Dodaj do ulubionych

GENY a kazirodztwo

11.01.11, 03:11
Tak sie ostatnio zastanawiam nad szkodliwoscia kazirodztwa. Jedni twierdza, ze jest szkodliwe, inni, ze nie...

Zrobilem mala symulacje na kompie, oczywiscie mocno uproszczona wiec nie wiem na ile oddaje rzeczywistosc, no i mam nadzieje, ze sie nie ryplem gdzies.

Przyjalem, ze wychodzimy z populacji idealnie zdrowej, w ktorej zachodza mutacje recesywne genow. Pukaja sie tylko rowiesnicy, nie ma stalych zwiazkow, mozna nawet zrobic dziecko samemu sobie. :) Kazdy osobnik ma 10 genow.

Wyniki dla 10 prob:

Dla populacji 10 osobowej przez 100 pokolen:

Ilosc genow chorych: 3-28, srednio 18,7%
Recesywnych (zdrowy, ale moze "zarazic"): 18-37, srednio 25,7%
Idealnych: 46-70, srednio 55,6%

Dla populacji 100 os.:

Chore: 51-92, sr.: 6,09%
Reces.: 308-419, sr: 31,61%
Ideal: 489-633, sr: 52,3%

Czyli im wieksza populacja tym wyniki bardziej stabilne, wiecej genow srednich - recesyjnych. W malej populacji mamy wieksze ryzyko zachorowan, ale tez wieksze, ze bedzie ich mniej, a wiecej zostanie idealnych, zalezy jak sie uda.

Czyli generalnie tak jak sie nalezalo spodziewac.

Ale ciekawostka jest, ze w populacji 4-osobowej zdarza sie, i to wcale nie rzadko, ze w 10 pokoleniu wszyscy sa nadal idealni.

W 1000 pokoleniu wychodza prawie wszystkie geny chore, nawet w populacji 1000-osobowej. Zalozylem, ze choroby nie sa smiertelne i nie powoduja bezplodnosci (w dobie invitro wszystko mozliwe :P).

Warto by bylo sie tym pobawic, zbadac poszczegolnych osobnikow, czy geny...

Zaznaczam, ze nie znam sie na genetyce, model wymyslilem intuicyjnie, nie wiem np. dlaczego wszedzie sie mowi tylko o mutacjach recesyjnych... Moze ktos cos wie na ten temat... ?

Jak ktos sie chce pobawic lub znalezc bledy wklejam program:

CLS
DIM OSO(1000,10) 'OBOBNIK(NR OSOBNIKA,NR GENU) - RODZICE
DIM OSD(1000,10) ' DZIECI
FOR I=1 TO 10
INPUT "POP:";POP ' WIELKOSC POPULACJI
FOR N=1 TO POP ' NA POCZATKU WSZYSCY PO 2 DOBRE GENY
FOR F=1 TO 10
OSD(N,F)=2
OSO(N,F)=2
NEXT F
NEXT N
FOR N=1 TO 1000 ' ILOSC POKOLEN
FOR F=1 TO POP ' DZIEDZICZENIE
GEN=RAND(10)+1 ' LOSUJEMY GEN
OSO(F,GEN)=OSO(F,GEN)-1 ' MUTACJA GENU
IF OSO(F,GEN)<0 THEN OSO(F,GEN)=0
' PRINT "MUTACJA",F,GEN,OSO(F,GEN)
GEN=RAND(10)+1
G1=OSO(RAND(POP)+1,GEN) ' LOSUJEMY OSOBNIKA, POBIERAMY LOSOWY GEN
G2=OSO(RAND(POP)+1,GEN) ' TU Z OSOBNIKA 2
SUM=G1+G2
IF SUM=4 THEN OSD(F,GEN)=2 ' Z 2 DOBRYCH 2 DOBRE
IF SUM=3 THEN OSD(F,GEN)=1+RAND(2) ' 1 DOBRY I 2 DOBRE
IF SUM=2 ' 2 DOBRE I 0 DOBRYCH LUB 1 DOBRY I 1 DOBRY
IF G1=0 OR G2=0 THEN OSD(F,GEN)=1 ' 0 DOBRYCH I 2 DOBRE DAJA 1 DOBRY
IF G1=1 ' 1 DOBRY I 1 DOBRY
LOS=RAND(4)
IF LOS=3 THEN LOS=1 ' 2 SZANSE NA 1 DOBRY
OSD(F,GEN)=LOS
ENDIF
ENDIF
IF SUM=1 THEN OSD(F,GEN)=RAND(2) ' 1 DOBRY 0 DOBRYCH DAJA 1 LUB 0
IF SUM=0 THEN OSD(F,GEN)=0 ' 0 DOBRYCH
' PRINT GEN,G1,G2,OSD(F,GEN)
' INPUT A$
NEXT F
G0=0
G1=0
G2=0
FOR F=1 TO POP ' ZMIANA POKOLEN
FOR G=1 TO 10
GEN=OSD(F,G)
OSO(F,G)=GEN
IF GEN=0 THEN G0=G0+1
IF GEN=1 THEN G1=G1+1
IF GEN=2 THEN G2=G2+1
NEXT G
NEXT F
' IF N<1100 THEN PRINT N,G0,G1,G2
' IF N MOD 10=0 THEN INPUT A$
NEXT N
PRINT N,G0,G1,G2
INPUT A$
NEXT I
Obserwuj wątek
    • facet123 Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 09:20
      > Tak sie ostatnio zastanawiam nad szkodliwoscia kazirodztwa. Jedni twierdza, ze
      > jest szkodliwe, inni, ze nie...

