Dodaj do ulubionych

Nobel za matkę białek

07.10.09, 19:33
Kilka uwag:

1. Pierwszy raz spotykam się z określeniem 'matka białek', więc mam wątpliwości, czy ktokolwiek poza autorką nazywa rybosomy w ten sposób. A proszę mi wierzyć, wiem, co mówię (mając w najbliższym naukowy otoczeniu troje badaczy zajmujących się rybosomami, a znając kolejnych 10 osób, które też z tym tematem w ten czy inny sposób są związane...). Ale rozumiem, że to taka licentia poetica była...

2. Dla zainteresowanych:
Przykłady charakterystyk podjednostki 50S, od 60000 do blisko 100000 atomów, do zlokalizowania i opisania. Jest się nad czym pochylić, i jest za co przed laureatami pochylić czoła.

3. Stworzenie rybosomu od podstaw ogłoszone przez Churcha (kilka innych sław też brało udział w tym projekcie) było, wydaje mi się, trochę na wyrost. W istocie wyizolowali oni funkcjonalne rybosomy, zdenaturowali je (czyt. pozbyli się RNA i rozbili na składniki pierwsze), po czym wprowadzili zsyntetyzowane przez siebie RNA (zakładam, że takie samo jak oryginalne, to akurat nie ma znaczenia) i doprowadzili do tego, że wszystkie podjednostki wraz z RNA utworzyły ponownie w pełni funkcjonujący rybosom. Nie mówię oczywiście, że samo to nie jest już ekscytującym wynikiem i niesamowitym osiągnięciem, ostrzegam jednak przed wyciąganiem zbyt daleko idących wniosków, co do tego, co już możemy, a czego jeszcze nie możemy robic w kwestii tworzenia życie de novo.
Obserwuj wątek
    • smooch Re: Nobel za matkę białek 08.10.09, 00:23
      "Ribosomes are the protein-manufacturing organelles of cells"

      Licencia poetica wcale nie na wyrost. W ogóle poziom opisu biologii
      molekularnej w artykule jest na wysokim poziomie, w porównaniu z
      resztą redaktorzenia w portalu gazeta.pl. Jest komu czoła chylić i
      tu.
      • draq Re: Nobel za matkę białek 08.10.09, 08:03
        Tak, merytorycznie w porzadku. Tylko dla kogo jest przeznaczona GW;
        dla dzieci? Infantylizacja jezyka siegnela szkoly podstawowej...
      • nic.prostszego "Ribosomes are the protein-manufacturing.. 08.10.09, 13:01
        "Ribosomes are the protein-manufacturing organelles of cells"

        O... A ten cytat to skąd? Wysłać do śmiechu warte...
        • allexamina.live Re: "Ribosomes are the protein-manufacturing.. 10.10.09, 02:20
          > "Ribosomes are the protein-manufacturing organelles of cells"
          >
          > O... A ten cytat to skąd? Wysłać do śmiechu warte...

          Frey-Wyssling, I think...

          If organelle is any membrane enclosed compartment in a cell then ribosomes are not organelles. Frey-Wyssling suggested that organelles should be the structures that convert energy, like ribosomes...

          It is a relatively new notion to call ribosomes "supramolecular nucleoprotein particle" or something like that :o)... People who took biochemistry in the 80s or 90s and specialized in different fields will still use the old definition.

          - Speaking of being up-to-date, netiquette requires a warning if a url links to pdf.
          • nic.prostszego Niech ci będzie... 21.10.09, 11:05
            Ja się biochemii nie uczyłem 20 lat temu, więc wybacz, że nie znam pojęć, które
            się nie przyjęły. Mimo wszystko jednak wydaje mi się, że można oczekiwać od
            autorki artykułu, że będzie opisywać problem zgodnie z obecnie obowiązującym
            (czy też akceptowanym) stanem nomenklatury (jeśli nie nauki w tym przypadku).

            Pardon za tego pdfa, to przyzwyczajenie (ja zazwyczaj sprawdzam, co pod linkiem
            siedzi).

            Pzdr,
    • fiddlercastrol Re: Nobel za matkę białek 08.10.09, 05:47
      najwyrazniej zoltko im jeszcze nie weszlo
    • jottsp Nobel za matkę białek 08.10.09, 10:39
      magroda specjalna dla autora za "matke bialek" :) - ale sa tez minusy a nawet
      bledy:

      1 - "Pracownik musi odczytać początkowe trzy literki (a raczej od czwartej do
      szóstej, bo pierwsze trzy zawsze są jedynie sygnałem do rozpoczęcia
      produkcji)." - pierwsze 3 nt (literki) sa sygnalem i koduja pierwszy
      aminokwas wiec tez musza byc "odczytane" , no iskad wie "pracownik" ze akurat
      te 3 lierki sa sygnalem staru transklacji? - ten ciekawy aspekt translacji nie
      jest wytlumaczony

      2 -"Trójki, w jakich odczytywany jest zapis, nazywane są kodonami. Cały układ
      porównywany jest do trójlistnej koniczyny z łodyżką. Na jednym z listków
      (środkowym) są trzy literki, a do łodyżki jest przyczepiony aminokwas. Jeśli
      koniczyna pasuje, całość zaskakuje i odpowiedni aminokwas jest dołączany do
      wcześniejszego - naszyjnik się wydłuża. Takich koniczynek jest 64, bo tyle
      może być kombinacji wynikających z ułożenia trójek. Aminokwasów jest tylko 20,
      co znaczy, że niektóre są kodowane przez więcej niż jedną koniczynkę." - ten
      caly akapit jest bardzo metny i nieczytelny co jest chyba efektem zbytniej
      infantylizacji opisu. Jak trojka moze byc podobna do koniczynki, etc? - lepiej
      bylo dac ze 3 obrazki ze schematem dzialania rybosomu -

      Pozdrawiam
      • tomrom27 Re: Nobel za matkę białek 08.10.09, 12:46
        Szanownym komentatorom pragnę zwrócić uwagę, że ww. artykuł drukowany jest w
        codziennej gazecie, a nie Świecie Nauki lub podobnym.

