników w laboratorium
>
> Na czym twoim zdaniem miało pole
> gać to odłączenie od innych krewnych? Na powstaniu nowych mutacji u tych ludzi,
> którzy dali bezpośrednio początek ludziom współczesnym?
>
Każda mutacja dokonuje sie w odrębnej jednostce i daje początek nowej linii rodowej.
Tak samo i mutacje Y-DNA.
Dopiero po dlugim rozwoju ten nowej linii zauważa się wyraźne fizyczne róznice, co antropologom sugeruje istnienie i utrwalenie sie jakiejś nowej grupy, w rezultacie czego nadają jej odrębną nazwę.
Różnice są płynne. Jeśli będa tak duże, że krzyżowanie będzie prawie niemożliwe, mówi się o odrębnym gatunku. To sprawa umowna.
>
> Bo przecież jest fakte
> m bezspornym, że ludzie bezpośredni przodkowie ludzi współczesnych na niemal ca
> łym świecie krzyżowali się z neandertalczykami, co pozostawiło ślad w naszych g
> enach. A nawet, jak wynika z pewnych analiz, przodkowie bezpośredni współczesny
> ch populacji afrykańskich krzyżowali się płodnie z przedstawicielami tzw. ludzi
> archaicznych (takich, jak H. ergaster):
>
Nie wiem, jak dochodziło do tego krzyzowania, skoro nie zakodowały sie ani ojcowskie Y-DNA ani matczyne mtDNA neandertalczyka - uściślijmy:
nie neandertalczyka, lecz wspólnego przodka pewnego proto-neandertalczyka i proto-Homo s.s.
>

Stronnicze interpretacje pod ideologię

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> > > (zapewne od początku życia na ziemi),
> > > a mutacje, które w nim się dokonały
> > > i które przekazl swoim "synom" A00 i A0T,
> > > odłączyły go i jego potomstwo od innych krewnych (w linii bocznej).
> >
> > Można i tak, wszystko zależy od światopoglądu.
> >
> Raczej od wyników w laboratorium

Jakie wyniki w laboratorium potwierdzają, że człowiek i trylobit mieli wspólnego przodka? Nie ma nawet dowodów na to, co ci już tutaj uzasadniałem, że człowiek i szympans mieli wspólnego przodka.

> > Na czym twoim zdaniem miało pole
> > gać to odłączenie od innych krewnych? Na powstaniu nowych mutacji u tych
> ludzi,
> > którzy dali bezpośrednio początek ludziom współczesnym?
> >
> Każda mutacja dokonuje sie w odrębnej jednostce i daje początek nowej linii rod
> owej.
> Tak samo i mutacje Y-DNA.
> Dopiero po dlugim rozwoju ten nowej linii zauważa się wyraźne fizyczne róznice,
> co antropologom sugeruje istnienie i utrwalenie sie jakiejś nowej grupy, w rez
> ultacie czego nadają jej odrębną nazwę.

Pisz "pewnej grupie antropologów", bo zdania na ten temat są podzielone. Nowoczesny typ anatomiczny, to tylko jeden z możliwych w szerokiej gamie możliwości w obrębie gatunku H. sapiens. Wnioski oparte na chromosomie Y pokazują nam tylko, że wszyscy ludzie o współczesnej anatomii pochodzą od wspólnego przodka tak, jak inne badania, że wszyscy klasyczni aborygeni pochodzą od wspólnego przodka. Wyniki tych badań nie pozwalają nam wnioskować,że ludzie o współczesnej anatomii stanowią inny gatunek niż np. neandertalczycy czy H. Ergaster. Po prostu nastąpiło wyselekcjonowanie pewnych genów z pierwotnej puli, które determinowały taki fenotyp. Przyczyny mogły być różne. Np. dryf genetyczny, czy w wyniku efektu założyciela. Istnieje na świecie wiele gatunków polimorficznych, których struktura genetyczna umożliwia wielkie zróżnicowanie w obrębie gatunku. Żeby daleko nie szukać to choćby psy czy koty. Jakbyś nie znal rasy buldoga czy ratlerka i wykopał byś ich kości, to z pewnością zaliczyłbyś ich do innego gatunku niż psy. Oczywiście swój udział mogła tutaj mieć zmienność w ramach normy reakcji na środowisko.

