Do gościa Ala-test.

22.08.07, 19:24
Gość Al ( i jemu podobni niedouczeni atole z tej grupy)uważa siebie za
eksperta od ewolucjonizmu. Zadam mu teraz prosty teścik. Gościu Alu rozrysuj
mi drzewka filogenetyczne dla poniższych sekwencji i wytypuj prawdziwe
(prawdziwe według tej metody. nie prawdy:)). Zachowaj tę kolejność ,którą ci
zaprezentowałem:

ATCCATT
ATCTATT
TTCTATT
    • nowey777 Re: Do gościa Ala-test. 22.08.07, 19:31
      Googlować,googlować trolle.Uczyć się macie czas do 22:)))
    • petrucchio Re: Do gościa Ala-test. 22.08.07, 20:40
      nowey777 napisał:

      > Gość Al ( i jemu podobni niedouczeni atole z tej grupy)uważa siebie za
      > eksperta od ewolucjonizmu. Zadam mu teraz prosty teścik. Gościu Alu rozrysuj
      > mi drzewka filogenetyczne dla poniższych sekwencji i wytypuj prawdziwe
      > (prawdziwe według tej metody. nie prawdy:)). Zachowaj tę kolejność ,którą ci
      > zaprezentowałem:
      >
      > ATCCATT (a)
      > ATCTATT (b)
      > TTCTATT (c)

      Żeby dostać odpowiedź, trzeba umieć jasno przedstawić problem. Co znaczy "według
      tej metody"? Jakiej metody? Co znaczy "zachowaj kolejność"? Kolejność sekwencji?
      Jaką kolejność, w jakim sensie? Jeśli mają to być sekwencje np. w genomach
      organizmów żyjących w tym samym czasie, jakie znaczenie ma kolejność?

      Zakładając, że rozumiem mniej więcej, o co ci chodzi, nie można tu zaproponować
      optymalnej hipotezy filogenetycznej, bo przyjmując dowolną sekwencję jako
      pierwotną, można otrzymać pozostałe dwie za pomocą dwóch pojedynczych
      podstawień. Każde drzewko otrzymane w ten sposób jest równie oszczędne:

      (a) --> (b) --> (c)
      (c) --> (a) --> (b)
      (b) --> (a),(c)

      Czy ten przykład ma czegoś dowodzić?
      • petrucchio Sorry 22.08.07, 20:42
        petrucchio napisał:

        > (c) --> (a) --> (b)


        Miało być (c) --> (b) --> (a)
      • nowey777 pietrucha nie zna sie na TE-test oblal:))))) 22.08.07, 20:48
        petrucchio napisał:
        > > ATCCATT (a)
        > > ATCTATT (b)
        > > TTCTATT (c)
        >
        > Żeby dostać odpowiedź, trzeba umieć jasno przedstawić problem. Co znaczy "wedłu
        > g
        > tej metody"? Jakiej metody? Co znaczy "zachowaj kolejność"? Kolejność sekwencji
        > ?
        > Jaką kolejność, w jakim sensie? Jeśli mają to być sekwencje np. w genomach
        > organizmów żyjących w tym samym czasie, jakie znaczenie ma kolejność?
        >
        > Zakładając, że rozumiem mniej więcej, o co ci chodzi, nie można tu zaproponować
        > optymalnej hipotezy filogenetycznej, bo przyjmując dowolną sekwencję jako
        > pierwotną, można otrzymać pozostałe dwie za pomocą dwóch pojedynczych
        > podstawień. Każde drzewko otrzymane w ten sposób jest równie oszczędne:
        >
        > (a) --> (b) --> (c)
        > (c) --> (a) --> (b)
        > (b) --> (a),(c)
        >
        > Czy ten przykład ma czegoś dowodzić?

        Ty głupku,nieuku! Przedstawiłem standardowy zapis dla metody oszczędności ,a ty
        mi tu jakieś pierdoły popychasz. Prawda jest taka,że nie rozumiesz zasad
        filogenetyki molekularnej. Aaaaaaaa więc jak się nie da z czegoś przepisać to
        siadasz miekko na coś twardego?:) Tu pies pogrzebany:amator gawędziarz z
        ciebie,a nie znawca ewolucjonizmu!