      Zdaje się, że już nie uważa się, że kazirodzwto prowadzi do jakiegoś drastycznego większenia pradopodobieństwa mutacji genetycznych. Przynajmniej nie na tyle aby delegalizacja procederu wydawała się uzasadniona.
      Z drugiej strony tabu związane z kazirodztwem jest jednym najbardziej ugruntowanych i występujących w praktycznie wszystkich kulturach co prowadzi do pytania skąd się ono wzięło. Być może kiedyś warunki w jakich następowało krzyżowanie były nieco inne i prawdopodobieństwo mutacji było większe.

    • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 10:47
      Nie bardzo wiem, co założyłeś, jeśli chodzi o mutacje. Jednorazowa czy wielokrotne. Jak często zachodzą, ilu genów dotyczą. Na pierwszy rzut oka- każdy z każdym nie może się pukać, z sobą też nie:), musisz uwzględnić podział na płcie. Jeśli założyłeś oddzielenie pokoleń, to dobrze. Nie podałeś, czy reprodukcja jest prosta, czy rozszerzona. Geny są recesywne, dla formalności. Samego programu nie potrafię ocenić, nie moja działka, ale wyważasz otwarte drzwi. Genetykę populacji opisuje Prawo Hardy’ego-Weinberga, które można streścić:
      Częstość występowania, czyli frekwencję, każdego z możliwych genotypów (AA, Aa, aa) w potomstwie oblicza się z iloczynu frekwencji alleli A i a w komórkach jajowych i plemnikach. Ponieważ p + q = 1, to (p + q)2 = 1; rozwijając tę zależność, możemy znaleźć związek między frekwencją alleli a frekwencją genotypów w populacji. W wyniku rozwinięcia równania otrzymujemy frekwencję genotypów w potomstwie: p2 + 2pq + q2 = 1,
      przy czym:
      p2 – frekwencja genotypu AA,
      2pq – frekwencja Aa,
      q2 – frekwencja aa.

      przyjmujemy następujące oznaczenia:
      p = częstość allelu A w populacji,
      q = częstość allelu a w populacji.
      Przyjmując wcześniejsze założenia, otrzymamy sumę częstości, czyli p + q = 1. Znając wartość p, można wyznaczyć wartość q i odwrotnie.
      Nie jest to ściśle prawo Hardy’ego-Weinberga, ale jego rachunkowa konsekwencja.
      Jeśli chcesz się bawić, to się baw. To taka szkolna genetyka.
      Wracając do tematu kazirodztwa- nie jest to problem mutacji, ale ujawnienia się ewentualnych szkodliwych genów recesywnych już istniejących w genomie. Przy kojarzeniu krewniaczym rośnie homozygotyczność (prawdopodobieństwo wystąpienia kombinacji AA, aa) i w związku z tym szansa na ujawnienie się cechy powodowanej parą genów recesywnych(aa). Mniejsza przy krzyżowaniu rodzeństwa, większa w linii rodzic- dziecko. To teoretycznie w dużym skrócie. Praktycznie jest to problem kulturowy, a nawet bardziej religijny.
      • bimota Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 12:45
        W kazdym pokoleniu mutuje kazdemu 1 gen, czyli 10%. AA w Aa, Aa w aa, aa w aa (czyli zmienia sie mniej niz 10%).

        Podzial na plcie wyraznie zmieni wyniki ?

        Reprodukcja miala byc prosta - po splodzeniu dzieci zajmuja one miejsce rodzicow. Tu namieszalem bo zamiast reprodukowac osobnika zmienam mu tylko losowo 1 gen... Wieczorem postaram sie poprawic.

        Wiem, ze wywazam, nawet nie szukalem w sieci czy juz taki program jest, ale same prawdopodobienstwa chyba nie rozwiazuja tego problemu.

        Co do zakazu to pewnie powstal na zasadzie: urodzila sie kaleka w rodzinie niekazirodczej - zdarza sie..., w kazirodczej - winne kazirodztwo, no i czestsze rodzenie kalek bardziej zwraca uwage niz czestsze rodzenie ludzi zdrowszych, bo chorobe widac, dobrych genow juz nie bardzo...
        • nihil-istka kazirodztwo to potworne zboczenie 11.01.11, 13:09
          i niech tak zostanie
          • bimota Re: kazirodztwo to potworne zboczenie 11.01.11, 13:20
            To Adam i Ewa, a przynajmniej ich dzieci, byli zboczeni, a ty te zboczone geny odziedziczylas...
            • ka_p_pa Re: kazirodztwo to potworne zboczenie 11.01.11, 13:24
              Niech sobie poczyta o córkach Lota, jak z własnym tatusiem.
              • titta Re: kazirodztwo to potworne zboczenie 24.01.11, 15:57
                Niech sobie poczyta co sie z ich dziecmi potem stalo ;)
        • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 13:31
          > zamiast reprodukowac osobnika zmienam mu tylko losowo 1 gen... Wieczorem postaram sie >poprawic.

          Pamiętaj o parze genów:)

          > same prawdopodobienstwa chyba nie rozwiazuja tego problemu.

          Same. W dziedziczeniu, bez badania genomu mamy do czynienia wyłącznie z prawdopodobieństwem.
          Na marginesie- musi Ci się nudzić:)

          > Co do zakazu to pewnie powstal na zasadzie: urodzila sie kaleka w rodzinie niek
          > azirodczej - zdarza sie..., w kazirodczej - winne kazirodztwo, no i czestsze ro
          > dzenie kalek bardziej zwraca uwage niz czestsze rodzenie ludzi zdrowszych, bo c
          > horobe widac, dobrych genow juz nie bardzo...

          No właśnie to nie jest takie oczywiste. Tak czy owak ok. 3 procent ludzi rodzi się "kaleczne". To bardzo marny wynik, jak na Inteligentny Projekt.
          • bimota Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 13:45
            > Same. W dziedziczeniu, bez badania genomu mamy do czynienia wyłącznie z prawdop
            > odobieństwem.

            Ale prawdopodobienstwo poda chyba idealny rozklad, a tu chodzi o to, ze sa odchyly od sredniej.