        Pozdr.
        • nic.prostszego Może i jest to tekst z codziennej gazety, 08.10.09, 13:00
          ale mimo wszystko gazety pretendującej do miana opiniotwórczej. Co oznacza, że
          zapewne nie czytają jej idioci (a już na pewno nie czytają jej analfabeci!).
          • asteroida2 Re: Może i jest to tekst z codziennej gazety, 08.10.09, 13:30
            > ale mimo wszystko gazety pretendującej do miana opiniotwórczej.
            > Co oznacza, że zapewne nie czytają jej idioci (a już na pewno nie
            > czytają jej analfabeci!).

            Dziwny wniosek. Przecież opiniotwórcza = "tworząca opinie". Czyli przeznaczona
            dla ludzi, którym albo nie chce się, albo boją się posiadać własne opinie. Być
            może słowo "idioci" byłoby przesadą, ale celem na pewno nie jest elita
            intelektualna społeczeństwa.
            • nic.prostszego No, to już nie jest moja wina, że określenie 08.10.09, 14:37
              "opiniotwórcza" jest mylnie interpretowane. Bo nikt mi nie wmówi, że lenie i
              tępaki rzucą się czytać GW, Rzepę itp., żeby się doedukować. Opiniotwórcza w tym
              przypadku, to będzie "pozwalająca wyrobić sobie opinię na dany temat osobie,
              która być może w jakimś temacie nie jest zorientowana, ale posiada intelektualny
              potencjał do zrozumienia problemu". Jak ktoś swą wiedzę i opinie bazuje na
              Fakcie, to mu żadna opiniotwórcza gazeta nie pomoże.

              Co do tego, kto jest targetem GW - należałoby spytać redakcję. Ale mam wrażenie,
              że oni jednak celują, jeśli nie w elitę intelektualną, to przynajmniej w jej
              przyległości...
              • asteroida2 Re: No, to już nie jest moja wina, że określenie 08.10.09, 16:36
                > Opiniotwórcza w tym przypadku, to będzie "pozwalająca wyrobić sobie
                > opinię na dany temat osobie, która być może w jakimś temacie nie jest
                > zorientowana, ale posiada intelektualny potencjał do zrozumienia
                > problemu".

                Skąd ten pomysł? Gdyby taki był cel gazety, to zamieszczałaby wyłącznie suche
                informacje, nie opiniując ich w żaden sposób. Czyli jej styl przypominałby
                Wikipedię.
                Styl GW jest zupełnie inny. Jeśli wczytasz się jej artykuły, to zobaczysz, że
                praktycznie zawsze zawierają one wyraźnie przedstawione opinie (przy czym
                wyraźniej widać to w papierowej wersji, niż internetowej). I nie jest to przypadek.
                Każdy człowiek ma wyrobione opinie na wiele spraw. Gdy pojawiają się nowe
                zjawiska, często chce też na ich temat mieć opinię. Ale wymyślenie jej samemu,
                razem z uzasadnieniami, jest ciężką pracą. Zamiast tego sięga więc po jakąś
                gazetę "opiniotwórczą" i dostaje tam na tacy opinię razem z jej uzasadnieniem.
                Teraz jak go ktoś spyta, co sądzi na dany temat, będzie mógł się pokazać jako
                osoba zorientowana.

                Problem w tym, że takie działanie rozleniwia ludzi. Z czasem przestają oni
                wymyślać własne opinie i powtarzają tylko to, co wyczytali. I to jest dokładnie
                to, o co gazecie chodzi. Wtedy może czerpać z tego zyski.
                "Opiniotwórcza" - to słowo, którym gazeta chwali się przed reklamodawcami i
                politycznymi sponsorami. "Daj nam pieniądze, a my _wytworzymy_ u ludzi
                przychylne dla ciebie opinie".
    • timoszyk Re: Nobel za matkę białek 11.10.09, 18:22

      Nie jestem specjalista od bialek, wiec zapewne wolno mi zadawac
      naiwne pytania.

      DNA, czyli genom zawiera pelnie informacji o strukturze pewnej
      ilosci bialek. Genow jest okolo 30 tysiecy, ale niektore geny
      produkuja po kilka bialek.

      1. Czy prawda jest, ze calkowita ilosc bialek wynosi w organizmie
      wynosi okolo 1 miliona? Czy w zwiazku z tym istnieja bialka
      niezakodowane w DNA?

      2. Genom zawiera kody bialek plus tzw junk DNA, ktory byc moze jest
      uzyteczny w procesie ewolucji. Mamy wiec kody SUROWCOW do produkcji
      mozgu, watroby, czy chocby paznokci. Gdzie zakodowane sa plany tego
      mozgu, watroby, czy paznokci?

      3. Genom nie jest zbyt imponujacy pod wzgledem zawartosci
      informacji. Par bazowych jest 3200 milonow, a kazda para to 2 bity
      (4 mozliwosci). Jesli byte to 8 bitow, mamy zaledwie pamiec o
      pojemnosci 800MB. Trudno znalezc dzisiaj laptop o mniejszym twardym
      dysku.

      4. Wychodzi mi wiec na to, ze slynne DNA to tylko kody bialkowego
      surowca. Do tego genom jest za maly, by posiadac informacje o tym
      co z tymi bialkami pozniej robic. Na przyklad pewne czasteczki
      RNA "doradzaja" ile konkretnych bialek wyprodukowac. Kto tymi radami
      kieruje.

      Bardzo prosze o odpowiedz na naiwne pytania laika.

      Waclaw Timoszyk

      PS Prosze mi tylko nie mowic, ze dzieje sie to jakos "samo", albo
      zamiast wyjasniac zalewac potokiem naukowej nowomowy, w rodzaju
      samoregulujacych sie ukladow, homeostazy...
      • madcio Re: Nobel za matkę białek 12.10.09, 09:42
        > PS Prosze mi tylko nie mowic, ze dzieje sie to jakos "samo", albo
        > zamiast wyjasniac zalewac potokiem naukowej nowomowy, w rodzaju
        > samoregulujacych sie ukladow, homeostazy...
        Rozumiem, że jak odpowiedź jest za trudna dla ciebie, odrzucasz ją.
      • asteroida2 Re: Nobel za matkę białek 12.10.09, 12:53
        > 1. Czy prawda jest, ze calkowita ilosc bialek wynosi w organizmie
        > wynosi okolo 1 miliona? Czy w zwiazku z tym istnieja bialka
        > niezakodowane w DNA?