> Różnice są płynne. Jeśli będa tak duże, że krzyżowanie będzie prawie niemożliwe
> , mówi się o odrębnym gatunku. To sprawa umowna.

Zgadza się umowna, co ci już wiele razy w tej dyskusji tłumaczyłem. Ale ty nie słuchasz. Ty nastawiasz się jedynie na głoszenie swojej prawdy, redukując wszystko i sprowadzając do jednego aspektu:
Skrzywienie zawodowe:

bioslawek.wordpress.com/2012/05/17/czy-specjacja-jest-mechanizmem-powstawania-nowych-gatunkow/
Czy specjacja jest mechanizmem powstawania nowych gatunków?



> > Bo przecież jest fakte
> > m bezspornym, że ludzie bezpośredni przodkowie ludzi współczesnych na nie
> mal ca
> > łym świecie krzyżowali się z neandertalczykami, co pozostawiło ślad w nas
> zych g
> > enach. A nawet, jak wynika z pewnych analiz, przodkowie bezpośredni współ
> czesny
> > ch populacji afrykańskich krzyżowali się płodnie z przedstawicielami tzw.
> ludzi
> > archaicznych (takich, jak H. ergaster):
> >
> Nie wiem, jak dochodziło do tego krzyzowania, skoro nie zakodowały sie ani ojco
> wskie Y-DNA ani matczyne mtDNA neandertalczyka - uściślijmy:
> nie neandertalczyka, lecz wspólnego przodka pewnego proto-neandertalczyka i pro
> to-Homo s.s.

Znaleziono szczękę współcześnie anatomiczną z neandertalskimi mitochondriami,a dla ciebie to nie jest dowód. Mam rozumieć, że wątpisz w możliwość takich krzyżówek? A co z tym neandertalskim DNA w naszych genomach? Skąd ono się tam wzięło? A wszystko to świadczy o tym ,że mało wiemy o genetyce i zmienności w ramach normy reakcji na środowisko. Dopóki będziesz wszystko redukował do wyjaśnień na kanwie neodarwinizmu zawsze będziesz miał problemy, bo to idea martwa i sfalsyfikowana.

[elkate-2]

petrucchio napisał:
> Nie, jeśli ty masz córkę, a ona ma syna, ów wnuk nie ma przecież twojego Y, tyl
> ko Y swojego drugiego dziadka, teścia twojej córki. Jeśli masz wyłącznie córki,
> twój Y ginie bezpowrotnie, choćby każda z nich miała wyłącznie synów, a ci z k
> olei także wyłącznie synów. Natomiast córka ma 50% twojego DNA autosomalnego (+
> cały chromosom X), a twój wnuk ma około 50% tego, co zainwestowałeś w córkę. O
> k. 25% twojego genomu, tyle że bez Y.
>
Chcesz mi udowodnić, że męski dawca domieszki może nie zostawić po sobie swojego Y-DNA, jeżeli nie ma synów, a żeńska dawczyni - swojego mtDNA, jeżeli nie ma córek.
Tak, więc liczysz na specyfoczne zbiegi okoliczności.
Więc zapytuję, to ile musialoby być tych zbiegów okoliczności, jeżeli populacyjni widzą pełno tych neandertalskich i denisowskich domieszek od Pirenejów po Daleki Wschód?
Ani jednego sladu ojcostwa i macierzyństwa, a tylko ich anonimowe dolmieszki?
W tym właśnie problem!

[petrucchio]

elkate-2 napisał:

> Chcesz mi udowodnić, że męski dawca domieszki może nie zostawić po sobie swojeg
> o Y-DNA, jeżeli nie ma synów, a żeńska dawczyni - swojego mtDNA, jeżeli nie ma
> córek.
> Tak, więc liczysz na specyfoczne zbiegi okoliczności.
> Więc zapytuję, to ile musialoby być tych zbiegów okoliczności, jeżeli populacyj
> ni widzą pełno tych neandertalskich i denisowskich domieszek od Pirenejów po Da
> leki Wschód?
> Ani jednego sladu ojcostwa i macierzyństwa, a tylko ich anonimowe dolmieszki?
> W tym właśnie problem!