        Czeka cię jeszcze dużo takich prostych testów,aż wgniotę cię w ziemie
        kłamco,pozerze szarlatanie jeden:)


        • petrucchio To przedstaw swoje rozwiązanie 22.08.07, 20:58
          Chętnie się czegoś nauczę od mistrza
          • nowey777 Re: To przedstaw swoje rozwiązanie 22.08.07, 21:04
            wiedza kosztuje koego.
            • petrucchio Nie pieprz, przedstaw swoją wersję 22.08.07, 21:09
              nowey777 napisał:

              > wiedza kosztuje koego.

              Z tych sekwencji można ułożyć jeden liniowy kladogram, a przyjmując którykolwiek
              z wierzchołków jako korzeń drzewka, otrzymujemy trzy równouprawnione hipotezy
              filogenetyczne. Jeśli uważasz, że to bzdura, wyjaśnij, dlaczego. Jeśli nie
              chcesz albo nie potrafisz wyjaśnić, zabieraj swoje zabawki i spadaj.
              • nowey777 pudło. 22.08.07, 22:01
                Pudło-kombinuj dalej:)
              • petrucchio Ja już odpowiedziałem. 22.08.07, 22:11
                Teraz ty sam kombinuj, jak odpowiedzieć na własne pytanie.

                • nowey777 [...] 22.08.07, 22:33
                  Wiadomość została usunięta ze względu na złamanie prawa lub regulaminu.
                • maynardd Re: Ja już odpowiedziałem. 23.08.07, 06:02
                  Tutaj masz proste wyjasnienie,jak sie rysuje takie drzewka.

                  mpancz.webpark.pl/bioteodrzewa.php

                  Jesli chodzi o metode maksymalnej parsymonii (oszczednosci), to tam sa wykresy
                  dla czterech gatunkow.

                  pozdro.
                  • petrucchio Re: Ja już odpowiedziałem. 23.08.07, 10:05
                    maynardd napisał:

                    > Tutaj masz proste wyjasnienie,jak sie rysuje takie drzewka.
                    >
                    > mpancz.webpark.pl/bioteodrzewa.php

                    Dla trzech prawie nie ma co rysować. Nadal widzę te same trzy równie oszczędne
                    możliwości, o których już pisałem. Mogę to tylko sparafrazować na nowo:

                    1. (a) i (c) tworzą klad, którego przodek miał tę samą sekwencję, co (b), a (b)
                    reprezentuje sekwencję wspólnego przodka całej trójki.

                    2. (a) i (b) tworzą klad, którego przodek miał te samą sekwencję, co (b), a (c)
                    reprezentuje sekwencję wspólnego przodka.

                    3. (b) i (c) tworzą klad, którego przodek miał tę samą sekwencję, co (b), a (a)
                    reprezentuje sekwencję wspólnego przodka.

                    W każdym przypadku wystarczą dwie substytucje, a sekwencja (b), czyli ATCTATT
                    występuje u wspólnego przodka pary bliżej spokrewnionej.

                    Żadnej z tych hipotez nie można preferować, o ile nie ma jakichś dodatkowych
                    danych (np. "outgroups" faworyzujących którąś sekwencję jako wyjściową).

                    • maynardd Re: Ja już odpowiedziałem. 25.08.07, 14:43
                      Dalem ci przeciez namiary na lopatologiczne wyjasnienie,jak sie
                      rozrysowuje i liczy te drzewka,a Ty dorabiasz jakas swoja ideologie
                      do faktu. Jesli je rozrysowales i bilans sie przedstawia tak,iz
                      ilosc tych drzewek jest taka sama, to po prostu nalezy
                      zakwalifikowac te trzy sekwencje do tego samego gatunku.


                      pozdro.
                      • petrucchio Re: Ja już odpowiedziałem. 25.08.07, 15:40
                        maynardd napisał:

                        > Dalem ci przeciez namiary na lopatologiczne wyjasnienie,jak sie
                        > rozrysowuje i liczy te drzewka,a Ty dorabiasz jakas swoja
                        > ideologie do faktu.

                        Ależ ja wiem, jak działają algorytmy wykorzystujące metodę oszczędności, a jeśli
                        nie pamiętam jakichś szczegółów techinicznych, wiem, gdzie sprawdzić. Po prostu
                        próbuję zgadnąć, o co właściwie chodzi Noweyowi777, jakiego rodzaju wyników
                        oczekuje, i jaka w tym wszystkim ma być głębsza myśl. Nowey prosił o jakąś
                        hipotezę filogenetyczną, więc robię, co mogę, żeby go usatysfakcjonować w tym
                        względzie.