        Nie istnieją. Ale nie wiem ile wynosi ilość białek w organiźmie, bo oprócz
        białek produkowanych przez własne komórki, są tam przecież białka produkowane
        przez setki różnych gatunków drobnoustrojów.

        > 2. Genom zawiera kody bialek plus tzw junk DNA, ktory byc moze jest
        > uzyteczny w procesie ewolucji. Mamy wiec kody SUROWCOW do produkcji
        > mozgu, watroby, czy chocby paznokci. Gdzie zakodowane sa plany tego
        > mozgu, watroby, czy paznokci?

        Są zakodowane w DNA, w postaci genów regulatorowych. To one zresztą stanowią
        znaczną większość DNA. Kody "surowców" to znikomy procent.

        Plan budowy organizmu jest absurdalnie skomplikowany, ale sama idea jest
        właściwie prosta: Każda komórka informuje okoliczne komórki o swoim "trybie
        pracy", produkując różne "sygnały komórkowe", które są wychwytywane przez
        odpowiednie "odbiorniki" na powierzchni sąsiadujących komórek i powodują
        uwolnienie jakichś białek do ich wnętrza, które wywołują włączanie innych
        "trybów pracy".

        Jak to działa: Powiedzmy że np. jakaś komórka nie dostaje żadnych sygnałów z
        jednej swojej strony. To wywołuje aktywację genów odpowiadających za program
        "stań się komórką skóry". Jednym z sygnałów produkowanych przez komórki skóry
        jest np. "niech ktoś stworzy cebulkę włosa". I jeśli jakaś komórka dostaje
        wystarczająco dużo takich sygnałów, włącza się u niej program "stań się cebulką
        włosa". Wtedy zaczyna wysyłać sygnały "ja jestem cebulką włosa", które hamują
        wysyłanie sygnałów "stań się cebulką" w okolicznych komórkach. Okoliczne komórki
        nie stają się więc już cebulkami. Ale odpowiednio daleko od tej cebulki jej
        sygnały już nie dochodzą, więc powstaje kolejna cebulka. I tak dostajemy mniej
        więcej równy rozkład włosów na skórze.

        To jest tylko prosty przykład poglądowy, ale pokazuje, że właściwie nie ma
        ograniczeń na stopień skomplikowania takiego "planu architektonicznego". W 800MB
        kodu można spokojnie upchnąć całą strukturę ogranizmu.

        I oczywiście nic się tu nie dzieje "samo", ani przez jakąś "homeostazę". Jeśli
        ktoś ci tak nagadał, to najwyraźniej nic o tym nie wiedział i próbował ukryć
        swoją niewiedzę.
        • timoszyk Re: Nobel za matkę białek 12.10.09, 16:31

          Dziekuje za ponizsze wyjasnienia. Niestety sa mi znane i moim
          zdaniem nie do przyjecia. Tak, regulatory sa bialkami, ale musza
          dzialac wedlug jakiegos planu budowy, na przyklad mozgu. Majac
          zakodowany budulec i strukture regulatorow - bialek nie mam jeszcze
          zadnego pojecia co z tym zrobic. Gdzie sa plany budowy na przyklad
          mozgu? To jest byc moze najbardziej skomplikowany mechanizm na
          Ziemi.Tlumaczenie, ze tenze mozg budowany jest jakos sam z siebie
          nie wydaje mi sie wiarygodny.

          Historia zna juz przypadki takich latwych tlumaczen. Na przyklad
          pochodzenie energii slonecznej tlumaczono kurczeniem sie Slonca i
          wynikajacym z tego uwalnianiem sie potencjalnej energii grawitacji.
          Rachunki sie oczywiscie nie zgadzaly, ale zametniano je jakims
          zargonem.

          Jednym slowem: Nie da sie zmiescic planu budowy calego organizmu
          czlowieka na dysku, ktorego pojemnosc jest mniejsza, niz przecietnej
          kamery fotograficznej.

          Waclaw Timoszyk

          asteroida2 napisał:

          > > 1. Czy prawda jest, ze calkowita ilosc bialek wynosi w organizmie
          > > wynosi okolo 1 miliona? Czy w zwiazku z tym istnieja bialka
          > > niezakodowane w DNA?
          >
          > Nie istnieją. Ale nie wiem ile wynosi ilość białek w organiźmie,
          bo oprócz
          > białek produkowanych przez własne komórki, są tam przecież białka
          produkowane
          > przez setki różnych gatunków drobnoustrojów.
          >
          > > 2. Genom zawiera kody bialek plus tzw junk DNA, ktory byc moze
          jest
          > > uzyteczny w procesie ewolucji. Mamy wiec kody SUROWCOW do
          produkcji
          > > mozgu, watroby, czy chocby paznokci. Gdzie zakodowane sa plany
          tego
          > > mozgu, watroby, czy paznokci?
          >
          > Są zakodowane w DNA, w postaci genów regulatorowych. To one
          zresztą stanowią
          > znaczną większość DNA. Kody "surowców" to znikomy procent.
          >
          > Plan budowy organizmu jest absurdalnie skomplikowany, ale sama
          idea jest
          > właściwie prosta: Każda komórka informuje okoliczne komórki o
          swoim "trybie
          > pracy", produkując różne "sygnały komórkowe", które są
          wychwytywane przez
          > odpowiednie "odbiorniki" na powierzchni sąsiadujących komórek i
          powodują
          > uwolnienie jakichś białek do ich wnętrza, które wywołują włączanie
          innych
          > "trybów pracy".
          >
          > Jak to działa: Powiedzmy że np. jakaś komórka nie dostaje żadnych
          sygnałów z
          > jednej swojej strony. To wywołuje aktywację genów odpowiadających
          za program
          > "stań się komórką skóry". Jednym z sygnałów produkowanych przez
          komórki skóry
          > jest np. "niech ktoś stworzy cebulkę włosa". I jeśli jakaś komórka
          dostaje
          > wystarczająco dużo takich sygnałów, włącza się u niej
          program "stań się cebulką
          > włosa". Wtedy zaczyna wysyłać sygnały "ja jestem cebulką włosa",
          które hamują
          > wysyłanie sygnałów "stań się cebulką" w okolicznych komórkach.
          Okoliczne komórk
          > i
          > nie stają się więc już cebulkami. Ale odpowiednio daleko od tej
          cebulki jej
          > sygnały już nie dochodzą, więc powstaje kolejna cebulka. I tak
          dostajemy mniej
          > więcej równy rozkład włosów na skórze.
          >
          > To jest tylko prosty przykład poglądowy, ale pokazuje, że
          właściwie nie ma
          > ograniczeń na stopień skomplikowania takiego "planu
          architektonicznego". W 800M
          > B
          > kodu można spokojnie upchnąć całą strukturę ogranizmu.
          >
          > I oczywiście nic się tu nie dzieje "samo", ani przez
          jakąś "homeostazę". Jeśli
          > ktoś ci tak nagadał, to najwyraźniej nic o tym nie wiedział i
          próbował ukryć
          > swoją niewiedzę.
          • asteroida2 Re: Nobel za matkę białek 12.10.09, 17:09
            > Dziekuje za ponizsze wyjasnienia. Niestety sa mi znane i moim
            > zdaniem nie do przyjecia.