Żeby zostawić domieszkę Y-DNA, musiałby zostawić synów, z których co najmniej jeden miał także synów, z których co najmniej jeden... itd. (x 1000 pokoleń, jakie upłynęły od wymarcia neandertalczyków). Podobnie (z zamianą płci) w przypadku mtDNA. Innymi słowy, przetrwanie "domieszkowego" Y-DNA i mt-DNA przez tysiąc pokoleń wymaga dość szczególnego zbiegu okoliczności. Natomiast DNA autosomalne (oraz X-DNA) nie podlega takim ograniczeniom i rozprasza się w populacji dość swobodnie (poza tym oczywiście jest go wielokrotnie więcej: chromosom Y to ok. 0,8% genomu).

żuchwa spolczesna mtDNA neandertalskie

[bioslawek]

elkate-2 napisał:


> Więc zapytuję, to ile musialoby być tych zbiegów okoliczności, jeżeli populacyj
> ni widzą pełno tych neandertalskich i denisowskich domieszek od Pirenejów po Da
> leki Wschód?
> Ani jednego sladu ojcostwa i macierzyństwa, a tylko ich anonimowe dolmieszki?
> W tym właśnie problem!

Nie wiem o ci ci chodzi,ale podobnych znalezisk juz trochę odkryto:

archeowiesci.pl/2013/03/29/dziecko-neandertalki-i-kromanionczyka-subskrypcja/
Żuchwa prehistorycznego człowieka znaleziona we Włoszech ma neandertalskie mtDNA, ale budowę bardzo zbliżoną do ludzi współczesnych. Niewykluczone, że jest potomek neandertalki i jednego z pierwszych europejskich Homo sapiens.

To widziałeś?:

archeowiesci.pl/2013/04/27/dzieje-europy-zapisane-w-mitochondriach-subskrypcja/
Szczegółowe badania genetyczne DNA mitochondrialnego 39 prehistorycznych Europejczyków ujawniły serię dramatycznych zdarzeń w tym dużych migracji.

[elkate-2]

bioslawek napisał:

> elkate-2 napisał:
>
>
> > Więc zapytuję, to ile musialoby być tych zbiegów okoliczności, jeżeli pop
> ulacyj
> > ni widzą pełno tych neandertalskich i denisowskich domieszek od Pirenejów
> po Da
> > leki Wschód?
> > Ani jednego sladu ojcostwa i macierzyństwa, a tylko ich anonimowe dolm
> ieszki?
> > W tym właśnie problem!
>
> Nie wiem o ci ci chodzi,ale podobnych znalezisk juz trochę odkryto:
> archeowiesci.pl/2013/03/29/dziecko-neandertalki-i-kromanionczyka-subskrypcja/

Ależ nie o to chodzi.
Chodzi o to, że w naszych żyjących genomach istnieją domieszki neandertalskie, a nie towarzyszą im domieszki haplogrupy neandertalskiej Y-DNA lub mtDNA.

[bioslawek]

elkate-2 napisał:


> > Nie wiem o ci ci chodzi,ale podobnych znalezisk juz trochę odkryto:
> > archeowiesci.pl/2013/03/29/dziecko-neandertalki-i-kromanionczyka-subskrypcja/
>
> Ależ nie o to chodzi.
> Chodzi o to, że w naszych żyjących genomach istnieją domieszki neandertalskie,
> a nie towarzyszą im domieszki haplogrupy neandertalskiej Y-DNA lub mtDNA.

Aha, a to przepraszam.

[elkate-2]

bioslawek napisał:
> archeowiesci.pl/2013/03/29/dziecko-neandertalki-i-kromanionczyka-subskrypcja/
> Żuchwa prehistorycznego człowieka znaleziona we Włoszech ma neandertalskie m
> tDNA, ale budowę bardzo zbliżoną do ludzi współczesnych. Niewykluczone, że jest
> potomek neandertalki i jednego z pierwszych europejskich Homo sapiens.
>
> To widziałeś?:
> archeowiesci.pl/2013/04/27/dzieje-europy-zapisane-w-mitochondriach-subskrypcja/
> Szczegółowe badania genetyczne DNA mitochondrialnego 39 prehistorycznych Eur
> opejczyków ujawniły serię dramatycznych zdarzeń w tym dużych migracji.

