Tajemnice genetyki molekularnej

[proteom1973]

Chcialbym z Wami poruszyć problem inicjacji transkrypcji u bakterii
E.coli.Wspierając się odpowiednią literaturą np"Biologia molekularna
bakterii"mozna w uproszczeniu powiedzieć,że
sposoby kontroli inicjacji transkrypcji u bakterii to
a) kontrola konstytutywna,zależna od wydajności promotora-ta zaś
zalezy od jego siły na co się składa :sekwencja w bloku -35 i -10
oraz odleglość między nimi
b) regulacja inicjacji transkrypcji zależna od białek aktywatorowych
Drugim sposobem nie chcialbym sie zajmowac ze wzgledu na jego
zlozoność .Do analiz promotorów konstytutywnych dla podjednostki
sigma 70 posłuzył mi program :

linux1.softberry.c...subgroup=gfindb
Chodzi mi o wyjasnienie kwestii podstawowej-w którym miejscu
rozpocząć ma RNAP transkrypcję,czyli co determinuje ten proces?
Promotor kanoniczny dla sigma 70 jest znany(tylko analiza tych genów
mnie na razie interesuje,i to konstytutywnych np.rybosomalnych,cykl
Krebsa,replikacja,translacja..),choć są różnice w zalezności od jego
siły,a na to ma wpływ jego sekwencja.Swkwencje UP mają często wpływ
na jego ekspresje(wydajność),ale są one zróżnicowane,a mimo to RNAP
potrafi jakoś w tym heterogenicznym pejzażu molekularnym odnależć
elementy wspólne.Pytanie -czym sie ona kieruje?Bez wątpienia
czynniki transkrypcyjne TF pełnia tu rolę kluczową,ale faktem jest:
-wiekszość promotorów sigma 70 nie wymaga (in vivo) TF dla jego
aktywacji-patrz baza RegulonDb
-te ,które wymagają posiadają miejsca wiązania dla wielu TF,a nie
tylko tych potwierdzonych in vivo.Ciekawe,czym sie kieruje komórka
wybierając te,a nie inne TF-sama sekencja nie może byc tu jedynym
kryterium,tym bardziej ,że niektóre wiążą sie niespecyficznie bądż
mało specyficznie np.HNS.To jest o tyle zagadkowe ,że u drozdzy
niemal wszystkie geny mają TF,a u E.coli tylko część,mimo,że
teoretycznie (symulacje komputerowe),jak i eksperymenty in
vitro ,potwierdzają podobną sytuację.Jakiś czynnik o nieznanej
naturze nie dopuszcza jednak do ich wiązania-czyżby koncepcja
niematerialnej siły zyciowej miała tu sens?
Powtarzam-interesuje mnie tylko ten genom,ale nie w w kazdej
mozliwej sytuacji np.stres ,ale w typowej,stąd wybór genów
niezbędnych dla zycia.

[scept89]

>Jakiś czynnik o nieznanej
>naturze nie dopuszcza jednak do ich wiązania-czyżby koncepcja
>niematerialnej siły zyciowej miała tu sens?

Zdecyduj sie prosze czy masz ochote na rozwazania nad promotorami wybranych
genow u E.coli czy bajdurzenie wspomagane terminologia biologii molekularnej. Bo
jesli na widok promotorow E.coli wydajesz dzwiek pt "niematerialna sila zyciowa"
to nie rokuje to zbyt dobrze.

W swojej ew. odpowiedzi postaraj sie umiescic:
- szczep E.coli
- acc. number sekwencji genomicznej w/w szczepu ktory badasz
- nazwe genu/operonu/link do jego pozycji i sekwencji
- analizowany promotor / operon -> sekwencja DNA

W dalszych slowach Twego listu umiesc:
- co dokladnie chcialbys /mialbys tam znalesc
- poszukiwana sekwencje (te zwykle sa jako Position Weigt Matrix) PWM

Jesli wspierasz sie literatura to podaj pelna cytacje: tytul, autorow, rok
wydania, strony.

BTW nie jestem specem od genetyki bakterii ale jesli ktokolwiek znajdzie czas i
checi aby ugrysc Twoj problem to IMHO winien dostac takowe dane.

[sajmon2009]

scept89 napisał:

>>
> W swojej ew. odpowiedzi postaraj sie umiescic:
> - szczep E.coli
> - acc. number sekwencji genomicznej w/w szczepu ktory badasz
> - nazwe genu/operonu/link do jego pozycji i sekwencji
> - analizowany promotor / operon -> sekwencja DNA

Proszę bardzo szanowny Scept 89.Oto link do operonu konkretnego
szczepu E.coli :
biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=OPERON&object=TU0-7161
> W dalszych slowach Twego listu umiesc:
> - co dokladnie chcialbys /mialbys tam znalesc
> - poszukiwana sekwencje (te zwykle sa jako Position Weigt Matrix)
PWM
Poszukuję wyjaśnienia dlaczego:
-w tym konkretnym miejscu rozpoczyna się transkrypcja,czyli dlaczego
z takiego promotora enzym rozpoczyna ten proces;
-brak w okolicach promotora jakiegokolwiek udokumentowanego
aktywatora bądz represora
-operon jest regulowany tylko przez sigma 70,a nie przez inne
alternatywne podjednostki?
Z chęcią poznam wyjasnienia tych problemów ,byle w naukowy sposób.
Z góry dziękuję

[scept89]

sajmon2009 napisał:
Oto link do operonu konkretnego
> szczepu E.coli :
> biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=OPERON&object=TU0-7161

Swietnie.

> Poszukuję wyjaśnienia [red. by scept]
>* dlaczego: w tym konkretnym miejscu rozpoczyna się transkrypcja,

Na jakim poziomie ma byc to wyjasnienie?
Zobacz np. enzym restrykcyjny EcoPI:

rebase.neb.com/rebase/enz/988.html
Rozpoznaje sekwencje AGACC natomiast tnie 25 nukleotydow dalej.

Odpowiedz na pytanie:
"dlaczego dany fragment DNA zostal przeciety w miejscu X przez EcoPI"
to:

1) miejsce X znajduje sie 25 nukleotydow downstream od sekwencji rozpoznawalnej
przez EcoPI.

2) krystalizacja bialka enzymu EcoPI z DNA i rozszyfrowanie struktury 3D
wskazuje ze tyle a tyle nukleotyfdow zmiesci sie w jakiejs "rynience pomiedzy
domena rozpoznajaca DNA a domena ktora ja tnie (w uproszczeniu)



>czyli dlaczego z takiego promotora enzym rozpoczyna ten proces;

to sekwencja rozpoznawana przez sigma70 nie jest wyjasnieniem?
BTW rzuc okiem na RegulonDB, tam jest jeszcze jakis kolejny promoter:
regulondb.ccg.unam.mx/BGeneControllerServlet?gene_id=ECK120001312&key_id_org=ECK12&type=jsp
> -brak w okolicach promotora jakiegokolwiek udokumentowanego
> aktywatora bądz represora

Masz wyniki ekspresji w/w genu? Jestes pewny ze jest ona zmienna (w domysle
regulowana przez cokolwiek (poza np. ewentualnymi whananiami poziomu Sigma70)?

> -operon jest regulowany tylko przez sigma 70,a nie przez inne
> alternatywne podjednostki?

Patrz RegulonDB powyzej. Tam cos zapewne jest.

> Z chęcią poznam wyjasnienia tych problemów ,byle w naukowy sposób.
> Z góry dziękuję

Pomysl o porownaniu kilkunastu sekwencji promotora 200bp od pierwszego ATG rfaQ.