            > No właśnie to nie jest takie oczywiste. Tak czy owak ok. 3 procent ludzi rodzi
            > się "kaleczne". To bardzo marny wynik, jak na Inteligentny Projekt.

            Wymyslil bys lepszy ? Czy bez tych kalek byla by mozliwa ewolucja ?
            • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 14:09
              > Ale prawdopodobienstwo poda chyba idealny rozklad, a tu chodzi o to, ze sa odch
              > yly od sredniej.

              Nie rozumiem. Poda rozkład prawdopodobny.
              Na prawdę, daruj sobie. Już przy tylko 10 genach każdy osobnik wytwarza 100 możliwych kombinacji gamet, które mogą łączyć się z setką możliwych kombinacji gamet drugiego osobnika. Musisz porobić mnóstwo założeń i wykonać pracę nie wartą efektu.

              > Wymyslil bys lepszy ?
              Ja? Ja nie jestem wszechwiedzący, wszechmocny, wszechcośtamdalej, ale gdyby do mnie przyszedł projektant z projektem zakładającym taki procent braków przy produkcji, to bym go wywalił na zbity pysk.

              > Czy bez tych kalek byla by mozliwa ewolucja ?

              A no właśnie.

              • bimota Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 14:53
                Jak do mnie by przyszedl projektant z takim projektem jak czlowiek tob ym mu dal 10 nobli z rzedu...

                > > Czy bez tych kalek byla by mozliwa ewolucja ?
                >
                > A no właśnie.

                A no wlasnie... ZAlezy na czym nam zalezy. Czy na zminimalizowaniu bledow, czy na tym by projekt sie rozwijal...
              • bimota Re: GENY a kazirodztwo 12.01.11, 11:19
                Tak sobie jeszcze mysle czy te 3% to faktycznie duzo... Chyba wieksza ilosc sprzetu oddaje do reklamacji niz 3%... Tu mamy dodatkowo produkt samonaprawialny. Mimo pojawiania sie mutacji iosc chorych jest stala.
                • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 12.01.11, 13:08
                  > Tak sobie jeszcze mysle czy te 3% to faktycznie duzo

                  To jakby wątek poboczny niedoskonałości konstrukcji i nie uwzględnia jednej sprawy- te 3 procent to ilość "braków" już po wyjściu za bramę fabryki. Należy dodać jeszcze 75 procent braków w trakcie produkcji- 3/4 zapłodnionych komórek w warunkach naturalnych obumiera w różnych fazach ciąży.
                  • bimota Re: GENY a kazirodztwo 12.01.11, 13:43
                    Jak co sie psuje to zwykle z powodu wady fabrycznej. I pytanie co uznajemy za produkt Boga, czy pojedynczego czlowieka, czy caly swiat, w ktorym rodza sie ludzie.

                    Jest wiele produktow majacych spory odrzut przy produkcji...
            • nihil-istka Grzech to zlamanie prawa naturalnego 11.01.11, 14:29
              Prawo naturalne to prawo ewolucji. Popatrzcie na populacje ktore musialy in breed , np Akhenazi Zydow. Jest tam wyjatkowo duzo chorob dziedzicznych jak Tay Sachs itp.
              Kazirodztwo to smierc garunku.
              • ka_p_pa Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego 11.01.11, 16:02
                > Prawo naturalne to prawo ewolucji.

                A cóż to za dziwaczna teza?
                • nihil-istka Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego 11.01.11, 16:15
                  Dlaczego dziwaczna? Cechy ewolucyjnie niekorzystne dla gatunku sa eliminowane przy pomocy zwierzecych instynktow a u czlowieka dodatkowo przez kulturowe tabu.
                  • ka_p_pa Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego 11.01.11, 16:30
                    > Dlaczego dziwaczna? Cechy ewolucyjnie niekorzystne dla gatunku sa eliminowane
                    > przy pomocy zwierzecych instynktow a u czlowieka dodatkowo przez kulturowe tab
                    > u.

                    A co to są cechy ewolucyjnie niekorzystne? Ktoś opisał mechanizm usuwania tych cech? Poproszę o źródło.
                    • nihil-istka Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego 11.01.11, 17:22
                      Mechanizm usuwania instynktu kazirodztwa? Ewolucja nigdy do wytworzenia takiego isntynktu nie dopuscila. Survival of the fittest. Potomstwo z kazirodzczego zwiazku nie jest fittest.
                      • ka_p_pa Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego 11.01.11, 17:37
                        .
                        nihil-istka napisała:

                        Ewolucja nigdy do wytworzenia takiego
                        > isntynktu nie dopuscila. Survival of the fittest. Potomstwo z kazirodzczego
                        > zwiazku nie jest fittest.

                        Kolejna dziwaczna teza nieznana nauce. Nie istnieje pojęcie "ewolucja dopuściła" lub nie dopuściła. Tworzysz "naukę" na poczekaniu nie odpowiadając na uprzednio zadane pytania, więc przypomnę:
                        co to jest "prawo naturalne" utożsamiane z "prawem ewolucji"
                        co to są "cechy ewolucyjnie niekorzystne"
                        co to jest "mechanizm usuwania cech ewolucyjnie niekorzystnych"

                        tu masz przebieg wymiany zdań:
                        Prawo naturalne to prawo ewolucji. Popatrzcie na populacje ktore musialy in breed , np Akhenazi Zydow. Jest tam wyjatkowo duzo chorob dziedzicznych jak Tay Sachs itp.
                        Kazirodztwo to smierc garunku.
                        Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego
                        ka_p_pa 11.01.11, 16:02 Odpowiedz
                        > Prawo naturalne to prawo ewolucji.

