vCell

[czajek76]

Bawicie sie czsem tym narzedziem?
Ja slyszalem o nim jakis czas temu (kumpel modelowal ruchy wapna w komorce)
ale przedwczoraj sam odpalilem i kompletnie wsiaklem.
Nie moge sie skupic na robocie tylko mysle o tym jak poprawic i rozbudowac
moj pierwszy model (produkcje IP3 przez fosfolipaze C).
Przewiduje w najblizszym czasie duze opoznienia na linii "porzadki domowe"
oraz "wypoczynek i sen". Mam nadzieje ze nie ucierpi "higiena osobista" ;)

[ex-rak]

czajek76 napisał:

> Mam nadzieje ze nie ucierpi "higiena osobista" ;)
>
No i forum gazety. Donos o postepach. Z checia sobie poczytam.

A swoja droga co to jest vCell?

[majadeblij]

mh...mnie zainteresowaliscie???
co to jest?? nigdy nie slyszalam??

czajek dasz jakies namiary??

[czajek76]

Grunt to dobrze dozowac informacje ;)
vCell to taki projekt ktory zamuje sie modelowaniem reakcji komorkowych.
www.vcell.org
Najpierw sie projektuje reakcje komorkowe, podaje sie ich parametry (z
literatury), nastepnie sie buduje geometrie komorkowa (od najprosttszej,
jednowymiarowej po skomplikowane struktury jak np dendryt z kolcami), potem sie
umieszcza reakcje w tychze strukturach i vCell robi symulacje matematyczna.
Potem podaje jak zmianialy sie stezenia produktow/substratow itp.
Ja narazie nie kumam zbyt wiele, bo manual jest dosc skapy, ale pomalutku sie
rozkrecam.
Poza tym w koncu musze sie nauczyc porzadnie enzymatyki. Mialem to juz
conajmniej 4 razy w zyciu (3 razy na studiach i raz na doktoranckich).
Dostawalem kolejno 4, 3+, 3 i 3- wiec widac trend. Jak wiec widac nigdy mnie
specjalnie to zagadnienie nie fascynowalo. Teraz mam wreszcie motywacje :)

[ex-rak]

czyli modelowanie biologiczne na poziomie komorki??

Ciekawe co z tego wyjdzie w przyszlosci. Na razie nie udalo sie jeszcze super
dobrze okielzac modelowania chemicznego. Ale pole do zabawy rzeczywiscie
ogromne.

Ciekawy jest ten projekt z modelowaniem wapna w komorce. Czy kolega modelowal
wapno palone czy gaszone?

[majadeblij]

madzry koledzy z naprzeciwka, zaprojektowali w 3D komorke. Zaklada sie
specjalne okulary jak w 3D kine i mozna skakac z mitochondrium do jadra.
Fajan sprawa szczegolnie dla studentow, szkoda ze tego wogole nie
urzywaja..mieli tez sie modelowaniem roznych procesow zabrac...ale chyba zapalu
im zabraklo
a do vcell zaraz zagladam!
mi sie tez przychodzi uczyc...biochemi. niesamowite ile czlowiek wiedzal na
studiach a teraz PUSTKI, pustki....dzyn dzyn...

[ex-rak]

Mi jest latwiej, bo ja juz nawet nie pamietam, ile wiedzialem na studiach.

[majadeblij]

ja tyz, generalne.
ostatnio jenak, nadzialam sie na kolowium wlasnorecznie napisane z chemi
fizycznej...jakby to nie moje pismo to bym nigdy nie uwierzyla ze to sama
wyprodukowalam...nawet pytan nie zrozumialam:-)