Wszystkim rządzą śmieci

[marac]

No proszę. Jak Pani odstawi actimelki, to się nagle okazuje, że potrafi Pani napisać sensowny i ciekawy artykuł.

Bardzo dobry artykuł

[asteroida2]

Tylko więcej takich.

Bardzo dobry artykuły ;-)

[kornel-1]

asteroida2 napisał:

> Bardzo dobry artykuł. Tylko więcej takich.

A proszę bardzo:
Researchers Unlock Disease Information Hidden in Genomes Control Circuitry

Most “junk” DNA not junk, studies find

Kornel

[petrucchio]

asteroida2 napisał:

> Tylko więcej takich.

Dobry, ale z małymi zastrzeżeniami. To, że jakieś sekwencje są biochemicznie aktywne, nie oznacza jeszcze, że są funkcjonalne, a co dopiero niezbędne. Wiele z tej "aktywności" może się okazać artefaktem badań, na co zwracano uwagę już przy poprzednich raportach z postępów programu ENCODE. Stwierdzenie: "Projekt ENCODE dowiódł, że te centra [w śmnieciowym DNA] wydają się ważniejsze niż same geny" jest także na wyrost. Ale doniesienie w Gazecie jest ogólnie raczej wyważone w porównaniu z niektórymi innymi komunikatami prasowymi na ten temat. Tu jest ładny komentarz:

www.michaeleisen.org/blog/


I

[asteroida2]

Mnie najbardziej interesuje, jak zmienia się szybkość zbierania przez nas wiedzy na ten temat. Czy gdzieś można znaleźć jakieś szacunki liczbowe dotyczące np. "liczby funkcji/zależności znalezionych w genomie w kolejnych latach"? Bo wydaje się, że dziedzina ta rozwija się ostatnio w sposób wykładniczy, ale nie znam danych, które by to mogły potwierdzić albo podważyć.

[petrucchio]

asteroida2 napisał:

> Mnie najbardziej interesuje, jak zmienia się szybkość zbierania przez nas wiedz
> y na ten temat. Czy gdzieś można znaleźć jakieś szacunki liczbowe dotyczące np.
> "liczby funkcji/zależności znalezionych w genomie w kolejnych latach"? Bo wyda
> je się, że dziedzina ta rozwija się ostatnio w sposób wykładniczy, ale nie znam
> danych, które by to mogły potwierdzić albo podważyć.

Mnie trochę niepokoi, że za wiele z tych funkcji odpowiada PR

[asteroida2]

> Zależnie od tego, jak ścisłe kryteria funkcjonalności przyjmiemy, możemy równie dobrze
> powiedzieć, że funkcjonalne jest 15-20% genomu albo ponad 80%

[marac]

petrucchio napisał:

> Wiele z tej "aktywności" może się okazać artefaktem badań,

Jak to? Możesz coś więcej napisać na ten temat?

[petrucchio]

marac napisał:

> Jak to? Możesz coś więcej napisać na ten temat?

Definicja "funkcjonalności" przyjęta w raporcie ENCODE (link) jest tak luźna, że prawie wszystko można pod nią podciągnąć:

The vast majority (80.4%) of the human genome participates in at least one biochemical RNA- and/or chromatin-associated event in at least one cell type.

Czyli wykazuje jakąś aktywność, co bynajmniej nie oznacza, że skutki tej aktywności są odczuwane przez fenotyp, albo że te fragmenty genomu podlegają selekcji. Nie oznacza to też, że autorzy raportu rozpoznali jakąkolwiek funkcję zidentyfikowanych w ten sposób fragmentów. Po prostu "kto wie, coś tam się może dziać". Gdyby funkcjonalność miała oznaczać, że dany fragment (a konkretnie, *sekwencja* zawartego w nim DNA) ma jakiekolwiek znaczenie przystosowawcze, i gdyby dotyczyło to 80% genomu, każdy człowiek rodziłby się z ok. 60 szkodliwymi mutacjami. Tymczasem wiadomo, że większość DNA podlega dryfowi statystycznemu bez szkody lub korzyści dla fenotypu.

W innym miejscu raportu czytamy:

Furthermore, even with our most conservative estimate of functional elements (8.5% of putative DNA/protein binding regions) and assuming that we have already sampled half of the elements from our transcription factor and cell-type diversity, one would estimate that at a minimum 20% (17% from protein binding and 2.9% protein coding gene exons) of the genome participates in these specific functions, with the likely figure significantly higher.

No to w końcu 20% (oszacowanie konserwatywne) czy 80% (oszacowanie skrajnie liberalne)? W innym poście cytuję jednego z członków zespołu (i autorów raportu), który otwarcie przyznaje, że wyższe liczby w oszacowaniach są preferowane, bo robią większe wrażenie na laikach i lepiej reklamują projekt.