            Na razie wyraziłeś swoje zdanie, ale nie poparłeś go żadnymi argumentami.

            Opisałem program powstania skóry i równo rozłożonych włosków na skórze. Zajęło
            mi to mniej niż 1kB. Sądzisz że mając 800 000 razy więcej miejsca nie dałbym
            rady opisać wszystkich tkanek w ciele? Ich jest zaledwie kilkaset. A choć opis
            każdego białka zajmuje kilkaset kilobajtów, to każdego z nich mogę użyć w wielu
            miejscach do przesłania zupełnie różnych sygnałów. Infromacja jest więc nieźle
            skompresowana.

            > Majac zakodowany budulec i strukture regulatorow - bialek nie mam
            > jeszcze zadnego pojecia co z tym zrobic.

            Rozumiem że TY nie masz pojęcia. Ale czemu zakładasz że nikt nie ma? Spytaj o
            konkrety.

            > Gdzie sa plany budowy na przyklad mozgu? To jest byc moze najbardziej
            > skomplikowany mechanizm na Ziemi.

            Tak. Ale jest też _jedynym_ tak skomplikowanym układem. Być może nawet połowa z
            tych 800 MB jest poświęcona na jego opis.

            "Surowiec" jest dosyć prosty: sieć neuronowa. Komórki nerwowe wytwarzają swoje
            połączenia w oparciu o proste sygnały międzykomórkowe. Jeśli dwa neurony są
            często aktywowane jednocześnie, to wytwarza się między nimi połączenie. W
            zależności od konkretnej struktury, może być ono wzmacniające bądź hamujące. Ten
            opis dużo miejsca nie zajmuje.

            Problemem jest początkowy stan mózgu - czyli wszystkie instynkty, programy
            interpretacji bodźców zmysłowych, odruchy, popędy itp. Bo one muszą być zapisane
            w DNA. To jest słabo zbadana dziedzina - ale znów, na 400 MB można zmieścić
            dosyć sporo.

            Wyobraźmy sobie dla przykładu, jak zapisać instynkt głodu: komórki żołądka
            wytwarzają jakieś sygnały, które powodują powstanie tkanki nerwowej określającej
            stopień wypełnienia żołądka. Te same komórki wytwarzają jakieś sygnały, mówiące
            neuronom że są częścią "układu głodu". Neurony będące częścią tego układu też
            wysyłają ten sam sygnał i w ten sposób całe połączenie od żołądka do mózgu wie,
            że jest częścią "układu głodu". W mózgu, inne sygnały tłumią ten sygnał i reszta
            mózgu nie uważa się już za "układ głodu".
            Za to ten sam sygnał wywołuje zmiany w innej grupie neuronów, które same
            powstawały jako część "układu apetytu" i są powiązane z obszarami
            odpowiedzialnymi za odróżnianie jedzenia od nie-jedzenia i za programy
            "wkładania czegoś do ust". Te neurony łączą się z neuronami głodu, domykając
            program.
            W ten sposób opracowaliśmy, zakodowany w DNA za pomocą kilkudziesięciu białek,
            program "jak żołądek jest pusty, to trzeba włożyć do ust coś co jest jedzeniem".
            Dla każdego z instynktów może istnieć taki program.

            Taki opis naprawdę nie zajmuje dużo miejsca.

            > Jednym slowem: Nie da sie zmiescic planu budowy calego organizmu
            > czlowieka na dysku, ktorego pojemnosc jest mniejsza, niz przecietnej
            > kamery fotograficznej.

            Da się. Poznaj magiczne słowo, które to umożliwia: kompresja.
            • timoszyk Re: Nobel za matkę białek 12.10.09, 20:45
              asteroida2 napisał:

              > > Dziekuje za ponizsze wyjasnienia. Niestety sa mi znane i moim
              > > zdaniem nie do przyjecia.
              >
              > Na razie wyraziłeś swoje zdanie, ale nie poparłeś go żadnymi
              argumentami.
              >
              > Opisałem program powstania skóry i równo rozłożonych włosków na
              skórze. Zajęło
              > mi to mniej niż 1kB. Sądzisz że mając 800 000 razy więcej miejsca
              nie dałbym
              > rady opisać wszystkich tkanek w ciele?

              Nie pozostaje wiec nic innego jak na podstawie tego opisu
              zajumujacego tylko 1 kb zaczac te skore wreszcie produkowac. Razem z
              wloskami. Lysi sie w koncu uciesza!
              Prosze zapytac tych, ktorzy usiluja to zrobic (na razie z mizernymi
              wynikami), ile juz miejsca w ich komputerach zajmuja opisy metod nad
              ktorymi pracuja.

              Wracam do zrodla: Czy majac informacje zawarta w genomie, bylibysmy
              w stanie wyprodukowac calego czlowieka???
              Odpowiedz jest zdecydowanie negatywna, bo genom ma za mala pojemnosc
              pamieci. Jesli cos sie dzieje pozniej "samo", to znaczy, ze korzysta
              sie z informacji zapisanych gdzie indziej. Kiedys ludzie w Polsce
              montowali sobie telewizory korzystajac z jakichs tam poradnikow i
              mogli takze mowic, ze taki poradnik zawiera cala wiedze potrzebna do
              wyprodukowania telewizora.
              Juz sama ilosc bialek w organizmie (2 miliony, wikipedia) czyni
              nieco dziwnym tak mala ilosc genow - 30 tysiecy. Wynikaloby z tego,
              ze kazdy gen produkuje 30 bialek, a zwykle mowi sie tylko o srednio
              trzech.
              Podawana liczba dwoch milionow nie obejmuje (o ile rozumiem) bialek
              bakterii wspolzyjacych z nami. Czy sie myle?