                        > Jesli je rozrysowales i bilans sie przedstawia tak,iz
                        > ilosc tych drzewek jest taka sama, to po prostu nalezy
                        > zakwalifikowac te trzy sekwencje do tego samego gatunku.

                        A tego akurat nie rozumiem. Przecież nie po to porównuje się sekwencje, żeby
                        zdecydować, z iloma gatunkami mamy do czynienia, tylko jakie mogły być
                        filogenetyczne relacje między samymi sekwencjami. Z danych Noweya nic nie wynika
                        choćby dlatego, że przy tak małych zbiorach danych trudno, żeby jakiekolwiek
                        wnioski były statystycznie wiarygodne. Może King Kong sam nam powie, która
                        sekwencja została stworzona przez Inteligentnego Projektanta, i dlaczego.
                        • maynardd Re: Ja już odpowiedziałem. 25.08.07, 15:50

                          Nowey prosił o jakąś
                          > hipotezę filogenetyczną, więc robię, co mogę, żeby go
                          usatysfakcjonować w tym
                          > względzie.

                          No ,a po co robisz to, co mozesz skoro przepis jest taki prosty?
                          Jakos ciezko sie z Toba rozmawia.


                          > > Jesli je rozrysowales i bilans sie przedstawia tak,iz
                          > > ilosc tych drzewek jest taka sama, to po prostu nalezy
                          > > zakwalifikowac te trzy sekwencje do tego samego gatunku.
                          >
                          > A tego akurat nie rozumiem. Przecież nie po to porównuje się
                          sekwencje, żeby
                          > zdecydować, z iloma gatunkami mamy do czynienia, tylko jakie mogły
                          być
                          > filogenetyczne relacje między samymi sekwencjami...

                          Przeciez na podstawie tych technik mozna ustalic filogeneze, mozna
                          tez ustalic bliskie (wewnatrzgatunkowe) pokrewienstwo genetyczne.
                          Nie rozumiem czego Ty tu nie rozumiesz? Takie rozbiezne efekty,
                          podczas badan roznych probek, pokazuja tylko,ze metoda jest rzetelna
                          i godna zaufania, ze pozwala ustalic prawde.

                          pozdro.
    • scept89 Re:drzewko 23.08.07, 12:50
      nowey777 napisał:

      > Gość Al ( i jemu podobni niedouczeni atole z tej grupy)uważa siebie za
      > eksperta od ewolucjonizmu. Zadam mu teraz prosty teścik. Gościu Alu rozrysuj
      > mi drzewka filogenetyczne dla poniższych sekwencji i wytypuj prawdziwe
      > (prawdziwe według tej metody. nie prawdy:)).
      >
      > ATCCATT
      > ATCTATT
      > TTCTATT

      1. po to aby cokolwiek liczyc z sensem musisz miec dluzsze sekwencjie. To co
      podajesz sprowadza sie do:
      AC
      AT
      TT

      Za malo danych aby cokolwiek powiedziec. Mozna pogdybywac biorac pod uwage
      czestosc zmian poszczegolnych nukleotydow oraz pozycje jesli sekwencja koduje
      bialko ale trzy septamery mozesz sobie w kreacjonistyczna czarna dziure wsadzic.

      >Zachowaj tę kolejność ,którą ci zaprezentowałem:

      Przetlumacz na j.filogenetyczny: co do .... masz na mysli? Drzewko z zalozenia
      nie jest liniowe.

      Male pytanie dodatkowe:

      Na podstawie powyzszych sekwencji powiedz nam ktora z nich JHV stworzyl jako
      pierwsza. Podaj tez metode jak to ustaliles. Dzieki.
      • maynardd Re:drzewko 25.08.07, 14:49
        Masz racje,ale ja mysle ,ze KingKong chcial po prostu sprawdzic ,czy
        jego adwersarze potrafia wogole poslugiwac sie ta metoda. A wiec nie
        chodzilo mu o czysto techniczne sprawy zwiazane z tymi
        zagadnieniami. I dodam tylko-ciezko sie powstrzymac-ze KingKong
        bardzo nieladnie postepuje zerujac na ludzkiej niewiedzy
        (dokladnie,jak w przypadku niewiedzy naukowej). Kiedy jeszcze sam
        nie rozumial tych spraw i kiedy je mu osobiscie tlumaczylem nie
        sprawialem mu tylu problemow.

        pozdro.
Inne wątki na temat:
Pełna wersja