                        A cóż to za dziwaczna teza?
                        Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego
                        nihil-istka 11.01.11, 16:15 Odpowiedz
                        Dlaczego dziwaczna? Cechy ewolucyjnie niekorzystne dla gatunku sa eliminowane przy pomocy zwierzecych instynktow a u czlowieka dodatkowo przez kulturowe tabu.
                        Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego
                        ka_p_pa 11.01.11, 16:30 Odpowiedz
                        > Dlaczego dziwaczna? Cechy ewolucyjnie niekorzystne dla gatunku sa eliminowane
                        > przy pomocy zwierzecych instynktow a u czlowieka dodatkowo przez kulturowe tab
                        > u.

                        A co to są cechy ewolucyjnie niekorzystne? Ktoś opisał mechanizm usuwania tych cech? Poproszę o źródło.
                        Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego
                        nihil-istka 11.01.11, 17:22 Odpowiedz
                        Mechanizm usuwania instynktu kazirodztwa? Ewolucja nigdy do wytworzenia takiego isntynktu nie dopuscila. Survival of the fittest. Potomstwo z kazirodzczego zwiazku nie jest fittest
              • tlenek_wegla Re: Grzech to zlamanie prawa naturalnego 12.01.11, 10:47
                Jakie inne oprocz tay-sachsa? Istnieje tez teoria, ze to "zwyrodnienie" OUN wiaze sie ze zwiekszona inteligencja. Moze byc wiec traktowane jak anemia sierpowata. Niby defekt, ale korzystny w pewnych warunkach...


    • asteroida2 Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 15:47
      Mam wrażenie, że skala jest tu jednak istotna. I możesz spokojnie rozszerzyć swoją symulację do bardziej realistycznej wartości, np. 30 000 genów, bez przeciążenia komputera.

      Częstotliwość mutacji jest kwestią problematyczną. Wiki podaje rozrzut 10^-6 do 10^-10 na parę zasad na pokolenie, więc nie jest to specjalnie pomocne.
      en.wikipedia.org/wiki/Gene
      Ale można zacząć z drugiej strony. Wiadomo, że w populacji ludzi rodzi się około 3% ludzi z chorobami genetycznymi. Jeśli założysz, że taka choroba to po prostu objaw posiadania dwóch zepsutych kopii tego samego genu, to znaczy, że taka zepsuta para trafia się raz na 3%/30000 = 1/1000000 genów. Czyli około 1/1000 genów w populacji jest zepsuta. Na każdego człowieka przypada ich około 30. Zwykle żaden z nich się nie ujawnia, bo druga kopia działa prawidłowo.

      Ale jeśli dochodzi do kazirodztwa, przykładowo brata z siostrą, to istotnie zwiększa się prawdopodobieństwo dostania tej samej zepsutej kopii od któregoś z dziadków w dwóch egzemplarzach. Każdy z 30 zepsutych genów ma 1/4 szansę zdublować się u potomka. Szansa, że dla żadnego to nie zajdzie, jest więc rzędu (3/4)^30 < 0.01%

      Te szacowania są dosyć zgrubne i możnaby tu pobawić się użytymi liczbami. Można też rozbudować model: część chorób genetycznych nie jest związana z wadliwą kopią genów, ale z ich zdublowaniem lub brakiem. Niektóre geny są w więcej niż dwóch kopiach, co sprawia że nawet większa liczba wadliwych kopii nie jest zagrożeniem. Z drugiej strony, część genów jest przekazywana w chromosomie X, który mężczyźni mają tylko w jednej kopii.

      Ale wydaje się, że tak czy inaczej, związki kazirodcze niosą duże prawdopodobieństwo chorób genetycznych, niezależnie od prędkości zachodzenia mutacji. I dlatego wiele zwierząt ma instynktowne mechanizmy powstrzymujące przed tym.
      • bimota Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 16:58
        Jak wywnioskowales., ze z 1/1000000 pary wychodzi 1/1000 wadliwych ?

        Każdy z 30 zepsutych genów ma 1/4 szansę zdublowa
        > ć się u potomka

        DLczego 1/4 ?
        • asteroida2 Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 17:38
          > Jak wywnioskowales., ze z 1/1000000 pary wychodzi 1/1000 wadliwych ?

          Założyłem, że każdy gen u każdego człowieka jest wadliwy z takim samym prawdopodobieństwem x. Wtedy prawdopodobieństwo wystąpienia dwóch wadliwych kopii dla każdego genu wynosi x^2. Skoro x^2=1/1000000, to x=1/1000.

          > Każdy z 30 zepsutych genów ma 1/4 szansę zdublować się u potomka
          >
          > DLczego 1/4 ?

          Bo potomek dostaje jedną kopię genu od ojca i jedną od matki. Jeśli np. dostał wadliwą kopię od ojca, to jest 50% szans na to, że ma ją też jego siostra. A jeśli ma, to jest 50% szans na to, że przekaże ją dziecku.
          • bimota Re: GENY a kazirodztwo 11.01.11, 19:46
            Ale wychodziles od dziadkow. Jesli dziadek ma aA, a babcia AA to by rodzice mieli Aa jest tez szansa 1/4 czyli lacznie chyba 1/16 by dziecko dostalo aa.
            • asteroida2 Re: GENY a kazirodztwo 12.01.11, 10:39
              > Ale wychodziles od dziadkow. Jesli dziadek ma aA, a babcia AA to by rodzice mieli
              > Aa jest tez szansa 1/4 czyli lacznie chyba 1/16 by dziecko dostalo aa.