              Perpetum mobile, takze w dziedzinie informacji nie istnieje.
              Organizm jest niezwykle skomplikowany i informacja o jego budowie
              musi byc gdzies zapisana. Genom jest na to za maly.

              Waclaw Timoszyk
              • asteroida2 Re: Nobel za matkę białek 13.10.09, 10:52
                Przyszło mi do głowy, że twoje wątpliwości biorą się z wizji "planu budowy",
                który opisywałby gdzie w organiźmie znajduje się każda komórka albo każde
                naczynie krwionośne.
                A takiego planu nigdzie nie ma. Genom opisuje tylko wzorzec oddziaływania między
                komórkami. Mówi po prostu, co ma się znajdować obok czego. I to wystarczy.
                Reszta jest dosyć przypadkowa: linie papilarne, ułożenie piegów i pieprzyków,
                położenie włosów, położenie mniejszych naczyń krwionośnych - to wszystko ustala
                się w sposób losowy. Można o tym się łatwo przekonać, porównując te cechy u
                jednojajowych bliźniaków.

                > Prosze zapytac tych, ktorzy usiluja to zrobic (na razie z mizernymi
                > wynikami), ile juz miejsca w ich komputerach zajmuja opisy metod nad
                > ktorymi pracuja.

                Co w tym dziwnego? Przecież my NIE ZNAMY tych sygnałów, NIE WIEMY ile jest
                "trybów pracy" komórki i NIE POTRAFIMY "rozmawiać" z komórkami w ich języku.
                Jeszcze. Wywołanie w komórce trybu pracy "stań się cebulką włosa" jest równie
                trudne jak wywołanie trybu pracy "stań się komórką macierzystą", albo "stań się
                neuronem". Sprowadza się do przekazania jej odpowiednich sygnałów komórkowych. A
                język, w którym to musisz przekazać, zawiera dziesiątki tysięcy słów. Co gorsza,
                jego gramatyka zupełnie nie przypomina języków, którym posługujemy się na co
                dzień. Naprawdę dziwi cię, że opanowanie go zajmuje nam tak dużo czasu?

                > Wracam do zrodla: Czy majac informacje zawarta w genomie, bylibysmy
                > w stanie wyprodukowac calego czlowieka???

                Tak. W sposób, który ci opisałem.

                Przyjrzyj się kiedyś fraktalowi, który powstaje z jednego wzoru matematycznego
                (zajmującego kilkadziesiąt bajtów). Budowa każdego organizmu opiera się na tej
                samej zasadzie.
                Jak bardzo jesteś pewien, że twoje intuicje na temat tego co jest skomplikowane,
                a co nie jest - są poprawne?
                • timoszyk Re: Nobel za matkę białek 13.10.09, 19:41
                  asteroida2 napisał:

                  > Przyszło mi do głowy, że twoje wątpliwości biorą się z
                  wizji "planu budowy",
                  > który opisywałby gdzie w organiźmie znajduje się każda komórka
                  albo każde
                  > naczynie krwionośne.
                  > A takiego planu nigdzie nie ma. Genom opisuje tylko wzorzec
                  oddziaływania międz
                  > y
                  > komórkami. Mówi po prostu, co ma się znajdować obok czego. I to
                  wystarczy.
                  > Reszta jest dosyć przypadkowa: linie papilarne, ułożenie piegów i
                  pieprzyków,
                  > położenie włosów, położenie mniejszych naczyń krwionośnych - to
                  wszystko ustala
                  > się w sposób losowy. Można o tym się łatwo przekonać, porównując
                  te cechy u
                  > jednojajowych bliźniaków.

                  Nie, o to mi nie chodzi. Rozumiem, ze dwa samochody wyprodukowane
                  wedlug tych samych planow beda sie pomiedzy soba roznily, wlasnie
                  tymi "pieprzykami". Niemniej dokumantacja produkcji samochodu wazy
                  zapewne tony, a przeciez samochod jest duzo prostszy od czlowieka.




                  >
                  > > Prosze zapytac tych, ktorzy usiluja to zrobic (na razie z
                  mizernymi
                  > > wynikami), ile juz miejsca w ich komputerach zajmuja opisy metod
                  nad
                  > > ktorymi pracuja.
                  >
                  > Co w tym dziwnego? Przecież my NIE ZNAMY tych sygnałów, NIE WIEMY
                  ile jest
                  > "trybów pracy" komórki i NIE POTRAFIMY "rozmawiać" z komórkami w
                  ich języku.
                  > Jeszcze. Wywołanie w komórce trybu pracy "stań się cebulką włosa"
                  jest równie
                  > trudne jak wywołanie trybu pracy "stań się komórką macierzystą",
                  albo "stań się
                  > neuronem". Sprowadza się do przekazania jej odpowiednich sygnałów
                  komórkowych.
                  > A
                  > język, w którym to musisz przekazać, zawiera dziesiątki tysięcy
                  słów. Co gorsza
                  > ,
                  > jego gramatyka zupełnie nie przypomina języków, którym posługujemy
                  się na co
                  > dzień. Naprawdę dziwi cię, że opanowanie go zajmuje nam tak dużo
                  czasu?


                  Jesli nie znamy tych sygnalow i tego jezyka, to skad wiemy, ze
                  zapisy w tym jezyku beda zajmowac tak malo pamieci? To jest
                  wylacznie pobozne zyczenie.



                  >
                  > > Wracam do zrodla: Czy majac informacje zawarta w genomie,
                  bylibysmy
                  > > w stanie wyprodukowac calego czlowieka???
                  >
                  > Tak. W sposób, który ci opisałem.
                  >
                  > Przyjrzyj się kiedyś fraktalowi, który powstaje z jednego wzoru
                  matematycznego
                  > (zajmującego kilkadziesiąt bajtów). Budowa każdego organizmu
                  opiera się na tej
                  > samej zasadzie.
                  > Jak bardzo jesteś pewien, że twoje intuicje na temat tego co jest
                  skomplikowane
                  > ,
                  > a co nie jest - są poprawne?