Ta pierwsza publikacja niczego nie mówi. Nie mam abonamentu.
To jest tylko "Niewykluczone". To za mało. Poza tym nie ma potwierdzenia genetycznego.
Jeszcze nie wiemy, kim był kromaniończyk. Czy nie był on oddzielnym potomkiem człowieka rodezyjskiego czyli heiderberskiego, który był także przodkiem neandertalskiego i współczesnego?
Samo podobieństwo elementów kostnych jest tylko podobieństwem.
Tylko mutacje wskazywałyby na jakąś identyfikację.

Natomiast ta druga pozycja jest omówiona na blogu Eurogenes:
eurogenes.blogspot.com.au/2013/04/neolithic-mtdna-h-genomes-bell-beaker.html
W naszym temacie niczego nie dotyczy.

jedność ludzkiego gatunku

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> Ta pierwsza publikacja niczego nie mówi. Nie mam abonamentu.
> To jest tylko "Niewykluczone". To za mało. Poza tym nie ma potwierdzenia genety
> cznego.
> Jeszcze nie wiemy, kim był kromaniończyk. Czy nie był on oddzielnym potomkiem c
> złowieka rodezyjskiego czyli heiderberskiego, który był także przodkiem neander
> talskiego i współczesnego?
> Samo podobieństwo elementów kostnych jest tylko podobieństwem.
> Tylko mutacje wskazywałyby na jakąś identyfikację.

Wiadomo, że chciałoby się więcej. Ale ślad neandertalskiego DNA w naszych genomach i znaleziska szczątków kopalnych o pośredniej anatomii między ludźmi współczesnymi, a neandertalczykami uprawnia do wnioskowania, że ludzie neandertalscy byli ludźmi takimi samymi, jak my i tak samo inteligentnymi, jak my. Ja tam jestem tego zdania, co wielu antropologów:

bioslawek.wordpress.com/2011/08/26/galeria-ilustracji-antropologicznych-jednosc-ludzkiego-gatunku/
“Według Milforda Wolpoffa, w wersji minimalistycznej, w obrębie rodzaju Homo uzasadnione jest wyodrębnienie jedynie dwóch gatunków: australopitekoidalnego Homo habilis i właściwego człowieka – Homo sapiens (w okresie 1,5 mln lat występują one w tym samym czasie i na tych samych terenach). Począwszy od oddzielenia się formy erectus, ewolucja człowieka miała już przebieg jednotorowy i w każdym momencie człowiekowate reprezentował tylko jeden gatunek (H. erectus byłby więc tylko częścią H. sapiens). Inni antropolodzy sugerują wielotorowość ewolucji, i to nie tylko na poziomie Homo habilis (z podziałem na H. habilis i H. rudolfensis) czy Homo erectus (dzieląc go na H. erectus, H. ergaster i H. georgicus), ale również na poziomie Homo sapiens (wyodrębniając H. antecessor, H. heidelbergensis, H. neanderthalensis czy, ostatnio, H. floresiensis). Nie wyjaśniają jednak, co mogło powodować tak częste powstawanie nowych gatunków. Zapewne po części stan ten wynika z niedoceniania zjawiska zmienności wewnątrzgatunkowej, a po części z chęci uzyskania rozgłosu w mediach – znacznie lepiej “sprzedaje się” nowy gatunek niż kolejny osobnik znanego wcześniej gatunku. Zmienność morfologiczna form w linii erectus-sapiens jest duża, ale zmiany te mogły być wyrazem adaptacji w obrębie poszczególnych populacji i nie musiały prowadzić do zerwania ciągłości genetycznej gatunku. Jeśli więc przyjmiemy, że Homo sapiens jest tylko kontynuacją populacji Homo erectus, to powstanie rodzaju ludzkiego było jednocześnie powstaniem gatunku ludzkiego.”