[awaryjan]

> Definicja "funkcjonalności" przyjęta w raporcie ENCODE (link) jest tak luźna,
> że prawie wszystko można pod nią podciągnąć:

Ano właśnie - zabrakło typowo naukowego sceptycyzmu. Ed Yong bardzo ładnie wszystko podsumował oraz podlinkował streszczenia i reakcji dostępne na innych blogach (sekcja update na dole wpisu):
blogs.discovermagazine.com/notrocketscience/2012/09/05/encode-the-rough-guide-to-the-human-genome/?utm_source=feedburner&utm_medium=feed&utm_campaign=Feed%3A+NotRocketScience+%28Not+Exactly+Rocket+Science%29&utm_content=Google+Reader
Generalnie szał w mediach taki, jak przy ścięciu drzewa Darwina kilka lat temu. W Stanach, na kreacjonistycznych blogach poruszenie jak przed apokalipsą :-) .

[petrucchio]

awaryjan napisał:

> Generalnie szał w mediach taki, jak przy ścięciu drzewa Darwina kilka lat temu.
> W Stanach, na kreacjonistycznych blogach poruszenie jak przed apokalipsą :-) .

W wielu przypadkach mam wrażenie, że o ile samo doniesienie prasowe jest rozsądne, tytuł pan naczelny kazał podrasować, żeby bił w oczy sensacją.

Przykład: The Guardian

Tytuł (histeryczny): Breakthrough study overturns theory of 'junk DNA' in genome

Podtytuł (o wiele mniej sensacyjny): The international Encode project has found that about a fifth of the human genome regulates the 2% that makes proteins

W tekście (bardzo rzetelnie zredagowanym):
Encode scientists found that 9% of human DNA is involved in the coding for the regulatory switches, although Birney thinks the true figure may turn out to be about 20%. "One of the big surprises is that we see way more [regulatory] elements than I was expecting," he said.

Przypomniała mi się historia z "Crocodile Dundee" o odgryzionej przez krokodyla nodze itd.

PS

[petrucchio]

petrucchio napisał:

> Przykład: The Guardian

Zresztą "Gazeta" też może służyć za przykład: WSZYSTKIM RZĄDZĄ ŚMIECI. Mniejsza o sens, byle tytuł przyciągał oko.

[marac]

Dzięki!

Tolerancja dla śmieci

[petrucchio]

Chciałbym jeszcze dodać, że genomy nie kumulujące śmieciowego DNA i złożone niemal wyłącznie z materiału funkcjonalnego (w zwykłym sensie tego słowa, a nie w nowomowie doniesień dla prasy) też nie są żadną sensacją. Można by się było spodziewać, że genomy podlegają selekcji czyszczącej, usuwającej niepotrzebny balast i "odchudzającej" DNA do niezbędnego minimum

Wszystkim rządzą śmieci

[bimota]

CZyli "odczytalo" im sie 3x wiecej genow niz jest faktycznie ??

Znakomite podsumowanie

[petrucchio]

arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/

[awaryjan]

Ano dobre. W sumie przeważająca część blogosfery zza Oceanu ma podobne podejście, czasem nawet nieco bardziej zdecydowane. Ale "hype" wokół ENCODE jest gigantyczny:
sandwalk.blogspot.com/2012/09/the-story-of-you-encode-and-human.html

[petrucchio]

awaryjan napisał:

> Ano dobre. W sumie przeważająca część blogosfery zza Oceanu ma podobne podejści
> e, czasem nawet nieco bardziej zdecydowane. Ale "hype" wokół ENCODE jest gigant
> yczny:

Trochę mnie to przeraża. Zadano sobie mnóstwo trudu, żeby za wszelką cenę zsynchronizować ten PR i żeby raport był "mocnym uderzeniem" medialnym, choć merytoryczne uzasadnienie całej akcji jest wątłe. _Nature_ robi ostatnio dziwne rzeczy, jak gdyby przestało im zależeć na reputacji.

Przypomniała mi się historia z biochemikiem, który napisał artykuł o możliwości wyjaśnienia chiralności związków organicznych na Ziemi jako skutku polaryzacji światła przez obłoki pyłu kosmicznego. W artykule wspomniał, że w różnych rejonach kosmosu ta polaryzacja bywa różna, wobec czego na innych planetach może powstać życie na bazie molekuł lustrzanych względem naszych. Potem coś go podkusiło i z przyczyn niejasnych dla samego siebie dodał jakiś wygłup w rodzaju: "Być może byłyby to na przykład inteligentne prawoskrętne dinozaury na planecie, gdzie upadek planetoidy nie dał szansy prawoskrętnym ssakom. Z pewnością nie chcielibyśmy się z nimi spotkać." Przez kilka następnych dni prasa huczała tytułami: SCIENTISTS SAY INTELLIGENT DINOSAURS MAY RULE ALIEN WORLDS.

Jeśli ktoś nie wierzy...

[petrucchio]

petrucchio napisał:

> Przypomniała mi się historia z biochemikiem...

Historia jest stuprocentowo autentyczna. Chemikiem humorystą był Ronald Breslow, a oto co zrobili z tego dziennikarze:
www.huffingtonpost.com/2012/04/12/advanced-dinosaurs-alien-chemistry_n_1421414.html

Jeszcze jeden komentarz godny uwagi

[petrucchio]

www.huffingtonpost.com/michael-white/media-genome-science_b_1881788.html
Przyjemnie czytać kogoś, kto naprawdę wie, o czym pisze.