                  Odwolanie sie do fraktali jest moim zdaniem jedynym rzeczywiscie
                  racjonalnym sposobem obrony hipotezy, ze genom zawiera cala
                  informacje o ludzkim organizmie. Przy pomocy fraktala mozna opisac
                  bardzo skomplikowane ksztalty przy pomocy stosunkowo niewielkiej
                  ilosci bitow. Stad kuszaca jest teza, ze oto jestesmy takim
                  fraktalem i stad do zapisanie planu budowy naszego organizmu
                  wystarczy te 800MB.
                  Gdyby jednak rzeczywiscie fraktale wykazywaly sie tak wielka
                  elastycznoscia zastosowan, to by je uzyto juz od dawna w roznych
                  dziedzinach. Nasz organizm zawiera chyba wszystkie znane nam
                  urzadzenia: pompuje, ogrzewa, podnosi, przerabia nieskonczona ilosc
                  czasteczek chemicznych, itd. Wiec te fraktale musza byc bardzo
                  elastyczne w zastosowaniach. Tak sie nie dzieje.Dalej ladujemy
                  olbrzymie ilosci danych w wielkie komputery.

                  Teza o fraktalach wydaje mi sie wiec raczej dosc desperacka proba
                  wyjscia z niewatpliwego impasu dotyczacego problemu jaki opisalem. O
                  ile wiem ta teza nie jest poparta zadnymi wyliczeniami.

                  Istnieja wiec dwie mozliwosci. Albo konstrukcja naszego organizmu
                  oparta jest o bardzo proste zasady, ale jeszcze nam nieznane, czyli
                  cos w rodzaju fraktali, tylko o niebo bardziej uniwersalnych, albo w
                  kazdej komorce istnieja o niebo wieksze od genomu depository
                  informacji i zarzadzania komorka.

                  Nalezy bowiem zauwazyc takze problem sterowania procesami komorki.
                  Zasoby mocy obliczeniowej rosna proporcjonalnie do n!, gdzie n jest
                  iloscia elementow. W komorce takich elementow-czasteczek jest
                  przynajmniej wiele tysiecy, a moze i z milion. W jaki sposob
                  utzrymywana jest rownowaga systemu? Zaden wspolczesny komputer nie
                  jest w satnie podaalac takiemu zadaniu, ani nie podola w najbliszym
                  stuleciu, jesli bedzie tak konstruowany jak obecnie. To jest
                  zupelnie inna jakosc.

                  O tym, ze musza byc zrodla informacji poza genomem cwierkaja tez
                  inne argumenty. Jesli bialek mamy 2 miliony, a genow tylko 30
                  tysiecy, to kazdy gen produkuje srednio 60 bialek. Musza w tym
                  uczestniczyc jakies przelaczniki wlaczajace kawalki genow. Gdzie
                  zawiera sie informacja o ich pracy, a nie jest to informacja, ktora
                  mozna zapisac w dwoch linijkach.
                  A gdzie jest informacja o strukturze samego DNA? To nie sa bialka. A
                  informacja o ATP? A sterowanie tymi roznymi sRNA?

                  Pytania mozna mnozyc i jakos mi te 800MB wydaje sie byc bardzo malym.

                  Waclaw Timoszyk
                  • asteroida2 Re: Nobel za matkę białek 14.10.09, 10:14
                    > Nie, o to mi nie chodzi. Rozumiem, ze dwa samochody wyprodukowane
                    > wedlug tych samych planow beda sie pomiedzy soba roznily, wlasnie
                    > tymi "pieprzykami". Niemniej dokumantacja produkcji samochodu wazy
                    > zapewne tony, a przeciez samochod jest duzo prostszy od czlowieka.

                    Nie waży. Jeśli pominiesz te "pieprzyki", pełen opis budowy samochodu zmieści
                    się w kilku MB.

                    > Jesli nie znamy tych sygnalow i tego jezyka, to skad wiemy, ze
                    > zapisy w tym jezyku beda zajmowac tak malo pamieci? To jest
                    > wylacznie pobozne zyczenie.

                    No cóż. To jest pobożne życzenie, ale jeśli nie ma żadnego innego źródła
                    informacji o budowie człowieka, to innych opcji nie mamy.

                    > Gdyby jednak rzeczywiscie fraktale wykazywaly sie tak wielka
                    > elastycznoscia zastosowan, to by je uzyto juz od dawna w roznych
                    > dziedzinach.

                    Zastosowano je. Kompresja fraktalna jest używana wszędzie. Zdjęcie w 16
                    milionach kolorów z dziesięciomegabitowej matrycy zajmuje 30MB. A w postaci jpg
                    zajmuje mniej niż 1MB - właśnie dzięki kompresji fraktalnej. Podobnie kompresuje
                    się filmy i dźwięki. Jeśli sądzisz że fraktale nie są powszechnie używane, to
                    chyba przespałeś ostatnie kilkanaście lat rozwoju informatyki.

                    Nie kompresuje się za to schematów urządzeń i planów architektonicznych. Z
                    jednego tylko powodu: nie ma takiej potrzeby. Te plany są bardzo proste (bo są
                    wymyślane przez ludzi) i nie zajmują dużo miejsca.

                    > Istnieja wiec dwie mozliwosci. Albo konstrukcja naszego organizmu
                    > oparta jest o bardzo proste zasady, ale jeszcze nam nieznane,

                    Tobie może nieznane. Bardzo wielu osobom znane (w tym mi - próbowałem Ci je
                    zresztą opisać).

                    > Nalezy bowiem zauwazyc takze problem sterowania procesami komorki.
                    > Zasoby mocy obliczeniowej rosna proporcjonalnie do n!, gdzie n jest
                    > iloscia elementow. W komorce takich elementow-czasteczek jest
                    > przynajmniej wiele tysiecy, a moze i z milion. W jaki sposob
                    > utzrymywana jest rownowaga systemu?

                    W Polsce jest 40 milionów ludzi. W jaki sposób utrzymywana jest równowaga
                    interakcji pomiędzy nimi wszystkimi?