A więc ustalanie na podstawie dostępnych ludzkich szczątków kto od kogo pochodzi jest po prostu śmieszne:

1) To, co znaleźliśmy, to kropla w morzu.

2) Na podstawie odkryć w Dmanisi w Gruzji antropologowie powinni się nauczyć jednego: nawet w obrębie jednej populacji dawnych ludzi zmienność morfologiczna mogła być ogromna.

3) To samo dotyczy populacji uznanych za neandertalskie. A więc wszyscy ludzie archaiczni mogli być odmianami tej samej archaicznej razy. Czy to H. erectus, H. ergaster, czy człowiek rodezyjski, mogły to być "różne wersje neandertalczyka".

Zróżnicowanie morfologiczne w obrębie H. Dmanisi:

donsmaps.com/dmanisi.html
















Jedność ludzkiego gatunku







>
> Natomiast ta druga pozycja jest omówiona na blogu Eurogenes:
> eurogenes.blogspot.com.au/2013/04/neolithic-mtdna-h-genomes-bell-beaker.html
> W naszym temacie niczego nie dotyczy.

Podałem tylko, jako ciekawostkę, całkiem OT.

Zróżnicowanie morfologiczne u "h.erectus"/"H.ergas

[bioslawek]

Homo Dmanisi

Należy tutaj jeszcze dodać H. Florensis, bo najnowsze badania sugerują,ze nalezy tego człowieka zaliczyć do skarłowaciałego przedstawiciela H. erectus:

[elkate-2]

bioslawek napisał:
elkate napisał:
> > Samo podobieństwo elementów kostnych jest tylko podobieństwem.
> > Tylko mutacje wskazywałyby na jakąś identyfikację.
> > A więc ustalanie na podstawie dostępnych ludzkich szczątków kto od kogo pochodz
> > i jest po prostu śmieszne:
>
> 1) To, co znaleźliśmy, to kropla w morzu.
>
> 2) Na podstawie odkryć w Dmanisi w Gruzji antropologowie powinni się nauczyć je
> dnego: nawet w obrębie jednej populacji dawnych ludzi zmienność morfologiczna m
> ogła być ogromna.
>
> 3) To samo dotyczy populacji uznanych za neandertalskie. A więc wszyscy ludzie
> archaiczni mogli być odmianami tej samej archaicznej razy. Czy to H. erectus, H
> . ergaster, czy człowiek rodezyjski, mogły to być "różne wersje neandertalczyk
> a".
>
Z takiej mieszaniny i zcalania w jedno epok historycznych i form kostnych powstaje tylko naukowa... zupa.

Mnożenie bytów ponad miarę

[bioslawek]

elkate-2 napisał:


> > 1) To, co znaleźliśmy, to kropla w morzu.
> >
> > 2) Na podstawie odkryć w Dmanisi w Gruzji antropologowie powinni się nauc
> zyć je
> > dnego: nawet w obrębie jednej populacji dawnych ludzi zmienność morfologi
> czna m
> > ogła być ogromna.
> >
> > 3) To samo dotyczy populacji uznanych za neandertalskie. A więc wszyscy l
> udzie
> > archaiczni mogli być odmianami tej samej archaicznej razy. Czy to H. erec
> tus, H
> > . ergaster, czy człowiek rodezyjski, mogły to być "różne wersje neandert
> alczyk
> > a".
> >
> Z takiej mieszaniny i zcalania w jedno epok historycznych i form kostnych powst
> aje tylko naukowa... zupa.