              Tak, masz rację. Trochę sobie uprościłem, bo liczyłem w sumie dla wszystkich linii.
              Dokładniej to powinno wyglądać tak: Dziadek ma dwie linie DNA i babcia ma dwie linie DNA. Razem cztery linie. Każdy gen wnuczka, który jest dzieckiem rodzeństwa, pochodzi z jednej z tych 4 linii. Na każdej linii jest 30 wadliwych genów - w sumie 120. I dla każdego z tych wadliwych genów, szansa że wnuczek dostanie go dwa razy, wynosi 1/16.
    • bimota Re: GENY a kazirodztwo 12.01.11, 00:46
      Poprawilem programik. Usunalem mozliwsc pukania z soba, zamiast mutacji wprowadzilem losowo kazdemu po 1 genie recesywnym, czyli 10%. Niewiele to zmienilo. Przy malej populacji jest ryzyko zwiekszenia genow "chorobowych", ale jak mamy szczescie to moga nam sie nawet wszystkie geny naprawic. Przy duzej wszystko sie utrzymuje mniej-wiecej na stalym poziomie.

      Postanowilem sprawdzic czestotliwosc wystepowania uszkodzonej calej pary. Czyli ile pojawilo sie osob z uszkodzonym calkowicie przynajmniej 1 genem w calej populacji przez 10 pokolen.

      Wyniki dla 10 prob:

      Populacja 4-osobowa: 2,5%-82,5%, srednio 35%
      10-osobowa: 1-20%, srednio 7,6%
      100-osobowa: 1,6-5,5%, srednio 3,21%
      1000-osobowa: 2,06-2,86%, srednio 2,569%

      Czyli w skrajnie malej populacji moga byc chorzy prawie wszyscy, w duzej - tylko ok. 3%. Prosze, wynik podobny jak w rzeczywistosci... :)

      Zastanawiam sie czy podobny programik (albo program) pracuje w komputerze genowym i czy jest tam biologiczny generator liczb losowych... :)
    • bimota Re: GENY a kazirodztwo 12.01.11, 11:41
      Kilka rzeczy wydaje mi sie ciekawych..

      Nawet dla malych populacji bardzo rzadko sie zdarza by 1 osoba miala wiecej niz 1 calkowicie uszkodzony gen. PRzyjeta przeze mnie wyjsciowa grupa miala po 1 genie czesciowo uszkodzonym (czyli 10%, wydaje sie to duzo), a 90% bez uszkodzen i te proporcje sa utrzymywane, calkowicie uszkodzone geny to zwykle ponizej 0,5%. Dla grupy 1000 osob czesciowo uszkodzonych jest ok 1000 genow, ale ilosc calkowicie uszkodzonych waha sie miedzy 20 a 40, jak z tego wziac srednia i podniesc do 2 potegi, tak jak to zalozyl Astera, to wyjdzie faktycznie ok. 1000, ale wahania sa dosc spore.
      • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 12.01.11, 13:02
        Wyszło Ci to, co powinno wyjść zgodnie z prawem Hardy’ego-Weinberga:
        częstość genów pozostaje stała zgodnie z rozkładem dwumianowym:
        p2AA + 2p(1-p)Aa + (1-p)2aa
        gdzie
        p - frekwencja allelu A
        q = 1-p - frekwencja allelu a

        Bez znaczenia dla obliczeń jest przyjęta wyjściowa wielkość frekwencji badanego genu. Jeśli zakładasz brak dalszych zmian w populacji, to frekwencja genów nie ulega zmianie bez względu na jej wielkość i ilość pokoleń.
        I jest to bez znaczenia dla rozpatrywanego zagadnienia kazirodztwa. Prawdopodobieństwo wystąpienia ukrytej wady jest takie samo u ludzi kopulujących kazirodczo, jaki tych kopulujących po bożemu. Wzrasta jedynie prawdopodobieństwo wystąpienia homozygoty i ujawnienia się wady. To podstawy genetyki.
        • bimota Re: GENY a kazirodztwo 12.01.11, 15:55
          Cokolwiek wyjdzie zawsze bedzie zgodne. Ale co z tego... ?
        • titta Re: GENY a kazirodztwo 24.01.11, 19:36
          > Wyszło Ci to, co powinno wyjść zgodnie z prawem Hardy’ego-Weinberga
          >częstość genów pozostaje stała zgodnie z rozkładem dwumianowym

          eee...a model przypadkiem nie zakladal mutacji? W dodatku jesli dodamy smiertelnosc homozygot to juz w ogole nie mowimy o neutralnej ewolucji ;)
          • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 24.01.11, 20:26
            titta napisała:

            > > Wyszło Ci to, co powinno wyjść zgodnie z prawem Hardy’ego-Weinberga
            >
            > >częstość genów pozostaje stała zgodnie z rozkładem dwumianowym
            >
            > eee...a model przypadkiem nie zakladal mutacji?
            Ostatecznie chyba nie, miała być jedna mutacja na początku i badany rozkład genotypów w kolejnych pokoleniach. Kolega bardzo zamotał

            > W dodatku jesli dodamy smiertelnosc homozygot to juz w ogole nie mowimy o neutralnej ewolucji ;

            A i owszem, nie to rozważałem.
    • nihil-istka Ashkenazi Jews 12.01.11, 14:57
      Grupa Zydow Wschodnio-Europejskich (Ashkenazi) zyjaca czesto w malych , izolowanych spolecznosciach z intensywnym in-breeding jest dowodem na wiele chorob genentycznych spowodowanych przez in-breeding; Tay Sachs, Sandhall, Gauchers, Nieman-Pick,Bloom,Fanconi, FMF, Cystic Fiborsis.
      • titta Re: Ashkenazi Jews 24.01.11, 16:09
        To samo z psami rasowymi.
    • bimota Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 01:28
      Ale jaja... Zmienilem kompa i wyniki zaczely mi wychodzic stabilniejsze i wyzsze... Dla 10 os. skoczylo z 7,6 do 18%, dla 100 os z 3,2 do 4,8%...

      Dodalem zakaz pukania rodzenstwa, wyszlo nawet troche wiecej chorych niz bez zakazu, ale w granicach bledu. Mozna powiedziec, ze nic ten zakaz nie daje... Nie wiem czy bedzie mi sie chcialo wprowadzac jeszcze zakaz dla kuzynow...