                    To nie jest problem rzędu n!, wbrew temu co Ci się może wydawać. Bo tylko bardzo
                    niewielki procent interakcji jest istotny, resztę można pominąć. Tak jak
                    człowiek ma istotne relacje z kilkudziesięcioma osobami, tak dla każdego
                    elementu komórki istotna jest interakcja z kilkoma tylko białkami. Problem jest
                    rzędu O(n). Da się go rozwiązać.
                    Oczywiście, to rozwiązanie jest zawsze tylko przybliżone. W społeczeństwach od
                    czasu do czasu dochodzi do rewolucji, a komórki czasem umierają albo stają się
                    komórkami rakowymi.

                    > O tym, ze musza byc zrodla informacji poza genomem cwierkaja tez
                    > inne argumenty. Jesli bialek mamy 2 miliony, a genow tylko 30
                    > tysiecy, to kazdy gen produkuje srednio 60 bialek. Musza w tym
                    > uczestniczyc jakies przelaczniki wlaczajace kawalki genow.

                    Mechanizm jest trochę inny: nazywa się posttranslacyjną modyfikacją białek:
                    en.wikipedia.org/wiki/Posttranslational_modification
                    Nie zakładaj, że problemy o których piszesz są nowe. Ludzie pracują nad nimi od
                    kilkudziesięciu lat i wiele idei które tu przedstawiasz, już się pojawiło.
                    Czasem warto sięgnąć do dorobku innych. :)

                    A teraz trochę zmienię front: wysunąłeś słuszny postulat. W komórce JEST inne
                    źródło informacji. Jest nim struktura samej komórki. Bo DNA, samo z siebie, nie
                    poradziłoby sobie z obróbką informacji, która jest w nim zawarta. Dlatego nie da
                    się po prostu wziąć DNA dinozaura, wsadzić do jajka kury i otrzymać dinozaura.
                    W komórce jajowej działa olbrzymia maszyneria, której "stan" zawiera już mnóstwo
                    infromacji o sposobie działania komórki. Odpowiednie białka znajdują się w
                    odpowiednich miejscach, centrosom zapewnia miejsce do odpowiedniej obróbki
                    białek, mikrotubule wyznaczają szlaki, po których białka mają być transportowane
                    itd. I ta informacja (co gdzie ma się znajdować) NIE JEST zapisana w DNA. Trudno
                    ocenić ile jest tej informacji - może być jej więcej, niż w samym DNA.
                    Przykładowo, ten sposób "zakodowania informacji" o organiźmie sprawia, że
                    klonowanie jest tak niepewną metodą. Bo sama ingerencja w strukturę komórki,
                    nakłucie jej i wprowadzenie DNA do jądra, często tak bardzo zaburza procesy w
                    niej zachodzące, że organizm potem nie rozwija się poprawnie. Istnieją też różne
                    procesy mogące wpłynąć na rozwój organizmu, które nie modyfikują DNA tylko
                    właśnie poddają tę maszynerię różnym stresom.
                    • timoszyk Re: Nobel za matkę białek 15.10.09, 16:58
                      asteroida2 napisał:

                      > > Nie, o to mi nie chodzi. Rozumiem, ze dwa samochody wyprodukowane
                      > > wedlug tych samych planow beda sie pomiedzy soba roznily, wlasnie
                      > > tymi "pieprzykami". Niemniej dokumantacja produkcji samochodu
                      wazy
                      > > zapewne tony, a przeciez samochod jest duzo prostszy od
                      czlowieka.
                      >
                      > Nie waży. Jeśli pominiesz te "pieprzyki", pełen opis budowy
                      samochodu zmieści
                      > się w kilku MB.
                      >

                      Mowie o dokumentacji, a nie o "opisie", bo organizm musi miec
                      dokumentacje tego co ma stwarzac.

                      > > Jesli nie znamy tych sygnalow i tego jezyka, to skad wiemy, ze
                      > > zapisy w tym jezyku beda zajmowac tak malo pamieci? To jest
                      > > wylacznie pobozne zyczenie.
                      >
                      > No cóż. To jest pobożne życzenie, ale jeśli nie ma żadnego innego
                      źródła
                      > informacji o budowie człowieka, to innych opcji nie mamy.


                      Wlasmnie o to chodzi, ze takie inne opisy musza istniec, tylko ich
                      jeszzce nie znamy.


                      >
                      > > Gdyby jednak rzeczywiscie fraktale wykazywaly sie tak wielka
                      > > elastycznoscia zastosowan, to by je uzyto juz od dawna w roznych
                      > > dziedzinach.
                      >
                      > Zastosowano je. Kompresja fraktalna jest używana wszędzie. Zdjęcie
                      w 16
                      > milionach kolorów z dziesięciomegabitowej matrycy zajmuje 30MB. A
                      w postaci jpg
                      > zajmuje mniej niż 1MB - właśnie dzięki kompresji fraktalnej.
                      Podobnie kompresuj
                      > e
                      > się filmy i dźwięki. Jeśli sądzisz że fraktale nie są powszechnie
                      używane, to
                      > chyba przespałeś ostatnie kilkanaście lat rozwoju informatyki.
                      >
                      > Nie kompresuje się za to schematów urządzeń i planów
                      architektonicznych. Z
                      > jednego tylko powodu: nie ma takiej potrzeby. Te plany są bardzo
                      proste (bo są
                      > wymyślane przez ludzi) i nie zajmują dużo miejsca.
                      >
                      > > Istnieja wiec dwie mozliwosci. Albo konstrukcja naszego organizmu
                      > > oparta jest o bardzo proste zasady, ale jeszcze nam nieznane,
                      >
                      > Tobie może nieznane. Bardzo wielu osobom znane (w tym mi -
                      próbowałem Ci je
                      > zresztą opisać).


                      Tak, do kompresji danych fraktale sa uzywane. Niemniej nawet zwykly
                      laptop ma przynajmniej 10GB. Gdyby ta kompresja byla tak skuteczna,
                      to by mial jedynie czasteke tego, co ludzki genom, jesli
                      rzeczywiscie ten genom zawiera cala DOKUMNTACJE organizmu.