Nawet jeżeli by się okazało ponad wszelką wątpliwość, że ludzie chodzą po ziemi od 1,9–1,6 mln lat i te znajdowane szczątki kostne rzeczywiście reprezentowałyby różne epoki na przestrzeni tego miliona lat, to i tak nie byłoby podstaw, aby dzielić byty ponad miarę i zaliczać je do różnych gatunków ludzi. Np. skrzypłocze żyją na ziemi kilkadziesiąt milionów lat i wcale się nie zmieniły. To po pierwsze. Po drugie; Według obliczeń naukowców z instytutu Population Reference Bureau na ziemi dotychczas żyło około 107 mld ludzi. Obecnie naszą planetę zamieszkuje 7 mld ludzkich osobników, a więc na każdego obywatela przypada 15 nieżyjących przodków.. Licząc od 50 000 lat wstecz do dzisiaj infra.org.pl/nauka/czowiek/1224-ilu-ludzi-yo-na-ziemi.html . H. ergaster żył rzekomo na ziemi 1,9–1,6 mln lat temu pl.wikipedia.org/wiki/Homo_ergaster . Mam więc pytanie: skoro na przestrzeni 50 000 lat mogło żyć na ziemi 107 miliardów ludzi, to ilu ich mogło żyć na przestrzeni prawie dwóch milionów lat?

Uważasz, że ta garstka znalezisk ludzkich szczątków pozwala na ustawianie ich w szeregu, który pozwala wyprowadzać jedną formę od drugiej i ustalanie sobie, która z tych form należała do ludzkiego gatunku, a która nie? Takie zabiegi to dopiero naukowa zupa oparta na chciejstwie i ideologii.

Oczywiście jest bzdurą mniemanie, że ludzie chodzą po ziemi od 1,9–1,6 mln lat

Homo ergaster był takim samym człowiekiem ja i my, więc dlaczego ziemia od tamtej pory nie została przeludniona?

pl.wikipedia.org/wiki/Homo_ergaster
Prawdopodobnie H. ergaster lub jego bliski krewniak był gatunkiem, który rozpoczął ekspansję z Afryki.

tech.money.pl/grupy/pl-sci-biologia/antropogeneza--wiedza-w-21-wieku-podsumowanie-dorobku-naukowego--708558.html
nauka.newsweek.pl/inteligentny-jak-homo-erectus,54660,1,1.html

Nasi prehistoryczni przodkowie byli znacznie rozumniejsi, niż do niedawna
sądzono. Potrafili budować tratwy, polowali na grubego zwierza i wytwarzali
biżuterię.

Czas obalić mit o znaczącej wyższości intelektualnej homo sapiens nad
poprzedzającymi go formami ludzkimi. Ostatnie odkrycia paleoantropologów
dowodzą pomysłowości i wyjątkowej inteligencji naszych odległych przodków, od
homo erectus począwszy, na neandertalczyku kończąc. Naukowcy ustalili, że
wiele wynalazków przypisywanych homo sapiens istniało na długo przed jego
pojawieniem się na Ziemi.
Zacznijmy od najnowszego odkrycia. Pod koniec ubiegłego roku grupa pod
kierunkiem prof. Thomasa Strassera z amerykańskiego Providence College
znalazła narzędzia kamienne w wąwoziePreveli na Krecie. Wykonane z lokalnego
kwarcu przedmioty wyglądają tak samo jak narzędzia homo erectus znane z Afryki
i mogą liczyć nawet 700 tysięcy lat. Skoro zaś Kreta od około pięciu milionów
lat jest wyspą, może to oznaczać tylko jedno: homo erectus potrafił przepłynąć
ponad 300 kilometrów, bo tyle dzieli Kretę od wybrzeży Afryki. Naukowcy
przypuszczają, że prawdopodobnie dotarł tam na tratwie. To sensacja, bo do tej
pory zdolność odbywania dalekomorskich podróży przypisywano jedynie
przedstawicielom homo sapiens. Umiejętność ta stanowiła jeden z koronnych
dowodów na intelektualną wyższość naszego gatunku nad starszymi formami człowieka.
Podróż z Afryki na Kretę nawet dziś bywa dużym wyzwaniem dla żeglarzy.
Długotrwałe morskie wyprawy wymagają umiejętności, których do niedawna
odmawiano przedstawicielom gatunku homo erectus: zdolności planowania
przyszłości oraz wiedzy na temat nawigacji. Naukowcy spekulują, że tratwy
używane przez przedstawicieli homo erectus mogły być zrobione z pni drzew
powiązanych trzciną. Ale to tylko przypuszczenia.
Nie wiadomo też, kiedy nasi przodkowie wpadli na pomysł ich budowania. Luis
Gilbert z kalifornijskiego Berkeley Geochronology Center sądzi, że mogło to
być nawet 1,3 miliona lat temu. Z tego okresu pochodzą bowiem najstarsze
kamienne narzędzia znalezione w Hiszpanii. Ich twórcy jakoś musieli się tam
dostać. Według Gilberta droga była tylko jedna – tratwami z Afryki przez
Cieśninę Gibraltarską.