      A po co sa 2 plcie ?
      • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 10:30
        Jak się bawisz to mam propozycję. Zrób założenie czegoś na kształt naturalnej selekcji- uśmiercaj wszystkich aa czyli osobniki chore i nie daj im się w ten sposób dalej rozmnażać. To się dopiero zdziwisz.
        • bimota Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 14:27
          Rozumiem, ze usmiercic 1 i w to miejsce plodze kolejnego...
          • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 14:38
            > Rozumiem, ze usmiercic 1 i w to miejsce plodze kolejnego...

            Może być i tak, możesz też skazać parę na śmierć bezpotomną, a w to miejsce wprowadzić egzemplarz inny niż aa. Taka eugenika. Tak nawet lepiej, bo przekonasz się, ile pokoleń potrzeba, by na drodze selekcji wyeliminować z populacji cechę warunkowaną genem recesywnym, a tak to się mniej więcej odbywa w naturze.
            • bimota Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 15:58
              Ale ja badam statystyke calosci. Badanie pojedynczych genow jest bardziej skomplikowane..
              • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 17:54
                > Ale ja badam statystyke calosci. Badanie pojedynczych genow jest bardziej skomp
                > likowane..

                Nic podobnego. Nie ma statystyki całości bez zbadania jednego genu. Zakalapućkałeś się:)

                Podawałem Ci znany od dawna wzór na frekwencję genów.
                Gdy założysz jednorazową mutację, która spowoduje zmianę jednego genu( A przejdzie w a) u jednego osobnika w populacji 10 sztuk, to policzona(nawet w pamięci) frekwencja zmutowanego genu będzie wynosić 1/20, czyli 0,05( 2 geny na osobnika, 10 osobników). Z samej treści prawa Hardy'ego - Weinberga wynika, że jeśli dalej nie będą następować mutacje, pokolenia będą oddzielone, nic nie będzie z czy do populacji migrować, to frekwencja genu nie zmieni się w kolejnych pokoleniach.Sprawa kazirodztwa nie ma tu nic do rzeczy.
                To oczywiście tak w przyrodzie nie działa, to model teoretyczny, tak jak założenie małej populacji.
                To podstawowa wiedza na temat jakichkolwiek rozważań nad genetyką populacji, jak już pisałem, wyważasz otwarte drzwi. Ale temat ciekawy, więc podrzucę kolejny przydatny wzór, też już dawno wyprowadzony, na frekwencję niepożądanego genu recesywnego po n pokoleniach przy zastosowaniu selekcji eliminującej homozygoty z tym genem:

                przyjmujemy, że gen A to P
                więc gen a to Q czyli 0,05
                ilość pokoleń to n przyjmijmy 10 pokoleń

                wzór- Qn =Q/1 +(nxQ)

                w Twoim modelu będzie to

                Q10=0,05 dzielone przez 1+(10 razy 0,05)= 0,05 dzielone przez 1+0,5=0,333 i 3 w okresie

                z 0,05 spadnie do 0,0333
                O tyle można obniżyć obecność genu recesywnego w Twoim modelu po 10 pokoleniach eliminując z grupy osobniki aa przy wcześniej założonym losowym modelu krzyżowania.
                Uf, musiałem sięgnąć pamięcią 30 lat wstecz. Jeśli ktoś widzi błąd, to niech poprawi.
                • bimota Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 21:51
                  JESLI BADANIEM NAZYWASZ PRZECZYTANIE GENU TO BADAM. Mi chodzilo o sledzenie genow konkretnego osobnika przez kilka pokolen.

                  frekwencja genu nie zmieni się w kolejnych pok
                  > oleniach.
                  Sprawa kazirodztwa nie ma tu nic do rzeczy.

                  Ale chodzi o to by bylo jak najmniej aa...

                  PRZYPOMNIALO MI SIE, ze u mnie jest smierc, tyle ze losowa...
                  • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 23:12
                    > Ale chodzi o to by bylo jak najmniej aa...
                    >
                    > PRZYPOMNIALO MI SIE, ze u mnie jest smierc, tyle ze losowa...

                    Nie zmienia to dokładnie nic w wyliczeniach, jakie przedstawiłem. Selekcja, tyle że naturalna.

                    >Mi chodzilo o sledzenie genow konkretnego osobnika przez kilka pokolen.

                    To po co komplikujesz i dokładasz nic nie znaczące inne geny? Dokładaj sobie osobniki i pokolenia, a zaniedbuj inne informacje.

                    > Ale chodzi o to by bylo jak najmniej aa...

                    I tu dochodzimy do sedna sprawy. Wykazałem przecież, że kazirodztwo nie zwiększa w populacji niepożądanych genów recesywnych warunkujących chorobę. Kazirodztwo nie wywołuje przecież mutacji, ale jedynie może je ujawnić. I w związku z większym prawdopodobieństwem ujawnienia niepożądanych genów recesywnych u potomstwa z takiego krzyżowania(aa), które to potomstwo podlega naturalnej bądź celowej selekcji, kazirodztwo zmniejsza pulę genu a w populacji.
                    • bimota Re: GENY a kazirodztwo 14.01.11, 01:21
                      Jakie osobniki mam dokladac ?
    • nihil-istka kazirodstwo to smierc gatunku 13.01.11, 11:34
      Kazirodztwo to smierc gatunku i bzdety ignoranta Bimota , ktory geny na palcech liczy, to zalosna ignorancja. Nigdy by nie doszlo do ewolucji wielokomorowcow jesliby organizmy rozmnazaly by sie przez podzial na dwie identyczne polowy
      I dlatego mamy podzial na dwie plci , ktore przekazuja dwie haploidalne gamety do rozmnazania. Kazde zboczenie kazirodzcze, ktore zmniejsza genetic pool to smierc gatunku.
      • bimota Re: kazirodstwo to smierc gatunku 13.01.11, 14:30
        Nie przez podzial tylko bez wyrozniania plci, a do ewolucji by doszlo przez mutacje.