                      >
                      > > Nalezy bowiem zauwazyc takze problem sterowania procesami
                      komorki.
                      > > Zasoby mocy obliczeniowej rosna proporcjonalnie do n!, gdzie n
                      jest
                      > > iloscia elementow. W komorce takich elementow-czasteczek jest
                      > > przynajmniej wiele tysiecy, a moze i z milion. W jaki sposob
                      > > utzrymywana jest rownowaga systemu?
                      >
                      > W Polsce jest 40 milionów ludzi. W jaki sposób utrzymywana jest
                      równowaga
                      > interakcji pomiędzy nimi wszystkimi?
                      >
                      > To nie jest problem rzędu n!, wbrew temu co Ci się może wydawać.
                      Bo tylko bardz
                      > o
                      > niewielki procent interakcji jest istotny, resztę można pominąć.
                      Tak jak
                      > człowiek ma istotne relacje z kilkudziesięcioma osobami, tak dla
                      każdego
                      > elementu komórki istotna jest interakcja z kilkoma tylko białkami.
                      Problem jest
                      > rzędu O(n). Da się go rozwiązać.
                      > Oczywiście, to rozwiązanie jest zawsze tylko przybliżone. W
                      społeczeństwach od
                      > czasu do czasu dochodzi do rewolucji, a komórki czasem umierają
                      albo stają się
                      > komórkami rakowymi.

                      Lubie dobre argumenty, a ten jest dobry. Krotko mowiac, omija sie
                      problemy z n! dajac autonomie podmiotom zaleznym. Dlatego system
                      komunistyczny byl tak beznadziejnie nieefektywny, bo tej autonomii
                      nie dawal. Niemniej w przypadku luudzkeigo organizmu nawet n idzie w
                      miliony, a wiec trudno zalatwic sterowanie takim systemem dysponujac
                      800MB. III RP steruja jednak setki tysiecy urzednikow, a kazdy ma
                      mozg wielkosci??? Nie wiem jakiej, bo nikt tego nie policzyl. To
                      znow jeden z nierozwiazanych problemow. W kazdym razie nie jest to
                      800MB



                      >
                      > > O tym, ze musza byc zrodla informacji poza genomem cwierkaja tez
                      > > inne argumenty. Jesli bialek mamy 2 miliony, a genow tylko 30
                      > > tysiecy, to kazdy gen produkuje srednio 60 bialek. Musza w tym
                      > > uczestniczyc jakies przelaczniki wlaczajace kawalki genow.
                      >
                      > Mechanizm jest trochę inny: nazywa się posttranslacyjną
                      modyfikacją białek:
                      > en.wikipedia.org/wiki/Posttranslational_modificationa
                      > Nie zakładaj, że problemy o których piszesz są nowe. Ludzie
                      pracują nad nimi od
                      > kilkudziesięciu lat i wiele idei które tu przedstawiasz, już się
                      pojawiło.
                      > Czasem warto sięgnąć do dorobku innych. :)

                      W to nie watpie. Na sdamym poczatku zaznaczylem, ze nie jestem
                      specjalista, a jedynie prosze o porade, bo mam bardzo duze
                      watpliwosci.


                      >
                      > A teraz trochę zmienię front: wysunąłeś słuszny postulat. W
                      komórce JEST inne
                      > źródło informacji. Jest nim struktura samej komórki. Bo DNA, samo
                      z siebie, nie
                      > poradziłoby sobie z obróbką informacji, która jest w nim zawarta.
                      Dlatego nie d
                      > a
                      > się po prostu wziąć DNA dinozaura, wsadzić do jajka kury i
                      otrzymać dinozaura.
                      > W komórce jajowej działa olbrzymia maszyneria, której "stan"
                      zawiera już mnóstw
                      > o
                      > infromacji o sposobie działania komórki. Odpowiednie białka
                      znajdują się w
                      > odpowiednich miejscach, centrosom zapewnia miejsce do odpowiedniej
                      obróbki
                      > białek, mikrotubule wyznaczają szlaki, po których białka mają być
                      transportowan
                      > e
                      > itd. I ta informacja (co gdzie ma się znajdować) NIE JEST zapisana
                      w DNA. Trudn
                      > o
                      > ocenić ile jest tej informacji - może być jej więcej, niż w samym
                      DNA.
                      > Przykładowo, ten sposób "zakodowania informacji" o organiźmie
                      sprawia, że
                      > klonowanie jest tak niepewną metodą. Bo sama ingerencja w
                      strukturę komórki,
                      > nakłucie jej i wprowadzenie DNA do jądra, często tak bardzo
                      zaburza procesy w
                      > niej zachodzące, że organizm potem nie rozwija się poprawnie.
                      Istnieją też różn
                      > e
                      > procesy mogące wpłynąć na rozwój organizmu, które nie modyfikują
                      DNA tylko
                      > właśnie poddają tę maszynerię różnym stresom.

                      Wlasnie o to mi chodzi! Zrodlem informacji, zapewne o wiele
                      wazniejszym od genomu, a przede wszystkim o wiele zasobniejszym,
                      jest sama komorka, czyli jakies w niej miejsca, gdzie sie te
                      informacje znajduja. Wydaje mi sie, ze niewiele o nich wiadomo, a
                      sprawe przedstawia sie tak, jak gdyby GENOM byl Bogiem.

                      Latwiej jednak dostac grant na badanie czegos juz znanego, niz na
                      szukanie igly (igiel? w stogu siana.

                      Mimo to, wedlug mnie, rozwiazanie problemu rozgryzienia procesow
                      przetwarzania informacji w komorce nie konczy sprawy. W koncu
                      jestesmy agregatem trylionow komorek i do tego jeszcze posiadamy cos
                      tak tajemniczego jak swiadomosc. Struktura tego agregatu musi byc
                      tez gdzies zapisana. Nie lubie mocnych slow, ale 800MB wobec ogromuu
                      tych zadan wydaje mi sie zupelnie smieszna wielkoscia.

                      Odnosze wrazenie, ze mamy jednak dosc zblizone poglady na swiat,
                      chcoiaz zapewne inne wyksztalcenie. byc moze nawet nie. Przecietny
                      biolog nie jest za bardzo obznajomiony z symbolika O(n).


                      Pozdrawiam. juz wiecej nie bede wracal.


                      Waclaw Timoszyk

Nie masz jeszcze konta? Zarejestruj się


Nakarm Pajacyka