Podobne przedmioty jak w Hiszpanii znaleziono na Krecie. Ich ogromna liczba –
kilka setek – wskazuje na to, że grupa hominidów, która się tam znalazła, była
całkiem spora. Nie dostała się więc na wyspę przez przypadek – migracja
musiała być zorganizowana. To kolejny dowód na pomysłowość naszego dalekiego
przodka. Rozumny był też żyjący około 790 tys. lat temu homo heidelbergensis
(będący formą pośrednią między homo erectus a neandertalczykiem). Dowodzą tego
badania prowadzone w dolinie Hula na terenie dzisiejszego Izraela przez
uczonych z Uniwersytetu Hebrajskiego w Jerozolimie.
Homo heidelbergensis nie tylko wytwarzał wiele rodzajów narzędzi, lecz także
umiał organizować sobie pracę. Dzielił obozowisko na obszary związane z
różnymi typami aktywności. Narzędzia z krzemienia wytwarzał w zupełnie innym
miejscu niż narzędzia z bazaltu i wapienia. Według uczonych oznacza to, że
egzystencją tych istot rządziły pewne zasady, być może związane z jakąś
tradycją lub nawet magią, a to dowodzi, że myślenie symboliczne – uważane
dotąd za domenę homo sapiens – nie było im obce.


Przedstawiciele homo heidelbergensis byli także skutecznymi łowcami. W
niemieckiej miejscowości Schöningen archeolodzy znaleźli zrobione przez nich
drewniane oszczepy sprzed 400 tys. lat. To najstarsza broń myśliwska na
świecie. Siedem oszczepów różnej długości – od około 180 do 250 centymetrów –
było idealnie wyważonych. Tuż obok odkopano miotacz, pozwalający co najmniej
dwukrotnie zwiększyć odległość rzutu.
Znaleziskom z drewna towarzyszyły narzędzia kamienne, kości niedźwiedzia,
łasic i około 20 koni, które prawdopodobnie stanowiły ulubione pożywienie
tamtejszych myśliwych. – Pozwala nam to przypuszczać, że oszczepy były używane
do polowania, a nie do odganiania drapieżników od padliny – napisał w „Nature”
Hartmut Thieme, szef ekipy archeologów z Schöningen. To teza rewolucyjna, bo
wcześniej uważano, że homo heidelbergensis był głównie padlinożercą, a nie
myśliwym wyspecjalizowanym w polowaniu na grubego zwierza.O tym, że istoty te
nie bały się mierzyć nawet z bardzo groźnym przeciwnikiem, świadczy licząca
pół miliona lat łopatka nosorożca włochatego znaleziona w angielskim Boxgrove.
Kość nosi ślady poważnego urazu zadanego wyjątkowo ostrą bronią.
Wiele wskazuje na to, że znakomite narzędzia myśliwskie wytwarzali również
neandertalczycy. W 2002 roku w niemieckiej miejscowości Königsaue znaleziono
skamieniał

Azjaci bardziej neandertalscy

[bioslawek]

archeowiesci.pl/2013/02/19/azjaci-sa-bardziej-neandertalscy-subskrypcja/
Kolejne badania genetyczne potwierdzają, że u mieszkańców wschodniej Azji zachowało się więcej neandertalskiego DNA, niż u Europejczyków. Jeszcze parę lat temu osoba stawiająca taką tezę byłaby uznana za opowiadającego głupoty fantastę.