        Akurat liczylem na kompie, na "palcech" wyszlo by pewnie to samo...
    • bimota Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 23:33
      Wprowadzilem ta smiertelnosc i faktyczne ciekawe wyniki...

      Wyeliminowanie aa spowodowalo spadek AA z 90 do ok 67%, a wzrost Aa.
      Smiertelnosc ok 1/3 dla duzych populacji, 1/2 dla 10-osobowej, czyli tu mamy jakby wade kazirodztwa. Zwiekszenie ilosc pokolen z 10 do 100 zwiekszylo smiertelnosc 2x - z 1/3 do 2/3, dla 1000 pokolen utrzymuje sie 2/3.

      Trzeba pamietac, ze moja grupa wyjsciowa miala az 10% Aa, o czlowieka jest to ok. 0,1% wg szacunkow Astery.
      • kochamrydzyka Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 23:44
        Znany mi egipcjanin z powodow finansowych(niech majatek zostanie w rodzinie) wzial za zone corke rodzonej siostry. Splodzil z nia dwu synow. Obaj mentalnie uposledzeni.
        Co bedzie dalej jesli oni tez beda zawierac podobne zwiazki malzenskie w rodzinie?
        • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 13.01.11, 23:51
          Obaj mentalnie uposledzeni.
          > Co bedzie dalej jesli oni tez beda zawierac podobne zwiazki malzenskie w rodzinie?

          Właśnie o to chodzi, że najprawdopodobniej nie będą się dalej rozmnażać. Zmutowany gen w tej linii umrze razem z linią.
          • bimota Re: GENY a kazirodztwo 14.01.11, 00:43
            No ale z tych moich symulacji wynika, ze smierc powoduje zmniejszenie liczby AA, czyli lepiej jak by sie rozmnazali mimo choroby...
    • bimota Re: GENY a kazirodztwo 16.01.11, 03:12
      Zwiekszylem ilosc genow do 10000, wyjsciowo kazdemu dalem 10 genow Aa. MAm nadzieje, ze bedzie to wierniejszy model. Problem w tym, ze nie wiem jaki faktycznie jest procent genow recesywnych niosacych choroby. Astera szacowal, ze kazdy ma po 30 genow, ale przeciez tylko czesc chorob genetycznych jest wywolana ujawnieniem genow recesywnych.
      Wprowadzilem podzial na plcie (ulatwilo mi to eliminacje pukania rodzenstwa w programie :) ).

      Odsetek chorych po 10 pokoleniach:

      Populacja 20-os.: 72%
      100 os.: ok. 30%
      1000 os.: ok. 4% (przy zakazie rodzenstwa zeszlo chyba do ok 2%)

      Widac, ze zmniejszenie populacji powoduje znaczny wzrost odsetek chorych. Czyli cos chyba jest na rzeczy...

      Nadal mnie zastanawia dlaczego smiertelnosc chorych powoduje pogorszenie genow.
      Nie wiem tez jak przebiegala ewolucja skoro sie zaklada, ze mutacje powoduja powstawanie genow recesywnych (a przeciez wiekszosc mamy dominujacych) i choroby...
      • bimota Re: GENY a kazirodztwo 16.01.11, 03:33
        No tak - pomylka...

        Chorych liczylem tylko w ostatnim pokoleniu, a zmarlych przez 10 pokolen. Faktycznie umieralnosc redukuje o polowe liczbe chorych.
    • titta geny recesywne i kazirodztwo 24.01.11, 15:50
      Nie recesyjne, a RECESYWNE.
      Zalozmy ze allel gen A uega uszkodzeniu (mutacji) do allelu (formy genu) a. Allel a jest recesywny, czyli nie widoczny w fenotypie w przypadku heterozygot.
      Zalozmy, ze A koduje jakis enzym. Kazdy ma dwa allele kodujace ten enzym, jesli jeden jest uszkodzony lub ulegnie uszkodzeniu enzym nadal bedzie produkowany dzieki jednemu prawidlowemu allelowi. Natomias jesli oba allele sa uszkodzine, dzialajacego enzymu nie bedzie (czyli dany osobnik bedzie chory lub umrze).

      Osobnik posiadajacy dwa allele A (homozygota dominujaca AA )- jest zdrowy, z definicji
      Osobnik posiadajacy allel A i a (heterozygota Aa) - jest zdrowy
      Osobnik posiadajacy dwa allele a (homozygota recesywna aa) jest chory.
      I teraz: zalozmy ze u kogos zaszla mutacja z A na a. Jest on zdrowy ale statystycznie polowie ze swoich dzieci przekaze allel a. Zalozmy, ze mutacja jest niesamowicie rzadka i w praktyce wystepuje tylko u niego i u jego dzieci. Jesli jego dzieci maja wiec potomstwo z kimkolwiek innym jego wnuki beda zdrowe, ale statystycznie 1/4 z nich bedzie nosicielami allelu a. Jesli jednak jego dzieci beda mialy dzieci z soba? Statystycznie ok polowa wnukow bedzie nosicielami, a statystycznie co 16 zachoruje.
      To co 16 to statystycznie przy duzej prubie, przy malej jak sie ma pecha moze rownie dobrze to byc dwojka pierwszych dzieci.
    • kukuleczka01 Re: GENY a kazirodztwo 24.01.11, 17:09
      jak na mój gust nie trzeba rozpisywać wyszukanych programów wystarczy napisać prostą krzyżówkę dla 3 pokoleń od razy wyjdzie, ze kaziroctwo zwieksza "nałożenia" się genów o charakterze letalnym, albo wystarczy poszukać informacji o populacjach zamkniętych ( wyspa) np. kiedyś czytałam artykuł gdzie cała wyspiarska populacja posiadała daltonizm.
      Zwierzeta, nie mają tematów tabu, a nie bez powodu następują migrację.