Ludzie "archaiczni" żyli niedawno

[bioslawek]

I żyli współcześnie z człowiekiem anatomicznie współczesnym. Więc ciężko tutaj wyprowadzać jeden "ludzki gatunek" od drugiego.

archeowiesci.pl/2011/09/19/zaskakujaco-prymitywna-czaszka-jak-na-swoj-wiek/


Już kilkadziesiąt lat temu antropolodzy badający czaszkę odkrytą w schronisku skalnym Iwo Eleru zauważyli, że ma ona dość prymitywne cechy, z których najbardziej rzucały się w oczy wydatne wały nadoczodołowe. Nie jest to co prawda jakaś niezwykła cecha. Takie wały mieli neandertalczycy i Homo erectus. Jednak datowanie radiowęglowe leżącego obok czaszki węgla drzewnego wskazywało, że znalezisko ma zaledwie około 13 tys. lat, a więc pochodzi z czasów, gdy na Ziemi powinni być już tylko w pełni wykształceni Homo sapiens.(....)Zdaniem badaczy czaszka ta jasno pokazuje, że pojawienie się współczesnego Homo sapiens nie spowodowało nagłego zniknięcia bardziej prymitywnych populacji ludzi. W rzeczywistości był to proces dużo bardziej złożony. Bardzo możliwe, że przez długi czas grupy różnie zaawansowanych ludzi żyły obok siebie i mogły krzyżować się między sobą, co sugerują niedawne badania genetyczne.

Ostatnie badania nad H. Florensis sugerują, że mógł on być potomkiem H. Erectus:

archeowiesci.pl/2013/04/17/hobbit-z-flores-moze-byc-potomkiem-homo-erectus-subskrypcja/
Hobbit z Flores może być potomkiem Homo erectus
Japońscy badacze korzystając z dokładnych obrazów uzyskanych tomografem komputerowym ustalili, że mózg Homo floresiensis miał 426 cm sześć. To bardzo istotna informacja dla ustalenia jego przodków.

Co prawda wnioski na temat H. Florensis mogą się jeszcze nie raz zmienić. Był on już uważany za nadrzewnego półczłowieka, chorego przedstawiciela H sapiens i teraz jest uważany za potomka H. Erectus (choć jest to argument odgrzewany). Niemniej faktem pozostaje, że istnieją dowody na to iż ludzie "archaiczni" żyli niedawno, współcześnie z ludźmi anatomicznie współczesnymi i się z nimi krzyżowali. Więcej dowodów na jedność ludzkiego gatunku nie trzeba.

[bioslawek]

elkate-2 napisał:

> petrucchio napisał:
> > Chyba mylisz Y-Adama z biblijnym Adamem. Y-Adam jest [b]tylko i wyłącznie
> MRCA

> Genami biblijnego Adama nigdy się nie zajmujemy (i nie muszą się one różnić od
> genów Y-Adama).

On bardzo sobie tego nie życzy. Dlatego też my różnimy się tylko w poglądach odnośnie datowania.

> Bezpośredni synowie Y-Adama otrzymują tylko jego Y-DNA, natomiast autosomalne D
> NA są juz w części od matki.
> Inni panowie, jacyś rówieśnicy Y-Adama, gdyby chcieli wcisnąć już dalszemu(!) p
> otomstwu Y-Adama swoje DNA tylko autosamalne(!) , muszą to czynić za pośrednict
> wem kobiet-matek, mając z nimi tylko córki.

On chyba wierzy, że fragmenty chromosomów z Y na Y przenoszą teleportujące się krasnoludki, a nadmiar usuwa dryf genetyczny. Ten gość w ogóle nie ma pojęcia o procesach biologicznych, a te jego mądrości, to efekt kopiowania z bliżej niezidentyfikowanych stron. Nawet przepisać ze zrozumieniem nie potrafi partacz.

> Bowiem jeśliby to był synowie, wtedy przekazaliby swoje Y-DNA. Lecz konsekwentn
> ie Y-Adamem stałby sie ktoś z wyższej półki i wtedy tej domieszki by też nie by
> ło w charakterze domieszki, tylko w charakterze spadku ojcowskiego!
> Ot, takie to są meandry genealogii.

No wlaśnie. I ten Y-Adam w dodatku musi należeć do tego samego gatunku, co jego potomkowie aż do potomków współczesnych, ponieważ w przeciwnym razie nie byłoby nas na świecie.