      Ooo przypomniało mi się. Żubry są objete ochroną, chociaż ich liczba jest większa od granicy gatunek zagrożony-niezagrozony, tylko z tego powódu, ze ta populacja została stworzona z małej liczby osobników i małe gó... może ich zmieść z powierzchni ziemii

      wiec, kazirodztwo, to nie tylko okaleczenia widoczne gołym okiem.

      przepraszam, ze tak chaotycznie ale powinnam sie uczuć ochrony środowiska, ale genetykę uwielbiam i wszelkie dyskusje na jej temat, wiec musiałam wtrącić swoje przysłowiowe 5groszy
      • ariachne Re: GENY a kazirodztwo 24.01.11, 19:46
        Czyli choroba genetyczna na którą choruje to efekt baraszkowania moich krewniaków?
        • kukuleczka01 Re: GENY a kazirodztwo 24.01.11, 20:52
          proszę napisz mi gdzie tak stwierdziłam.
          Napisałam tylko, ze zwiększa ryzyko ujawnienia się choroby genetycznej.
          załóżmy tak małe a - choroba A-gen zdrowy
          genotyp żeński Aa
          genotyp męski AA
          w krzyżówce powstało potomstwo o genotypach AA, Aa, Aa, aa
          50% w pełni zdrowe
          chore
          50% Aa - nosiciel choroby i teraz załóżmy ze brat i siostra mają taki genotyp
          czyli Aa x Aa
          i nagle 25% zdrowe
          50% Aa
          25% aa
          i teraz wnioski:
          1. wzrasta ryzyku ujawnienia się choroby
          2. maleje szansa na zdrowego osobnika szczególnie że:
          3. Zakładając, że to rzadka choroba genetyczna, (gen recesywny nie jest popularny) gdyby nie brat z siostrą, istnieje duża możliwosć ze trafili by na osobników o genotypie AA
          4. biorąc pod uwagę wcześniejsze wnioski można posunąć sie dalej i powiedzieć, ze takie zachowania osobników prowadzą do zwiększenia się możliwości występowania wśród całej populacji.
          5. wiadomo też, że rodzeństwo, będzie miała więcej podobnych genów niż jeden.

          Co ciekawe, problem różnorodności spotyka nie tylko zwierzęta ale i rośliny.
          Kiedyś był bardzo ciekawy artykuł o plantacji bananów w Focusie.

          A że ktoś cierpi na chorobę genetyczną (ja jestem nosicielką daltonizmu), to nie oznacza, ze krewni "baraszkowali". Baraszkowanie zwiększa ryzyko, ale nie robienie tego, nie oznacza, ze pojawienie się choroby staje sie znikome, tylko mniej prawdobodobne.

          A przykłady populacji wyspiarskiej, czy zubrów, pokazuje tylko efekty małej różnorodnosci genetycznej ( np. nie oznacza to grupa pierwszych osadników baraszkowali non stop każdy z każdym i ze sobą też, tylko pula genowa była ograniczona i kiedyś to musiało wyjsc, szegolne, ze daltonizm warunkuje gen recesywny)


          • ka_p_pa Re: GENY a kazirodztwo 24.01.11, 21:07
            > 4. biorąc pod uwagę wcześniejsze wnioski można posunąć sie dalej i powiedzieć,
            > ze takie zachowania osobników prowadzą do zwiększenia się możliwości występowa
            > nia wśród całej populacji.

            Na jakiej zasadzie?

            > A przykłady populacji wyspiarskiej, czy zubrów, pokazuje tylko efekty małej róż
            > norodnosci genetycznej ( np. nie oznacza to grupa pierwszych osadników baraszko
            > wali non stop każdy z każdym i ze sobą też, tylko pula genowa była ograniczona
            > i kiedyś to musiało wyjsc, szegolne, ze daltonizm warunkuje gen recesywny)

            Wręcz przeciwnie, to klasyczny przykład zawężenia puli genowej z powodu konieczności rozmnażania się całej, ograniczonej populacji w pokrewieństwie(efekt założyciela). Z problemem kazirodztwa i jego znaczenia dla gatunku nie ma nic wspólnego.
          • bimota Re: GENY a kazirodztwo 25.01.11, 00:14
            W wiekszosci masz zapewne racje, ale zauwaz, ze sama zalozylas, ze najpierw ten wadliwy gen musi rodzic posiadac. Jak czesto tak sie zdarza - nie wiem, a ma to spore znaczenie w ustalaniu ryzyka.

            Mutacje najpierw zrobilem, potem z niej zrezygnowalem, chyba wyraznie to opisalem. Jak chesz moge ja przywrocic jak mi powiesz jak czesto zachodzi i jaki procent jest szkodliwych.

            Jeszcze jedna sprawa... Jak powstaja nowe gatunki ? Pewna grupa osobnikow zaczyna kopulowac tylko z soba. Mamy tu nie tylko kazirodztwo naturalne ale wrecz wymuszone. Czyli nie zawsze natura z nim walczy, czasem wrecz odwrotnie. Pytanie czy przez przypadek, czy jednak jest ono czasem korzystne... Moze nie jest wskazane przy zachowaniu gatunku, ale jest przy tworzeniu nowych, ewoluowaniu...
      • bimota Re: GENY a kazirodztwo 24.01.11, 22:22
        Nic nie zastapi symulacji. Twoje rozpiski sa dobre dla badanaia 4 osob... :)

        kiedyś czytałam artykuł gdzie cała wyspiarska p
        > opulacja posiadała daltonizm.

        To ilu ich tam bylo ? 10 ?

Nie masz jeszcze konta? Zarejestruj się


Nakarm Pajacyka